После смерти князя Ивана Петровича главой рода стал князь Василий Иванович, внук казненного Андрея Частокола. Впервые он упоминается в источниках в 1574 г., когда был в числе голов в государевом полку в походе Ивана Грозного против крымцев. В 1580 г. князь Василий был дружкой царя на его свадьбе с Марией Нагой. Согласно некоторым известиям, Василий Шуйский, еще при Иване Грозном, обнаружил честолюбивые стремления относительно престола. Впрочем, это известие вполне может быть навеяно последующими событиями. В 1584 г. князь получил боярство, затем, вместе с другими Шуйскими, попал в опалу, потерпев поражение в придворной борьбе с Годуновым.
Борис Годунов опасался Шуйского, ему и главе Боярской думы князю Ф. И. Мстиславскому было запрещено жениться с тем, чтобы их род пресекся. Но в 1591 г. князь Василий был назначен главой следственной комиссии, посланной в Углич для расследования дела о смерти царевича Дмитрия, и он возвратился с решением, выгодным для Годунова: царевич «самозаклался» из-за небрежения Нагих. Брак князя Дмитрия Шуйского, брата Василия и Екатерины Григорьевны Скуратовой-Бельской, свояченицы царя Бориса и дочери Малюты Скуратова, укрепил союз Годунова с Шуйским.
Когда появились первые слухи о самозванце, принявшем имя «царевича Дмитрия Угличского», князю Василию Шуйскому пришлось для успокоения москвичей выходить на Лобное место и торжественно заверять и клясться в том, что царевич погиб в результате несчастного случая. Это не помешало ему потом вместе с другими боярами признать царское происхождение Лжедмитрия I. Вскоре после этого он стал душою заговора против самозванца и говорил, что новый царь – самозванец, а царевич Дмитрий убит по приказу Годунова. Таким образом, князю Василию приходилось, согласуясь с обстоятельствами, трижды менять свою точку зрения на судьбу и гибель царевича Дмитрия. Вряд ли его следует винить в этом, Василий Шуйский действовал так же, как и другие бояре, вовсе не стремившиеся к подвигам во имя истины.
Через два дня после убийства самозванца бояре – участники переворота – провозгласили царем князя Василия Ивановича Шуйского. Несомненно, Василий Шуйский имел гораздо больше прав на престол, нежели Борис Годунов и уж тем более безродный самозванец Гришка Отрепьев. Если рассматривать династическую ситуацию конца XVI в. с точки зрения традиционного княжеского права Древней Руси, то вслед за пресечением рода московских князей трон уже в 1598 г. должен был перейти к следующей по старшинству линии князей Шуйских. Однако в Смутное время действовали уже иные факторы.
Современники отмечают, что избрание нового царя не было делом всего народа, а результатом сговора узкой группы лиц. Троицкий келарь Авраамий Палицын пишет, что после провозглашения Василия Шуйского царем вся Россия «устроилась… в двоемыслии; одни любили его, другие же ненавидели».
Свое правление Василий Шуйский начал с обнародования уникального документа – Крестоцеловальной записи, которая гарантировала подданным царя соблюдение их прав – справедливый суд и предотвращение несправедливых ссылок и казней. «Василий Шуйский превращался из государя холопов в правомерного царя подданных, правящего по законам» – так оценивал значение этого документа великий русский историк В. О. Ключевский. Крестоцеловальная запись могла бы изменить весь политический облик государства, однако эти обещания были лишь декларацией. Василий Шуйский создал при своем дворе атмосферу подозрительности и доносительства, часто нарушал Крестоцеловальную запись, ссылая, отправляя в тюрьмы и подвергая казням без справедливого суда и следствия. За царем прочно утвердилась слава человека бесчестного и склонного к интриге и обману.
Раскрывает атмосферу доносительства и неправого суда, процветавшего при Шуйском, донос на сторонников Василия Шуйского, поданный королевичу Владиславу. Согласно доносу, думный дворянин В. Б. Сукин «сидел в Челобитной избе и людей втайне сажал в воду (т. е. топил) по Шуйского веленью и сам замышлял»; стольник В. И. Бутурлин – «и на отца родного доводил»; стольники князья Г. Ф. Хворостинин, А. П. Львов, И. М. Одоевский и другие названы «шептунами». Подтверждается этим документом и известие о пристрастии Шуйского к колдунам: спальник И. В. Измайлов, наиболее близкий к царю человек, «был у Шуйского у чародеев и кореньщиков», т. е. приглядывал за чародеями и знатоками волшебных и ядовитых трав и кореньев.
