Пользуясь моментом, Бонапарт передаёт командование армией генералу Клеберу. Его корабль плывёт с востока, в лучах восходящего над Францией солнца. Над коалицией сгущаются тучи, но она это ещё не знает, а пока переходит от совместных боевых действий к склокам и распрям. Оторванный от России, испытывающий недостатки со снабжением, не любящий австрийцев Суворов даёт волю своему характеру.
Наступил сентябрь, новый перелом в истории.
Начало месяца вполне благополучно. Пока Бонапарт "болтается" в море, прячась от английских кораблей, в Европе австрийцы одерживают трудную победу у Мангейме, но пришедшие на усиление французам части генерала Массена начинают теснить части эрцгерцога Карла. Австрийцы отступают, не имея возможности оказать поддержку северному наступлению. Более того, кампания под угрозой, т.к. в случае поражения центральной группировки, дорога на Вену вновь открыта. Свежие части из России под командованием генерала Римского-Корсакова, шедшие на соединение с Суворовым, отправлены на подмогу частям эрцгерцога. Однако под ударами французов, Карл отступил, не дождавшись российских войск и не проинформировав их об этом. В итоге, когда Римский-Корсаков пришел в назначенное место под Цюрихом, там уже были французы. Российский корпус, находящийся на марше, был атакован. Несмотря на упорное сопротивление в двухдневной битве он был полностью разбит. Множество солдат и офицеров попали в плен. На общем фоне кампании, это выглядит катастрофой. (Практически во всех французских источниках этот бой преподносится, как победа над самим Суворовым).
Однако это только начало.
На севере Европы англо-русские части, пытавшиеся развить преимущество и перейти в широкое наступление, терпят поражение частям генерала Брюна под Берженом. Российский командующий генерал Герман попадает в плен. Сменивший его Эссен отступает с остатками частей на Харлем, где попадает в засаду. Северное наступление гаснет.
Австрийцы в спешке пересматривают план кампании и вновь требуют помощи непобедимого Суворова на главном направлении. Суворов, несмотря на выгодное положение - путь на Ниццу и Тулон свободен, дорога на Лион защищена слабо вынужден оставить занятые в Италии позиции австрийцам, а сам с 20000 отрядом, с боем начинает движение в Швейцарию, по маршруту, разработанному в австрийском штабе.
В конце сентября русские отряды добиваются новых побед. 30 сентября русская армия занимает Рим. Немногочисленный российский отряд капитана 2-го ранга Г. Г. Белли принимает капитуляцию французского гарнизона, понимающего бессмысленность сопротивления. Восторженный Павел со словами: "Этот капитан хотел меня удивить, ну так я удивлю его", награждает Белли орденом, предназначенным только для высших офицеров. Положение Ушакова абсолютно стабильное. Его десанты вступают в Мессину и Ливорно. На севере новый командующий, эстонский барон Эссен, перегруппировывает армию и наносит поражения французам под Алкмаром и Бевервейком, а некоторое время спустя занимает Бержен, за что получает Мальтийский крест и чин генерал-лейтенанта. Австрийская армия побеждает при Мангейме.
Общая картина такова - после успешных действий, французы откатываются из Голландии. На Средиземноморье потеряны все стратегические пункты и один за одним падают гарнизоны в Италии, на помощь эрцгерцогу Карлу идёт Суворов, сдаться которому считают за честь и судьба кампании ещё совсем не ясна. Однако власть в Париже уже потеряла силу. И наступает октябрь.
9 октября Бонапарт прибывает во Францию и начинает свой триумфальный путь в столицу. Франция с надеждой встречает долгожданного "спасителя", последнего из генералов, не знающего поражений. Через неделю он прибывает в Париж.
В Италии Суворов с тяжелыми авангардными боями (командир авангарда Багратион) пересекает перевал Сен-Готард и переходит Чёртов Мост (сейчас здесь высечен в скале православный крест и в честь 200-летия событий, установлен памятник Суворову). Однако здесь обнаружилось, что в австрийском плане есть ошибка и отсюда дальше дороги нет. Осуществив переход через горный хребет по бездорожью с пушками и обозами, армия вышла, наконец, в Муотенскую долину, но там вместо австрийцев их уже поджидали части Массена. Австрийцы отошли, не дождавшись русских частей на марше, подставив их под пушки неприятеля. Армия попала в мешок. Без снабжения, без продовольствия, с ранеными и пленными на руках.
