16 декабря 1700 года состоялся именной указ: Патриаршему приказу разряду не быть, а дела по челобитьям мирских людей на духовных и духовных на мирских отослать по приказам, где кто ведом; дела же о расколе и ересях ведать преосвященному Стефану, митрополиту рязанскому и муромскому. Митрополит Стефан (Яворский) назывался с тех пор «екзархом святейшего патриаршеского престола, блюстителем и администратором». Причина назначения малороссиянина Яворского предпочтительно пред Афанасием холмогорским, очевидно, заключалась в учености Яворского. Последний приехал в Москву в начале 1700 года в сане игумна Никольского пустынного монастыря; киевский митрополит Варлаам Ясинский прислал его вместе с игумном Златоверхого Михайловского монастыря Захарием Корниловичем к патриарху Адриану, прося посвятить одного из них на вновь учрежденную епархию Переяславскую (Переяславля южного). Но Петр нашел в Стефане человека, какой ему был нужен в Великой России, и потому он велел патриарху поставить его в архиереи на одну из ближайших к Москве епархий. В марте же очистилось место митрополита рязанского, и Адриан объявил Яворскому, чтоб готовился к посвящению. Тот стал просить, чтоб прежде позволили побывать ему в Киеве; патриарх не согласился и назначил 16 марта для посвящения. Утром в назначенный день архиереи и другие духовные лица собрались, по обычаю, в Крестовую палату к патриарху; послали на Малороссийское подворье за Стефаном: посланник возвратился с ответом, что игумна нет на подворье, уехал в Донской монастырь. Послали туда, Яворский не едет, а между тем уже часа с два в Кремле шел благовест; в другой раз послали в Донской монастырь взять упрямого игумна: Стефан отрекся решительно, что не поедет, не хочет быть архиереем. Патриарх рассердился, не велел пускать Стефана из монастыря и дал знать царю. Тот велел спросить у Стефана, что за причина такого поступка? Стефан написал: «Вины, для которых я ушел от посвящения: 1) писал ко мне преосвященный митрополит киевский, чтоб я возвращался в Киев и его во время старости не оставлял при его немощах и недугах; 2) епархия Рязанская, на которую меня хотели посвятить, имеет еще в живых своего архиерея, а правила св. отец не повелевают живу сущу архиерею, иному касатися епархии — духовное прелюбодеяние! 3) изощренный завистию язык многие досады и поклепы на меня говорил: иные рекли, будто я купил себе архиерейство за 3000 червонных золотых; иные именовали меня еретиком, ляшенком, обливаником; 4) не дано мне сроку, чтоб я мог приготовиться на такую высокую архиерейства степень очищением совести своея чтением книг богодухновенных». Это любопытное объяснение показывает, как смотрели в Москве на ученых малороссийских монахов, поставляемых на великороссийские епархии: некоторые (вероятно, те, которые сами хотели быть архиереями) не щадили для них названий еретика, ляшенка (полячишка). Но Петр, которого самого называли еретиком и антихристом, не обращал внимания на то, что говорили изощренные завистию языки: Стефан был поставлен митрополитом на Рязань и в том же году, как мы видели, был переведен в Москву.
За назначением Яворского блюстителем патриаршего престола немедленно последовали преобразования. В январе 1701 года указано ведать дом св. патриарха, домы архиерейские и монастырские дела боярину Ив. Алекс. Мусину-Пушкину; сидеть на патриарше дворе в палатах, где был Патриарший разряд, и писать Монастырским приказом . Все челобитные на духовных лиц, монастырских стряпчих, слуг и крестьян должны подаваться в Монастырский приказ, а челобитные духовных лиц, монастырских приказчиков, слуг и крестьян на разных чинов людей подаются в приказах, где кто судим. Монастырский приказ должен был переписать все монастыри, мужские и женские; сколько монахов и монахинь переписчики застанут в каких монастырях, тем и оставаться в своих монастырях неисходно, в другие монастыри их не принимать; разве по какой-нибудь важной законной причине монах может перейти в другой монастырь, и то с отпускным письмом от начальника прежнего монастыря. Мирские люди в монастырях жить не должны, чтецы и певцы должны быть монахи, дьячков-немонахов переписчики должны выгнать вон. Монахи в кельях наедине не должны ничего писать, чернил и бумаги не держать, писать должны в трапезе, в определенном месте, с позволения начальника, по преданию древних отец. В 1703 году для женских монастырей было подтверждено: из монастыря монахиням быть неисходными; если будет великая нужда выйти, то отпускать на малое время, часа на два и на три, с письмом и за печатью, писать, именно для какой нужды и на сколько времени отпущена, и за письмо и за печать отнюдь взяток не брать; монахини могут писать только в трапезе; постригать белиц должно не раньше 40 лет; ворота в монастыре должны быть всегда заперты, подле ворот должны стоять караульные; миряне входят только во время церковной службы, а в другое время могут входить не иначе, как с позволения игуменьи. Ни в мужских, ни в женских монастырях нельзя было никого постричь вновь без царского указа. Эти распоряжения объяснялись целым рядом жалоб предшествовавшего времени на ослабление нравственности в монастырях, на кочевую жизнь монахов и монахинь, производящих соблазн своим поведением; оправдывались и делами нового Монастырского приказа. В 1701 году у монаха были взяты воровские письма (приворотные к женскому полу): по Уложенью, его сожгли в срубе; в 1702 году пьяный монах убил другого до смерти: оказалось, что убийца был беглый крестьянин, постриженный без справки.
