Наступление сухопутных войск поддерживали крупнокалиберные железнодорожные батареи флота. В январе 1940 г. в Ораниенбауме из добровольцев с кораблей и частей был сформирован Береговой отряд сопровождения, обеспечивающий действия войск на приморском направлении. По опыту применения отряда в составе КБФ была создана 1-я бригада морской пехоты.
Авиация КБФ подавляла береговые батареи противника на островах Койвисто, Тиуринсари, Пуккионсари и др., наносила бомбардировочные удары по военно-морской базе Котка, портам, аэродромам противника и его коммуникациям и прикрывала свои военно-морские базы,
Во время боевых действий были вскрыты серьезные недостатки в комплектовании и подготовке соединений флота. В составе флота не хватало тральщиков. По этой причине не было проведено минной разведки района маневрирования кораблей ОЛС у побережья противника. Не было специальных десантных кораблей. При взятии островов войска высаживались с транспортов и кораблей с помощью баркасов и шлюпок, а техника переправлялась на берег на плотах.
Одной из причин крайне неудовлетворительного знания обороны противника и оборудования театра военных действий в целом являлась плохая работа морской разведки, которой за два десятка лет не удалось добыть сколь-нибудь полных сведений о финских береговых батареях. Как следствие, перед началом операций по их подавлению эсминцы, рискуя быть потопленными, маневрировали, вызывая огонь на себя, чтобы засечь выстрелы финских орудий. Даже после проведения разведки боем у командиров кораблей и соединений оставалось весьма смутное представление о той цели, которую они обстреливали. Во всех случаях корабли стреляли по площадям практически вслепую, располагая лишь приблизительными координатами целей. Линкоры, обрушившие на финскую батарею более четырех сотен снарядов, так и не смогли ее подавить, поскольку не было точно известно расположение финских орудий.
Кроме того, полностью отсутствовала информация о финских минных заграждениях. Крейсер «Киров», выйдя на первую операцию, едва не погиб, пройдя вплотную от кромки минного заграждения (об этом стало известно после окончания войны, когда в руки советских моряков попали финские карты).
Корабельные зенитчики слабо знали силуэты самолетов и не могли отличить свои от противника. 21 декабря огнем эсминца «Сметливый» был сбит самолет МБР-2. В свою очередь, летчики флотской авиации не знали силуэты не только кораблей противника, но и своих. Так, например, 30 ноября у острова Сейскари самолет СБ атаковал наши эсминцы, которые открыли по нему зенитный огонь. Были случаи, когда свои истребители по ошибке атаковали свои же бомбардировщики, сбив два из них. С первого дня войны флотские бомбардировщики охотились за финскими броненосцами береговой обороны, вылетая крупными группами; так, 2 марта 1940 г. на их бомбежку вылетели 30 самолетов. Всего на броненосцы была сброшена 221 бомба (63 т), но результат был нулевой, ни одна бомба не попала в финские корабли.
ВВС КБФ потеряли 80 самолетов, при этом от зенитного огня и истребителей противника были потеряны 25 машин, остальные разбились при взлете и посадке и по другим причинам из-за неопытности экипажа.
К сожалению, сделать выводы из уроков финской войны и устранить недостатки до начала Великой Отечественной не успели.
После принятия в июле 1940 г. Эстонской и Латвийской республик в состав Советского Союза небольшие по своей численности флоты этих государств были включены в состав Краснознаменного Балтийского флота. Пополнение состояло из 4 подводных лодок («Калев», «Лембит», «Ронис» и «Спидола»), 3 тральщиков, 4 минных заградителей, 5 посыльных судов.
В результате присоединения к СССР Эстонской и Латвийской республик, а также подписания мирного договора с Финляндией КБФ получил ряд портов, выдвинутых к устью Финского залива, и на побережье Балтийского моря — Либава, Виндава, Рига, Ханко, Палдиски, Таллин, Выборг. Получение этих портов и перенос базирования отдельных соединений коренным образом изменили положение на театре.
Флот получил открытые выходы в Балтийское море, отпала необходимость под непосредственной и непрерывной угрозой с обоих берегов и островов форсировать узкий Финский залив, проделывая 240-мильный путь от Кронштадта до выхода в Балтийское море.
