Только на юго-западном участке советско-германского фронта войска групп армий «Центр» и «Австрия» по-прежнему пытались пробиться к американцам. 10 мая Эйзенхауэр вынужден был отдать приказ, в соответствии с которым те германские военнослужащие, что нарушат акт о капитуляции и попытаются ускользнуть от Красной армии, будут возвращены советскому командованию. Так как группировка противника в Чехословакии к тому времени была уже окружена, значение приказа Эйзенхауэра оказалось практически незначительным. Однако для самого генерал-фельдмаршала Шернера он стал роковым. Попытка фельдмаршала укрыться в американском плену закончилась неудачей: американцы передали его именно советскому командованию. Мелкие группы немцев на территории Чехословакии и Австрии пришлось уничтожать вплоть до 19 мая.
Согласно сведениям, которые по требованию советского командования представил генерал-фельдмаршал Кейтель, 9 мая на советско-германском фронте вермахт имел более 1,5 млн солдат и офицеров. С 9 по 17 мая советские войска взяли в плен или приняли при капитуляции 1 390 978 солдат и офицеров, а также 101 генерала.
Несколько затянуло с принятием капитуляции разгромленных частей вермахта руководство союзных войск. Первоначально Верховное командование союзников, планируя мероприятия по оккупации Германии, приготовило ряд приказов, которые должны были быть вручены высшему командованию германской армии, флота и авиации во время капитуляции. Однако за несколько дней до капитуляции Германии обнаружилось, что штабы германской армии и воздушных сил либо лишены власти, либо перестали существовать. Поэтому Эйзенхауэр решил вручить немцам только ту часть приказов о капитуляции, которая относилась к морским силам. Затем он передал командующим группами армий задачу по изданию подробных приказов германскому командованию по вопросу о разоружении немецких войск. Адмирал Барроу во время подписания акта о капитуляции в Реймсе отдал адмиралу Г. Фридебургу подробные указания, касавшиеся германского флота, а генерал У. Смит дал краткий приказ А. Йодлю о том, чтобы местное германское армейское и авиационное командование на Западном фронте, в Норвегии, на Нормандских островах и в блокированных гарнизонах, которые еще, возможно, сохранились, было готово к получению подробных указаний от командования противостоящих им союзных войск.
Одним из главных средств обеспечения быстрой капитуляции и разоружения германских войск, несомненно, было установление твердого контроля над правительством адмирала Деница. Менее чем через семь часов после капитуляции в Реймсе представители Верховного командования встретились с германской делегацией в Реймсе и договорились об обмене группами связи между Верховным штабом и германским штабом во Фленсбурге. Представители Верховного командования приняли предложение Йодля снова объединить южный и северный отделы германского Верховного командования, которое было разъединено в конце апреля, и согласились разрешить элементам вермахта, заслуживающим доверия, на короткое время сохранить свое вооружение для поддержания порядка и охраны имущества.
Через четыре дня после капитуляции в Реймсе Эйзенхауэр приказал заместителю начальника оперативного управления Верховного штаба генерал-майору Руксу создать во Фленсбурге группу контроля, чтобы диктовать германскому Верховному командованию волю союзного Верховного командующего в областях и районах, оккупированных западными союзниками. Для осуществления своей миссии генерал Рукс должен был отдавать необходимые приказы, наблюдать за их прохождением через органы германского командования и собирать сведения о системе германского командования посредством сбора и охраны всей документации Верховного командования вооруженных сил Германии, находящейся во Фленсбурге. Советское командование было также информировано об этом приказе Эйзенхауэра и приглашено направить аналогичную группу в штаб Деница. Германскому главнокомандующему было приказано со своей стороны послать группу связи в Реймс и в советский штаб в Берлин. Такая немецкая группа связи во главе с генералом Фангором была назначена в Верховный штаб союзников, но ей нечего было делать, так как миссия генерала Рукса использовалась как главный канал связи.
