Нужно сказать, что к середине XVI века монастыри располагали огромными земельными владениями и имели неплохую перспективу к их приросту. Однако и государство остро нуждалось в увеличении поместного фонда, за счет которого царь наделял землей дворян, становящихся опорой его правления. Поэтому для ликвидации земельного дефицита собор, по настоянию Ивана Васильевича, постановил отобрать у монастырей все вотчины, отданные им боярами после смерти Василия III, а также возвратить дворянам те земли, что были присвоены у них монастырями под предлогом невозврата долга. Впредь же церкви разрешалось приобретать земельные угодья только с высочайшего разрешения.
Собор сделал очередную попытку ликвидировать безграмотность как среди священников, так и среди мирян, для чего постановил учредить училища, вверив их устройство наиболее подготовленным церковнослужителям, а православных христиан призвал отдавать туда своих детей для обучения грамоте, письму и церковному пению.
Во избежание распространения неканонических книг, всякого рода измышлений, ложных учений и ересей собор учредил духовную цензуру за книгопереписчиками, поручив старостам и десятским просматривать готовые книги с целью изъятия негодных с точки зрения церкви. То же самое было предпринято и в иконописи. Богомазами впредь могли стать лишь те, кто получал благословление архиерея, а иконы и церковная роспись обнародовались только после их предварительного просмотра и одобрения.
Много внимания на соборе было уделено организации монастырского общежития, быту и нравам черного духовенства. Из женских монастырей убрали всех мужчин вплоть до мужчин-настоятелей. В монастырях запретили держать «пьянственное питье», а для контроля за расходованием монастырской казны был введен обязательный отчет перед царским дворецким.
Упорядочивалась жизнь сельских церквей, уточнялись обрядовые и ритуальные процедуры, в частности был установлен минимальный возраст для вступления в брак: жениху — 15 лет, невесте — 12.
Были осуждены и запрещены азартные игры, в том числе игра в шахматы, скоморошьи и музыкальные представления, лицедейство, публичные пляски женщин, не говоря уже о языческих обрядах и «бесовских потехах».
Это то, что касалось внутренней политики, проводимой от имени царя митрополитом Макарием и правительством Сильвестра — Адашева. Но оставались еще и дела внешние. На северо-западе Руси было спокойно. Престарелый Сигизмунд, утомленный прежними войнами, и его наследник Сигизмунд-Август, более занятый своими увеселениями, не представляли какой-либо угрозы для Москвы. Ливонские рыцари, за многие годы отвыкшие от войн и переориентировавшиеся на торговлю, больше думали о материальной выгоде и покровительстве со стороны московского царя, чем об экспансии на восток. Реальную угрозу для Москвы представляли лишь Казанское и Крымское ханства, управляемые двумя братьями — Сафа— и Саип-Гиреями.
Мы прервали описание российско-татарских отношений на воцарении Сафа-Гирея в Казани в 1535 году и выходе Казанского царства из-под вассальной зависимости от Москвы. С тем чтобы восстановить свое влияние на Среднее Поволжье, тогда еще правительство Елены Глинской приняло решение о снятии опалы с прежнего казанского царя Шиг-Алея, которого Москва надеялась посадить на престол с помощью промосковски настроенных татарских мурз и князей. Но вместо наступательных действий московским воеводам почти два года подряд пришлось отбиваться от казанских набегов то на Нижегородские, то на Костромские и Рязанские земли, причем без особого успеха. В 1537 году Москва, заключив перемирие с Литвой, собрала полки для того, чтобы организовать решительное наступление на Казань, но Саип-Гирей, восстановивший свое единоначалие в Крыму, угрозой нашествия помешал этим планам. Воодушевленный поддержкой брата, Сафа-Гирей с еще большей дерзостью продолжил свои разбойничьи набеги на пограничные русские земли. Обстановка обострилась до крайности в 1541 году, когда крымский хан, собрав стотысячное войско, решил сам принять участие в походе на Москву. Однако московские воеводы, упрежденные о набеге, сумели исполчиться и достойно встретить любителей легкой наживы. Стараниями воеводы Ивана Турунтая-Пронского, князей Микулинского, Серебряного, Курбского, Ивана Шуйского и Дмитрия Бельского крымчаки были остановлены на окском рубеже и обращены вспять. Саип-Гирей отступал с такой поспешностью, что со своим многочисленным войском не смог взять даже небольшой город Пронск, стоящий на пути его отхода.
В 1545 году Москва перешла к активным действиям. И хотя первый рейд русских войск под стены Казани не имел впечатляющих результатов с военной точки зрения, но с политической — он стал катализатором внутриказанских противоречий, завершившихся изгнанием в январе 1546 года Сафа-Гирея, приглашением ШигАлея и клятвенными заверениями князей и чиновников казанских в верности великому князю московскому.
