Известие о смерти знаменитого воеводы заставило активизироваться и короля Сигизмунда, и Лжедмитрия II. В начале лета к Москве двинулось польское войско под началом гетмана С. Жолкевского. Против него был направлен царский брат Д. И. Шуйский, бездарный полководец, во главе боеспособных полков, включавших шведских наемников. 23 июня 1610 года у села Клушино состоялась битва, закончившаяся полным разгромом русской армии. Шведы не захотели оставаться под началом Шуйского и прямо с поля боя отправились в сторону Новгорода, который позднее захватили. Остальные русские воины едва спаслись бегством. Путь к столице оказался открытым.
Несомненно, известие о клушинском разгроме у царицы Марии могло вызвать только ужас. Становилось ясно, что их с мужем уже ничто не спасет. Москвичи каждый день готовы были поднять бунт, воинские люди разбежались, наемникам было нечем платить, а даром воевать никто из них не желал. Всем было ясно, что В. И. Шуйский обречен.
В это время из Калуги выступил с войском Лжедмитрий П. Он быстро взял сначала Пафнутьево-Боровский монастырь, потом — Николо-Угрешский и обосновался в Коломенском. Одновременно польское войско под началом С. Жолкевского достигло Новодевичьего монастыря. Сражаться с ними было некому.
Царице оставалось только молиться и утешать впавшего в отчаяние мужа. На этот раз его изворотливый ум не мог найти выхода. Ненависть подданных к нему была слишком велика. Они считали его виновным в том, что в стране уже несколько лет шла братоубийственная война и государство разваливалось на части.
17 июля 1610 года стало последним днем царствования Василия Шуйского и Марии Буйносовой. Утром на Лобном месте собралась большая толпа москвичей. Предводителями ее были рязанец Захарий Петрович Ляпунов, князья Засекины и Хомутов. Они потребовали, чтобы бояре вышли к ним и совместно обсудили вопрос о царском престоле и борьбе с двумя грозными врагами. Однако большинство старших бояр предпочло не вступать в переговоры со смутьянами. Из Кремля вышел только царский свояк И. М. Воротынский. Довольно скоро его удалось убедить в том, что царю Василию лучше добровольно покинуть царский дворец и получить взамен бывшее Суздальское княжество. В противном случае бунтующие москвичи могли насильно свергнуть его и даже убить.
Воротынский отправился во дворец вместе с женой, сестрой Марии Петровны, и стал убеждать царя и царицу смириться с печальной участью и не провоцировать подданных на вооруженное восстание. Поначалу Василий Иванович гневался и грозился расправиться со всеми смутьянами, но в конце концов доводы жены и родственников признал убедительными. Ведь, упорствуя, он подвергал опасности не только свою жизнь, но и жизнь молодой царицы, братьев и даже родни. Мария же, поплакав, стала собирать вещи, чтобы поскорее переехать на старый боярский двор. Так из царицы она превратилась в княгиню и боярыню, то есть в одну из многих. Но на этом ее беды не закончились, они только начинались.
Власть в стране перешла в руки семи старших бояр. Боясь новых смут, они решили постричь царя Василия в монахи, чтобы ни у кого не возникло желания снова посадить его на престол.
Через несколько дней в боярский дом Шуйских вновь ворвались вооруженные люди. Без всяких объяснений они потащили В. И. Шуйского в Чудов монастырь, сорвали с него мирское платье и насильно начали совершать обряд пострижения. Бывший царь отказывался отвечать на обетные вопросы, и за него это пришлось сделать князю Тюфякину. Позднее это позволило патриарху Гермогену не признавать Шуйского монахом и считать постриженником самого Тюфякина. Правда, изменить что-либо в судьбе свергнутого монарха это уже не могло.
Мятежники не оставили в покое и Марию Петровну. Ведь она также имела права на царскую корону. На следующий день ее отвели в Ивановский монастырь и тоже постригли под именем Елена. Впереди ее ожидал каждодневный пост, молитвы и небольшая келья. Ее красота, живой блеск больших голубых глаз, румянец во всю щеку, алые уста и коса ниже пояса теперь никому не были нужны. Все скрывали монашеский куколь и черные одежды. Мирские радости остались в прошлом.
