Патриарх Тихон в период гражданской войны воздерживается от поддержки одной из сторон: он предоставляет автономию епископам, епархии которых оказались под властью белых, но отказывается поддержать авторитетом церкви белых.
Голод 1921 года используется для нанесения жестокого удара по церкви. В августе патриарх Тихон обращается к главам христианских церквей с призывом помочь голодающим. Создается Церковный комитет помощи голодающим и в церквах ведется сбор даяний. Правительство не признает церковного комитета и распускает его. Е. Кускова, вспоминая «могучую энергию» патриарха, «поднявшего на дело спасения всю верующую Россиию и заграницу», считает, что эта энергия очень напугала большевиков, в глазах которых «проявление его и нашей энергии было лишь организацией контрреволюции».
19 февраля 1922 года патриарх предложил епархиальным советам передать в фонд помощи голодающим церковные ценности, за исключением священных предметов. 26 февраля правительственным декретом конфисковались все церковные ценности, включая священные предметы. Верующие пытаются воспрепятствовать конфискации. В течение первых трех месяцев выполнения декрета было зарегистрировано 1414 кровавых инцидентов — столкновений верующих с войсками. Сопротивление верующих Шуи, во время которого было убито 4 и ранено 10 человек, немедленно используется Лениным для составления строго секретного инструктивного письма, адресованного членам Политбюро. «Надо именно теперь проучить эту публику так, чтобы на несколько лет ни о каком сопротивлении они не смели и думать». Ленин дает указания: арестовать как можно больше «представителей реакционной буржуазии и реакционного духовенства», провести показательный процесс, расстрелять «очень большое число». Во время процесса, организованного в Москве в апреле-мае 1922 года, 11 обвиняемых были приговорены к смертной казни. В отношении пятерых приговор был приведен в исполнение. В качестве свидетеля, а затем и обвиняемого, был привлечен патриарх Тихон. Он был помещен под домашний арест и лишен возможности исполнять свои функции. На процессе в Петрограде (июль 1922 года) судили 86 человек. К смерти было приговорено 10 обвиняемых, казнено четверо, в том числе митрополит Вениамин. В общей сложности в 1922 году было казнено 8 100 священников, монахов и монашенок.
Не перестает вестись и «антирелигиозная работа», в частности продолжается разоблачение суеверия. В газетах появляются сообщения «разоблачительного» характера: «Петроград. 2 августа следователем по важным делам, в присутствии духовенства и экспертов, профессоров Петроградского медицинского института, было произведено вскрытие мощей Александра Невского. Вместо мощей в раке оказались кусочки костей, перемешанных с мусором».
Борьбу с церковью значительно облегчил происшедший в ней раскол. Группа петроградских священников во главе с Александром Введенским, явившись к арестованному патриарху, потребовала передачи им патриархальной канцелярии, чтобы церковь «не осталась без всякого управления». Патриарх передал свою власть митрополиту Агафангелу, находившемуся в Ярославле, а до его приезда поручил канцелярию А. Введенскому и его приверженцам. 18 мая 1922 года они совершают переворот, ликвидируют патриархат и объявляют о создании Высшего церковного управления. Рождается «Живая церковь», которой «советская власть оказывает свою моральную, материальную и, в особенности, полицейскую, поддержку». На «Живую церковь» возлагаются большие надежды. Мне кажется, говорил Г. Зиновьев А. Введенскому, что «ваша группа могла быть зачинателем большого движения в международном масштабе». Быть может, руководитель Коминтерна, участвовавший в 1921 году в учреждении Профинтерна, видел в будущем возможность создания церковного интернационала под руководством партии большевиков Оказывая «Живой церкви» помощь, развертывая перед ее руководителями радужные перспективы, советская власть напоминала им и о другой стороне медали. Утверждение смертного приговора по отношению к 5 осужденным в московском процессе, — писал Мих. Горев, — «должно не только отрезвить горячие контрреволюционные поповские головы, но и преподать урок и элементарной политической азбуки новому Высшему церковному управлению». Л. Каменев, после петроградского процесса, подчеркивая «наивысшую снисходительность» ВЦИК, заменившего 6 обвиняемым «высшую меру долгосрочным заключением», напомнил: «Нет, не может быть и не будет милости в отношении тех князей церкви, а также мирян, выходцев из архибуржуазной среды, которые ныне, прикрываясь организацией церкви, поднимают наиболее темные и развращенные элементы населения против рабоче-крестьянской власти».
