Еще в начале 1725 года Синоду было донесено, что в Псковском Печерском монастыре лежат на полу 70 икон со снятыми окладами и венцами, и в допросе показывали, что снимать венцы и оклады приказывал архимандрит монастыря Маркелл Родышевский, а Маркелла поставил архимандритом и судьею архиерейского дома Феофан. В 1725 году Феофану удалось замять дело — выручить своего клиента: но в начале 1726 года дело возобновилось, быть может, не без цели привлечь к нему и Феофана, оставшегося теперь главою нововводителей. Маркелл приехал в Петербург отвечать пред Синодом на обвинение, ходил к Феофану; однажды явился он к нему в большом страхе и рассказывал, что два раза встретил гвардейского солдата, который грозил ему: «Будем вас, федосовщину, за то, что ругаете и обираете св. иконы, с вашими начальниками скоро губить: помни это крепко! Вот скоро дождемся колокола, и будет вам!» Сначала Феофан старался успокоить Маркелла и, приписывая его ужас болезненному состоянию, призывал к нему доктора, но потом счел необходимым препроводить его для допросов в Преображенскую канцелярию. Поступок совершенно понятный: человек свидетельствует о приготовляющейся смуте; пусть он донесет об этом, где следует: ибо если Маркелл сам пошел бы с доносом в Преображенскую канцелярию и в допросе сказал, что объявлял об угрозах солдата преосвященному новгородскому, то последнего не поблагодарили бы. Феофан, впрочем, объяснял свой поступок тем, что убедился в притворстве Маркелла, отчего родился в нем страх, не знает ли и в самом деле он чего-нибудь подобного и не распускает ли этих слухов нарочно для смущения народа и для опечаления ее величества. Как бы то ни было, если понятен поступок Феофана, то понятно также, что Маркелл, отосланный в Преображенскую канцелярию человеком, от которого ждал только милости и защиты, сильно раздражался против Феофана и решился выпутаться из своего страшного положения и вместе отомстить Феофану и приобресть расположение и защиту его врагов доносом на новгородского архиерея.
В Преображенской канцелярии Маркелл показал, что он болен меланхолиею, которую навели на него слова двоих александроневских монахов; один сказал ему: «Бог знает, увидимся ли с тобою!», а другой говорил: «Я подарил тебе одну лютеранскую книгу, возьми у меня еще две такие же». Из этих слов Маркелл заключил, не грозит ли беда некоторым синодальным членам за их противности к церкви, и боялся, не взяли бы и его понапрасну, потому что он о противностях к церкви некоторых синодальных членов знает и объявит, где будет приказано. Меланхолия напала на него еще и оттого, что шел за ним какой-то унтер-офицер, бранил бывшего архиерея Федоса за иконоборство и, обратившись к нему, Маркеллу, сказал: «Вы и ваши начальники такие же иконоборцы и церкви противники, потому что против Федоса ни в чем не спорили, помните, что за это скарает вас бог». На другой день гвардейские солдаты, указывая на него, говорили: «Это все федосовщина; хорошо бы всю федосовщину истребить». Маркелл объявил и о разговорах своих с Феофаном политического содержания. Однажды Феофан говорил ему: «Государыня императрица благоволила немного ошибиться в том, что светлейшего князя изволила допустить до всего, за что все на него негодуют, так что и ее величеству не очень приятно, что она то изволила сделать. Поистине говорю, что я наипаче ее величество и на престоле всероссийском утвердил, а то по кончине его императорского величества стали было иные насчет этого прекословить. А ныне многие негодуют, особенно за светлейшего князя, что ее величество изволила ему вручить весь дом свой, и бог знает, что будет далее. Подождать мало: вот в скором времени у нас произойдет что-нибудь великое; про ее императорское величество говорят и то, что она иноземка и лютеранка. Когда императрица изволила смотреть строю, и в то время чуть ее из ружей не убили дважды, и пулею убило человека, который был от нее в полусажени, из чего видно, что многие ее величеству не благоприятствуют; только один, кажется, верен — граф Толстой, но и тот, как все вознегодуют, к ним же приклонится; и то захотелось ей жеманиться, да отнюдь не пристало, потому что вот на нее какие замахи; а воинство муштровать есть на то генералы, а не ее дело». При нем, Маркелле, был у Феофана александроневский архимандрит и говорил: «Вчерашнего числа был у нас в монастыре светлейший князь и пел молебен». Феофан, покачав головою, сказал на это: «На что бога обманывать: он самый недобрый человек, многим зло делает, а показывает себя богомолом и молебны поет». Спрошенный, кто именно синодальные члены и какие противности к церкви имеют, Маркелл представил обличение на Феофана в неправославных мнениях и указал на людей, которые разделяют эти мнения, между прочим на известного проповедника Гавриила Бужинского. Между тем в Синоде продолжалось дело о Маркелле, и явилось на него новое обвинение: между его вещами нашли епитрахиль и пелену со споротыми жемчугами. Синод прислал в Преображенскую канцелярию вопросные пункты Маркеллу, и тот отвечал, что он обирал жемчуг с епитрахили и пелены по приказанию Феофана.
