Самое жестокое наказание ожидало братьев Федора Никитича. Александра отправили в ссылку к Белому морю, где он очень быстро скончался по неизвестной причине, видимо, приставы попросту его убили. Михаила смерть настигла в земляной темнице в Ныробской волости около Перми. Его держали в обычной глубокой яме, едва прикрытой досками. Выжить в таких условиях в суровую зиму было попросту невозможно. Василия сослали в Пелым, и к месту заключения ему пришлось брести в тяжелых кандалах, которые так натерли ему ноги, что на них образовалась гангрена. В результате в феврале 1602 года он умер. Выжить удалось только Ивану, хотя он с детства страдал церебральным параличом. Возможно, приставы не решились создать для него нечеловеческие условия, поэтому он лишь тяжело заболел и по приказу царя был перевезен в Уфу. Там о нем стал заботиться племянник И. Б. Черкасский.
Ссылка самым роковым образом сказалась на жизни и здоровье родственников Романовых. Князь Б. К. Черкасский в тюрьме заболел камчугом (род проказы) и скончался. Вскоре эта же болезнь была обнаружена и у его жены, Марфы Никитичны. Князь И. В. Сицкий замерз по пути в Астрахань, куда был сослан; его жена Евфимия Никитична умерла от переживаний в монастыре.
У Ксении Ивановны от обрушившихся на нее бед и от разлуки с детьми и мужем начались нервные приступы, мучившие ее потом всю жизнь.
Следует отметить, что простые люди с большим сочувствием отнеслись к опальным. В Заонежье толвуйский священник Ермолай Герасимов и его жена ухаживали за ссыльной боярыней, передавали ей весточки от детей и мужа, хотя это и было строжайше запрещено. Но они понимали, что только добрые известия помогут Ксении — Марфе выжить в тяжелейших условиях.
Монахи Антониево-Сийского монастыря сделали жизнь Филарета вполне сносной. У него была отдельная келья, при нем жил слуга, который доставлял ссыльному еду и обслуживал его. Запрещалось лишь посещать церковную службу, чтобы нс иметь контактов с посторонними. Царь Борис боялся. что Романовы с помощью своих сторонников организуют против него заговор, поэтому требовал, чтобы они были изолированы от внешнего мира. Однако, как показало время, все его усилия оказались тщетными. Филарет был хорошо информирован о ситуации в стране и знал даже о самозванческой авантюре Лжедмитрия, не без основания полагая, что тот вызволит его из монастыря.
Сведения о гибели братьев Романовых и их родственников будоражили московскую общественность. Всем становилось ясно, что Б. Ф. Годунов не является продолжателем славных дел милостивого и справедливого царя Федора Ивановича, а хочет быть наследником яростного и жестокого царя Ивана Грозного. Эти настроения дошли до двора, и царь Борис решил смягчить участь опальных. Женщинам и детям позволили покинуть тюрьму и переселиться в село Клин Юрьевского уезда под надзор приставов. Там Ксения — Марфа наконец-то смогла обнять своих ненаглядных деток, Татьяну и Михаила, которые за годы невзгод выросли и исхудали. Даже их одежда превратилась в лохмотья, как у нищих.
Пролив немало слез при встрече, Ксения — Марфа стала требовать от приставов для детей побольше продуктов: молока, мяса, яиц и овощей. Но те побоялись сами расширить скудный рацион поднадзорных и обо всем сообщили царю. На этот раз Б. Ф. Годунов решил быть милостивым и повелел не только выдавать нужное количество продуктов, но и купить для всех материю на одежду. Сшить же ее женщины должны были сами.
Получив холсты и сукна для белья и верхней одежды, Ксения — Марфа с Марфой Никитичной и Анастасией тут же взялись за дело. Несмотря на знатное происхождение, они были искусными мастерицами. Вскоре все облачились во вполне приличные одеяния, украшенные не жемчугом и золотой канителью, а искусной вышивкой цветными нитками.
