Это была «мина замедленного действия». Реально оценивая ситуацию, новгородцы стремились избавиться от постыдной московской зависимости. Выбор же нового покровителя оказался невелик, вернее, выбора не было вовсе — единственную альтернативу Москве составляла Литва. Однако сразу сдаваться Казимиру новгородцы не решались, боясь попасть в еще большую зависимость, в том числе и от католической церкви. Только через пятнадцать лет после Яжелбицкого договора Новгород осмелился пригласить к себе в качестве служебного князя двоюродного брата Ивана Московского — полулитовца-полурусского Михаила Олельковича (Александровича), родного брата киевского князя Симеона, высоко чтимого в Северо-Западной Руси за подвиги в борьбе против Золотой Орды и Крымского ханства.
Итак, новгородцы нарушили договор, создав повод для военных действий. Тем не менее Михаил предложение принял и с большой свитой 8 ноября 1470 года прибыл в Новгород. В числе его сопровождающих был и печально известный ученый книжник Схария, заложивший в Новгороде и в Московском княжестве основы «ереси жидовствующих». Вступление Михаила в Новгород совпало по времени со смертью местного архиепископа, с избранием его преемника и разразившимся спором по поводу того, где новоизбранному архипастырю следует получить благословение: у православного московского митрополита или у киевского униата, лишь недавно принявшего православие. Выбор места возведения в сан нового архиепископа не был простой формальностью, от этого зависела будущая конфессиональная ориентация всей Новгородской епархии: сохранит ли она верность древнерусскому православию (Москва) или пойдет на сближение с католицизмом (Киев). В отличие от бояр и житьих (лучших) людей, относительно терпимо относившихся к возможному сближению с римско-католической церковью ради своих коммерческих интересов, консервативное простонародье, живущее от своих трудов, стремилось к сохранению тесных связей с Москвой. Это было, видимо, первое разделение на «западников» и «славянофилов». Узнав, что один из претендентов на архиепископскую кафедру согласился принять благословение от киевского греко-униатского митрополита Григория, низшие сословия подняли бунт, но вскоре где силой, где уговорами, а где и подкупом были перетянуты на сторону пролитовской партии. На вече большинство новгородцев неожиданно проголосовало за заключение договора с королем Казимиром как с великим князем литовским. А это уже был прямой вызов Москве.
Надежды Михаила Олельковича и его брата Симеона, князя киевского, на усиление своих позиций за счет предполагавшегося союза Киева и Новгорода в противовес Москве, а еще в большей степени — Литве не оправдались. К тому же антилитовские настроения Олельковичей были хорошо известны Казимиру, что косвенно подтвердилось хотя бы тем, что после смерти Симеона король и литовские вельможи не допустили ни его брата, ни его сына на Киевский стол, а назначили туда католика-литовца в качестве наместника.
Итак, литовско-новгородский договор состоялся. Однако, вопреки устоявшемуся мнению, он не только не усугубил зависимое положение Новгорода, а, напротив, расширил его права и свободы. Полномочия Казимира, его нового покровителя, были значительно ограничены даже по сравнению с теми полномочиями, что имели московские князья — предшественники Василия II, не говоря уже о договоре 1456 года. Сверх того, Казимиру категорически запрещалось вмешиваться во внутрицерковные дела, строить римско-католические соборы, назначать своих представителей в Новгороде из числа неправославных христиан. Важнейшим для новгородцев было содержание военной части договора, где Казимир принимал на себя обязательство защищать Новгород от Москвы всеми силами литовской армии. Но Михаила Олельковича, находившегося во время заключения этого договора в Новгороде, не устраивала роль простого подручника литовского князя, и он, обидевшись на новгородцев, 15 марта 1471 года покинул город. На прощанье в отместку подверг ограблению Русу и несколько деревень по пути своего следования.
