Впоследствии даже Я. X. Петерс говорил, что история этого покушения на В. И. Ленина была довольно темной. Член ВЦИК В. Э. Кингисепп, возглавлявший следствие, жаловался на то, что ему мешают работать: необходимые документы поступали с большим опозданием, следственный эксперимент во дворе завода Михельсона проводили сами чекисты, изображая Ленина и Каплан, неизвестно для чего «на помощь следствию» из Екатеринбурга прибыл палач царской семьи Я. Юровский с помощниками. Впоследствии из «дела Каплан» будут кем-то вырезаны несколько страниц. Особенно много вопросов связано с пистолетом, из которого якобы стреляли в Ильича. Специалистов удивило несоответствие меток от пуль на пальто вождя с местами его ранения. Когда же сравнили пули, извлеченные при операции в 1922 году и при бальзамировании тела Ленина в 1924 году, выяснилось, что они не из одного пистолета.
Впервые хотя бы некоторый свет на эту историю пролила брошюра «Военная и боевая работа партии социалистов-революционеров за 1917–1918 гг.», вышедшая в феврале 1922 года за рубежом. Ее автором являлся бывший начальник Центрального летучего боевого отряда партии эсеров и руководитель террористической группы Г. Семенов (Васильев). В книге подробно описаны вопросы, связанные с подготовкой покушения на Ленина: слежка, состав групп, исполнители, дислокация агентов на митингах, средства связи и конспиративные явки. Выяснилось, что исполнителями покушения намечались Коноплева, Каплан, Федоров, Усов и Козлов, а непосредственно на заводе Михельсона действовали Каплан и рабочий Новиков. После покушения, боясь ответного террора со стороны большевиков, ЦК партии эсеров выступил с заявлением о своей непричастности к этому акту. Рядовых боевиков-эсеров это заявление возмутило.
Более обстоятельное изучение всех обстоятельств дела о покушении на В. И. Ленина началось только в 90-х годах XX века. 19 июня 1992 года Генеральная прокуратура России по заявлению ульяновского писателя Авдонина и с учетом большого общественного интереса к этому делу начала проверку обоснованности расстрела Фанни Каплан. Она длилась четыре года и была закончена в 1996 году, но на многие вопросы следствие так и не смогло дать убедительного ответа. Например, установлено, что выстрелы были действительно произведены из семизарядного браунинга, найденного на месте преступления. В его патроннике оставалось четыре патрона, то есть из него было произведено три выстрела. Но тогда непонятно, каким образом на месте преступления оказались четыре стреляные гильзы. Значит, стрелявших было двое? Шофер Ленина в одних показаниях говорит, что опознал в покушавшейся Ф. Каплан, в других — что видел только женскую руку с браунингом после первого выстрела. Но была ли это рука Каплан? Помощник военного комиссара С. Н. Батулин тоже оставил противоречивые показания. Из них непонятно, где он задержал террористку — то ли во дворе завода, то ли на Серпуховке, то есть в действительности никто из дававших показания не видел покушавшегося, а сам Ленин, как свидетельствует его вопрос, видел, что стрелял мужчина.
Мало кому известно, что с 8 июня по 7 августа 1922 года в Колонном зале Москвы проходил судебный процесс над правыми эсерами, который проводил Верховный революционный трибунал РСФСР. О нем подробно поведали 92 тома судебных материалов, недавно рассекреченных ФСБ России. Следственное дело Ф. Каплан фигурировало на нем как «вещественное доказательство» террористической деятельности эсеров. Так вот, на процессе были названы имена истинных участников покушения на В. И. Ленина. Это были Г. И. Семенов, который организовал слежку за Ильичем и направил убийц на завод, и его боевая подруга Л. В. Коноплева. Именно она предложила ЦК партии эсеров осуществить покушение на большевистского вождя, предлагая себя в качестве исполнительницы. В подготовке его участвовали также эсеры Тесленко, Усов и Ефимов. Сегодня историки полагают, что стрелять в вождя революции могли Л. Коноплева, 3. Легонькая, В. Новиков и А. Протопопов. Правда, убедительных данных, что это сделал кто-то из них, пока тоже нет. На допросах в НКВД в декабре 1937 года В. Новиков признался лишь в одном: он показал Каплан Ленина, а сам во двор завода не заходил и ждал «результатов» на улице.