С первого дня революции Ленин видит в интеллигенции главного врага, ту силу, которая не хочет «подчиняться без долгих обсуждений личному авторитету одного человека» и одной партии. Борьба с той частью интеллигенции, которая была враждебна советской власти, в объяснениях не нуждалась. Преследования, которым подвергается нейтральная часть интеллигенции, объяснялись присущей ей гуманностью, добротой, рождавшей сочувствие к преследуемым. В ответ на письмо Горького по поводу массовых арестов в Петрограде Ленин излагает 15 ноября 1919 года свое кредо: «...В общем мера ареста кадетской (и околокадетской) публики была необходима и правильна... Неверные сердитые слова говорите Вы по какому поводу? По поводу того, что несколько десятков (или хотя бы даже сотен) кадетских и околокадетских господчиков посидит несколько дней в тюрьме для предупреждения заговоров...» Три дня спустя Ленин почти дословно повторяет свою аргументацию — она была хорошо придумана — в письме М. Андреевой: «... Нельзя не арестовывать для предупреждения заговоров, всей кадетской и околокадетской публики. Она способна вся помогать заговорщикам. Преступно не арестовывать ее». Обращаясь к терминологии славянофилов, отличавших «народ» и «публику», то есть интеллигенцию, Ленин обогащает словарь выражением «околокадетская». Слово это позволяло не заботиться о партийной принадлежности арестованных, в ряды обвиняемых зачисляется вся русская интеллигенция. Как таковая. Отягощает вину многих арестованных интеллигентов то, что они до революции помогали большевикам: раз они такие добрые и помогали преследуемым раньше, кто может гарантировать, что они не будут этого делать теперь? Важнейшее открытие Ленина заключается в том, что он считает необходимым арестовывать — он подчеркивает: «нельзя не арестовывать», «преступно не арестовывать» людей, которые «способны» помогать заговорщикам. Открытие вождя революции: необходимо арестовывать потенциально опасных людей.
Очередной удар по интеллигенции наносится в августе 1922 года. 28 августа 1922 года «Известия» публикует одновременно постановление ВЦИК о роспуске Всероссийского комитета помощи голодающим и сенсационные материалы о раскрытии так называемой Петроградской боевой организации. По делу ПБО было арестовано «свыше 200 человек». ВЧК соединила вместе группу кронштадтских моряков, группу морских офицеров и профессорскую группу. Есть все основания утверждать, что все «дело ПБО» является сфабрикованным от начала до конца. Даже советские историки не могут договориться в чем же была вина арестованных. Один говорит ясно и точно: «Петроградская боевая организация Таганцева подготовляла кровавый переворот к концу августа — началу сентября 1921 года», другой ограничивается заявлением: «ПВО готовила заговор против Советской власти в 1921», третий перечисляет подробно «преступления»: разрабатывали «проекты государственного и хозяйственного переустройства России, полагая, что свержение Советского правительства — вопрос лишь времени», «кадет Таганцев вынашивал идею создания «массовой базы»..., вошел в контакт с группой так называемых «уполномоченных собрания представителей фабрик и заводов г. Петрограда». В то время как профессора «идейно» направляли организацию, кронштадтские моряки совершили «террористический акт»: «разбойничья группа взорвала в Петрограде памятник В. Володарскому».
Подготовка процесса и сам процесс проходили под личным руководством Ленина. После ареста значительной группы крупных русских ученых, деятелей культуры — географа проф. В. Н. Таганцева, химика проф. М. М. Тихвинского, профессоров Д. И. Шаховского, Н. И. Лазаревского, С. А. Ухтомского, В. М. Козловского, поэта Николая Гумилева и многих других — перед Лениным ходатайствуют об их освобождении геологи, Русское физико-химическое общество. В числе расстрелянных, вместе с теми, кого называли «наиболее опасными», «руководителями заговора», были профессор Тихвинский и поэт Николай Гумилев. За них особенно ходатайствовали перед Лениным. За М. Тихвинского — ибо он был выдающимся химиком и старым большевиком, отошедшим от партии до революции, за Н. Гумилева — ибо он был одним из самых больших поэтов России.
