19 декабря 1918 г. на заседании Реввоенсовета Республики был рассмотрен вопрос об усилении борьбы с дезертирством и принято решение создать временный орган (комиссию) с самыми широкими полномочиями в составе представителей Всероссийского Главного штаба (Всероглавштаб), Всероссийского бюро военных комиссаров (Всеробюровоенком) и наркомата внутренних дел. В постановлении РВСР отмечалось: «… 8. Одной из форм наказания для дезертиров является направление их в особые опороченные части (разработать положение об опороченных частях)…».
В соответствии с предложениями Реввоенсовета Республики Совет рабоче-крестьянской обороны (СРКО) принял 25 декабря постановление «О дезертирстве». Оно предусматривало создание Центральной временной комиссии по борьбе с дезертирством, в которую вошли представители Всероглав-штаба, Всеробюровоенкома и наркомата внутренних дел.
На местах 3 марта 1919 г. были созданы губернские комиссии по борьбе с дезертирством. Были введены меры наказания за дезертирство: от условного лишения свободы вплоть до расстрела; конфискация имущества дезертиров, лишение их земельного надела или его части.
Л.Д. Троцкий тем временем продолжал наводить порядок на Южном фронте. В своем приказе № 160 по 10-й армии от 8 января 1919 г. он писал: «Требую беспощадной расправы с дезертирами и шкурниками, которые парализуют волю 10-й армии. Не сомневаюсь, что лучшие части 10-й армии сомкнутся и вместе с другими армиями Южного фронта задушат, наконец, красновскую гадину. Никакой пощады дезертирам и шкурникам. За невыполнение приказа, бессмысленную трусость в первую голову отвечают командиры и комиссары».
Меры, принятые председателем Реввоенсовета Республики, принесли свои плоды. В войсках Южного фронта удалось навести порядок и значительно повысить дисциплину и организованность. Они активизировали свои действия и перехватили инициативу из рук противника. Однако войскам фронта не удалось закрепить свой успех из-за того, что в его тылу началось восстание казаков. Оно было спровоцировано Организационным бюро ЦК РКП (б), созданным 16 января 1919 г. в составе трех членов ЦК Я.М. Свердлова, H.H. Крестинского и М.Ф. Владимирского. На своем заседании, состоявшемся 24 января, они приняли текст циркулярного письма ЦК об отношении к казакам. В письме требовалось «провести массовый террор (подчеркнуто в документе. — Авт.) против богатых казаков» и «беспощадный массовый террор по отношению ко всем вообще казакам, принимавшим какое-либо прямое или косвенное участие в борьбе с Советской властью». Претворение в жизнь решения Оргбюро ЦК РКП (б) привело к восстанию Мигулинской, Вешенской, Казанской и ряда других станиц. Для его подавления Донское бюро РКП (б) во главе с С.И. Сырцовым, Донской ревком и командование Южного фронта предписывали реввоенсоветам армий широко применять заградительные отряды. В ночь с 10 на 11 марта, когда началось восстание в станице Казанской, для борьбы с повстанцами исполком станицы использовал два заградительных отряда. В ходе ожесточенного боя оба отряда, понеся огромные потери, отступили.
Репрессии, обрушившиеся на казаков, вызвали тревогу у некоторых политических и военных работников. Поэтому ЦК РКП (б) был вынужден 16 марта признать: «Ввиду явного раскола между северным и южным казачеством на Дону и поскольку северное казачество может содействовать нам, мы приостанавливаем применение мер против казачества и не препятствуем их расслоению». Однако местные, партийные, советские и военные власти и прежде всего Донское бюро РКП (б) во главе с С.И. Сырцовым и Донской ревком фактически игнорировали решение ЦК и продолжили политику «расказачивания». Для подавления восстания по распоряжению командующего Южным фронтом были сформированы экспедиционные войска под командованием бывшего прапорщика П.Е. Княгницкого. В район восстания перебрасывалась часть резерва Главкома бывшего полковника И.И. Вацетиса.
Несмотря на принятые меры, экспедиционные части, испытывавшие недостаток в силах и средствах, не смогли справиться с восставшими казаками. К тому же войска Вооруженных Сил Юга России генерала А.И. Деникина нанесли серию мощных ударов по войскам Южного фронта, что сказалось на их действиях по ликвидации восстания на Дону. Положение на Южном фронте еще больше усугубилось в связи с отказом начальника 6-й Украинской стрелковой дивизии бывшего штабс-капитана H.A. Григорьева отправиться из Елисаветграда для оказания помощи Венгерской Советской Республике. При опоре на местное население H.A. Григорьев 7 мая поднял мятеж, захватил Черкассы, Умань, Кременчуг, Екатеринослав, Херсон, Николаев и другие города.