Загадочной фигурой остается А. Протопопов. Сведений о нем очень мало. Известно лишь, что он был матросом, эсером, в июне 1918 года стал заместителем командира ВЧК, а 6 июля активно поддержал выступление лидеров своей партии. Когда Ф. Э. Дзержинский приехал в отряд для ареста Блюмкина, именно Протопопов ударил и обезоружил «железного Феликса». После покушения 30 августа 1918 года было «задержано несколько лиц», среди которых был и он. Так что не исключена возможность того, что во дворе завода могли находиться настоящие боевики, такие как Коноплева и Протопопов, имевшие оружие. И тогда становится понятным происхождение четырех стреляных гильз. Интересно, что Протопопов в ночь на 31 августа сразу же был расстрелян. Почему так быстро и за что? Это так и осталось загадкой…
Интересен и приговор суда над правыми эсерами. Все участники покушения на Ленина были оправданы, чего нельзя сказать об остальных подсудимых — членах партии правых эсеров. Семенова, Коноплеву и Усова, как «добросовестно заблуждавшихся» при свершении ими тяжких преступлений, полностью освободили от наказания. А затем они… вступили в ряды РКП(б).
В частности, Коноплева впоследствии работала в 4-м управлении штаба РККА, а потом ушла на преподавательскую работу: учила оперативных работников ГПУ подрывному делу. Семенов занялся выполнением тайных поручений военной разведки в Китае, дослужился до ранга бригадного комиссара. И только в 1937 году и Семенов, и Коноплева, и Усов будут расстреляны. Видимо, с их смертью ушла в могилу и тайна о том, кто же все-таки стрелял в Ленина.
Ныне отдельные исследователи в качестве рабочей гипотезы выдвигают наличие «кремлевского заговора», в котором якобы был замешан тогдашний Председатель ВЦИК Я. М. Свердлов. Он будто бы жаждал действия и власти. Но разве ему, являвшемуся правой рукой Ленина, первому главе Советского государства и руководителю секретариата ЦК РКП(б) было этой власти недостаточно? Яков Михайлович был первым руководителем ВЧК, причем не менее жестким, чем его преемник Феликс Дзержинский. Летом 1918 года он стал одним из организаторов подавления мятежа левых эсеров, действуя при этом решительно и беспощадно. На заседаниях ВЦИК Свердлов постоянно требовал: «Репрессии усилить!» Именно он склонил Ленина к решению о расстреле царской семьи. После покушения на вождя он подписал резолюцию ВЦИК о массовом «красном терроре» против буржуазии. В это же время он замещал раненого Ленина на заседании СНК, участвовал в организации Красной армии, работе Коминтерна. Вынужденное отсутствие Ленина в Кремле придавало Свердлову уверенности: «Вот, Владимир Дмитриевич, и без Владимира Ильича все-таки справляемся», — говорил он с гордостью Бонч-Бруевичу. Именно эту фразу теперь ставят ему в вину и намекают на его причастность к попытке устранения Ленина. Однако самому Свердлову, как считают историки, она обошлась очень дорого. Вскоре после выздоровления Ленина и их беседы с глазу на глаз Яков Михайлович внезапно умер — якобы от «испанки». Что ж, не следует идеализировать отношения, сложившиеся в верхушке большевистской партии. Дорвавшись до власти, «пламенные революционеры» вели себя, как пауки в банке. Об этом свидетельствует вся история коммунистического режима.
Но самым показательным доказательством участия Свердлова в заговоре является то, что 30 августа 1918 года он продиктовал телеграмму о покушении на Ульянова-Ленина раньше, чем прозвучали выстрелы. Эта телеграмма-обращение ВЦИК была принята в 22 часа 40 минут, т. е за 20 минут до случившегося, и в ней, между прочим, говорилось: «Несколько часов тому назад совершено злодейское покушение на тов. Ленина». Далее в обращении однозначно утверждалось: «Мы не сомневаемся в том, что и здесь будут найдены следы эсеров…» А ведь Каплан к тому времени еще даже не арестовали и никаких допросов произведено не было.
Сразу же после покушения раненого Ленина привезли в Кремль. Туда же вскоре приехал и Свердлов. Вот что о своем разговоре с ним тогда вспоминала Крупская: «Около вешалки стоял Яков Михайлович Сверлов, и вид у него был какой-то серьезный и решительный. Взглянув на него, я решила, что все кончено. „Как же теперь будет?“ — обронила я. „У нас с Ильичем все сговорено“, — ответил он. „Сговорено, значит, кончено“, — подумала я. Я вошла в нашу спальню. Ильичева кровать была выдвинута на середину комнаты, и он лежал на ней бледный, без кровинки в лице. Он увидел меня и тихим голосом сказал минуту спустя: „Ты приехала, устала. Поди ляг“. Слова были несуразны, глаза говорили совсем другое: „Конец“».
Конечно, фраза Я. Свердлова о том, что «все сговорено», могла свидетельствовать лишь об одном. Видимо, после гибели Володарского и Урицкого лидеры большевиков прекрасно понимали, что в любой момент они могут стать следующей мишенью. Соратники заранее обсудили, что нужно делать, если с кем-то из них произойдет непоправимое. И в этой ситуации они считали «красный террор» единственным ответом контрреволюции. Может, именно эта договоренность о терроре и подтолкнула Свердлова к мысли организовать покушение.