Наиболее непримиримые представители церкви призывали к открытой борьбе со всеми, защищавшими право на свободу совести. Так, профессор Киевской духовной академии священник Лященко взывал: «Все на врага! Вы, стоящие на страже господней, бейте тревогу! Воины, быстрее за оружие. Вот меч, вот шлем, вот щит! Тесней вокруг знамени, вперёд на врага Христа!»41
Падение религиозности беспокоило не только духовные власти, но и помещиков, видевших в религии одно из средств увода крестьянских масс от революционной борьбы. Защищая интересы дворян - помещиков, орловский предводитель дворянства М. А. Стахович выступил ещё в 1901 г. на орловском съезде с требованием отменить карательные меры за исповедание веры, предоставить народным массам свободу совести. Стахович говорил, что православная церковь, применяя насилие, сама становится частью государственного аппарата, что насилия растлевают самую православную церковь42. Выступление стаховичей, заинтересованных в «прочности религии», было разоблачено В. И. Лениным. Он показал, что стаховичи меньше всего интересовались свободой совести для народа, а защищали собственные интересы, «чтобы им можно было по - прежнему «есть сытно, спать спокойно и жить весело» на чужой счёт»43.
В период революционных событий 1905-1907 гг. социальный протест в сектантском движении XVIII-XIX ее. в значительной части уже исчез. Теперь сектантские вожаки убеждали своих единомышленников не примыкать к революционно настроенным массам, не участвовать в классовой борьбе. Они защищали царизм и требовали незыблемой монархии. Собравшись в июле 1905 г. на первый всероссийский съезд, молокане заявили о своих верноподданнических чувствах, заверяя самодержавие в своей лояльности. Такие же решения принимали на своих съездах баптисты, евангельские христиане и представители других сект, где главенствовали буржуазные элементы. В октябре 1905 г. руководители сект подписали политическую платформу «Союза свободы, правды и миролюбия» с требованием «незыблемости» монархии. О политической благонадёжности сектантов говорили и полицейские органы. Синод также вынужден был признать, что сектанты лояльно относятся к правительству и их нельзя обвинять в проповедовании каких - то «социалистических принципов», в чем их обвиняли прежде. Правительство было вынуждено пойти на ряд уступок по отношению к старообрядчеству и некоторым сектам, во главе которых стояли купцы и фабриканты.
В годы первой русской революции развернулось широкое демократическое движение за свободу совести, за отделение церкви от государства и школы от церкви. Царское правительство в страхе перед революцией было вынуждено отказаться от непримиримости к неправославным и нехристианским религиям и предоставило некоторые права иноверцам. Однако указами от 17 апреля и 17 октября 1905 г. переход из христианской религии в нехристианскую запрещался по-прежнему, насилие над верой и совестью граждан не прекращалось.
В западных губерниях 150 тысяч униатов числились православными; обращены они были в православие ещё в 70-х годах XIX в. при помощи драгунской нагайки и удерживались в православии суровыми полицейскими мерами и уголовными процессами. Церковь и правительство считали православными также 30 тысяч насильственно обращённых латышей. Сами же латыши считали себя протестантами44. После опубликования указа от 17 апреля 1905 г. свыше 200 тысяч человек оставили насильственно навязанное им православие (170 тысяч в западном и юго-западном крае, 36 тысяч в Татарии и 11 тысяч в прибалтийских губерниях). Отпадение от православия продолжалось и после 1905 г., несмотря на ограничительные меры, и за период с 1905 по 1910 г. от православия отошло 316,8 тысячи человек45. Этот процесс Синод пытался объяснить экономической зависимостью крестьян и безземельных батраков от помещиков (католиков и лютеран) и воинствующим характером католической пропаганды. На самом же деле в отпадении от православия проявлялся протест народных масс против их религиозной закабалённости. Борясь с этой формой протеста, Синод обвинял лиц, порвавших с православием, в том, что они потеряли связь с русским народом, враждебны русской национальности и русской государственности.
