Амударьинская граница и русско-бухарские отношения, 1890–1895 гг
Растущее с 1885 года число контактов русских с бухарцами и хивинцами, а также изменение русско-бухарских отношений, пусть и предусматривавшее максимально возможное сохранение бухарской автономии, неизбежно вели к дальнейшему ограничению этой автономии и, в конечном счете, к аннексии. Такие давние приверженцы аннексии, как генерал Л.Ф. Костенко из туркестанского Генерального штаба, главный поборник цивилизационной миссии России в Азии, высказывались все более смело. В 1887 году Костенко заявлял: «Мы искусственно затягиваем существование государственных организмов, которые уже завершили цикл своего развития. Раньше или позже события, подобные тем, что произошли в бывшем ханстве Коканд, заставят нас сделать тот же шаг [присоединение] в отношении Бухары и Хивы». К критике Министерства иностранных дел с его политикой невмешательства присоединялись и новые голоса, такие как голос подполковника И.Т. Пославского, военного инженера, с 1885 по 1888 год служившего в Бухаре на строительстве железной дороги. Пославский предсказывал, что рано или поздно Бухара должна быть присоединена к России, и утверждал, что после 1868 года было бы большой ошибкой позволять ханству сохранять независимость во внутренних делах. В мирное время Бухара создавала России проблемы морального свойства, во время войны – стратегические трудности. Несмотря на то что Пославский довольно подробно описал правильную, по его мнению, стратегию захвата столицы эмира, его вывод был следующим: «Политическое насекомое, до сих пор именующееся Бухарским ханством, мирно скончается на конце железной иглы, которой его проткнет генерал Анненков».
П.М. Лессар, ставший 27 мая 1890 года преемником Ча-рыкова на посту политического агента, занимал промежуточную позицию между Министерством иностранных дел и сторонниками аннексии. Он подписался под политикой Министерства иностранных дел на том основании, что России было бы невыгодно брать на себя проблемы и затраты по прямому управлению ханством. Но, как и многие из его соотечественников, Лессар считал бухарские власти, занимавшиеся исключительно соблюдением законов, поддержанием порядка, сохранением религиозной чистоты и сбором огромного количества налогов, приносивших пользу только правящему классу, препятствием для прогресса бухарского народа и русской коммерции, а также пятном на репутации Российской империи. Действия Лессара на своем посту были направлены на то, чтобы у Абдул-Ахада не оставалось никаких сомнений, что он русский вассал, а не независимый правитель.
Вопросом, который в начале 1890-х годов вновь стал причиной серьезной дискуссии об отношениях Бухары с Россией в будущем, стала унификация таможни. В 1881 году по границам русского Туркестана с Бухарой и Хивой были установлены русские таможенные посты. Бухарские и хивинские товары разрешалось провозить без пошлины, но импорт из других стран, прежде всего из Индии и Англии, был запрещен. Исключение составляли зеленый чай, индиго и муслин, облагавшиеся большой пошлиной. После появления Центральноазиатской железной дороги русские товары, доставлявшиеся по ней в генерал-губернаторство, должны были дважды пересекать границу: при въезде на территорию Бухары и при выезде с нее. Но более важной проблемой стало то, что преграды, установленные в 1881 году на пути английского импорта, действовали только в русском Туркестане, но не в ханствах, поскольку ханства оставались за пределами русских таможенных границ. Несмотря на то что железная дорога давала русским промышленникам и торговцам большое преимущество перед их английскими конкурентами, для того чтобы обеспечить России бухарский рынок, нужны были ограничения импорта и заградительные пошлины.
В 1887 году министр финансов И.А. Вышеградский предложил включить Бухару в российскую таможенную границу, но Министерство иностранных дел, как всегда обеспокоенное сохранением бухарской автономии, успешно отклонило эту идею. В феврале 1891 года Вышеградский повторил свое предложение. Лессар поддержал министра финансов, но в то же время заметил, что Россия должна найти способ избежать возражений как со стороны правительства эмира, так и со стороны его людей. Политический агент был уверен, что Абдул-Ахад «окажет упорное сопротивление такому существенному вмешательству в дела ханства, как включение его в русскую таможенную границу». Даже если эмира вынудят уступить, «убедив его в непреклонности воли имперского правительства», Лессар полагал, что Россия не добьется от бухарских властей «искреннего сотрудничества, необходимого для успешной работы таможенного контроля».