Духовные власти относились враждебно и к передовой науке, к ее лучшим представителям. Опасаясь, что развитие естествознания и распространение материалистических идей подорвет основу христианской религии — веру в бессмертие души, духовные власти боролись против распространения этих идей. В 1866 г. появилась замечательная книга русского ученого И. М. Сеченова «Рефлексы головного мозга», в которой разоблачались религиозные представления о человеке и его душе. По настоянию духовных цензоров эту книгу «за изложение самых крайних материалистических взглядов» признали вредной и наложили на нее арест. Автора хотели сослать в Соловецкий монастырь «для смирения и исправления». Но к книге И. М. Сеченова было привлечено внимание общества, и, боясь возбудить к ней особый интерес, цензурное ведомство было вынуждено снять с нее арест. Однако труд И. М. Сеченова продолжал долгое время числиться в списках запрещенных книг. Автора книги зачислили в число «неблагонадежных» и запретили ему читать лекции для народа15.
Против развития отечественной науки был и московский митрополит Филарет. Он осудил лекции выдающегося русского естествоиспытателя К.Ф. Рулье (1814-1858), отстаивавшего материалистические принципы в биологии, и обвинил его в том, что он подрывает веру в библейские мифы о сотворении мира. Преследование выдающегося ученого привело его к преждевременной смерти16. Гонениям со стороны Филарета подвергся и другой выдающийся ученый - историк, профессор Московского университета Т. Н. Грановский. Его обвинили в том, что он оказывает вредное влияние на студентов, так как в своих лекциях по истории он не упоминал о роли божественного промысла в историческом процессе. Под цензурным запретом были произведения выдающегося представителя русского материализма А.И. Герцена, который в страстных и гневных словах разоблачал реакционную сущность православной церкви, защиту ею самодержавия и помещиков, враждебное отношение церкви к развитию отечественной науки. В 1893 г. была сделана попытка издать в России сочинения А. И. Герцена, но из четырех тысяч страниц его сочинений цензурой было вымарано больше трех тысяч, и издание не увидело света. Причиной запрещения, как писали защитники духовного ведомства, был «атеизм А. И. Герцена и его социальные идеи». Представители духовного ведомства, добиваясь запрещения произведений А. И. Герцена, выпускали против него грязные книжонки, в которых называли Герцена «богоотступником и врагом христианской веры, противником православия».
С большой враждой встретили духовные власти учение великого английского ученого Чарльза Дарвина, основоположника материалистического учения о происхождении видов, нанесшего сокрушительный удар по религии. Дарвин-де и его последователи подрывают основы религии, не оставляя места для нравственности. Труды Ч. Дарвина преследовались и уничтожались. В 1890 г. была предпринята попытка познакомить русских читателей с книгой, популяризовавшей идеи Дарвина: «Чарлз Дарвин и его учение». Эту книгу духовные цензоры назвали «катехизисом материалистического отрицания религиозных идей». Она была запрещена. В 1895 г. за материалистический характер запретили книгу Ч. Дарвина «Происхождение человека и половой отбор». Не увидели русские читатели и книгу Сюдекума Альберта о жизни и учении Дарвина. Ее признали антирелигиозной и уничтожили17.
Борясь против учения Дарвина, духовные власти не ограничивались запрещением произведений Дарвина, книг и статей, популяризовавших его взгляды. Они выступали против дарвинизма в своих проповедях, печатали статьи в журналах, книги, направленные против Дарвина и его учения. Называя учение Дарвина «богохульным», они пытались доказать его «ненаучность», обвиняли Дарвина в том, что он разрушает нравственность. Духовные цензоры писали, что между эволюционной теорией и христианством существует противоречие самое серьезное, самое коренное, что учение Дарвина отрицает то, что составляет самую сущность религии.
