В. В. Голицын, покровитель иезуитов, сослан, и патриарх со всем освященным собором бьет челом, что «езувиты живут на Москве многое время без дела, а прежде сего изстари при предках государских римские езувиты в Московском государстве никогда не были и не живали; а ныне живучи они, езувиты, в Москве чинят многую св. соборной апостольской церкви и догматом ея противность печатными письмами и образами на полотнах и на роговой кости, также и иными прелестями, а у св. соборной апостольской восточной церкви с западным римским костелом многие несходства, и чтоб великие государи больше сего им, езувитам, за такими вышепомянутыми препятствиями в Московском государстве жить не позволили». Великие государи указали: «Езувитов (Давида и Товию) с Москвы отпустить милостиво и дать им жалованье и подводы до литовского рубежа». Иезуиты били челом, чтоб позволено им было описаться об отпуске своем к цесарскому величеству и дать бы им сроку до тех пор, пока они продадут двор свой в Немецкой слободе, который куплен из цесарской казны, и сами в дорогу уберутся. Пересылаться им с цесарем не позволили и для сборов в дорогу дали только два дня. Чтоб вперед иезуиты как-нибудь не прокрались в Россию, издан был указ: «Великие государи указали для братской дружбы с его цесарским величеством быть на Москве при одном ксендзе и другому, только б те ксендзы, живучи на Москве, ни в какие неподлежащие и не в свои дела не вступались и вере греко-российской никакой противности не чинили и русских людей не отвращали, и в домы к русским людям не ходили, а службу отправляли в домах у начальных людей римской веры, также бы и чрез почты как вестовых, так и затейных никаких писем в иные государства отнюдь не писали и не посылали, и под именем тех ксендзов в их ксендзовом платье не жили б на Москве езуиты, а были б те ксендзы светские плебаны, а не езуиты; а буде вместо тех плебанов объявятся на Москве езуиты, и те езуиты, также и плебаны высланы будут из Москвы вовсе и впредь им на Москве жить будет не позволено».
В торжестве своем над Медведевым и иезуитами Иоаким, разумеется, не мог стать ласковее к служилым иноземцам, против которых сильно вооружался и прежде. 28 февраля 1690 года, но случаю рождения царевича Алексея Петровича, знатнейшие из этих иноземцев должны были обедать за царским столом; патриарх настоял, чтоб их не было за столом, и это в то время, когда молодой царь и вельможи его не могли обойтись без иностранцев, сами ездили к ним и к себе постоянно приглашали. Перед смертию (в марте 1690 года) Иоаким составил завещание, в котором увещевал государей не допускать православных христиан дружиться с еретиками-иноверцами, латинами, лютеранами, калвинами и безбожными татарами, не давать иноверцам строить свои мольбища, а которые уже построены, разорить; чтоб запретили в полках и во всем государстве проклятым еретикам быть начальниками: «Какая от них православному воинству может быть помощь? только гнев божий наводят. Когда православные молятся, тогда еретики спят; христиане просят помощи у богородицы и всех святых – еретики над всем этим смеются; христиане постятся – еретики никогда. Начальствуют волки над агнцами! Благодатиею божиею в русском царстве людей благочестивых, в ратоборстве искусных очень много. Опять напоминаю, чтоб иноверцам-еретикам костелов римских, кирок немецких, татарам мечетей не давать строить нигде, новых латинских и иностранных обычаев и в платье перемен по-иноземски не вводить. Удивляюсь царского синклита советникам полатным и правителям, которые на посольствах в иных землях бывали, видели, что всякое государство свои нравы и обычаи имеет в одеждах и поступках, свое держат, чужого не принимают, чужих вер людям никаких достоинств не дают, молитвенных храмов им строить не позволяют; в немецких государствах есть ли где церковь благочестивой веры?»
Не ранее трех месяцев по смерти Иоакима. в июле 1690 гола, собор начал рассуждать о выборе ему преемника: высшие указывали на Маркелла, митрополита псковского, человека ученого и образованного, низшие были против Маркелла и указывали на Адриан митрополита казанского. Царь Петр пристал к архиереям и хотел Маркелла, но царица Наталья Кирилловна с архимандритами, игуменами и нижним духовенством стояла за Адриана. Врагам Маркелла не нравилась его обширная ученость, и они говорили, что ученый патриарх будет благоприятствовать иноверцам; какой-то архимандрит подал царице сочинение, где обличал Маркелла в ереси. Враги Маркелла пересилили, и Адриан был возведен на патриаршество.
