Между тем Федька Негодяев, живя в Москве, успел заискать расположение бояр и царя, видел царские очи, был у руки, получил прощенье и объявил, что Никон и прежде был виновником смуты: митрополит хотел в соборной церкви переделывать, и вот в Петров пост 1649 года мирские люди многие приходили к нему с шумом и говорили: «Прежде многие власти были, а старины не портили; мы тебе старого ничего в соборной церкви переделывать не дадим!» От митрополита пошла толпа к св. Софии, подвези из церкви выбросили, мастеров, которые подвязывали подвези и сбирались столпы ломать, хотели бить, но те спрятались.
Негодяева отправили из Москвы в Новгород уговаривать горожан к повиновению, уговаривать и Жеглова, чтоб отстал от воровства, и обещать прощение. Но вслед за этим, 20 апреля, получена грамота от Хованского, что новгородцы покорились. Как сильно было впечатление, произведенное в Москве рассказами Негодяева, видно из того, что на другой день по получении известия от Хованского о покорности новгородцев, 21 апреля, царь писал Никону: «Ты бы соборной церкви рушить и столпов ломать не велел». Никон сильно обиделся и отвечал длинною грамотою; описав все свое поведение во время мятежа, Никон продолжает: «Посадские добрые люди у меня пробыли во дворе, поил я их и кормил, и всякое худое дело у Ивашки да у Игнашки (Жеглова и Молодожникова) моего ради постояния разорялось и в совершение не приходило, и только бы я о том не стоял, много бы хуже псковского было; беспрестанно я за тебя, государя, Бога молил и к тебе писал, нанимая худых людей всякими способами, посылал тайно. И за то. по наговору Ивашки Жеглова. опозорен и изувечен: да тот же Ивашка с товарищами били челом тебе ложно, будто я всех новгородцев проклинал; но я проклинал воров, а не добрых людей, и оттого сталась смута; но я проклинал на третий день после смуты. Да они же били челом, будто я хотел церковь соборную всю разрушить, и то явное их ложное челобитье: как мне без твоего государева указа разрушить? Да и софийской казны не будет столько, что разобрать, не только что вновь создать. А Федька Негодяев твою государеву милость обманом выманил, а он не только твоего государева жалованья не достоин, но и живота не достоин; он на меня тебе, государю, и боярам твоим налгал небылицу, для его ложных слов ты на меня кручинишься, и что я к тебе ни писал, ответа мне до сих пор нет никакого; мне о том очень сумнительно и впредь о твоих государевых делах писать к тебе и здесь говорить нельзя. А ныне в Великом Новгороде тихо, сильно плачутся о мимошедшем своем к тебе согрешении. Милостивый государь царь и великий князь Алексей Михайлович! Уподобись милостивому и человеколюбивому Богу! Как будут тебе о своих винах бить челом, прости; а я, уговаривая их, в твоей милости ручался, а если б не так уговаривал, то все бы отчаялись за свое плутовство и на большее бы худо вдались; ко мне всем городом приходили не по один день и прощения просили, что меня били и бесчестили и били на меня челом ложно». Царь отвечал: «То ты, богомолец наш, делал и исполнял Господню заповедь, св. апостол и св. отец предание, ревнуя по истинной Христовой вере, ревнуя прежним святителям и хвалы достойному новому исповеднику, Ермогену патриарху. И мы, великий государь, тебя за твое раденье и крепкое стоянье и страданье милостиво похваляем; и тебе бы и вперед ко всесильному Богу обеты свои исполнять и добрым делам ревнителем быть, как начал, так бы и совершал».
С 24 апреля Хованский приступил к розыску. Прежде всего явился датский посланник с жалобою на Волка, которого пытали, и он повинился, что посланника бил и бесчестил; на него же все единогласно показывали, что мятеж, гиль и воровской завод чинил с Ивашкою Жегловым и Елисейкою Лисицею. Чтоб удовлетворить посланника и тем предотвратить разрыв царского веичества с королевским, Волку отсекли голову на площади; палача, который пьяный приходил к посланнику и его опозорил, высекли кнутом. С 24 апреля по 7 мая сыскали заводчиков: старосту Андрюшку Гаврилова, Елисейку Лисицу, Ивашку Жеглова, Игнашку Молодожникова, Никифорку Хамова, Степку Трегубова, Панкрашку Шмару, площадного подьячего Нестерка Микулина с сыном Гаврилкою, площадного подьячего Аханаткова; всех же объявилось в воровстве 212 человек.
Сначала Хованский хотел устроить тюрьму и посажать туда всех оговоренных; но 13 мая к Никону в соборную церковь пришли стрельцы с женами и детьми и били челом, чтоб государь их пожаловал, не велел оговоренных товарищей их стрельцов, которые у них на поруках, в тюрьму сажать, а дать бы им наказанье, кто чего достоин, да и отпустить. Никон послал за Хованским и сказал ему: «Прислана государева грамота, велено тебе со мною государево дело ведать: так моя мысль, что надобно исполнить просьбу стрелецкую потому: если всех оговоренных людей посажать в тюрьму, то они все будут ждать себе смертной казни; услышат о том псковичи и будут думать, что все виновные посажены в тюрьму на смерть; тогда государеву делу будет поруха». Хованский согласился, и большинство оговоренных отдано на поруки. Пришел приговор из Москвы: казнить смертью Жеглова, старосту Андрюшку Гаврилова, Елисейку Лисицу, Молодожникова, Шмару; Хамова и Трегуба бить кнутом нещадно и сослать в Астрахань на вечное житье: других бить кнутом и сослать на Терек, иных в Карпово, иных в Коротояк; иных бить кнутом и отдать на поруки; иных бить батогами и отдать на поруки. Исполнение приговора отложено, однако, до нового указа. Пришел новый указ: посадского человека Якушку да троих стрельцов велено бить кнутом нещадно, троих посадских бить батогами, 162 человека посадских, стрельцов и козаков бить кнутом и отдать на чистые поруки. Указ был исполнен, но между троими стрельцами, которых надобно было бить кнутом нещадно, находился Куземка Меркурьев; стали искать Меркурьева, а он в Москве, отправлен туда воеводою с отписками; 16 июня приехал Меркурьев из Москвы и вместо того, чтоб идти под кнут, подал жалованную царскую грамоту: велено ему быть в пятидесятниках и дано ему пять рублей за то, что с братом своим Фомкою в мятеж отняли у воров Никона и князя Хилкова, убить их не дали.