Татары Поволжья, насильственно обращённые в православие, также порывали связь с официальной церковью и переходили в мусульманство. Уже после издания указов о так называемой религиозной веротерпимости административные ограничения по делам о вере продолжались. «Совращение» из православия, т.е. пропаганда неправославных религиозных учений, наказывалось в уголовном порядке, а за распространение в печати материалов против господствующей церкви заключали в крепость сроком до одного года. Указом от 17 октября была объявлена религиозная амнистия, однако положение людей, сосланных на каторгу и в ссылку за выступления против казённой церкви, не было облегчено. Лицемерный характер царских указов о свободе совести был разоблачён в большевистской листовке «Царская свобода совести».
В годы реакции, наступившей после подавления революции 1905-1907 гг., были аннулированы и те немногие льготы, которые предоставлялись неправославным и нехристианским народам указами о веротерпимости. Наступление на совесть граждан усилилось. Требуя отмены этих указов, духовные власти говорили, что они вырваны у самодержавия «безрелигиозными элементами», что это ловкий подкоп крамолы под устои самодержавия. Они жаловались, что из-за этих законов православная церковь перенесла великие бедствия, что из-за них упала религиозность народа. Для разработки мероприятий против свободы совести в июле 1908 г. после длительного перерыва в Киеве был созван очередной миссионерский съезд, на котором присутствовало свыше шестисот представителей духовенства, в том числе 3 митрополита и 32 епископа. Это был съезд воинствующего духовенства, пытавшегося драконовскими мерами задушить свободомыслие в области религии и лишить гражданских прав тех, кто выступал против казённой церкви. Съезд принял меры против отпадения в католичество и лютеранство, а также против распространения социал-демократических идей. Наиболее опасным врагом религии съезд считал революционный марксизм. На следующем миссионерском съезде, собравшемся в 1911 г., присутствовало около тысячи представителей духовенства во главе с обер-прокурором Синода Извольским. Церковники требовали возврата к старым методам борьбы с религиозным индифферентизмом, с «инаковерующими». В связи с усилением национально-освободительного движения и массовым отпадением от казённой церкви особое совещание миссионеров, на котором присутствовал премьер-министр Столыпин, настояло на применении полицейских мер для укрепления христианства, для борьбы с мусульманством и стремлением народов нерусской национальности к национальной культуре и самостоятельности.
Значительную миссионерскую деятельность развивали и монастыри, особенно в Казанской губернии и юго-западном и западном краях, где борьба велась преимущественно против католического влияния. В 1914 г. намечено было открыть высшее миссионерское духовное заведение по примеру таких же заведений при Ватикане. Но ватиканские миссионерские школы готовили миссионеров для распространения католичества за границей, православные же миссионеры должны были бороться с сектантством в пределах царской России.
Против свободы совести ополчились не только миссионеры, но и рядовые священники. В деревнях и рабочих посёлках организовывались церковно-приходские попечительства, приходские советы, кружки ревнителей православия, где подвизались черносотенные элементы.
Уход от казённой церкви рассматривался как «натиск» на православие, как попытка его расшатать, а заодно разрушить и самодержавие46. Опасаясь отхода масс от религии и роста революционного движения, царское правительство пыталось пойти на некоторые уступки неправославным религиям и с этой целью подготовило проект закона о свободе совести. Царские чиновники доказывали духовным властям, что евангелисты лучше социалистов, духовные гимны лучше революционных песен, Евангелие лучше «Капитала» К. Маркса47.
Но духовные власти настаивали на сохранении жестоких законов о вероисповедании. Выступая в ноябре 1911 г. в Государственном совете против законопроекта о свободе совести, варшавский архиепископ Николай и новгородский архиепископ Арсений заявили, что задача православной церкви - обрусить и опровославить все нерусское и неправославное. Они говорили, что закон о свободе совести разрушит союз между самодержавием и церковью. Под влиянием Синода законопроект был отклонён. Через два года законопроект вновь обсуждался в Государственной думе. И на этот раз Синод протестовал против смягчения религиозной нетерпимости, считая, что эта мера вызовет возмущение народной совести и потрясение государственных основ. Он настаивал на предоставлении казённой церкви исключительных прав и на сохранении карательных мер против тех, кто пытался выйти из этой религиозной кабалы.