Генерал Рукс действовал энергично, чтобы утвердить власть Верховного командования. В своей первой беседе с Деницем он приказал арестовать фельдмаршала Кейтеля и заменить его генералом Йодлем. Он разъяснил, что все последующие указания германским войскам должны отдаваться от имени Верховного командующего союзников и что он требует, чтобы группа контроля получила доступ во все служебные помещения и ко всем документам германского Верховного главнокомандования. Он заявил, что командующим группами армий передаются функции контроля в их зонах, а Верховное командование будет иметь дело с германским Верховным главнокомандованием только по общим вопросам, относящимся ко всем трем видам вооруженных сил и всем зонам союзников. Йодль заверил Рукса, что он примет меры к выполнению указаний Верховного командования в интересах установления порядка и спасения немецкого народа от катастрофы. Дениц же заявил, что германские вооруженные силы присягали лично ему и будут повиноваться его приказам. Он воспользовался возможностью, чтобы упомянуть о тяжелых проблемах, стоящих перед немецким народом, как-то: вопросы продовольствия, денежное обращение и топливо, и подчеркнул надобность в центральной власти в Германии для поддержания порядка. Генерал Рукс отверг это предложение и ясно заявил, что западные державы намерены действовать через оккупационные органы гражданского управления.
По просьбе Рукса Дениц составил обращение к германским вооруженным силам, которое было в целом одобрено представителем Верховного командования союзников 17 мая с небольшими изменениями. Это обращение устранило всякие сомнения в том, что противник капитулировал перед лицом превосходящей силы. В нем указывалось: «Германское государство должно было капитулировать, потому что оно исчерпало способность к сопротивлению. Первый вывод, какой мы должны извлечь, заключается в самом лояльном выполнении предъявленных нам требований. Не должно быть ни одного офицера и солдата, который пытался бы при помощи незаконных средств уклониться от последствий, возникших из минувшей войны и безоговорочной капитуляции». Все официальные документы должны были предъявляться союзникам. В случае если бремя, налагаемое союзниками, окажется слишком тяжелым, немцы могут обратить внимание на возможность тяжелых последствий, но не могут протестовать каким-либо иным путем. Дениц требовал от каждого солдата и офицера корректного поведения в отношении оккупационных войск.
Несмотря на эти признаки сотрудничества, было несколько инцидентов, приведших к тому, что в Соединенных Штатах и в Англии потребовали ликвидации режима Деница и принятия строгих мер против германского командования. Главнокомандующий на северо-западе генерал-фельдмаршал Буш 11 мая выступил по радио во Фленсбурге, и это вызвало резкие запросы в английской палате общин. Буш заявил, что он с согласия англичан принял командование Шлезвиг-Гольштейном и районом, занятым 21-й группой армий, и что все германские военные и гражданские власти в этой местности подчинены ему. Он ссылался на соглашение от 5 мая, согласно которому 21-я группа армий создала свою систему германского командования, через которую она могла бы полностью осуществлять первоначальные меры по роспуску немецких войск. Это выступление дало повод к нареканиям, так как оно было сделано через мощный передатчик, расположенный на территории германского Верховного штаба во Фленсбурге, на которую английские войска не имели возможности вступить. Эйзенхауэр немедленно приказал установить строгий контроль над фленсбургским радио и в дальнейшем подвергать цензуре все передачи. Англичане закрыли станцию, а генерал Рукс запретил немцам вновь открыть ее. Были нападки и по поводу того, что офицеры союзных войск фотографировались в дружеских позах с немецкими офицерами высоких рангов, а также по поводу сообщений в прессе, что для германских лидеров созданы особые условия. Эйзенхауэр осудил такие действия и приказал принять меры к недопущению их в будущем.
Протесты по поводу этих инцидентов проистекали из опасения в некоторых кругах, что союзники не собираются проявлять необходимую твердость в отношении германских командующих и что некоторые деятели старого режима могут сохранить власть и в дальнейшем. Заявления генерала Эйзенхауэра о его тогдашних целях указывают, что его главным желанием было распустить германскую армию быстрее, чтобы смягчить растущие затруднения с обеспечением немецких войск продовольствием. Он надеялся, что штаб Деница окажется полезным в обеспечении полного контроля над германскими войсками и в ускорении процесса разоружения.
