Работы шли хорошими темпами, и уже к 1477 году громадный собор был построен, но еще два года продолжалась внутренняя отделка храма, прежде чем 12 августа 1479 года митрополит Московский Геронтий торжественно освятил его.
Мастер Аристотель составил план «каменного строения», но сам уже ничего в Москве не возводил, занявшись работой по металлу. Он устроил для князя Пушечный двор; с пушками, пищалями и тюфяками, отлитыми под его руководством, маэстро Аристотель принимал участие в походе 1482 года на Новгород, командуя всей княжеской артиллерией. В том же походе он построил прочный понтонный мост через Волхов, за что был обласкан и награжден. Инженер получал около фунта серебра в месяц, имел богатый дом и почет при дворе, однако, когда он пожелал искать счастья при дворе миланского герцога Сфорца, давно звавшего его на службу, это весьма рассердило московского князя. Впрочем, опала была недолгой — князь готовился к новым походам, опытный артиллерист и военный инженер ему был очень нужен. В свою очередь, и старый мастер умерил норов, согласившись служить князю и впредь. Он принимал участие в походе на Тверь в 1485 году, а позже, продолжая распоряжаться на Пушечном дворе, занимался чеканкой монеты. Постепенно имя Фьораванти пропало из русских документов и не всплывает в итальянских, что дает основания предположить, что умер он в Москве своей смертью в преклонных летах.
За время своего правления великий князь Иван сумел привести под свою руку множество окрестных владений. Княжество усилилось настолько, что подданство Золотой Орде, слабевшей с каждым годом, стало слишком тяготить московского князя. Женитьба на греческой принцессе только усилила амбиции Ивана — при определенной игре политических курсов если не он сам, то его дети вполне могли претендовать на византийский престол, если бы удалось отвоевать Константинополь у турок. Супруга князя всячески подогревала эти настроения и настраивала мужа против татар, начав с того, что добилась удаления их дворов из Кремля, присоветовала каждый раз, когда надо было принимать ордынских послов, сказываться больным и уклоняться от участия в церемонии.
После целого ряда демонстративно пренебрежительных акций в отношении Орды и хана Ахмата конфликт перерос в военное противостояние, которое вылилось в знаменитое «стояние» на берегах Угры осенью 1480 года. До самых морозов два войска, разделенные рекой, стояли друг против друга, собирая союзников и метая ядра через реку. Так и не решившись на переправу, хан Ахмат приказал покинуть русские пределы без боя. Ордынское войско отступило к устьям Дона, где встало на зимовку, но в начале января 1479 года на ставку Ахмата напал ногайский хан Ибак, разбил ордынцев, собственноручно заколол Ахмата и захватил богатую добычу. Эти события привели к распаду Золотой Орды на несколько государств, ни одно из которых не могло тягаться военной мощью с Московским княжеством.
Иван, видя возможность «взять под свою руку» земли ближних и дальних соседей, вовсе не желал упускать такой шанс расширить владения, а у тех, кому это грозило, элементарно не хватало сил для противодействия его намерениям. Тогда же слишком многое изменилось в укладе жизни московских «верховников». По наущению княгини при дворе Ивана Васильевича завели этикет, во всем стараясь подражать византийским императорам, насколько это было возможно, а к этому еще не привыкли многие знатные москвичи. Прежде дела княжества обсуждались со «старшой дружиной» — знатными воинами-ветеранами, приглашались «думу думать» бояре, но с появлением в Москве Софьи от этих старых обычаев не осталось и следа, а важнейшие решения князь стал принимать, «держа совет в опочивальне». Верхушка общества негласно разделилась на недовольных «гречанкой» и ее сторонников, в число которых помимо приезжих иноземцев входили и русские, в большинстве своем служилые люди, не очень родовитые и богатые, которые рассчитывали с помощью Софьи Фоминичны «пойти наверх».
Для партии Софьи черные времена наступили зимой 1483 года, когда во время свадебных гуляний по случаю женитьбы наследника князя Иоанна Васильевича, его сына от первого брака княжича Ивана Ивановича Молодого на Елене, дочери молдавского и волшского господаря Стефана IV, после одного из пиров в Кремле захворал и умер татарский князь Карачук, наследник касимовского царевича Данияра, бывшего «в чести» у великого князя. Когда выяснилось, что придворный врач Ивана Васильевича, немецкий доктор Антон, на пиру «для смеху» подсыпал в кубок Карачука какого-то зелья, а когда тому стало худо, не смог спасти его, великий князь страшно разгневался! Смерть первой жены произвела на него очень сильное впечатление, а потому идиотская шуточка немца-доктора, обернувшаяся столь печальными последствиями, пробудила в князе сущего изверга. Изначально он распорядился выдать Антона на расправу касимовскому царевичу, но, узнав, что тот, взяв с доктора большой «окуп», отпустил его, распорядился схватить «шутника» снова и отвести его на двор Данияра, передав тому, что князь хочет смерти виновника. Видя, что спорить с князем не стоит, царевич велел своим людям прикончить лекаря — того вывели на москворецкий лед под мостом и там «зарезали как овцу».
