Несмотря на намечавшиеся пути сближения с Москвой, на характер казаков влияла местная обстановка, беспокойный характер соседей — крымских татар, ногайских и других орд кочевников, угроза Турции. Поэтому казаки прочно держались своей независимости во всех отношениях, часто бывали не только ослушниками Москвы и царских указов, но даже производили расправу с царскими послами. После Смутного времени казаки были поставлены в необходимость принимать участие в военных походах московских войск. Они, по договору с московским царем, обязывались нести службу и по требованию Москвы посылать наряды войск.
В отношении Крыма и Турции казаки проявляли полную от Москвы независимость. Они пускались в Черное море, нападали на турецкий флот, вторгались в Крым и отваживались на легких челнах переправляться через Черное море, нападать на его южное побережье, занимать города и нередко доходить до Константинополя. Эти походы совершались ватагами донских казаков, или в соединении с днепровским. Точно такое же положение занимали яицкие казаки в отношении ногайской орды и киргизов, а терские — против окружающих их азиатских орд. Война казаков против азиатских орд велась повсюду. Донские казаки, возвратись после Смутного времени домой, должны были приступить к решению местных вопросов. Они должны были обеспечить не только свои земли от угрозы нападений враждебных соседей, но и добиться более широких целей: открыть себе путь в Азовское море, для чего необходимо было занять устье Дона. Но местные цели казаков стояли в резком противоречии с политикой Москвы в отношении Турции и подвластного ей Крыма.
После заключенного Москвы и Турцией договора начиналась война с Польшей. Казаки, несмотря на свое бедственное положение, в отписке московскому царю «мы пеши и безконны, и мы по юртам на зиму сели», отправили в состав московских войск 8 000 казаков. Московские войска приблизились к Смоленску, но воевода Пожарский заболел, оставит войска и уехал в Калугу. Гетман Лисовский двинулся вглубь московских владений, проник до Переяславля-Рязанского, Тулы, Серпухова, Алексина, захватывая и сжигая города. Против него было послано несколько воевод, но они перехватить его не могли и он благополучно возвратился в Литву. На отдаленном севере московских владений действовали запорожские казаки. Такой войны, — как говорит летописец— от начала мира не было. Не понимали русские люди, куда и как пробирались черкессы. Они появились в вологодской земле, заняв и разрушив Вологду, пошли на поморские города, воевали Вагу и тотемские и устюжевские места, потом пошли в двинскую землю, к морю, и вышли в новгородский уезд, к Сумскому Острогу. Нигде не могли остановить их и только в заонежских погостах их много побили, а олончане добили последних.
В Польшу снова было послано посольство, опять ни к чему не приведшее. Поляки узнали о выборе царя Михаила, и Сапега, в доме которого жил Филарет, заявил ему: «Нам известно, что сына твоего на престол посадили казаки». Полями грозили походом на Москву, чтобы посадить на престол Владислава. Новгород был в руках шведов и они тоже напоминали русским о кандидатуре своего царевича. На заявление русских, что на Руси есть царь, «избранный по Божью благоволению и согласием всей земли», Делегарди отвечал: «Царь Михаил посажен на престол казачьими саблями». Переговоры со шведами кончились вечным миром, и шведы обязывались очистить Новгород, Старую Русу, Порхов с его уездами и Сумирскую область. Царь Михаил Федорович отказывался от притязаний на литовские области и Корелу, и от титула на них в пользу шведского короля.
В августе 1615 года в Турцию снова было послано посольство с предложением султану Сулейману, чтобы он послал крымского хана войной на Польшу, и чтобы запретил крымцам нападать на московские земли. Это посольство прибыло в Крым, когда донские казаки вели войну с крымцами. В то время, когда послы были в Азове, татары привели шесть пленных донских казаков с атаманом Матвеем Листниковым. Татары подвергали атамана страшным пыткам, вырезая ремни из спины, а атаман переносил пытки, но не отвечал на вопросы татар. Азовский паша говорил послам: «Добро бы вам донских казаков помирить с азовцами, казаки нам, азовцам, чинять тесноту и вред большой, становятся они нам хуже жидов, а если казаков с азовцами не помирите, то мы всем городом отпишем султану и вам к нему приезжать не к чести…» (Соловьев, т. 8, стр. 1097). Послы прибыли в Константинополь и были приняты с почетом, но честь продолжалась недолго. Казаки напали на Азов и двенадцать дней держали его в осаде. Визирь обвинял послов, что они «пришли к государю не с добрым делом, а с обманом…». Послы отвечали, что они не ответственны за казаков, которые живут на своей воле и не состоят в подданстве царя. Но турецкому правительству было известно, что московские послы, проезжая Доном, привезли казакам «жалование» московского царя и отказ московских послов от казаков не был принят во внимание.