Совместная жизнь в деревенской глуши сдружила узников и надзирателей. Особенно добры были к опальным боярыням В. М. Хлопов и его жена. А дети все вместе зимой катались на салазках, лепили снеговиков и играли в снежки. Летом ходили в лес за грибами и ягодами, купались в реке, водили хороводы, забавлялись лаптой и салками. Крепкие и здоровые Хлоповы во всем опережали хрупкую Татьяну и робкого и неуклюжего Михаила. Но на них никто не обижался. Напротив, Михаил с восхищением наблюдал за бойкой хохотушкой Марией, племянницей В. М. Хлопова, у которой всегда был румянен во всю щеку, задорно блестели глаза и весь облик излучал искристое веселье. Эти детские впечатления навсегда западут в его душу и сердце и скажутся потом на выборе невесты.
Со временем улучшилась жизнь и Филарета. Ему обновили за счет казны обветшавшую одежду и позволили участвовать в церковной службе. Тайком монахи проводили к нему посетителей, которые рассказывали о важных событиях в стране: вторжении войск Лжедмитрия, вялых сражениях с ним армии царя и, наконец, о смерти в апреле 1605 года ненавистного царя Бориса. Опальный монах чувствовал, что скоро его жизнь переменится к лучшему.
Действительно, воцарившийся летом Лжедмитрий, изображая истинного царского сына, вернул из ссылки и приблизил к себе всех своих мнимых родственников, в том числе и Романовых. Филарет вновь оказался в Москве и через некоторое время был рукоположен в Ростовские митрополиты. Его брат Иван Никитич получил боярский чин и вошел в состав правительства самозванца. Вернуться в столицу было позволено и Ксении — Марфе с детьми и родственницами. Хотя она осталась монахинией, но, как опекунша малолетних детей, поселилась с ними в доме на Варварке. Все имения Романовых, ранее конфискованные, были возвращены и отданы под ее управление. Но вернуться к прежней счастливой жизни знатной и богатой боярыни Ксения — Марфа уже не могла. Ее семья была навсегда разрушена, бывший муж отбыл в свою епархию и уже не имел права проживать с ней в одном доме, дети так и не смогли оправиться от невзгод и росли довольно хилыми, собственное здоровье было подорвано.
Хотя многие представители знати догадывались, что Лжедмитрий не был настоящим сыном Ивана Грозного, для Романовых его правление было выгодным. Поэтому никто из них не принял участия в заговоре Василия Ивановича Шуйского, закончившемся 17 мая 1606 года свержением и убийством самозванца. Ксения — Марфа перемены на троне восприняла с большой тревогой, но вскоре оказалось, что ее опасения напрасны. Новый царь, стремительно вознесшийся на престол, не захотел портить отношения со знатью. Все пожалования и назначения Лжедмитрия были сохранены. Пострадали только поляки и низшие чины.
Филарет был приглашен в Москву для венчания В. И. Шуйского на царство. Стали ходить слухи, что именно его новый царь намерен возвести в патриархи взамен свергнутого Игнатия, главного потаковника Лжедмитрия. Пока же Филарету поручили привезти из Углича останки настоящего царевича Дмитрия, чтобы ни у кого не было сомнений в том, что свергнутый «царь Дмитрий» — всего лишь ловкий обманщик.
Филарет успешно справился с возложенной миссией — мощи царевича были обнаружены нетленными, что являлось доказательством его святости. С большим почетом их доставили в Москву и установили для всеобщего обозрения в Архангельском соборе. Свое заключение, сделанное в 1591 году в ходе следствия в Угличе о том, что Дмитрий случайно закололся во время припадка эпилепсии, В. И. Шуйский предпочел забыть, поскольку самоубийцы считались большими грешниками и святыми быть не могли. Теперь он поддержал версию Нагих о том, что царевича зарезали наемные убийцы, подкупленные Б. Ф. Годуновым. Дмитрия объявили новым святым мучеником и прославили по всей стране. Царь Василий надеялся, что это остановит тех, кто собирался поддержать новую самозванческую авантюру уже Лжедмитрия II. Однако в расположенных западнее городах, когда-то помогших Гришке Отрепьеву занять царский престол, многие были недовольны воцарением Шуйского и отказывались верить в святость последнего сына Ивана Грозного. Они были готовы сплотиться вокруг любого, кто бы начал борьбу с боярским царем.
Поэтому, когда летом 1606 года в Путивле появился бывший боевой холоп Иван Болотников, якобы от «царя Дмитрия», многие к нему примкнули и отправились завоевывать Москву.