В октябре 1483 года у князя Ивана Ивановича родился сын, при крещении нареченный Дмитрием. Великий князь, несказанно обрадованный рождением внука, по обычаю, собирался одарить невестку, решив поднести ей «саженье» — драгоценное ожерелье из фамильных драгоценностей великих князей Тверских, отданных за первой женой князя в качестве приданого. Но сколько ни искали это ожерелье в кремлевских скарбницах, нигде его не могли найти, а потом выяснили, что княгиня Софья самовольно передала его своей племяннице Марии Андреевне, которую выдали замуж за князя Верейского Василия Михайловича Удалого.
Свою дочь принц Андрей Фомич привез в 1480 году и вскоре уехал обратно в Рим, а приданое племяннице обеспечивала тетка. Тогда же выяснилось, что тверское саженье не единственная пропажа — княгиня тайно переправляла братьям значительные суммы денег и драгоценности, которые те проматывали. В Москве не было секретом, что Андрей Фомич, номинально обладавший правами на византийский престол, вел в Риме вызывающе разгульный образ жизни и совершенно погубил свою репутацию, женившись на знаменитой римской проститутке. Эти родственнички и так были великому князю что бельмо на глазу, а как выяснилось, что они еще и пользовались его сокровищницами, гневу Ивана Васильевича не было предела. Зная его норов, князь и княгиня Верейские не стали рисковать и, бросив все, ударились в бега, найдя убежище в Литве. Московский князь гневался на них еще очень долго и, заключая договоры с соседями, специально оговаривал, чтобы их не принимали в своих владениях. Был он недоволен и женой, но все же помиловал ее, хотя в их отношениях наступило некоторое охлаждение.
По прошествии семи лет Москву потряс новый скандал, разразившийся после смерти объявленного наследником княжеского титула Ивана Иванович Молодого. К концу 80-х годов он стал прихварывать, жалуясь на боли в ногах. Мачеха Софья, имевшая некоторые познания в медицине, пользовала его, и молодому князю делалось легче, но полного выздоровления не наступало, и тогда великая княгиня предложила привезти итальянского врача. Отправленные в 1488 году для набора мастеров разного профиля греки из свиты Софьи, братья Дмитрий и Мануил Ралевы, получили с гонцом приказ пригласить доктора и сговорились с венецианским врачом евреем Леоном, который приехал в Москву зимой 1490 года. После первичного осмотра лекарь Леон диагностировал «камчуг» — так тогда называли подагру и ревматизм. Немощи это болезненные и нудные, но совсем не смертельные и вполне поддающиеся лечению. Уверенный в том, что он справится, Леон твердо обещал вылечить княжича и принялся за дело, применяя известные в то время средства. Он ставил пациенту банки — «жег ноги скляницами с горячей водой», давал какие-то лекарства внутрь… Но такое лечение княжичу никак не шло на пользу, а даже наоборот — ему становилось все хуже, и 7 марта 1490 года он умер, не дожив до 33 лет. Гибель пациента стоила жизни и его лекарю: справив сороковины по сыну, великий князь приказал казнить Леона Жидовина — 22 апреля того же года за Москвой-рекой, на Болвановке, палач отсек венецианскому врачу голову.
По Москве пополз глухой слух, что к смерти наследника причастна Софья, у которой сложилась устойчивая репутация главной покровительницы всех московских знахарок и чародеек, да и сама она, по уверению современников, умела варить зелья. Также все уже могли оценить наследственную склонность византийки к интригам, да и принцип «кому выгодно» указывал именно на нее.
К моменту смерти князя Ивана Ивановича княгиня Софья родила мужу десятерых детей — пять мальчиков и пять девочек. Две дочки умерли во младенчестве, но все мальчики были живы-здоровы, однако что их ждало в будущем? При живом сыне князя от первого брака, объявленном наследником и уже принимавшем участие во многих военных и государственных делах, перспективы детей, рожденных Софьей, были весьма невеселыми. С рождением сына у наследника, внука великого князя, возможность наследования княжеского престола отпрысками древа Палеологов становилась и вовсе призрачной.
