В следующем, 1862 г., на рассмотрение поступил очередной проект Рида – на этот раз по переоборудованию деревянных кораблей в броненосные по системе бронирования «пояс-и-батарея». Этот проект одобрили, и управление главного строителя приняло решение воспользоваться услугами Рида. Для переделки были выбраны три небольших корабля, недавно начатых постройкой, и работы по ним должны были вестись под наблюдением создателя проекта. Рид также предложил Адмиралтейству чертежи двух кораблей, которые приняли, как более предпочтительные, в качестве альтернативы более тяжёлым и дорогим проектам, разработанным в Уайтхолле – эти проекты были материализованы впоследствии в «Паллас» и «Беллерофон».
За эту необычную процедуру вовлечения в проектирование кораблей человека, не входящего ни в одно из подразделений Адмиралтейства, отвечал первый лорд, который видел в молодом корабельном инженере ту многообещающую оригинальность, которую он не находил среди своих непосредственных штатных сотрудников по Адмиралтейству. После совершения одного такого нарушения приличий было неудивительно, что первый лорд не прислушался к требованиям своих профессиональных советников и 9 июля 1863 г. назначил новичка на должность главного строителя флота.
Нельзя сказать, что это назначение приветствовалось профессиональными кругами и общественностью, и во время дебатов по проекту государственного бюджета на флот представитель Чатема сэр Ф.Смит раскритиковал его на том основании, что Рид не имеет достаточной квалификации и «не построил ещё ни одного корабля». По этому поводу главный строитель выразил своё возмущение в письме. Все это привело к тому, что он был вызван в адвакатуру по общественным делам как нарушитель прав парламента.
Во время назначения на должность Риду было 33 года, и следующие семь лет Совет испытывал на себе большое влияние этого человека и его сильных индивидуальных качеств, наделённого к тому же исключительными способностями как к письменной, так и к устной полемике, и имеющего весьма определённые и оригинальные идеи по проектированию кораблей. Он был инициатором введения двойного дна и разделения корпуса корабля на отсеки, как средств против воздействия самодвижущихся мин, которыми вооружались подводные лодки (впоследствие они были названы «торпедами»), и больше верил в короткие поворотливые корабли, скорость которых обеспечивалась увеличенной мощностью машинной установки, чем в корабли с длинным корпусом и хорошими обводами. Он понимал, что существует некий предел длины корабля, после которого увеличение сопротивления трения перевешивает уменьшение лобового сопротивления, и, как принцип, обосновал то утверждение, что, «поскольку площадь и толщина бронирования увеличиваются, отношение длины к ширине должно уменьшаться, а сечение корпуса по ватерлинии становиться более полным». Рид придерживался того мнения, что значительное уменьшение основной стоимости (стоимости корпуса) коротких кораблей с лихвой компенсирует затраты на дополнительную мощность машины, чтобы иметь равную скорость с более длинными кораблями. То, что такие корабли с коротким корпусом не могли держать скорость против волны, не было осознано до тех пор, пока они не прошли испытания в условиях службы. Но вследствие того, что в то время способность корабля к маневрированию ценилась более высоко, чем способность держать высокую скорость в плохую погоду, этому недостатку не придавали большого значения.
В течение периода пребывания Рида на своём посту быстрое увеличение калибра орудий привело к концентрации вооружения в средней части корабля – в центральных батареях – при наличии погонных и ретирадных орудий, обеспечивающих продольный огонь, что в то время считалось весьма важным. Позже, когда он разработал собственные взгляды на башенные корабли, получили развитие квази-мониторы брустверного типа, вооружение которых ограничивалось небольшим числом орудий самого крупного калибра при наличии массивной защиты, воплощавшей предел бронирования корабля. Таран Рид рассматривал как главное оружие атаки, и обводы корпуса должны были в первую очередь удовлетворять его использованию.
