Страдания, горе и смерть принесли фашистские захватчики. В первые же дни оккупации без следствия и суда оккупанты начали массовые расстрелы коммунистов, комсомольцев, членов исполкомов местных советов, передовых рабочих, колхозников и крестьян. В Дубоссарах расстреляны К. Бочилэ, А. Гурий, Г. Мустяцэ, К. Наскевич, Я. Сэрэряну. В Калараше убиты Т. Арапан, Д. Булгару, Л. Ляху, А. Розенберг. 33 человека сельского актива уничтожено в Сорокском районе республики. Тысячу человек, в том числе женщин и детей, расстреляли фашистские изверги 8 июля 1941 года в Маркулештах Сорокского уезда, 300 человек в селе Климауцы, свыше 500 человек в Кирпичной слободке г. Тирасполя. За три года фашистской оккупации истреблено свыше 63 тысяч граждан Молдавской республики.
Агенты сигуранцы, прибывшие на территорию Молдавии вместе с фашистскими войсками, привезли с собой заранее составленные списки участников революционного подполья Бессарабии и советского актива. Эти списки пополнялись кулаками, буржуазией, священнослужителями и молдавскими буржуазными националистами. В Оргеевском уезде кулаки передали список на 19 советских активистов, которые были расстреляны. В селе Гринауцы по доносу националистов было расстреляно 89 человек. В городе Резине по доносу и с помощью кулаков расстреляно 350 человек. В Сорокском районе поп Урыту выдал оккупантам сельский актив во главе с председателем сельсовета С. Алексей, а в Атакском районе священник Раза не только предал советских патриотов оккупантам, но и сам принимал участие в их допросах и избиениях.
Румынская сигуранца с первых дней своей гнусной деятельности на территории Молдавии берет на учет не только советский актив и комсомольцев, но и членов ДОСААФ, Красного Креста, тех, кто был сфотографирован во время демонстраций, произносил речи на собраниях и митингах, чьи заметки были опубликованы в республиканской и районной печати, устанавливает за ними слежку. Приказом И. Антонеску от 14 сентября 1941 года были объявлены подозрительными «все русские и все, кто находился на службе при большевиках».
Вслед за войсками оккупантов в Молдавию потянулись бежавшие в Румынию после 28 июня 1940 года помещики, буржуазия. Возвратились и бывшие вожаки местных организаций фашистских и профашистских партий, которые совместно с находившимися на территории Молдавии бывшими членами этих партий проводили антисоветскую агитацию, запугивали население, организовывали еврейские погромы и издевались над русским населением. Они выдавали оккупантам советский актив. Бывший секретарь партии кузистов одного из сел выдал оккупантам сельский актив. Бывший царанист передал военной комендатуре список членов сельского совета и актива села с просьбой расстрелять указанных лиц[8]. Бывший активный член кузистской партии Кодук в начале июля 1941 года на территории Корнештского района организовал антисоветскую банду, которая только в местечке Валя-луй-Влад в июле 1941 года зверски уничтожила более 100 человек, сожгла 142 дома[9].
Массовый террор усиливался с каждым днем. Оккупантами издавались многочисленные приказы, которые, как правило, заканчивались словами: «Будут расстреляны», «Будут наказаны». Фашистские изверги рыскали по городам и селам, хватали всех, кто казался им подозрительным. За годы оккупации более 207 тысяч жителей Молдавии было подвергнуто пыткам и истязаниям.
Невыносимый террор сопровождался ничем не прикрытым грабежом. Точно голодная стая волков, накинулись фашистские оккупанты на народное добро. За время оккупации по далеко не полным данным из Молдавии вывезено свыше 417 тысяч тонн зерна и муки, около 24 тысяч крупного рогатого скота и лошадей, свыше 200 тысяч овец и коз, 93 тысячи свиней, оборудование фабрик, заводов, МТС, разграблены культурные учреждения республики. Это был грабеж, организованный оккупационной администрацией. Но грабили и фашистские воинские части. В докладной записке начальника генерального штаба румынской армии, подписанной генералом Мазарини, указывается: «Необходимо из местных ресурсов удовлетворять потребности армии: брать на месте все, что надо, что есть, брать без всяких церемоний». Фашистские вояки и чиновники оккупационной администрации грабили не только для армии и фашистского государства, но и в целях личной наживы. В указанной докладной записке генерал Мазарини писал: «Повсеместно можно наблюдать повозки и грузовики, наполненные вещами, не имеющими отношения к военным действиям (мануфактура, гражданская одежда, мебель, домашняя утварь, посуда и другие хозяйственные предметы, взятые у местного населения)». Один из первых фашистских военных комендантов города Кишинева Думитреску отправил к себе домой 7 вагонов награбленного имущества.