Императрица по докладу Тайной канцелярии приказала потребовать объяснения от Феофана. Феофан представил объяснения. Ему легко было написать, что Маркелл оклеветал его относительно «непристойных слов»; но некоторым, особенно Меншикову, трудно было поверить, что Маркелл все это выдумал. Феофан дал такой смысл своим речам о государыне и Меншикове: «Когда мне сказал страхование свое и слова мятежные Маркелл. тогда, отводя его от оного страха или мечтания, говорил я, что солдат, который будто на него и прочих кричал и угрожал мятежом и сечением, был некто от малконтентов; таковый (молвил я), ярости полный, увидя тебя и дело твое об окладах иконных слышав, яд гнева своего на тебя изблевал. На пример же малконтентов, воспомянув о письме подметном и о выстреленной пуле на экзерциции, и приложил и сие, что, может быть, некии ярятся и на князя светлейшего за превосходство его: все же то сказал я вкратце и не к бесчестию князя светлейшего, и не к поношению ее величества, но просто к его (Маркеллову) утешению, понеже сей лукавец притворял себе великий страх и трепет. Нерядовой же и клеветник, который слово похвальное переделать умеет на ругательное. Он и предики мои похвальные перетолкует на хульные. Воспоминаю, какова известная моя и к ее императорскому величеству, и ко всей ее величества высокой фамилии, и ко всему Российскому государству верность: ибо не токмо никто и никогда ни в деле, ниже в слове моем никакой не мог признать противности, но и многими действиями моими должная моя верность свидетельствована стала. Свидетельствуют о ней многие мои проповеди и не едина книжица изданная, в которых тщательно и многократно поучаю, как верни поддании и послушливы должны быть государям своим; свидетельствуют иные мои сочинения, которыми, как ни есть, по силе моей славе их величества послужил я.. То ж свидетельствуется и от прошлогодского дела о Феодосии. А еще в прошлых 1708 и 1709 годах, когда Мазепина измена была и введенный оною в отечество неприятель, — каков я тогда был к государю и государству, засвидетельствует его сиятельство князь Дмитрий Михайлович Голицын. Но паче всего каковое о моей верности свидетельство блаженные и вечнодостойные памяти государь император неоднократно произносил, их сиятельству высоким министрам известно. А о Маркелле. как к плутовству охотный он, все ведают, кто его изблизка знает: и в прошлом 1718 году, когда он тщался клеветою погубить преосвященного Феофилакта, тверского архиепископа, его величество государь император, яко премудрейший государь, и слушать не похотел».
Ссылкою на свидетельство Петра Великого Феофан начинает защиту свою против обвинений в неправославии: «Известно всем. что я поучений никогда не говорил, разве в присутствии множества честных людей, но и самого императора. Смотри же, благорассудный, как беснуется Маркелл: всех честных людей без всякого изъятия в дураки ставит. Сам Петр Великий, не меньше премудрый, как и сильный монарх, в предиках моих не узнал ереси, а в преблаженной кончине своей и с лобзанием принимал сие мое учение (об оправдании верою), которое Маркелл ересью нарицает. Известно же нам, что тот же монарх две предики Маркелловы в Кронштадте, яко безумные и хульные, обличил, а в моих не усмотрел, что усмотрел Маркелл. Что же надлежит до моих книжиц, первую (о отроческом наставлении) апробовал императорское величество, и как именным указом его сделана, так его ж величества указом везде разослана, и повелено из нее учить детей российских; а книжицу „О блаженствах“ его ж величество в Низовом походе прочел и на письме своем своеручном прислал об оной книге таковое в Синод свидетельство, что в ней показуется прямой путь спасения. Кто ж не видит, коликое Маркеллово дерзновение? Кто бо не видит, что он терзает славу толикого монарха?»
