Молотов вновь запечалился о том, какой «большой ущерб судоходству Советского Союза» может нанести «эта лодка», об «отсутствии гарантий» и наконец, с наслаждением ощущая себя представителем великой державы, жестко отчеканил:
«…20 лет тому назад нас посадили в эту финскую «лужу». Не думаете ли Вы, что это может оставаться навечно? Тогда Советский Союз был бессильным, к настоящему же времени значительно вырос в экономическом, военном и культурном отношениях. Советский Союз теперь великая держава, с интересами которой необходимо считаться. Скажу Вам — Советскому Союзу требуется расширение системы своей безопасности, для чего ему необходим выход в Балтийское море. Если Вы не пожелаете заключить с нами пакт о взаимопомощи, то нам придется искать для гарантирования своей безопасности другие пути, может быть, более крутые, может быть, более сложные. Прошу Вас не принуждать нас применять силу в отношении Эстонии».
Естественно, не в подводных лодках было дело. Ни одной польской субмарины на Балтике к этому времени не осталось: три лодки были интернированы в Швецию, «Волк» пришел в английскую базу Розайт, героический экипаж «Орла», пользуясь нарисованной по памяти «картой» и «Реестром маяков», через минные поля и немецкие дозоры прорывался через проливы в Северное море. Похищенные эстонские стражники живыми и невредимыми нашлись на острове Готланд, куда они любезно были высажены поляками, и теперь раздавали интервью о самом большом в своей жизни приключении. Но любой агрессор оправдывает свои действия угрозой собственной безопасности и своими шкурными, простите, геополитическими интересами. «С Германией у нас дружественные отношения, — заявил Молотов, — но на Балтийском море могут вдруг появиться и угрожать Советскому Союзу силы других великих держав, например, Англии. События показали, что безопасность флота Советского Союза недостаточна, и поэтому естественно, что Советский Союз возьмет в свои руки обеспечение этой безопасности». Германия возражать не станет.
Занимательно, что Председатель Совнаркома, поднаторевший в переговорах с нацистами и уже привыкший к тому, что в социалистических государствах все вопросы чудесным образом могут разрешить четыре человека — Сталин, Гитлер, Молотов, Риббентроп, предложил просто позвонить президенту Эстонии, разъяснить ему ситуацию и, не мешкая, подписать договор. Но оказалось, что в «фашистской» Эстонии существует парламент. «Как парламентский министр, — изумился Сельтер, — я обязан проинформировать, кроме президента и правительства, также и парламент, а этого нельзя сделать по телефону». Молотов нехотя согласился, но предупредил, что «это дело срочное. Советую вам пойти навстречу пожеланиям Советского Союза, чтобы избежать худшего. Не принуждайте Советский Союз применять силу для того, чтобы достичь своих целей. Рассматривая наши предложения, не возлагайте надежд на Англию и Германию. Англия не в состоянии что-либо предпринять на Балтийском море, а Германия связана войной на Западе. Сейчас все надежды на внешнюю помощь были бы иллюзиями. Так что Вы можете быть уверенными, что Советский Союз, так или иначе, обеспечит свою безопасность. Если бы Вы не согласились с нашим предложением, то Советский Союз осуществил бы меры по своей безопасности другим способом, по своему желанию и без согласия Эстонии».
После перерыва эстонской делегации был вручен проект договора о взаимопомощи, а подписание договора о торговле было отложено до следующего визита Сельтера в Москву с ответом на советское предложение. Утром эстонский министр самолетом вылетел домой. На принятие решения отводилось три дня.
Вернувшись в Таллин, Сельтер 25 сентября уведомил о советских предложениях германского посланника и попытался получить поддержку Финляндии и Латвии. Немцы, подтвердив заявления Молотова, сказали, что «германская помощь исключена», и посоветовали удовлетворить советские требования, латыши и финны также предпочли не вмешиваться.
В тот же вечер Сталин и Молотов пригласили в Кремль графа Шуленбурга, сообщили ему о намерении «немедленно взяться за решение проблемы прибалтийских государств» и предложили «разменять» Литву. Вопрос был поставлен весьма своевременно, поскольку именно в этот день вышла директива ОКВ № 4, согласно которой Вермахту следовало: «Держать в Восточной Пруссии наготове силы, достаточные для того, чтобы быстро захватить Литву, даже в случае ее вооруженного сопротивления».