В то же время были получены сведения, что донские казаки на челнах появились у Синопа, взяли его, сожгли, людей побили и в плен многих забрали. Визирь говорил послам: «Если я скажу государю о казачьих делах, то вам добра не будет. Государь наш, узнав о нападении казаков, велит послать на вашу землю татар войною, и какая вашему государю прибыль будет?». Послы отвечали, что азовцы и крымцы не дают жить казакам и нападают на их землю. То есть, снова польская политика сталкивалась в Турции с московской, и каждая сторона старалась привлечь к себе султана, но той и другой мешали казаки.
С Польшей велись постоянные стычки в пограничной полосе. После прерванных переговоров в 1616 году, царь приказал войскам идти воевать литовскую землю. Бутурлин и Скуратов с войсками осадили Смоленск, и на помощь осажденным полякам прибыл Гонсевский, который занял путь между Смоленском и Москвой, прекратив снабжение московских войск. Польские войска с королевичем Владиславом вторглись в пределы Москвы и московские войска, несмотря на подошедшую помощь, должны были отступить внутрь страны. Началась война, принятая королем Сигизмундом и утвержденная Сенатом, с целью добиться силою престола для Владислава.
В 1617 году Владиславу исполнилось 22 года и он с войсками, в количестве 10 800 человек, двинулся в сторону Москвы. Но после 30-месячного пребывания в Константинополе московских послов, с Турцией было достигнуто соглашение, по которому султан выставлял против польского короля войско у Хотина, а по окончании войны в Персии обещал послать все войска против Польши. Гетман Жолкевский, стоявший с войсками против Турции, сообщит Владиславу об угрозе со стороны Турции и просил прислать ему часть войск. Владислав отделил часть войск на помощь Жолкевскому и у него осталось не больше 8 000 человек. В московских же войсках, стоявших под Смоленском, происходило полное разложение. Многие воеводы бежали, некоторые склонялись присягнуть Владиславу. Для Москвы были нужны войска и царь требовал, чтобы донские казаки послали против Польши 6 000 человек и еще часть для защиты Москвы. Владислав занял Вязьму, но в его войсках тоже начался развал, так как не было денег для их содержания. Он послал часть войск в сторону Калуги. Из Москвы на помощь Калуге были посланы войска под начальством Пожарского, в отряд которого собрались группы казаков Заруцкого, рассеявшиеся по стране. Наступление поляков под Калугой было остановлено, войска обеих сторон остановились друг против друга и ограничивались лишь отдельными стычками Польский воевода от Калуги послал часть своих войск под Москву, имея целью войти в сношение с москвичами и ему это удалось. Поляки вступили в переговоры с представителями Москвы, которые ни к чему не привели. В 1617 году поляки, занимавшие Калугу, Белев и другие части московских владений, — направились в сторону Москвы и 20 сентября королевич Владислав остановился в Тушино. Запорожский гетман Сагайдачный с запорожцами присоединился к Владиславу и стал у Донского монастыря. Москва снова оказалась в осаде со стороны Тушина, как во время Самозванца. Во время осады с Владиславом велись переговоры и он в сношениях с Москвой называл себя русским царем. Среди защитников Москвы было 8 000 донских казаков. 1 октября поляки пошли на приступ Москвы, но были отбиты. Наступали холода и польские войска начали разбегаться. Владислав отвел войска в село Рогачево в 27 верстах от Троицы. Сагайдачный с казаками ушел в сторону Калуги. Наконец с Польшей был заключен мирный договор на 14 лет и шесть месяцев. Владислав отвел войска в Польшу, а Сагайдачный с казаками ушел в Киев, где объявил себя гетманом всех днепровских казаков, тем углубив еще больше вражду между городовыми и запорожскими казаками. (Евраницкий. «Ист. Запорожских казаков», стр. 196, часть 2).
После перемирия с Польшей последовала грамота донским казакам, в которой им устанавливалось царское жалование. Решено было ежегодно отпускать: 7000 четвертей муки, 500 ведер вина, 260 пудов пороха, 150 пудов свинца, 17142 рубля денежного жалования, да на будары 1169 рублей 60 копеек. Для принятия этого жалования установлено было ежегодно зимою присылать из Черкасска в Москву атаманов с сотней казаков из отличных по службе и уважаемых товарищами. Эта ежегодная командировка в Москву была названа «зимовой станицей», но для сношения с Москвой были установлены и «легкие станицы», состоявшие из одного атамана и 4–5, а не больше казаков, посылавшихся в Москву во всякое время с донесениями, отписками и со всяким вестями по делам службы и по казенной надобности. Прием казаков происходил в Иноземном Приказе. Станицы в пути и в Москве содержались царским иждивением, получали жалование, прогонные и корм. Принятое жалование было первым шагом по пути превращения донских казаков в служилое войско московского царя.
