Башкин и единомышленники его были заточены по монастырям. Из последователей его-белозерский монах Федосий Косой и какой-то Игнатий были схвачены в 1555 году и заключены в монастырь в Москве, но бежали в Литву, женились там и продолжали проповедовать на свободе свое учение; это учение состояло в том, что божество не троично, что Христос простой человек, что все внешнее устройство церковное не нужно. Артемию, несмотря на строгий надзор, также удалось бежать из Соловок в Литву. Есть еще известие о соборе по поводу ереси Давыда, архиепископа ростовского в 1582 году; этот Давыд выставлен соумышленником Антония Поссевина, который сам приводится на собор, излагает странное учение, совершенно сходное с учением Давыда, и опровергается царем Иоанном. Но известие о Поссевине явно выдумано: царь не мог говорить с ним так, как представлен говорящим на соборе; притом, если б было что-нибудь подобное, то известие о нем сохранилось бы в статейном списке; это сочинение вроде переписки царя Иоанна с турецким султаном, попадающейся в некоторых сборниках.
С православным Востоком по-прежнему происходили постоянные сношения. В 1543 году дата была грамота старцам Афонского Пантелеймонова монастыря, по которой они везде в областях Московского государства пропускались свободно, не платя никаких пошлин, получая корм и подводы. В 1547 году митрополит Макарий писал окружное послание о вспомоществовании старцам Пантелеймонова монастыря, пришедшим в Москву за милостынею. Также бил челом царю Паисий, игумен Афонского болгарского монастыря Хиландаря, что им от даней султановых истомы великие и от греков обиды большие: государь бы их пожаловал, послал об них свою грамоту к султану, чтоб тот от даней их пооблегчил и от греков оборонил. Царь исполнил просьбу, послал грамоту к султану. В 1545 году александрийский патриарх Иоаким писал Иоанну, ходатайствуя об освобождении Максима Грека, неправедно заточенного: «Так православные христиане, — пишет Иоаким, — не поступают с бедными людьми, особенно с иноками, и несправедливо держать человека силою и оскорблять; нехорошо верить всякому слову, всякому писанию без испытания. Я никогда не писал к тебе, ничего не просил: так не оскорби меня теперь, не заставь писать вторично, ибо я не перестану писать к тебе, пока просьба моя не будет исполнена».
В 1556 году приезжал в Москву Иоасаф, митрополит евгрипский, с грамотою патриарха византийского: отпустивши его в следующем году, царь отправил с ним грамоту к патриарху Иоасафу, в которой просил о соборном благословении на свое царское венчание. При этом послано было патриарху соболей на 2000 золотых. Просимая грамота была прислана в 1562 году: в ней собор восточных святителей признает Иоанна достойным царского имени, потому что он ведет свое происхождение, от царицы Анны, сестры самодержца Василия Багрянородного, и потому что царь Константин Мономах послал с ефесским митрополитом царскую утварь великому князю Владимиру, который и был венчан на царство.
По смерти царицы Анастасии, брата царского, князя Юрия Васильевича, царевича Иоанна посылались патриархам, на Синайскую, на Афонскую горы, нищим цареградским богатые милостыни. К константинопольскому патриарху посылались из Москвы молодые люди учиться греческому языку: к патриарху Дионисию в 1551 году отправлен был паробок Обрюта Михайлов Греков; царь писал патриарху: ты бы велел его у себя учить грамоте греческой и языку; а если тебе у себя его научить нельзя, то отошли его на святую гору Афонскую, в наш монастырь св. Пантелеймона. После Обрюты посланы были учиться двое паробков-Ушаков и Внуков; патриарх жаловался, что учить их очень трудно, потому что они уже велики, а пристращать их нельзя: как бы к туркам не бежали.