Современникам казалось, что именно в нарушении Шуйским своей присяги скрывается причина бедствий, постигших Русское государство при этом государе. Другие думали, что причиной наступивших смут является поспешное возведение Шуйского на трон узким кругом сторонников, без участия «всей земли», т. е. всего населения страны. Как бы то ни было, в первые месяцы после смерти Лжедмитрия I его призрак обрел силу и значение, вновь стал знаменем для недовольных и мятежников. Царь Василий Шуйский принял все меры для того, чтобы предотвратить развитие самозванческой авантюры: обезображенный труп Лжедмитрия, три дня пролежавший на площади, был брошен в скудельницу, а затем сожжен и прах забили в пушку и выстрелили из нее в сторону Польши. В то же время царевич Дмитрий был признан святым мучеником, убитым по приказу злодея – Бориса Годунова. Но это не помогло.
На окраинах государства начались восстания против царя. Имя «царя Дмитрия», чудесным образом вновь восставшего из мертвых, стало знаменем, объединившим всех недовольных воцарением боярского государя. Вскоре появился и вождь – бывший боевой холоп Иван Болотников, принявший имя воеводы «царя Дмитрия».
Успехи Болотникова впечатляют. Через несколько месяцев он стоял уже под стенами Москвы и угрожал царскому войску, обессиленному дезертирством и плохим командованием. Но счастье оказалось на стороне Шуйского. В мятежной армии произошел раскол, и вожди рязанского дворянского ополчения, составлявшего значительную часть восставших, Истома Пашков и Прокофий Ляпунов, во время решающих сражений под Москвой перешли на сторону царя. Болотников был разбит и отступил к Калуге, откуда перешел в Тулу. Царь Василий проявил мудрость и стремление к примирению – сложившие оружие казаки Болотникова были приняты на государеву службу и получили жалованье. Но «воры», взятые в плен в бою, были утоплены. Осадой Болотникова в Туле руководил сам царь. Мятежники отчаянно оборонялись, нанося значительный урон вражеской армии, но через несколько месяцев осады в городе начала сказываться нехватка съестных припасов, а затем наступил голод. «Жители поедали собак, кошек, падаль на улицах, бычьи и коровьи шкуры», – пишет участник тульской обороны К. Буссов. По совету муромского дворянина Фомы Кравкова осаждавшие преградили течение реки Упы, и Тулу стала заливать вода.
Положение болотниковцев стало отчаянным, вода залила остатки съестных припасов, началось дезертирство и возмущение против руководителей обороны – Болотникова и его союзников. Защитники крепости вынудили Болотникова вступить в переговоры с Шуйским и капитулировать. Царь обещал вождям восставших неприкосновенность, но не сдержал своего слова – все они были казнены.
Едва очаг смуты, полыхавший в Туле, был с большим трудом затушен, как пламя мятежа разгорелось на окраинах государства. Терские казаки, создавшие Лжепетра, выдвинули нового самозванца – «царевича Ивана-Августа», «сына» Ивана Грозного от брака с Анной Колтовской. Этому самозванцу покорились Астрахань и все Нижнее Поволжье. Вслед за ним появился «внук» Грозного, «сын» царевича Ивана Ивановича «царевич Лаврентий». В казачьих станицах самозванцы росли как грибы: явились «дети» царя Федора – «царевичи» Симеон, Савелий, Василий, Клементий, Ерошка, Гаврилка, Мартынка. Но главную опасность представлял появившийся в Литве зимой 1607 г. новый «царь Димитрий», вошедший в историю как Лжедмитрий II, или Тушинский Вор.
Самозванец выступил в поход в сентябре 1607 г. и двинулся на помощь осажденной Туле. В день ее капитуляции он находился уже в Козельске, но успел оказать помощь осажденным и в страхе перед царским войском бежал на Северщину. Весною 1608 г. самозванец выступил в поход на Москву. Главнокомандующим армии из казаков, поляков и уцелевших болотниковцев стал литовский магнат князь Роман Рожинский. Начальствовали над казаками полковник Александр Лисовский и атаман Иван Заруцкий. Разбив под Болховом армию, которой командовал брат царя боярин Дмитрий Шуйский, самозванец подошел к Москве и стал лагерем в Тушине, от чего и получил от современников прозвание Тушинского Вора.
Началось длительное противостояние между Лжедмитрием II и Василием Шуйским. Москва оказалась в кольце осады, правда, не сомкнутом. Между враждующими лагерями происходили жестокие бои, но далеко не все москвичи проявляли желание умирать за царя Василия. Из Москвы в Тушино начали перебегать князья, стольники, служилые люди, дьяки.