Новый патриарх не мог не обратить внимания на страшное зло, семейную неурядицу, происходившую от неправильных отношений двух полов, от странного способа заключения браков. В ноябре 1693 года Адриан издал указ: «Священницы сопружествующие согласия жениха и невесты не истязуют и небрежно о сем имут, можицею и не хотяще едино лицо другому и не любящися между собою сопружествуют и по сицевому началу и прочее житие тех мужа и жены бывает бедно и друг друга наветно и детей бесприжитно, и то творится вельми грешно и пребеззаконно: и великий господин указал досматривать, чтоб отныне к венчанию приходящих жениха и невесту священником поособно истязовати и накрепко допрашивати, по любви ли и согласию друг другу сопружествуются, а не от насилия ли или неволи каковы, а будет женское лицо, а паче девицы стыдятся сие рещи, допрашивати родителя ея, паче же матерь, или аще матери не имать, сестры ея допрашивать о том, и аще кое их лице, паче же девическое совершенно умолчит или иное каковое знамение появит, отвращение лица от сопружника, плевание или отрясение руками, и таковых не сопружествовати, дондеже совершенное согласие ко друг другу появят».Разумеется, средства, предложенные в указе, не могли уничтожить или ослабить зло; странно было допрашивать отца и мать когда браки заключались по их единственной воле; но указ этот очень важен для нас в том отношении, что служит введением к последующим мерам Петра насчет заключения браков.
Правительство светское должно было обратить внимание на бесчинства, которые позволяли себе безместные монахи и монахини попы и дьяконы. В марте 1694 года состоялся именной указ: «Буде безместные чернецы и черницы в Кремле, Китае, Земляном городе и попы и дьяконы безместные же, безчинно и неискусно, также которые гулящие люди, подвязав руки или ноги, а иные глаза завеся и зажмуря, будто слепы и хромы, притворным лукавством просят на Христово имя милостыни, а по осмотру они всем здоровы: и тех чернецов и черниц и попов и дьяконов имать и приводить их в Стрелецкий приказ, а из Стрелецкого приказа отсылать в Патриарший приказ, чтоб отнюдь чернецы и черницы и безместные попы и дьяконы по улицам нигде не бродили и по кабакам не водились». Еще прежде новгородский митрополит Корнилий велел своим подьячим и недельщикам хватать на кружечных дворах лиц духовного звания, также и по улицам в нетрезвом виде и приводить в митрополичий приказ, «и от того себе скупов и поминок не имать и их не отпускать».
Борьба с раскольниками продолжалась в прежней силе.
Мы видели, что козаки-раскольники ушли с Дону на реку Аграхань, во владения шевкала тарковского. В начале 1691 года был отправлен к ним с призывною грамотою дворянин Басов. Когда в половине марта он приехал на Дон и потребовал у тамошних козаков, чтоб они дали ему провожатых и отпустили на Аграхань, то козаки отвечали: «Отпустить нам тебя нельзя, потому что мы уже раз посылали к раскольникам с царскою же грамотою, и они одного посланного убили и двоих других отпустили на Дон и с ними к нам приказали, чтобы мы отнюдь вперед с государевыми грамотами и войсковыми письмами к ним никого не присылали, а пришлем, то всех побьют». Послали в Москву к великим государям за указом; указ пришел: ехать Басову на Терек ко вдове князя Алегука Сунгеневича Черкаского, княгине Тауке Салтанобековне, и как она велит ему поступать, так и делать. Басов взял троих козаков с Дону и поехал к княгине Тауке на Царицын, на Астрахань и на Терек, из Терека приехал в улусы к княгине Тауке. Выслушав, в чем дело, княгиня послала в улусы к шевкалову брату Алибеку, чтоб приехал с нею повидаться. Алибек приехал, и Таука говорила ему, чтоб взял Басова с козаками и отвез их к брату своему шевкалу и сам уговаривал бы его, чтоб отдал в царскую сторону беглых с Дону козаков-раскольников. Поехали к шевкалу; тот, выслушавши Басова, отвечал: «Козаки пришли ко мне с Дону волею и живут в моем владении по воле же; я за ними не посылал и выслать мне их неволею нельзя, потому что у нас так не водится, почитаю я их у себя за гостей; а чтоб они великим государям вины свои принесли и шли жить по-прежнему на Дон, о том я говорить им буду и милостию государскою обнадеживать, как возможно, но обратятся ли и пойдут ли на Дон или нет, того не ведаю; если пойдут, то я их держать не стану, отпущу тотчас; а ты бы к ним не ездил; если поедешь, то убьют они тебя до смерти, обошлюсь с ними я».