В.И. Ленин 6 мая 1919 г. потребовал от реввоенсовета Южного фронта принять энергичные меры и подавить восстание на Дону. На Южный фронт снова прибыл Л.Д. Троцкий, по указанию которого в район восстания были направлены 33-я стрелковая дивизия, запасная бригада, кавалерийский и два артиллерийских дивизиона, началось формирование заградительных отрядов из коммунистов. Одновременно значительные силы Украинского фронта (части 1, 2, 3-й Украинских советских армий, гарнизоны Харьковского военного округа, военные школы, Днепровская военная флотилия) провели операцию по разгрому отрядов H.A. Григорьева. Для прикрытия стыка с правым крылом Южного фронта была выделена только одна бригада Н.И. Махно. Этим воспользовался противник, легко опрокинувший ее и захвативший к концу мая станцию Миллерово. Н.И. Махно, потерпев поражение, принял решение о формировании самостоятельной повстанческой армии. В этой связи Л.Д. Троцкий 6 июня в приказе № 107 отмечал: «…Всем военным властям и заградительным отрядам, высланным по моему распоряжению, отдан приказ ловить всех тех предателей, которые самовольно покидают свои части и перебегают к Махно, и предавать их Революционному трибуналу как дезертиров для суда по законам военного времени. Им кара может быть только одна — расстрел».
Н.И. Махно, чувствуя, что сила не на его стороне, да еще под впечатлением разгрома H.A. Григорьева, предпочел капитулировать.
Одновременно усложнилась обстановка и на северо-западе России, где северный корпус генерала К.К. Дзерожинского создал угрозу Петрограду, который обороняли войска 7-й армии Западного фронта. В целях восстановления положения под Петроградом принимались различные меры, в том числе и карательные. Заместитель председателя РВСР Э.М. Склянский 19 мая докладывал Л.Д. Троцкому: «Сталин (уполномоченный Совета Обороны в Петрограде. — Авт.) сообщил: фронт приводится в порядок, посланы 3 карательных роты в Лугу, Гатчину и Красное Село. Зиновьев (председатель Петроградского совета. — Лет.) выезжает в Лугу, Сталин в Старую Руссу, рассеянная шестая дивизия перехвачена и приводится в порядок, комдив, проявивший трусость, — смещен».
Однако не только измена H.A. Григорьева, попытка Н.И. Махно создать свою армию, недостатки в организации и ведении боевых действий сказывались на боеспособности Красной Армии. По-прежнему существенными были масштабы дезертирства и уклонения от явки на призывные пункты. Так, в октябре 1918 г. — апреле 1919 г. на призывные пункты не явилось 917 тыс. человек, или 25 % от общего числа граждан, подлежавших призыву. В целях усиления борьбы с дезертирством Политбюро ЦК РКП (б) 23 апреля 1919 г. постановило «развить самую широкую агитацию против дезертирства» и поручило Совету Обороны разработку планов дальнейшей агитации. О результатах выполнения этого постановления можно судить поданным, приведенным в книге С. Оликова «Дезертирство в Красной Армии и борьба с ним». «Первые две недели оперативно-карательной и агитационной деятельности комиссий дали 31 683 задержанных и добровольно явившихся дезертиров, — пишет он. — Следующие две недели дали 47 393 дезертира. В некоторые месяцы удавалось задерживать до ста тысяч дезертиров. Только насилие, угроза расстрела (и многих беспощадно расстреливали) заставляли тысячи людей вновь возвращаться на фронт». Совет Обороны, выполняя решение ЦК РКП (б), принял 2 июня постановление о борьбе с дезертирством, которое 4 июня было опубликовано в газете «Известия». В целях окончательного искоренения укрывательства от мобилизаций и дезертирства из рядов Красной Армии Совет Обороны предписывал освобождать от суда и наказания дезертиров, добровольно явившихся в течение 7 дней со дня опубликования постановления. Не явившиеся в течение этого срока считались «врагами и предателями трудящегося народа» и приговаривались к строгим наказаниям, вплоть до расстрела. Революционные трибуналы и губернские комиссии по борьбе с дезертирством имели право конфисковать все имущество или часть имущества дезертиров, лишать навсегда или на срок всего земельного надела или части его и т. п. На семьи дезертиров и на волости, села и деревни, виновные в укрывательстве, могли налагаться денежные штрафы. В постановлении имелись и пункты, не предназначенные для публикации, в том числе: «…6) Центральной комиссии по борьбе с дезертирством поручается дать указание местным комиссиям, что поимка дезертиров не приостанавливается».