В то время, как русская церковь на востоке, в Московском государстве, распространялась вместе с распространением пределов этого государства, на западе в литовско-русских областях происходило явление противное: здесь русская церковь вместо приобретения новых членов теряла старых, сначала вследствие распространения протестантских учений, потом вследствие католического противодействия, главными двигателями которого были иезуиты. Кроме того, нахождение под властию иноверного правительства, если еще не явно враждебного, то равнодушного к выгодам русской церкви, не могло обеспечивать для последней спокойствия и наряда. После уничтожения галицкой митрополии название галицкого митрополита было присоединено к титулу киевского митрополита, и галицкая епархия находилась поэтому в непосредственном заведовании последнего, который назначал в Галич своего справцу (прикащика, наместника). Но в то же самое время право назначать наместника для управления православною галицкою церковью имел католический львовский архиепископ, в силу грамоты короля Сигизмунда I, данной в 1509 году. Таким образом, наместник галицкий для отправления своей должности должен был получить согласие православного киевского митрополита, католического львовского архиепископа и подтверждение королевское. В сороковых годах описываемого века справцею митрополичьим в Галиче был Сикора, возбудивший своим поведением негодование епархии. Галичане послали к митрополиту Макарию просьбу, чтоб дал их в опеку Лаврентию, епископу перемышльскому; но митрополит назначал к ним справцею священника Гошевского, написавши, впрочем, к галичанам, что могут не принимать его, если он им нелюб. Новый справца действительно не полюбился галичанам, и они послали опять к митрополиту челобитную: «Мы все сообща жители Русской (Галицкой) и Подольской земли не посылали к вашему святительству попа Гошевского и не выбирали его, и теперь никто из нас, великий и малый, богатый и убогий, не хотим иметь его справцею, точно так же как и Сикоры, потому что при Сикоре было большое безнарядье, тяжести и непослушание к вашему святительству; то же было бы и при попе Гошевском, или еще хуже; и так как ваше святительство к нам писали, чтоб мы выбрали доброго человека и к вам послали, то мы все духовные, шляхта, мещане и все поспольство, от больших и до меньших, выбрали Макария Тучапского, мещанина (горожанина) львовского и покорно просим ваше святительство благословить его к нам в наместники». Митрополит исполнил их просьбу, новый наместник начал действовать к общему удовольствию; но старый справца Сикора, подбившись к католическому архиепископу львовскому, стал получать его против Макария, как избранного не с его архиепископского согласия; архиепископ настоял у короля, чтоб назначена была комиссия для обсуждения поступков Макария и королевскими листами позвали последнего к суду комиссара; Макарий должен был явиться на этот суд в сопровождении большого числа обывателей Галиции и Подолии, которые должны были свидетельствовать в его пользу; как обыкновенно водилось, Макарий и его свидетели должны были потратить при этом много денег; но деньги не помогли, и Макарий перенес дело к королю на сейм. Король решил дело в пользу архиепископа: на основании старых Ягайловых привилегий подчинил ему православное галицкое духовенство, которое изъял из ведомства митрополита киевского и его наместника; Макарию грозило вечное заключение, но галичане, посредством двух панов, нашли доступ к королеве Боне, имевшей большое влияние над своим мужем. Король и королева не постыдились взять с галицкого духовенства посул — 200 волов; привилегия, данная католическому архиепископу, была разодрана и обещана была привилегия Макарию, как скоро 200 волов будут доставлены. Но этим дело не кончилось: когда король приехал в Львов, Макарий дал ему 50 волов, за что получил приказание приезжать в Краков за привилегией; но перед самым выездом короля из Львова архиепископ опять упросил его отдать в его ведомство русское галицкое духовенство; Макарию опять, следовательно, нужно было приниматься за волов: 110 волов роздал он королю, королеве и панам и получил вторично приказание ехать в Краков за привилегиею. Макарий поехал и долго жил в Кракове, но привилегии не получил: король отложил дело до сейма, на который Макарий должен был приехать. Макарий отправился, без малого год выжил в Кракове и добыл наконец привилегию «с великою бедою, накладом и трудом»; галицкое духовенство должно было заплатить еще 140 волов. Но и этим дело не кончилось: когда Макарий возвратился из Кракова, архиепископ прислал к нему писаря своего, приказывая ему с угрозами, чтоб стал перед ним и с привилегиями. Макарий сам не пошел и привилегий не отослал к нему. Тогда архиепископ сказал: «Пока жив, не отстану от этого дела; Русь должна быть в моей власти, король не мог без меня порешить иначе». Он послал к королю жалобу на Макария и хотел вытребовать его на сейм. Тогда галичане немедленно отправили Макария в Киев к митрополиту с просьбою посвятить его в епископы, потому что ему, как владыке, нечего уже будет больше бояться архиепископа и всех бискупов католических; Макарий поехал в Киев в сопровождении многочисленной толпы своих русских: боялись за его жизнь, ибо архиепископ несколько раз приказывал убить его. После, между 1569 и 1576 годом, видим в Галиче явление подобного же рода: галицкий владыка, Марк Балабан, перед смертию с позволения королевского передал владычество сыну своему Григорию Балабану; но католический львовский архиепископ, Шломовский, объявил королю, что имеет право назначать православных владык и назначил уже Ивана Лопатку Осталовского. Сигизмунд-Август, несмотря на позволение, данное им прежде Балабану, подтвердил назначение Лопатки. Но Балабан и его сторона, опираясь на прежнее позволение королевское, не соглашались признать прав Лопатки, хотя король несколько раз потом подтверждал их, и когда Лопатка умер, то Балабан утвердился на владычестве.
