После консилиума врачей Ханджян оперирован в 1 час. 30 мин. утра 10 июля 1936 г., и затем он умер, о чем имеется запись в операционном журнале. В то же время в акте вскрытия трупа Ханджяна от 10 июля 1936 г. указано, что он умер 9 июля 1936 года. История болезни Ханджяна в больнице не обнаружена, хотя на всех больных того периода они имеются (она могла быть изъята впоследствии из-за политического характера дела о самоубийстве Ханджяна; все-таки не каждый день в тбилисской горбольнице умирали столь высокопоставленные чиновники. — Б. С.). Указанные данные дают основание для предположения, что могла быть произведена фикция операции над трупом.
В больнице скорой помощи, куда был доставлен Ханджян, по имеющимся данным, находились Берия, Агрба, наркомздрав Грузии Мамаладзе, прокурор республики Вардзиели и главный врач больницы Киршенблат. Следует отметить, что Агрба, Мамаладзе и Вардзиели в 1937–1938 гг. были осуждены и расстреляны, а Киршенблат, осужденный к 10 годам лишения свободы, был расстрелян в феврале 1938 г. в Полтавской тюрьме по постановлению тройки УНКВД без всяких на то оснований. Охранники Саноян и Мкртчян арестовывались после смерти Ханджяна и освобождены через 1,5 месяца.
Акт вскрытия трупа Ханджяна был произведен не судебным экспертом-врачом, а паталогоанатомом Джорбенадзе. Указанный акт в 1955 г. Главной военной прокуратурой был направлен судебно-медицинским экспертам. Главный судебно-медицинский эксперт Министерства обороны проф. Авдеев М.А. дал заключение, что обнаруженная, согласно записи в акте, у Ханджяна на голове огнестрельная рана не могла быть нанесена выстрелом из пистолета "Лигнозе" калибра 6,35 (который имелся у Ханджяна), а нанесена она пулей револьвера калибра не менее 7,5 мм. В извещении Заккрайкома ВКП(б) было указано, что Ханджян застрелился из револьвера (а не пистолета).
В момент гибели Ханджяна в Заккрайкоме ВКП(б) в гор. Тбилиси находилась тройка КПК при ЦК ВКП(б) в составе председателя Короткова И.И. (умершего несколько лет тому назад), партследователя т. Ивановой и третий член тройки не установлен, но, по заявлению Ивановой, им был Синайский-Михайлов.
В своем заявлении в КПК и в показаниях, данных Главной военной прокуратуре, тов. Иванова сообщает, что 9 июля 1936 г. вечером она, Коротков и Синайский работали в здании Заккрайкома ВКП(б). Вдруг в кабинете Берия раздались 2 выстрела. Тов. Коротков бросился в кабинет Берия и долго там задержался. Не дождавшись Короткова, Иванова и третий член парттройки ушли в гостиницу, куда позже вернулся и Коротков. На расспросы Ивановой Коротков ответил, что "произошло ужасное", о чем будет известно завтра. На другой день утром они в газетах прочитали извещение о самоубийстве Ханджяна, и Коротков тогда заявил: "Иезуит Берия убил Ханджяна". Предложение Ивановой немедленно сообщить об этом в Москву Коротков отклонил, также запретил и ей делать это, сказав, что "история разберется". 11 или 12 июля 1936 г. они поездом выехали в Москву. В купе вагона Коротков, любивший рисовать, на бумаге нарисовал кабинет Берия, где на ковре лежал окровавленный Ханджян. Иванова этот рисунок уничтожила. Она предполагает, что Коротков, бывший очевидцем этого происшествия, изобразил на бумаге представившуюся ему в кабинете Берия картину.
Сообщение Ивановой об убийстве Ханджяна в здании Заккрайкома находит подтверждение в таком факте: маляр Гаспарян, ремонтировавший дом, расположенный напротив квартиры Ханджяна, 9 июля 1936 г. вечером услышал выстрел и, выйдя на балкон, увидел, как от подъезда дома, где была квартира Ханджяна, отъехала автомашина Берия.
Отсюда возникает версия, что Ханджян, застреленный в кабинете Берия, был доставлен на машине последнего на квартиру последнего, в квартиру и с целью инсценировки самоубийства был произведен выстрел. Через несколько минут Берия позвонил по телефону Ханджяну, и вошедший по этому звонку в комнату Ханджяна охранник Саноян обнаружил лежащего на постели окровавленного Ханджяна. Осмотром на месте бывшей квартиры Ханджяна установлено, что в его комнату имелся второй вход с лестничной клетки, минуя переднюю и комнату обслуживающего персонала, через комнату, которую тогда занимали Аматуни и Гулоян.
