Теперь Шиваджи был уже не просто одним из амбициозных феодальных правителей, он стал народным вождем. Освободительная война против Моголов осознавалась как противостояние не только завоеванию, но и всей политике Аурангзеба, которая несла обнищание, разорение и оскорбление религиозных святынь, причем не только для маратхов или индусов в целом. Среди воинов и приближенных Шиваджи было немало мусульман. Сам Шиваджи неоднократно подчеркивал, что воюет не против приверженцев ислама, а против тирании Моголов и, как вынужден был признать враждебно настроенный к нему могольский хронист, старался не оскорблять религиозных чувств мусульман: его солдатам было приказано щадить мечети, а попадавшие в их руки экземпляры Корана надлежало с почтением передавать мусульманам.
Особый характер антимогольской войны повлиял на формирование и действия армии Шиваджи. Основу маратхского войска составляла легкая кавалерия, набранная из крестьян: эта конница не была наемной, как у Моголов, а пополнялась за счет рекрутской повинности с каждой общины, да и в добровольцах не было недостатка. Конями (обычно три лошади на двоих) и оружием всадников снабжала сама община, и лишь свою личную гвардию Шиваджи вооружал за счет казны. В отличие от тяжелой, неповоротливой, обремененной обозами могольской армии, где военачальники не отказывали себе в удобствах и развлечениях и даже везли с собой гаремы, маратхская конница была исключительно подвижной и как нельзя лучше подходила для ведения полупартизанской войны в условиях гористой местности. Никаких обозов, прислуги и даже палаток, воины и их командиры спали под открытым небом, фураж и пропитание добывали у крестьян, причем за деньги. За грабежи на маратхской территории Шиваджи наказывал с исключительной суровостью, подчеркивая при этом, что если его солдаты начнут грабить маратхских крестьян, то те «решат, что вы хуже Моголов». Что касается немаратхских земель, то там грабить разрешалось, но насилия над брахманами, женщинами и убийство коров запрещалось. Все источники того времени отмечали, что армия Шиваджи была дисциплинированной и спаянной духом освободительной борьбы. Излюбленной тактикой маратхов были внезапные атаки, ложные отступления с целью заманить врага в ловушку, перехват обозов и почты неприятеля. С помощью крестьян Шиваджи наладил великолепную разведку; деревенские жители сообщали ему обо всех передвижениях врага, заваливали или отравляли колодцы, сжигали все, что могло быть полезно могольской армии.
Моголы вторглись в самое сердце Махараштры, опустошили Пуну, и главнокомандующий падишахской армии, дядя Аурангзеба Шаиста Хан устроил свой штаб в доме, где прошло детство Шиваджи, дабы унизить маратхского вождя. Но Шаиста Хан торжествовал недолго, Шиваджи с тысячью воинов ночью напал на его лагерь и едва не захватил могольского полководца спящим. В 1664 г. Шиваджи дерзким налетом захватил Сурат, важнейший коммерческий центр Могольской империи. Город подвергся страшному разграблению, маратхам досталась колоссальная добыча, причем воинам было приказано не брать ничего, кроме золота, серебра, драгоценных камней. Для Моголов это был не просто экономический урон, а вызов, оскорбление. Стремясь разделаться с «горными крысами», как при могольском дворе презрительно называли маратхов, Аурангзеб собрал огромную армию и подчинил ее раджпуту Джай Сингху, что имело важный политический подтекст: Джай Сингх был индусом из знатнейшего раджпутского рода, восходившего своими корнями якобы к самому Раме.
Джай Сингх возглавлял армию, втрое превосходящую силы маратхов; к тому же, он привлек на свою сторону недовольных усилением Шиваджи маратхских феодалов. В 1665 г. Шиваджи был вынужден подписать с Джай Сингхом унизительный Пурандхарский договор, по которому маратхское государство теряло около 80 % территории, сын Шиваджи Самбхаджи поступал на службу Моголам, а сам Шиваджи обязался выставить 10-тысячное войско в помощь могольскому походу на Биджапур. Но поход этот кончился неудачей, посланные Шиваджи войска перешли на сторону Биджапура, а последний заключил союз с Голкондой. Опасаясь, как бы Шиваджи не присоединился к этой коалиции, Аурангзеб пригласил Шиваджи в Агру, соблазняя маратхского вождя различными уступками и щедрыми обещаниями. Видимо, надеясь добиться мира для измученной страны, Шиваджи с сыном и небольшой свитой прибыл в Агру. Но здесь его подвергли публичному унижению, а когда он заявил протест, то по приказу Аурангзеба маратхский вождь был арестован и вместе с сыном заключен под стражу. Оттуда Шиваджи с сыном осуществили дерзкий побег и, несмотря на погоню, вернулись в Махараштру.