В том же 1701 году приступили и к хозяйственным переменам. В архиерейских и монастырских вотчинах веено дать новый торг на все оброчные статьи, которые отданы были на оброк до урочных лет, и если новые откупщики станут давать больше старых, то им и отдавать статьи, не дожидаясь истечения урочных лет для прежних откупщиков. Посольские старцы в вотчинах отставлены; вместо них определены приказчики из мирян. Грекам, армянам, индейцам запрещено было останавливаться в монастырях как в гостиницах. Наконец, в декабре 1701 года был издан знаменитый указ: в монастыри монахам и монахиням давать определенное число денег и хлеба в общежительство их, а вотчинами им и никакими угодьями не владеть, не ради разорения монастырей, но лучшего ради исполнения монашеского обещания, потому что древние монахи сами себе трудолюбными своими руками пищу промышляли и общежительно жили и многих нищих от своих рук питали; нынешние же монахи не только нищих не питают от трудов своих, но сами чужие труды поедают, а начальные монахи во многие роскоши впали и подначальных монахов в скудную пищу ввели; кроме того, от вотчин ссоры и убийства и обиды многие. По этим причинам великий государь указал давать поровну как начальным, так и подначальным монахам, по 10 рублей денег, по 10 четвертей хлеба и дров, сколько им надобно, а собирать с вотчин их всякие доходы в Монастырский приказ. Слуг и служебников в монастырях оставить самое малое число, без которых обойтись нельзя. Что остается хлеба и денег от раздачи монахам, из этого остатка давать на пропитание нищих в богадельни и в бедные монастыри, у которых нет вотчин.
Белое духовенство получило новую обязанность: доставлять в Монастырский приказ ведомости о числе родившихся и умерших: за 1703 год была подана первая ведомость в Москве священниками всех шести сороков приходских церквей. Оказалось, что число смертных случаев с лишком двумя тысячами превышает число рождений.
Назначивши блюстителем патриаршего престола ученого малороссиянина, Петр поручил ему поднять Московскую академию. Стефан Яворский, назвавшись протектором Академии, оправдал доверенность Петра, восстановил Академию, но при нем она явилась уже с другим характером относительно преподавания. В первое время по ее основании, при Лихудах, в ней господствовал греческий элемент; Стефан Яворский, воспитанник Киевской академии и окончивший свое образование за границею, ввел в нее элемент латинский, который стал надолго господствующим. При Лихудах руководства, ими составленные, были на греческом языке; теперь преподаватели являются преимущественно из Киева, и, по обычаю тамошней Академии, преподают на латинском языке, сочинения пишутся на нем же, и Московская академия получает название латинских или славяно-латинских школ. Чувствовали потребность и в греческом языке, но чувствовали отвращение от греков, отвращение, которое не могло уменьшиться после знакомства с Лихудами. Нам уже известно поведение сына Иоанникия Лихуда, Николая; этот Николай дурно кончил в описываемое время: 20 апреля 1705 года великий государь указал: князь Николаю Лихудьеву, учиня ему наказанье бить плетьми, сослать в ссылку в сибирские в дальние города в службу, в какую годится, за то, что он в Преображенский приказ привел с ложным изветом грека игумена Венедикта на грека Ивана Бочю. Матвеев рекомендовал Головину греческого священника Серафима и по письму боярина отправил его в Москву. Любопытно письмо Матвеева Головину по этому случаю (февраль 1704 года): «Гречанина священника Серафима по вашему письму, дав ему на проезд денег, на вешних кораблях отправлю к Москве, потому что он, здесь и в Англии многовременно жив, в изрядных порядках означился, и в Англии многих своими трудами к греческому святому благочестию привел, и довольные книги на греческом языке выдал, также философии и богословии сильное искусство имеет. Греческого, турецкого, латинского, французского и английского языков совершенно сводом. Может такой человек надобный не только для дел турецких впредь, и для свободных наук учения в государстве великого государя всегда употребительным быть, а нрав и поведение его от природы бездельной греческой гораздо разнится, мню, больше для того, что он уже долголетно в сих краях европейских жил». Но и Серафим не получил места ни в Академии, ни в школе, основанной Глюком. За преобразование Академии сильно рассердился на Стефана иерусалимский патриарх Досифей. Напрасно Яворский писал ему, уверяя в своем православии; Досифей отвечал: «Несправедливо пишешь, что ты поборник восточной церкви, потому что, прохлаждаясь на одном обеде, где были и некоторые греки, ты опорочил восточную церковь насчет совершения таинства Евхаристии. И ныне, находясь в Москве, ты стер вконец еллинское училище и только о латинских школах заботишься. По нашему мнению, не может быть московский патриарх из греков, потому что лучшие греки хотят разделять страдания своего народа, а те, которые волочатся туда и сюда, особенно по России, хотя, быть может, и честные люди, но по образованию своему настоящие мужики. Не может быть патриарх из малороссиян или белорусов, потому что они, имея сношения с латинами, принимают многие нравы их и догматы. За примерами не нужно далеко ходить, довольно тебя, который, отправившись в латинские земли для снискания мудрости, принес хульные списания в дар воспитавшей и почтившей тебя восточной церкви. Зачем ты опасаешься обличать тех, которые приносят смущение в царствующий град (т.е. иностранцев)? Св. патриарх Иоаким, видя смущение церкви, с велим тщанием искоренял их, а ты молчишь!»
