Донские казаки, сбросив Годунова и посадив на престол Димитрии, возвратились домой, оставив для охраны царя небольшой отряд с Карелой. Но, как. пишет ак. Платонов, не успели казаки вернуться домой, как получили сведении, что царь их убит, и властью завладели бояре. Настроение казаков изменилось, и они заняли к новой власти враждебное положение. Однако, Шуйский, учитывая значение донских казаков в борьбе против Годунова, не только не раздражал их, но, как покажут дальнейшие событии, заискивал перед ними. Поэтому донские казаки в; первый момент поднявшегося мятежа против Шуйского участии в нем не принимали.
Восстание против Шуйского, как и против Годунова, началось в северских городах. В Чернигове и Путивле находились ссыльные князья Шаховской и Телятевский. Князь Шаховской, сговорившись с одним из поляков, начал распространять слухи, что Димитрий жив, и даже подыскал личность схожего с ним, некого Молчанова. Собрав народ в Путивле, Шаховской показывал нового претендента и утверждал, что в Москве изменники вместо Димитрия убили какого-то немца, и Димитрий жив и народ должен- восстать на Шуйского. Народ закричал: «Пойдем все на защиту своего царя Димитрия против Шуйского». Между тем Молчанов поехал в Польшу и поселился в Самборе в замке Мнишек, у мачехи Марины. Расправа в Москве с поляками, задержка послов и свиты Марины и около 500 человек в качестве заложников, вызвало сильное раздражение в Польше и поляки готовились какими угодно средствами отомстить Москве. Но к тому времени в самой Польше происходил общий «рокош». Поднялся мятеж против короля. Король оправился с мятежом и «рокош» был подавлен, но вмешиваться в новый московский мятеж у короля не было никакого желания. Центром мятежа против Шуйского становился Путивль, а за ним последовали: Моравок, Новгород-Северский, Стародуб, Ливны, Кромы, Белгород, Оскол и Елец. «В иных городах воевод побили, в других; посадили в тюрьмы, а другие сами отложились от Шуйского». Предводителем восстания был избран Истома Пашков, сын боярский. Он стал рассылать грамоты во все города и приглашать всех стать за Димитрия. В Москве тоже начались волнении против Шуйского, на домах некоторых бояр стали появляться надписи, что они предназначены быть убитыми Шуйским. По звону колоколов собирался народ на Красную площадь, неизвестно по чьему велению.
Шуйский для увещании в восставшие города послал митрополита Крутицкого Панфутия, но он ничего сделать не мог. Тогда Шуйский послал войско под начальством Воротынского Ив. Мих. и была послана грамота от имени инокини Марфы с уверением, что ее сын убит в Угличе. Грамоту эту в Елец повез ее брат, Нагой. Русские люди, наученные многими явными и тайными проделками Годунова и Шуйского и их клевретов, и тут подозревали обман.
Появление нового Димитрии так напугало Шуйского, что он посылал войска, говорил им, что они идут против немцев, а не мятежников. Обман этот вскрылся и при встрече с войсками мятежников, Новый Лжедмитрий (Молчанов) жил в Самборе. К нему явился Иван Болотников, бывший холоп кн. Телятевского. Он мальчиком был взят в плен татарами и продан в Турцию; работал в оковах на галерах, а затем был в числе немцев и венецианцев освобожден и появился в пределах России. Проезжая Польшу, Болотников познакомился с Молчановым, признал его за Димитрии, дважды спассшегося, и был им отправлен в Путивль к Шаховскому. Появление Болотникова в стане восставших; дало новый толчок движению. Болотников всех уверял, что он видел Димитрия и что он жив.
Шаховской дал ему отряд в 12 000 человек, Болотников отправился в Кромы и стал действовать, именем Димитрии. Движение Болотникова принимало характер революционный, он открыто встал на позицию освобождении крестьян от помещичьей зависимости. Он стал возмущать боярских людей против их владельцев, крестьян против помещиков, подчиненных против начальствующих, безродных против родовитых, бедных против богатых. В городах заволновались посадские люди, в уездах крестьяне. (Костомаров, стр. 50). Холопи разоряли дома своих господ, делили между собой их имущество, мужчин убивали, женщин забирали себе и т. д.
Против Болотникова Шуйский выслал с войсками кн. Трубецкого к Кромам. Войско Трубецкого разбежалось, путь на север к Москве был открыт и Болотников направился к Москве. К нему присоединились отряды Пашкова и рязанские дружины дворян Прокопия и Захарии Ляпуновых, мятеж охватил все московские земли. В нижегородской земле тоже поднялся мятеж. Восстала мордва и осадила Нижний Новгород. Повсюду города отлагались от Шуйского. В Астрахани мелкие люди были за Шуйского, но воевода Хворостинин приказал сбросить дьяка Карпова с раската и велел вооружаться за Димитрии не только русским, но и ногаям.