Суворов в своей жизни не проиграл ни одной битвы, и только он знает, какой ценой это было достигнуто. Он не проиграл и эту. Бросив обозы, пленных и оставив раненых "на милость французов" в городе Гларис, армия под командованием своего генералиссимуса осуществила знаменитый переход через Альпы. Преодолев ледник Прагель и перевал Паникс (высота более 2,5 тысяч метров) остатки армии, числом только 6 тысяч человек вышли в долину Рейна и вдоль реки вышли в Вадуц (ныне столица Лихтенштейн).
Это был не первый звонок, Суворов отказался продолжать кампанию. Соответствующие рапорта от него, его генералов, русского представителя в австрийском штабе графа Толстого и эмоциональное письмо от царевича Константина, также участвовавшего в походе, полетели к царю.
На севере тем временем, французские войска будущего маршала Империи Гийёма Брюна контратакуют и вновь разбивают, не сумевшие договориться о согласованных действиях, англо-русские войска под Берженом и Алкмаром. Северная компания проиграна. Английское командование заключает перемирие. Французы отпускают пленных, и союзные войска уходят с суши, флот прекращает блокаду.
На юге дела вполне успешны. Австрийцы удерживают позиции, захваченные Суворовым. Ушаков и Нельсон полностью контролируют Средиземноморье. Продолжается блокада Генуи. В начале декабре её займёт десант под командованием контр-адмирала Пустошкина.
9 ноября (18 брюмера по революционному календарю) происходит знаменитый государственный переворот, провозгласивший Консулат и Наполеона Бонапарта первым консулом. Он взял власть. История сделала очередной зигзаг. Первое что он сделал - послал царю письмо с выражением дружбы. Затем без всяких условий были освобождены все русские военнопленные. Все они были переодеты в новую, специально сшитую для этого форму и отправлены в Россию за счёт французского правительства. Позиции Франции были слабы и царь, видя это, колебался до конца 1800 года, понимая, что итог войны зависит от позиции России. Что бы умерить его колебания, Первый консул заявил о передаче Мальты России.
1800 год. Павел I, настроенный против Англии и Австрии раппортами Суворова, а также напуганный либеральными мыслями своих офицеров, которые настолько стали проникать в русскую армию, что адмирал Ушаков провозгласил Ионические острова Республикой, объявил о выходе России из коалиции. Судьбы Европы пали к ногам будущего Императора.
Суворов, вместо триумфа, встретивший на родине новую опалу, да и переход через Альпы не прошёл бесследно для здоровья, умер в Петербурге 18 мая.
Российские войска были выведены из Европы. Ушаков передал все занимаемые позиции Англии, что ей не помешало так же, прихватить Мальту. А после заключения дружбы России и Франции, отказаться от её возвращения России в ответ на аннексию французами Пьемонта. В оставленную Геную вошел Массена, который вскоре, узнав о смерти Суворова, скажет, что отдал бы все свои победы за один его швейцарский поход.Попытка Франции заключить мир с Турцией, прервана после удачи Клебера в Гелиополисе у Каира. Бонапарт не разговаривает с побеждёнными.
В мае начинается новое французское наступление. Армия Моро наступает в Баварии. А в северную Италию во главе войска входит сам Бонапарт. Он идёт через Милан, по той же дороге, которой он шел к славе четыре года назад, несмотря на то, что австрийцы у него в тылу занимают Ниццу и, оставленную Массена, Геную.
В июне он проиграл битву при Маренго, однако её исход чудесным образом решается в пользу Бонапарта, благодаря приходу корпуса генерала Дезе, нарушившего приказ и прекратившего движение на позиции в другом районе. Французы возвращают победу, но сам Дезе погибает. Подхвативший удачу Наполеон наступает на австрийцев, уже празднующих победу. (Аналогичная ситуация возникнет при Ватерлоо, где маршал Груши, командующий другой группой войск, не решится на самовольство и Наполеон проиграет, не получив подкрепления). Плюс к этому - натиск Моро в Баварии, и Австрия подписывает в Алессандрии с Первым Консулом соглашение о прекращении боевых действий в Италии.
Чуть позже начались мирные переговоры. Австрия, оставшаяся без российской помощи, была готова к перемирию, однако из-за английских субсидий не могла окончательно прекратить войну.
В сентябре генерал Макдональд начинает новое наступление и занимает Швейцарию и Тироль, Мюрат идёт на Неаполь, Брюн наступает в Ломбардии. В начале декабря Моро разбивает эрцгерцога Иогана при Гогенлиндене, взяв 25 тысяч пленных. Война кончилась, Австрия просит о мире.