Правда, как отмечает Н. М. Карамзин, люди, затеявшие переворот, думали не о государственных интересах, а о своих, личных. Шиг-Алей оказался на положении чуть ли не пленника. Ему не разрешалось ни общаться с народом, ни выезжать из города. Его верных слуг кого посадили под арест, кого умертвили. Такое «царствование» продолжалось около месяца и закончилось самым настоящим бегством. Вновь воцарившийся Сафа-Гирей, окруженный крымчаками и ногаями, начал новый этап своего правления с жестоких казней противников, что в очередной раз отвратило от него большинство казанцев. И лишь страх удерживал их в повиновении.
После венчания на царство Иван Васильевич, воодушевленный «ближней радой», решил сам возглавить поход против Казани, только кампания (февраль 1548 г.) не удалась. Из-за теплой зимы в Волге был утоплен чуть не весь «огнестрельный снаряд», вследствие чего предполагаемый штурм города стал невозможным. Царю пришлось довольствоваться малозначащей победой передового полка Симеона Микулинского на Арском поле — то мероприятие было больше похоже на удачный набег, чем на какое-то сражение.
Через год после этих событий (март 1549 г.) из Казани пришло известие, что Сафа-Гирей, в очередной раз напившись допьяну, упал и разбился насмерть и ханом провозглашен двухлетний Утемиш-Гирей — его сын от красавицы Сююнбеки, дочери могущественного ногайского князя Юсуфа. Понадеявшись на поддержку крымчаков и ногайцев, казанские вельможи не торопились как-то оформить свои отношения с Москвой, что дало повод московскому царю в феврале 1550 года подступить под стены Казани с 60-тысячным войском. Штурм города, несмотря на огромные потери с той и другой стороны, положительных результатов не дал. А потом начались оттепель и связанные с ней бездорожье, затруднения с подвозом продовольствия и фуража. Русские войска во избежание больших потерь вынуждены были отступить. Тем не менее, не взяв Казань штурмом, Иван Васильевич решил взять ее измором, для чего повелел основать новый город при впадении в Волгу реки Свияги. Свияжск, возведенный за четыре недели, давал возможность русским воеводам контролировать всю правобережную часть Казанского ханства, так называемую Горную Черемису, населенную черемисами (марийцами), чувашами и мордвой, которые с началом строительства крепости стали добровольно переходить в русское подданство. Эта относительно мирная экспансия была подкреплена выставлением казачьих отрядов на всех переправах на Каме, Волге и Вятке. Таким образом, Казань без войны лишалась половины своей территории. Попытки князя Юсуфа оказать давление на Москву, совершая набеги на Рязанские земли, и тем помочь своей дочери и внуку не увенчались успехом. Ногайские орды были разбиты царскими воеводами, а морозы довершили дело. В родные кочевья вернулось лишь несколько десятков воинов.
В Казани же нарастало возмущение против засилья крымчаков, чей предводитель Улан Кощак, став любовником Сююнбеки, уже вынашивал планы по захвату престола. Недовольство обрело форму вооруженного противостояния, и крымчаки, опасаясь, что их выдадут Москве, побросав своих жен и детей и пограбив все, что было можно, бежали вверх по Каме и Вятке, где были наголову разбиты вятским воеводой Зюзиным. Кощака же взяли в плен, отослали в Москву, где вместе с другими пленниками и казнили.
Так Казань оказалась в руках сторонников московского царя, к которому незамедлительно было направлено посольство с просьбой дать им Шиг-Алея и взять к себе малолетнего Утемиш-Гирея с матерью. Иван Васильевич согласился принять под свое покровительство неспокойное ханство, но при условии, что ему будут выданы не только царь с царицей-матерью, но и оставшиеся в Казани крымчаки. Кроме того, он потребовал отпустить всех русских полоняников, чье число приближалось к ста тысячам. В августе 1551 года Шиг-Алея посадили в Казани, и он, согласно договоренности, приступил к освобождению русских пленников. Но уже через некоторое время от оставленных при новом хане боярина Хабарова и дьяка Выродкова стали поступать доносы в Москву. Сообщалось что среди казанцев из-за отказа Ивана Васильевича возвратить им Горную Черемису, а также в связи с убытками, причиняемыми освобождением пленников без всякого выкупа, зреет недовольство. Казанские вельможи, передавали Хабаров с Выродковым, вновь ведут переговоры с крымчаками и ногаями с целью свержения Шиг-Алея и выхода из-под московской зависимости. Узнав об этом, Шиг-Алей, верный слуга московского царя, под предлогом пира заманил к себе всех заговорщиков, а когда те напились, приказал своим слугам и московским стрельцам умертвить их. Семьдесят заговорщиков было убито, остальные разбежались. После этого шаткое положение Шиг-Алея только усугубилось, в связи с чем Иван Васильевич предложил ему ввести в Казань московские войска, но тот, посчитав это прямым предательством своего народа, отказался от подобных действий. Единственное, на что он пошел, так это на увеличение численности стрелецкой охраны.