В народе распространился слух, что царь Димитрий на то идет, чтобы все перевернуть на Руси: богатые должны обеднеть, а бедные обогатеть. В пути к Москве к отрядам русских повстанцев присоединился отряд поляков, под командой Хмелевского. Соединившиеся отряды Болотникова, Пашкова и рязанских дворян имели общую цель восстановлении Царя Димитрии, но сами были совершенно различны по психологии. В середине октября 1606 года мятежники подошли к Москве и стали лагерем в селе Коломенском, грозя штурмовать столицу. Революционный характер отряда Болотникова оттолкнул от него дружины, имевшие характер земского движении и 15 ноября от него отделилось рязанское ополчение и перешло в Москву к Шуйскому. За рязанцами последовали боярские дети и стрельцы. В стан Болотникова москвичами была послана делегации, с требованием показать Димитрия. Отсутствие в войсках Димитрия вызвало в народе недоверие в его действительном существовании и бунтарский накал начинал спадать, в народе начиналось обратное движение.
Тверь, Ржев и другие города отпали от мятежа. Болотников 26 ноября решил сделать приступ на Москву. Пашков с отрядом стал в Красном селе с целью прервать сообщение Москвы с Ярославлем. Шайки Болотникова потерпели полное поражение. Пашков во время боя перешел на сторону Шуйского со 400 стрельцами и в Москве заявил, что при отрядах Болотникова никакого Димитрия нет. В числе отрядов, входивших в состав мятежников, был отряд казаков, который после разгрома Болотникова отделился от него и казаки предложили Скопину-Шуйскому присоединиться к нему, при условии гарантии жизни. Скопин согласился, казаки вошли в Москву, и царь Шуйский принял их всех на службу. Болотников бежал в Калугу. Калужане приняли его и решили бороться за Димитрия против Шуйского. Шуйский выслал войска к Калуге и в окраинные города. Осада Калуги продолжалась всю зиму, но безуспешно. Отряд Болотникова состоял из 30 000 мятежников и Болотников просил Шаховского прислать возможно скорее Димитрия. Молчанов же, принявший роль Димитрия, обеспечил себя материально, отказался от своей роли и блаженствовал в Польше.
В это время терские казаки, гулявшие по Волге, затем Доном и Северным Донцом прибывшие в Путивль к Шаховскому, заявили, что в их отряде имеется царевич Петр Федорович, сын Федора Иоанновича, подмененный при рождении девочкой, из-за боязни Годунова и отданный в воспитание своей матерью одному из своих родственников. Шаховской принял терцев и их царевича. Новый самозванец начал свою деятельность тем, что всех бояр, находившихся в Путивле, приказал уничтожить и с ними была произведена жестокая расправа. Появление царевича подняло настроение у мятежников и отряд казаков усилил нестройные толпы восставших крестьян. В Путивле появились отряды запорожских казаков. Шаховской решил перейти в Тулу и послал отряд на выручку осажденным в Калуге. Отряд этот встретил высланные против него войска под начальством воеводы Шуйского, разбил его наголову и подошел к Калуге. Осаждавшие, чтобы ускорить падение Калуги, решили зажечь ее. К городу были подвезены груды дров и вокруг города стали строить дровяной вал. Когда конец этого вала был доведен до города, то произошел неожиданно страшный взрыв деревянного вала. Дерево, люди, лошади полетели в воздух. В войсках поднялась неописуемая паника и все бросились бежать. Было брошено не только тяжелое оружие, но и одежда, пушки и ручное оружие. Осажденные выскочили и начали посекать бегущих. В Степенной книге говорится, что к восставшим перешло 15 тысяч. Один Скопин-Шуйский с полком, отступая, отбивался.
Болотников выступил из Калуги и перешел в Тулу, соединившись с Шаховским, где был и царевич Петр. Московское государство разделилось на два лагеря: в одном был царь и все, что считалось лучшим по роду, богатству и значению, и во втором — все обиженное и незначительное. В Москве было решено собирать войска, с которыми должен был выступить сам царь. Войска собирались в Серпухове. К этому времени на востоке дела приняли благоприятный оборот. Арзамас и Аладыр покорились Шуйскому. Нижний Новгород отразил нападение мятежников, покорились и другие города. Войска двинулись к Шуе, передним полком шел Скопин-Шуйский. Болотников выслал для преследовании отряд. Скопин разбил его и погнал в сторону Тулы. 30 июля войска Шуйского подошли к Туле и обложили ее.