Оказавшись в келье, Мария — Елена долго рыдала. Ей было жаль свою так рано загубленную жизнь, дочерей, умерших в раннем возрасте, мужа с братьями, которых отвезли подальше от Москвы в Иосифо-Волоколамский монастырь. Там они оказались в плену у Жолкевского, отправившего их под Смоленск в ставку польского короля. Так впервые в русской истории царь оказался в плену у своего врага. Бывшей жене с ним встретиться уже не довелось. В плену В. И. Шуйский испытал много унижений и умер 12 сентября 1612 года.
Новое правительство, прозванное в народе «Семибоярщиной», не оставило Марию — Елену в покое. Оно решило именно ее обвинить в растрате царской казны. Над бывшей царицей устроили настоящий суд с пристрастными допросами и очными ставками со свидетелями.
Сначала Марию — Елену допрашивали Крутицкий митрополит Пафнутий и бояре И. С. Куракин и В. М. Мосальский. Их сменили дьяки С. Ефимьев и И. Юрьев. Они вызвали на очную ставку родственниц царицы, сестер Марию и Ирину, а также Софью и Соломониду Бахтеяровых и Фетинью Великую. Потом бывших хранителей ее казны Анну Шестакову и Анну Орлову заставили принести приходные и расходные книги. Все было проверено с большой тщательностью. Более того, дьяки приняли решение конфисковать все подарки царицы, которые она делала близким людям и служительницам. Это возмутило Марию Петровну, она смело заявила боярам: «Мало ли кого муж мой и я жаловали. Вы что же, у всех хотите все изъять. Расстрига был не лучше нас, но его подарки ни у кого не отнимали». Вспомнила она и то, что после смерти царя Бориса его жена Мария Григорьевна изъяла из царской казны и спрятала много всякого добра, но никто его искать нс стал.
Несомненно, слова бывшей царицы были очень справедливыми. Все знали, что для себя ни она, ни муж ничего не взяли. Однако им нужно было платить наемникам, стрельцам, дьякам и другим служащим двора. Полагалось награждать и особо отличившихся. А у самого царя, кроме царских сокровищ, ничего не было — ведь казна не пополнялась ежегодными доходами в течение нескольких лет.
Смелые ответы Марии — Елены и убедительность ее объяснений поставили судей в тупик. Обвинять царицу в том, что она по своему усмотрению распоряжалась казной, было бессмысленно. На этом суд закончился. Некоторые бояре даже прониклись сочувствием к невольной монахине и решили не отдавать ее полякам, как всех Шуйских. Бывшую царицу лишь отправили подальше от столицы в суздальский Покровский монастырь, где когда-то оплакивала свою печальную участь первая жена Василия III — Соломония Сабурова. Там была и другая затворница из царского рода — первая жена царевича Ивана Ивановича, Евдокия Юрьевна Сабурова, в монашестве Александра. Она проживала в монастыре с 1557 года и давно привыкла к однообразной монастырской жизни. Она научилась видеть в ней свои положительные стороны — где-то далеко бурлили политические события и междоусобные баталии: и гибель Ивана Ивановича от рук отца, и смерть самого грозного царя, и кончина бездетного Федора Ивановича, и избрание на престол Бориса Годунова, и крах его правления, и воцарение самозванца Лжедмитрия I, и его свержение, и прочее, и прочее.
В монастыре всегда было тихо и спокойно: молитвы, чтение, рукоделие, душеспасительные беседы, встречи с редкими посетителями. Все это давало умиротворение и настраивало на философский лад. Дни шли за днями, каждый был похож на предыдущий. Правда, особо важные события все же проникали за толстые монастырские стены.
Летом 1612 года знатные постриженицы узнали, что в Суздаль прибыл руководитель Второго ополчения Дмитрий Михайлович Пожарский, захотел перед решающей битвой за Москву, занятую поляками, помолиться у могил предков. Его родовым» монастырем был Спасо-Ефимиев. Вполне возможно, он посетил и соседний Покровский, чтобы почтить знатных пострижениц. Ведь ополченцы, взяв в руки верховную власть, заботились о материальном обеспечении всех бывших лиц царского рода и считали себя их покровителями.