Тем временем на границе создавалась советская военная группировка — как и обещал Молотов, СССР готовился, в случае необходимости, «обеспечить свою безопасность» и без согласия прибалтийских стран. Еще 13 августа 1939 года в Ленинградском военном округе началось формирование Новгородской армейской группы, преобразованной затем в 8-ю армию под командованием комдива Хабарова; управление армии разместилось в Пскове. В Калининском военном округе по мобилизации развертывалась 7-я армия под командованием командарма 2-го ранга В.Ф. Яковлева, которая 15 сентября также была передана в подчинение Военного совета ЛBO. Директива Ворошилова от 14 сентября определила состав войск прикрытия территории Ленинградского округа на Кингисеппском (11-я стрелковая дивизия, 447-й корпусной артполк) и Псковском (управление 1-го стрелкового корпуса, 49-я, 56-я и 75-я стрелковые дивизии) направлениях. С 25 сентября войска 7-й армии приступили к сосредоточению на латвийской границе, а управление армии передислоцировалось в Идрицу. Тогда же начались разведывательные полеты советских самолетов над Эстонией.
26 сентября в штабе ЛВО была получена директива наркома обороны, согласно которой требовалось «немедленно приступить к сосредоточению сил на эстоно-латвийской границе и закончить таковое 29 сентября 1939 г.». Между Финским заливом и Чудским озером развертывался Отдельный Кингисеппский стрелковый корпус (11-я, 16-я стрелковые дивизии, 35-я танковая бригада), южнее Псковского озера — войска 8-й армии (1-й стрелковый и 10-й танковый корпуса, а также 123-я, 136-я стрелковые, 25-я кавалерийская дивизии, 1-я и 40-я танковые бригады), в районе Себеж, Юхневичи, Клястичи — соединения 7-й армии (2-й, 47-й, 4-й стрелковые корпуса — восемь стрелковых, одна кавалерийская дивизии, 34-я и 39-я танковые бригады), в состав которой была включена часть войск 3-й армии Белорусского фронта (3-й, 10-й стрелковые, 3-й кавалерийский, 15-й танковый корпуса), сосредоточенных на левом берегу Западной Двины. Войскам была поставлена задача «нанести мощный и решительный удар по эстонским войскам, для чего: а) Кингисеппской группой быстро наступать на Везенбург, Тапе, Таллин; б) 8-й армии разбить войска противника и наступать на Юрьев (Тарту) и в дальнейшем — совместно с Кингисеппской группой на Таллин, Пернов (Пярну), выделив для обеспечения своего фланга одну танковую бригаду и 25-ю кавалерийскую дивизию в направлении Валк. В случае выступления латвийских воинских частей на помощь эстонской армии наступать в направлении от Валка на Ригу; в) 7-й армии — прикрыть операции ЛBO со стороны латвийской границы. В случае выступлёния или помощи латвийской армии эстонским частям, 7-й армии быстрым и решительным ударом наступать по обоим берега реки Двины в общем направлении на Ригу».. Балтийский флот должен был «уничтожить эстонский флот», нанести удар «по морским базам» Эстонии и «содействовать наступлению сухопутных войск ЛBO». Ворошилов требовал подготовить план операции к 27 сентября и предупреждал, что «о времени перехода в наступление будет дана особая директива».
28 сентября нарком обороны утвердил представленный план операции против Эстонии, указав, что войскам следует избегать разрушения железнодорожных мостов. В тот же день командующий ЛBO командарм 2-го ранга К.А. Мерецков приказал к утру 29 сентября привести КБФ в полную боевую готовность, для того чтобы, получив приказ, нанести удар по военно-морским базам Эстонии, захватить ее флот, не допустив его ухода в нейтральные воды Финляндии и Швеции, поддержать артиллерийским огнем сухопутные войска на побережье и иметь в виду высадку десанта по особому приказу. В случае выступления Латвии следовало захватить и ее флот.
Таким образом, для вторжения в Эстонию к началу октября было сосредоточено 15 стрелковых, 2 кавалерийские дивизии, 7 танковых и 1 стрелково-пулеметная бригада, в которых насчитывалось более 300 тысяч бойцов и командиров, 2760 орудий, 2077 танков, 243 бронеавтомобиля. Красная Армия собиралась войти в Эстонию, независимо отрешения, принятого ее правительством.
Со своей стороны, эстонская армия под видом осенних маневров также провела ряд мероприятий на случай войны, а на Кингисеппском и Псковском направлениях, как докладывал Ворошилову начальник пограничных войск НКВД И.И. Масленников, «установила орудия в направлении СССР». Сухопутные силы Эстонии имели под ружьем 14 тысяч человек. Телеграмма главнокомандующего вооруженными силами в случае советского нападения требовала действовать в соответствии с планом прикрытия, «инициативно и смело, выполняя всем нам известную задачу — каждому на своем фронте защищать свою землю, государство и народ… Мы войны не начнем, но если противник вторгнется на нашу территорию, тогда — смело навстречу ему».