Однако наряду с этими положительными сторонами новой обстановки на театре существовали и отрицательные, имевшие весьма существенное значение. Фланговые базы — Либава, Ханко, Выборг — находились в непосредственной близости к государственной границе и при отсутствии надлежащей организации обороны могли оказаться уязвимыми участками в системе базирования флота.
Почти все северное побережье от советско-финской границы до Ханко оставалось под контролем Финляндии, союзницы Германии. Оно изобиловало большим количеством выходов из шхер, соединенных продольными шхерными фарватерами, позволяющими скрытую рокировку легких сил и подводных лодок противника. Финское побережье имело ряд сильно укрепленных районов, вооруженных дальнобойной артиллерией, простреливавшей акватории до середины Финского залива и даже северные подходы к главной базе — Таллину. Поэтому все судоходство в первые месяцы войны пришлось осуществлять вдоль южного побережья по малым глубинам для затруднения действий подводных лодок противника.
Линия наблюдательных постов и сеть финских аэродромов давали противнику возможность непрерывного наблюдения за нашими перевозками, особенно в светлое время суток. Таким образом, на всем протяжении наша основная коммуникация Кронштадт — Таллин — Ханко была под контролем и возможным ударом противника.
Новые ВМБ были совершенно не приспособлены для базирования военного флота. По существу, кроме акваторий и ограниченного причального фронта, почти ничего не было, ремонтные базы существовали только в Либаве и Таллине. Гавани, оставшиеся без изменений еще от царской России, а местами пришедшие в ветхость, не были рассчитаны на базирование таких кораблей, как эсминцы, не говоря уже о более крупных. Необходимо было выполнить большой объем строительных работ по созданию инфраструктур баз флота.
Увеличение протяженности береговой черты, количества портов и рейдов, удаленность новых ВМБ на большом расстоянии друг от друга (Либава, Таллин, Ханко, Рига), и в особенности от тыловой базы Кронштадта, для поддержания морских сообщений и рейдовой службы требовали наличия многочисленного, хорошего вспомогательного флота, а его не хватало даже до 1940 г., в условиях мирного времени. Например, нефтеналивных судов имелось всего четыре, водоналивных — два. Подавляющее число вспомогательных судов имело за плечами не один десяток лет службы. Нехватка вспомогательного флота приводила к перебоям в своевременном подвозе необходимых видов снабжения и ставила готовность соединений КБФ в зависимость от наличия свободного тоннажа. Между тем слабо развитая промышленность Прибалтийских республик, недостаточно развитая железнодорожная сеть, а также отсутствие возможности создавать в базах необходимые запасы (из-за отсутствия складов), начатое большое оборонительное строительство требовали постоянного и весьма оживленного морского сообщения между новыми базами и тылом КБФ.
ВМБ Ханко, по существу, имела связь с остальными базами только морским путем, т. к. железнодорожная связь была обусловлена специальным договором с Финляндией и перевозки секретными быть не могли.
Большое увеличение протяженности морской границы требовало развертывания береговой обороны в новых районах базирования флота. Такие пункты, как Либава, Виндава, Ирбенский пролив, острова Моонзундского архипелага, Ханко, Биорке, совершенно не имели обороны с моря.
К началу войны программа строительства береговой обороны не была закончена. Ряд батарей заканчивался строительством в ходе войны. Круговая оборона островов и батарей, которая понадобилась во время войны, не была предусмотрена.
Важнейшим был вопрос о создании сухопутной обороны. Таким образом, хотя флот и получил выгодные позиции на Балтийском море и в Финском заливе, эти позиции для действий флота оборудовать не успели.
По предвоенным документам, оборона военно-морских баз с суши возлагалась на армию, а флот должен был решать эту задачу с моря и воздуха. Ни одна из военно-морских баз КБФ, кроме Ханко, не имела заранее подготовленной сухопутной обороны.
Сухопутная оборона района Либава — Рига была возложена Генеральным штабом на Прибалтийский особый военный округ. Но к началу войны у Либавы ничего реально создано не было. К строительству сухопутной обороны на островах Эзель и Даго ПрибОВО приступил только перед началом войны, но с началом ее было свернуто вследствие ухода частей ПрибОВО.
К летней кампании 1941 г. работа в указанных направлениях была в полном разгаре, но для завершения ее требовалось время — около двух лет. Таким образом, начало войны, даже в отсутствие внезапного нападения противника, неизбежно ставило КБФ в невыгодные для него условия.