Пытаясь совместить тяжёлые орудия и броню с малым корпусом в своих ранних проектах, он в целом не имел успеха, и эти проекты его критики в прессе описывали как корабли, «переделка которых начинается в тот же день, когда их спускают на воду». Позднее он стал автором проектов, имеющих выдающийся успех – таких как «Геркулес», «Монарх» и – с определёнными оговорками – «Девастейшн». Но пребывание Рида в Адмиралтействе ассоциировалось с его оппозицией башенному принципу установки орудий, который был противоположностью его собственного принципа расположения орудий в «батареях-боксах» («box-battery disposition»). Но это продолжалось до тех пор, пока под давлением общественного мнения не был построен «Монарх». В действительности Рид не был противником башен и оказывал значительную помощь кэптену Кользу в его ранних разработках, но – и здесь он оставался среди противников башен – его опенка их возможностей исключала их использование на рангоутных кораблях, где площадь обстрела башенных орудий ограничивалась только стрельбой по траверзу. По этой причине он и был против проектов Кольза, и когда получил задание на проектирование «Монарха», предпочёл, чтобы этот корабль считали в большей степени детищем Адмиралтейства, нежели его собственным.
Короткие и полные корабли Рида имели глубокий крен при качке, пока он не кинулся в другую крайность и затем исправлял слишком высокое расположение центра тяжести большим балластом. Хотя он и не обладал такой же свободой в проектировании, как его предшественник, ему была предоставлена гораздо большая широта в интерпретации требований Совета, чем его последователям, и благодаря помощи и доверию со стороны инспектора сэра Спенсера Робинсона, в его проектах доминировали всё-таки его собственные идеи.
В упрёк Риду ставят то, что поступательными экспериментами с одиночными кораблями, которые иногда даже снижали свою эффективность, он построил флот «образцов», которому не доставало однородности для совместного маневрирования и на строительство которого были затрачены чрезмерные средства. Но такая критика не принимает в расчёт ответственность, в первую очередь Совета, за каждый корабль, построенный в соответствии с определенными требованиями к ограничениями, касающимися водоизмещения, вооружения, защиты, скорости, запаса угля и размерений. Тот период характеризовался быстрым ростом калибра орудий, так что каждый следующий корабль нёс более мощное вооружение и более толстую броню, чтобы противостоять развитию артиллерии за границей. Простое повторение «Беллерофона» из года в год представляло бы орудийным наводчикам предполагаемого противника всё более и более доступную мишень, вместо того, чтобы давать им всё более и более мощного противника.
В управлении кораблестроения Рид достиг самого высокого положения. В течение семи лет оп пользовался всеми преимуществами своей должности и всеми благоприятными возможностями, накапливая опыт и специальные знания. Затем, когда его услуги представляли бы наибольшую ценность для флота, он выбрал более высокооплачиваемую должность в коммерческом судостроения – хотя, как он упоминал, на его решение оставить службу не могли не оказать излишне натянутые отношения с первым лордом Чайлдерсом. Он недолго проработал с Уитвортом в Манчестере, затем в 1871 г. стал председателем графского совета в Гулле и открыл практику в Лондоне как частный корабельный инженер. В 1874 г. он обеспечил себе место в парламенте от либералов Пембрука, а с 1890 г. по 1895 г. представлял Кардифф. Во время недолгого пребывания у власти правительства Гладстона в 1886 г. он был назначен лордом государственного казначейства, затем снова представлял Кардифф в парламенте с 1900 г. по 1905 г. Многие годы в парламенте Рид задирал Адмиралтейство. Сила его агрессивной обличительной речи в сочетании с опытом и научным образованием каждый раз давали ему преимущество в дебатах, хотя во время его выступлений парламент чаще пустел, чем наполнялся. Особой мишенью критики стал его преемник Н.Барнаби. Каждый разработанный в Уайтхолле проект Рид подвергал беспощадной критике, становившейся всё более едкой с каждым годом, и ставил его под сомнение как удачный тип боевого корабля, всё более и более отходящий от его собственных теорий. Барнаби запрещалось отстаивать достоинства работы своего отдела, но когда главным строителем флота стал У.Х.Уайт, который был тесно связан с большинством проектов Барнаби, первый лорд Гамильтон разрешил ему зачитать материалы по линейным кораблям, строившимся по «Акту о морской обороне» в Институте военного кораблестроения., чтобы вызвать Рида на открытый диспут. В результате Рид был полностью посрамлен, и впоследствии стал сторонником адмиралтейских проектов.