Как показала жена т. Ханджяна т. Винзберг Роза и охранник Саноян, Ханджян, уезжая 8 июля 1936 г. из Еревана в Тбилиси, взял с собой принадлежащий ему пистолет "Лигнозе" малого калибра, другого оружия с собой он не брал. Кроме того, Ханджян сказал ей, что в Тбилиси решительно поставит вопрос об освобождении его от работы в Армении ввиду травли со стороны Берия, и если ему откажут, то проедет далее в Москву, для чего взял с собой необходимые вещи. Таким образом, при выезде из Еревана у Ханджяна мысли о самоубийстве не было.
В ходе проверки главный судебно-медицинский проф. Авдеев М.А. высказал мнение о желательности эксгумирования черепа Ханджяна с проведением тщательного исследования.
Главной военной прокуратурой в период проверки были получены показания от Дэнуни Д.М. и Манукяна, проживающих в Ереване, о том, что, будучи арестованы в 1937 г., они находились во внутренней тюрьме НКВД Армении в одной камере вместе с арестованным профессором-хирургом Мирза-Аваковым, который в их присутствии, а также Вартаняна Григора и Карагезяна, рассказал о действительной причине его ареста. Как он заявил, в 1936 г., когда тело Ханджяна привезли в Ереван, Мирза Авакова вызвали для осмотра трупа; осмотрев голову Ханджяна, он обнаружил рану с левой стороны выше виска и что выстрел произведен с дальнего расстояния, в связи с чем Мирза-Аваков пришел к выводу, что Ханджян был убит, а не покончил самоубийством. О своем мнении Мирза-Аваков говорил Вартаняну Сергею и Манвеляну, и кто-то на него донес.
Как установлено в настоящее время Прокуратурой СССР, Мирза-Аваков числится "умершим в тюрьме", в настоящее время он посмертно реабилитирован".
Члены Президиума ЦК единогласно одобрили записку Комарова, содержавшую версию о том, что коварный Берия собственноручно расправился с героем-мучеником Ханджяном. Однако включить этот эпизод в доклад Хрущева XX съезду с разоблачением культа личности Сталина все же не рискнули. Ведь при ближайшем рассмотрении версия об убийстве Ханджяна оказывалась шита белыми нитками и вряд ли бы убедила в виновности Берии человека, хоть сколько-нибудь знакомого с перипетиями внутрипартийной борьбы 20-х годов и особенностями Большого Террора 30-х.
В записке Комарова всячески подчеркивалось, что почти все люди, причастные к делу о "самоубийстве" Ханджяна, умерли не своей смертью. Берия, мол, убирал свидетелей. Но человек, помнивший Великую чистку, сразу бы догадался, что люди, занимавшие такие номенклатурные должности, как прокурор Грузии или нарком здравоохранения республики, да еще принадлежавшие к старым большевикам, и без всякого участия Лаврентия Павловича имели очень мало шансов уцелеть. Что же касается доктора Киршенблата, то на его расстрел тройкой НКВД в Полтаве в феврале 1938 года Берия вообще повлиять никак не мог. Тогда НКВД возглавляли Ежов и Фриновский. У последнего же отношения с Лаврентием Павловичем были напряженными еще по совместной работе в Закавказье. Неужели стал бы Берия просить Ежова или Фриновского обязательно ликвидировать мало кому известного узника Полтавской тюрьмы как опасного свидетеля?
Обстоятельства же будто бы происшедшего убийства Ханджяна вообще выглядят сплошной фантазией. Не настолько горяч был Лаврентий Павлович, чтобы в пылу полемики застрелить оппонента в собственном служебном кабинете, да еще в тот момент, когда в соседней комнате работала комиссия КПК. Опытный чекист Берия, будь на то острая необходимость, организовал бы убийство главы армянских коммунистов поэлегантнее, замаскировав его под несчастный случай, и уж, конечно же, не в своем служебном кабинете и не своими руками.
Настораживает и то, что в записке Комарова почти все ссылки на прямых очевидцев преступления относятся к людям уже умершим к тому моменту, когда партийные органы и Главная военная прокуратура начали расследовать обстоятельства смерти Ханджяна. А уж версия с переноской трупа из здания Закавказского крайкома на квартиру Ханджяна выглядит как сцена из плохого боевика. Каким образом, интересно, Берия и его люди могли бы бесшумно затащить бездыханное тело в квартиру, так, чтобы это не услышали ханджяновские охранники. Как могли бы Саноян и Мкртчян не услышать, что к дому подъехала автомашина, тем более что автомобилей в Тбилиси тогда было раз два и обчелся. А если бы услышали и выглянули в окно, то стали бы опасными свидетелями, которых бы Берия постарался уничтожить при первой возможности, хотя бы тогда, когда сам возглавил НКВД. Бывшие же ханджяновские охранники благополучно пережили Лаврентия Павловича.
Предположение, будто для проникновения в комнату Ханджяна бериевские подручные воспользовались не комнатой охраны, а другой комнатой, где квартировали секретари армянского ЦК Аматуни и Гулоян, тоже не выдерживает критики. Получается, что тогда пришлось бы посвящать в столь щекотливые обстоятельства еще двух человек, один из которых к тому же стал преемником Ханджяна во главе коммунистов Армении.