Стремясь вытравить из памяти народа сам факт создания МССР, фашистские захватчики лишили молдавский народ государственности. Молдавия была расчленена на две части. Правобережные районы Молдавии вместе с Измайловской областью УССР включены в губернаторство «Бессарабия», созданное приказом главаря фашистской Румынии И. Антонеску от 19 июля 1941 года с центром в городе Кишиневе, а левобережные районы республики — в состав губернаторства «Транснистрия» (Заднестровье), созданное приказом от 19 августа 1941 года с центром сначала в г. Тирасполе, а затем в г. Одессе. Основные посты в оккупационной администрации занимали румыны в основном из офицеров запаса румынской армии. Губернатором Бессарабии стал кровавый палач Татарбунарского народного восстания генерал Войкулеску. Префектами уездов назначались полковники запаса румынской армии. На службу в оккупационную администрацию привлекались молдавские буржуазные националисты, кулаки и другие антисоветские элементы.
Однако, передавая Молдавию и ряд районов Украины фашистской Румынии, гитлеровцы, считая своих румынских союзников неспособными организовать производство для максимального использования экономики оккупированных районов в интересах войны, в городах и крупных населенных пунктах ставили своих комендантов, чиновников, направляли туда различных «советников», «экспертов», создавали консульства, комендатуры, которые следили за румынской администрацией.
Фашистские оккупанты в правобережных районах ликвидировали созданные в 1940–1941 годах колхозы, совхозы, МТС. Часть их имущества была передана помещикам, а часть вывезена в Румынию.
В одном из приказов оккупантов прямо указывается, что «…все трудовое население от 12 до 70 лет считается мобилизованным». Фашистский диктатор И. Антонеску требовал от своих ставленников на оккупированной территории «…выгонять людей на работу кнутом… если крестьянин не выходит на работу — выгоняй его пулей». Принудительный труд, о котором начали забывать трудящиеся правобережных районов, снова вернулся. Колхозы левобережных районов для удобства ограбления были превращены в так называемые «общинные хозяйства», а совхозы в «государственные фермы».
На территории республики были закрыты все высшие, специальные средние учебные заведения и большая часть средних общеобразовательных школ. На трудящихся легло тяжелое налоговое бремя. Фашистскими оккупантами установлено более 30 видов различных налогов и сборов.
В многонациональной республике, где наряду с молдаванами проживало значительное количество украинцев, гагаузов, болгар, русских, евреев, фашистские оккупанты с помощью молдавских буржуазных националистов пытались посеять рознь между народами. С этой целью они выселили евреев из правобережных районов Молдавии в «Транснистрию» и заключили их в гетто, предприняли переселение на территорию республики молдаван из других оккупированных областей СССР, а русских, украинцев из Молдавии. И. Антонеску на заседании правительства открыто ставил вопрос о необходимости избавиться от «нацменьшинств»: украинцев, болгар, гагаузов на правобережье Молдавии. За счет «освобождающихся» земель оккупанты пытались насадить на территории республики колонистов — румын, главным образом офицеров, награжденных высшими фашистскими орденами. В левобережных районах Молдавии оккупанты планировали восстановить частную собственность на землю, отданную Советской властью в вечное пользование колхозов. Фашистские захватчики запрещали населению Молдавии разговаривать на родном языке. В учреждениях и общественных местах висели объявления: «Разговаривать только по-румынски».
Массовые репрессии только увеличивали ненависть трудящихся к оккупантам. На оккупированной фашистскими захватчиками территории Молдавии начинали свою деятельность партизанские группы, подпольные организации. Но отсутствие централизованного руководства и связи с ЦК КП(б) Молдавии сказывалось на развитии борьбы трудящихся против оккупантов. Действия партизан и подпольщиков носили разрозненный характер.