Через три года Шиваджи возобновил войну и отнял у Моголов земли, захваченные ими по Пурандхарскому договору. Он вновь ограбил Сурат, и город уже никогда не оправился от разорения. Война продолжалась с переменным успехом, Шиваджи осуществлял дерзкие набеги на территории Моголов, на земли Биджапура и Голконды, разоряя местных жителей так же, как Моголы разоряли Махараштру. Со всех окрестных территорий маратхи взимали чаутх (четверть всей собираемой с данной местности податей; уплата чаутха спасала от маратхского набега). В 1674 г. Шиваджи торжественно короновался по всем предписанным древними обычаями церемониям как правитель независимого маратхского государства. После коронации он продолжал завоевания, распространившие государство Шиваджи за пределы Махараштры, в области Тамилнаду и Карнатаки.
Маратхи создали свою независимую державу, но радоваться победам было рано. Когда Шиваджи умер в 1680 г., между его сыновьями Самбхаджи и Раджарамом вспыхнула борьба за престол, закончавшаяся кровопролитием. В 1682 г. в Махараштру вновь вторглась огромная могольская армия под руководством самого Аурангзеба. В этой войне, несмотря на свое численное превосходство, Аурангзеб не сразу начал активные действия. В течение почти двух лет он играл с маратхами, точно кошка с мышью, дожидаясь, пока тыл его укрепится. Лишь в 1684–1685 гг. он по-настоящему вступил в войну, прошел огнем и мечом по Махараштре, захватывая важные крепости, истребляя пленных и местное население. Затем, неожиданно для всех, Аурангзеб увел войска из Махараштры и бросил их сначала против Биджапура, потом Голконды. К 1687 г. оба эти государства перестали существовать. Включив их в свои владения, Аурангзеб теперь мог беспрепятственно обрушиться на маратхов, что и было сделано в 1688 г. А Самбхаджи тем временем проявлял абсолютную беспечность, то развлекаясь пирами и охотой, то участвуя в мелких и бесполезных стычках с враждебными маратхскими феодалами. Вскоре последовал вполне заслуженный финал: беспечно пировавший в одном из своих дворцов Самбхаджи был захвачен Моголами и в марте 1689 г. казнен.
Моголы захватили столицу Махараштры Райгарх, все стратегически важные крепости. Страна была залита кровью. Убежденный, что война с «горными крысами» закончилась, и независимое государство маратхов перестало существовать, Аурангзеб увел войска из Махараштры, оставив лишь гарнизоны. Но торжество падишаха было преждевременным. Маратхи оправились от страшного потрясения, и вскоре вся страна была охвачена пламенем народной партизанской войны. Младшему сыну Шиваджи, Раджараму, удалось бежать из осажденного Райгарха в Джинджи, горную крепость в Карнатаке, и укрепиться там. И хотя у него не было ни талантов, ни возможностей возглавить освободительное движение, само известие о том, что маратхский государь жив, что сын национального героя не погиб, воодушевляло сердца маратхов, которые под руководством своих полевых командиров отважно сражались против могольских захватчиков. Аурангзеб попытался захватить Джинджи, но потерпел неудачу. С 1692 г. маратхи перехватили инициативу, а обострившийся в то время кризис империи подорвал силы Аурангзеба.
Сами могольские военачальники тайно поддерживали сношения с маратхами, охотно получали от них взятки, а Зульфикар Хан, осаждавший Джинджи, тайно помог Раджараму покинуть крепость, и лишь потом взял ее. Раджарам вернулся в Махараштру. После его смерти в 1700 г. к власти пришла его жена Тара Баи, регентша при малолетнем сыне. Эта умная, энергичная и талантливая женщина сыграла важную роль в восстановлении маратхского государства, хотя о единстве времен Шиваджи уже не приходилось и мечтать: каждый маратхский феодал, каждый полевой командир действовал на свой страх и риск. Попытка Аурангзеба вновь привести Махараштру к покорности кончилась полной катастрофой. Падишах, по сути дела, потерял на Декане свою армию; маратхи в союзе с мятежными феодалами Бунделкханда и Южной Индии начали вновь совершать набеги на территорию Моголов. Смерть Аурангзеба ускорила агонию империи, и вскоре маратхи и Моголы поменялись ролями: уже правителям Дели пришлось отбивать нападения «горных крыс», с честью отстоявших свою свободу и восстановивших к началу XVIII в. независимое государство маратхов.