Договор Господина Великого Новгорода с великим князем литовским позволил Ивану III обвинить новгородцев в нарушении «старины» и предательстве (вот где пригодились статьи договора 1456 г.). В апреле — мае 1471 года он собирает в Москве сначала малый, а потом и большой совет — прототип будущих земских соборов. На совете принимается решение наказать отступников, и уже в июне московские войска, заручившись поддержкой Пскова, Твери и Вятки, при участии татарской кавалерии служилого царевича Даньяра с трех сторон вступают на Новгородскую землю. Один отряд во главе с воеводой Образцом великий князь отправляет воевать Двинскую землю, другой — под началом князя Даниила Холмского — выдвигает к Ильменю, а третий — под предводительством князя Василия Оболенского-Стриги — к реке Мсте. Нужно сказать, что это были жестокие и кровавые рейды, имевшие целью опустошение новгородских пятин, подрыв экономического и политического жизнеустройства республики, устрашение населения. И все это только из-за предполагаемого в будущем церковного отступничества новгородцев. Города и села подвергались огню, а их жители — мечу, невзирая на то, кто попадался под руку: старики, женщины, дети. А пока передовые отряды бесчинствовали по новгородским посадам, сам великий князь с царевичем Даньяром 29 июня подошел к Торжку, где к нему несколько дней спустя присоединились и тверские полки. Псков вступил в кампанию 10 июля.
Ну а Новгород, выпроводив Михаила Олельковича с его дружиной, напрасно прождал помощи со стороны Казимира. Внутренние и внешние обстоятельства не позволили тому вступиться за своего нового вассала. Новгороду оставалось рассчитывать только на свое ополчение, принудительно мобилизованное из числа ремесленников, земледельцев и наемных работников. К тому же ополчение было ослаблено противоборством враждовавших между собой городских партий и запретом архиепископа Феофила использовать его конное войско («архиепископское знамя») против Ивана III.
По существу, судьба военной кампании была предрешена, хотя основное сражение было еще впереди. Оно состоялось на берегах реки Шелони к юго-западу от Новгорода, и результат его был ужасен. Новгородцы потеряли более десяти тысяч убитыми. Две тысячи взяты в плен, в том числе и один из сыновей Марфы-посадницы Дмитрий Исаакович Борецкий. Иван III не пошел на Новгород, а в ожидании дальнейшего развития событий расположился лагерем неподалеку от места битвы. Тем временем подоспели сообщения о победах московско-тверских полков в Двинской земле над превосходящими силами (четыре тысячи против двенадцати) служилого новгородского князя Василия Шуйского.
В Новгороде тем временем начинает ощущаться острая нехватка продовольствия. В этой ситуации московский князь делает правильный, с психологической точки зрения, ход. Он казнит нескольких пленных новгородских бояр, в том числе и Дмитрия Борецкого, но одновременно с этим освобождает из плена «молодших» людей — своих потенциальных сторонников. Промосковская партия новгородцев, усиленная возвратившимися из плена земляками, поручает архиепископу Феофилу отправиться в лагерь к Ивану III и заключить мирный договор «по всей воле его».
Как ни странно, условия великого князя были относительно мягкими. Кроме штрафа в 15,5 тысячи рублей и возобновления действий основных статей Яжелбицкого соглашения, Новгороду предписывалось разорвать договор с Казимиром и впредь не искать защиты у литовских князей. Помимо этого, Иван Васильевич удержал за собой Вологду и Заволочье, а еще через год забрал и Пермь. Все новгородцы, взятые в плен, после возведения в сан архиепископа Феофила московским митрополитом Филиппом получили разрешение вернуться к себе домой.
Но боярская верхушка, несмотря на существенное усиление промосковской партии за счет перехода на ее сторону большого числа житьих людей и даже части бояр, все же не оставляла надежд на освобождение от унизительной для них зависимости. Не решаясь открыто выступить против Москвы, бояре-олигархи во главе с Марфой Борецкой и посадником Ананьиным попытались взять верх через органы местного самоуправления, применяя при этом увещевание и подкуп как выборных, так и простых жителей улиц, концов. Не добившись своих целей мирным путем, они перешли на язык силы. Участились случаи избиения и даже убийств политических противников, уничтожения и разграбления их имущества. Обиженные и пострадавшие, не найдя защиты и управы у посадника, стали искать суда у великого князя, который, кажется, только и ждал такого развития событий. Он весьма оперативно прибывает в Новгород и вместе с архиепископом и посадником учиняет суд. Виновными признаются не только организаторы погромных акций, на которых жаловались потерпевшие, но и бояре, лишь подозреваемые в связях с Казимиром Литовским. Их великий князь без согласия посадника и архиепископа арестовывает и отправляет в Москву. А это уже было не «по старине». Тем не менее по совокупности содеянного Иван Васильевич лишь увеличил число своих сторонников среди новгородских жителей, в том числе и среди бояр.