А. Васнецов. Всехсвятский каменный мост. Москва конца XVII века. 1901 г. Фрагмент
В Москве были недовольны медленностью Хованского; узнавши об этом, Никон писал государю: «Ведомо мне учинилось, что прислана твоя государева грамота к твоему боярину князю Ивану Никитичу Хованскому, а в ней написано, что боярин твоим государевым делом промышляет мешкотно: но твой государев боярин твоим делом радеет и промышляет неоплошно, да и я ему говорил, чтоб тем делом промышлял не вскоре, с большим рассмотрением, чтоб твое дело всякое сыскалось впрямь; от этого дело и шло медленно, а не по боярскому нерадению; вскоре было такого великого дела сыскать нельзя, а здесь, государь, приходит дело в совершенье работою боярина князя Ивана Никитича Хованского, и работал он тебе тихим обычаем, не вдруг, чтоб не ожесточились; а что промедлилось и в том твоему государеву делу порухи нет: худые всяких чинов люди в сыску; а мешкалось дело и для Пскова».
Во Пскове гиль опять начал усиливаться с половины марта. Лучшие люди с ужасом увидали, что преступники, сидевшие в тюрьме, ходят одни на свободе: началось сильное воровство, душегубство. Из Москвы отправлен был в Новгород и в Псков новгородец Богдан Арцыбашев с приказом, чтоб вперед в этих городах хлеба на государя не закупали. Исполнив свое поручение в Новгороде, Арцыбашев приехал во Псков 17 марта. Его взяли и поставили пред земскою избою, откуда вышел староста пятиконецкий Меншиков и начал его допрашивать. Кто он? Откуда? Грамоты у Арцыбашева отняли и между прочими грамоту к архиепископу Макарию от новгородского воеводы Хилкова. Это послужило поводом к новому гилю; ударили в колокола и окружили архиепископа в Рыбницких воротах, когда он возвращался от обедни из Надолбина монастыря. «Для чего списываешься с новгородским воеводою?» – стали кричать гилевщики Макарию: «По твоему письму он наших челобитчиков послал в Москву скованных, а одного челобитчика под приказ подкинул!» Архиепископ отвечал, что он писал Хилкову о здоровье, а не об них. Потом начали требовать, чтоб архиепископ выдал им своего сына боярского Турова, который вывел из города Федора Емельянова; Макарий отвечал, что Туров от него сбежал; тогда архиепископа схватили, начали водить по площади и посадили в богадельню на цепь, и сидел он на цепи с час; выпустили его только тогда, когда он обещался к 19 марта сыскать Турова. После этого гиль не прекращался: каждый день набат, круги и советы. 21 марта вывели опять на площадь шведа Нумменса, раздели и пытали полчаса. Арцыбашев сидел в тюрьме на цепи; его допрашивали: чей он холоп, Морозова или Хилкова?
На смену Собакину 25 марта приехал из Москвы другой воевода, окольничий князь Василий Петрович Львов. Сдавши город новому воеводе, Собакин хотел уехать, но псковичи его не пустили: «Когда воротятся поздорову наши челобитчики из Москвы, тогда тебя и отпустим», – говорили они. Новый воевода недолго пожил в покое. 28 марта пришли к нему в съезжую избу всяких чинов люди и начали требовать пороху и свинцу. «Зачем вам порох и свинец?» – спросил Львов. – Разве что из-за рубежа слышно? Если что слышно, то мы пошлем проведать. С немцами войны нет». Стрелец Коза отвечал: «Из-за рубежа не слыхать ничего, боимся московского рубежа; слышали мы, что идут к нам с Москвы во Псков многие служивые люди. С немцами войны нет, но нам те немцы, которые с Москвы будут по наши головы». Львов сказал на это: «Али вам с государем драться? Пороху и свинцу вам не дам, разве, задавив меня, снять вам печать и ключи казенные». Тут закричали миром: «С ружьем! С ружьем!» Загудели колокола, поднялся страшный шум, ругательства на Львова, крики: «Изменник! Изменник!» Окружили съезжую избу, примеривались из пищалей в окно; стрелец Ивашка Колчин махал топором, грозился срубить воеводу; Львов снял со стены Спасов образ и говорил: «Православные христиане, какого вы изменника во мне нашли государю? Вот вам Спасов образ, что я не изменник государю! Порох и свинец берите силою, а волею я вам не дам». Порох и свинец были взяты, после чего повели Львова во всегороднюю избу и вытребовали от него ключи городовые. Но этим дело не кончилось: пришли ко Львову и Собакину в домы их и кричали: «Если не пошлете с нашими челобитчиками в Москву детей своих, то мы у вас возьмем их и не в честь, а вас побьем; а если дети ваши челобитные где-нибудь по городам покажут и скажут, что у челобитчиков челобитные, а не у них, и если государь что-нибудь велит сделать над нашими челобитчиками, то мы вас самих побьем до смерти». Воеводские сыновья были взяты силою.