Духовная цензура осуждала также материалистические идеи Эрнеста Геккеля (1834-1919) — крупнейшего немецкого ученого, естествоиспытателя и последователя Дарвина. В своих трудах Геккель клеймил идеализм и церковное мракобесие, вскрывал реакционную роль церкви, разоблачал религиозные суеверия, а руководителей церкви называл «бессовестными шарлатанами и обманщиками». По настоянию духовенства произведения Геккеля попали в черные списки. Так, в 1873 г. запрещению подвергся труд Геккеля «Естественная история мироздания», ниспровергавший основы религии, особенно потому, что автор развивал в нем материалистическое учение о мироздании и, как считали духовные цензоры, глумился над библейскими сказками о происхождении мира и человека. В 1879 г. в списках оказалась и его «История племенного развития организмов», в которой излагалась эволюционная теория; книга была сожжена. В 1902 г. сожгли и всемирно известную книгу Э. Геккеля «Мировые загадки». За беспощадную критику идеализма и поповщины, за «дерзкие выходки против высочайших предметов христианского почитания» эта книга числилась в черных списках еще в 1916 г.18
Опаснейшим врагом религии считали и крупнейшего материалиста домарксова периода Людвига Фейербаха (1804-1872). Работы Фейербаха «О сущности религии», «История новой философии», «Теогония», «Мысли о смерти и бессмертии», «Сущность христианства» считались цензорами разрушительными для религии и христианства, так как в них критиковались библейские сказания о создании мира, человека, жизни на земле, о бессмертии души, разоблачалось религиозное мировоззрение. Еще в 1907-1910 гг. по настоянию духовных цензоров произведения Фейербаха, подрывавшие устои религии, уничтожались. Опасаясь разрушительной силы идей философа, цензурное ведомство, защищавшее интересы православной церкви, не разрешало излагать взгляды Фейербаха даже в журнальных статьях.
Великие идеи научного коммунизма вызывали злобу и ненависть правительства и духовных властей, особенно в период развертывания острой классовой борьбы. Указывая на огромную революционизирующую силу великих идей Маркса и Энгельса, призывавших пролетариат к борьбе с эксплуататорами, царские чиновники и представители духовной цензуры всякий раз отмечали и атеистический характер этих идей. В 1888 г. за материалистические взгляды был наложен запрет на труд Ф. Энгельса «Людвиг Фейербах и конец немецкой классической философии». Через 20 лет это произведение Энгельса вновь подвергли запрещению. В 1914 г. запретили работу Энгельса «Принципы коммунизма», а в 1915 г. признали «кощунственной» работу «От классического идеализма к диалектическому материализму»; весь тираж этой книги был уничтожен19. Духовные власти не могли простить Энгельсу его материалистических взглядов и разоблачения им реакционной роли религии и христианства, а также вскрытия им социальных корней религии. Запрещениям подвергалось и собрание сочинений основоположников научного коммунизма: церковники справедливо считали, что эти бессмертные произведения зажигательно действуют на умы читателей.
Православная церковь, как мы видели, относилась к науке, особенно материалистической, с непримиримой враждебностью. Так, харьковский епископ Амвросий писал в 1901 г., что развитие науки приводит к росту неверия. Прогрессивных ученых он называл «опаснейшими врагами церкви»20. Другой епископ, Иннокентий, призывал отказаться от научного мировоззрения и вернуться к вере21. С особенной силой мракобесие выявилось в период первой русской революции. Церковники готовы были положить на костер и плаху всех, кто не разделял их реакционных взглядов на науку. Так, московский епископ Никон обвинял в 1905 г. московских профессоров в том, что они-де сгубили юношество и вовлекли его в революцию22. К этой точке зрения присоединился и петербургский митрополит Антоний Вадковский.
Пытаясь обосновать учение о боге как о создателе и управителе вселенной, представители церкви нападали прежде всего на принцип материальности мира. Они отрицали также объективный характер законов природы, ее вечность. Бог, мол, побеждает законы естества, следовательно возможны чудеса. Единственным источником мудрости и знания объявлялась Библия, а единственным критерием истины — религия; научное мировоззрение отвергалось как противоречащее этому критерию, всякое знание, идущее против религии, считалось псевдонаучным, ложным. Служители культа пытались убедить народ, что наука не принесла человечеству пользы, что она бесплодна и бессмысленна, не нужна для практической жизни. Таким образом духовенство настраивало народ против науки и ее прогрессивных представителей.
Однако церковь не могла помешать развитию научных идей, победоносному распространению материалистической науки в России. Она была вынуждена приспосабливаться к новому времени. Теперь церковники заявили, что между наукой и религией нет противоречия, что естествознание и социальные науки не опровергают откровений и чудес, но согласуются с ними. Фальсифицируя данные науки, духовенство стало доказывать, что современное естествознание подтверждает библейские сказки о сотворении мира, что эволюционная теория не отвергает догматы христианской церкви (сотворение человека, его грехопадение и искупление), что развитие естествознания вовсе не ведет к атеизму и не опасно для религии, что наука и религия могут жить между собой в союзе. Церковь стала бороться с подлинной наукой более тонкими методами. Религия, мол, не противоречит науке, а защищает ее, «здравые» научные познания-де вполне уживаются с искренней верой. Этой проповедью необходимости примирения религии с наукой духовенство стремилось отвлечь народные массы от революционной борьбы.