Анализируя в это время ситуацию в России, Мартов констатировал, что за большевиками идет основная часть пролетариата, но их власть не может рассматриваться в качестве "пролетарской диктатуры", ибо она облечена в демагогические формы и пытается насадить европейский идеал на азиатской почве, проявляя "аракчеевское понимание социализма и пугачевское понимание классовой борьбы". Попытки насадить социализм в отсталой стране он рассматривал как бессмысленную утопию. Но он трезво отдавал себе отчет, что ленинская диктатура не обречена на гибель в скором времени. Мартов отмечал, что меньшевики потерпели поражение как пролетарская партия, что проявилось, в частности, на состоявшихся уже после Октябрьского переворота выборах в Учредительное собрание (меньшевики оказались на последнем месте). На экстренном съезде РСДРП (объединенной), состоявшемся в конце ноября --начале декабря 1917 г., Мартов отвергал требование поддержки восстания против большевиков, выдвинутое правым крылом партии. Единственную возможность спасения революции он видел в восстановлении единства рабочего движения в координации его сил с мелкобуржуазной демократией, имея в виду прежде всего эсеров, в возвращении к лозунгу единой социалистической революционной власти. На съезде Мартов договорился о коалиции с левым крылом революционных оборонцев, возглавляемых Ф.И. Даном, сторонники которой получили большинство в ЦК. С этого времени Мартов не только фактически, но и формально возглавил меньшевистскую партию.
После того как столица была перенесена в Москву (март 1918 г.), Мартов также переехал туда, чтобы оставаться в центре политических событий. Он возобновил свое участие во Всероссийском Центральном Исполнительном Комитете, был избран депутатом Московского совета. Играя, как кошка с мышкой, Ленин то усиливал, то несколько ослаблял преследование меньшевиков (такой характер поведения Ленина был предсказан еще в начале века, когда в меньшевистском издании появилась серия карикатур "Как мыши кота хоронили").
Мартов участвовал в IV Всероссийском съезде Советов (март 1918 г.), на котором он выступил против ратификации Брестского мирного договора с Германией и призывал создать такую власть, которая нашла бы силы и возможности, чтобы сорвать этот мир20.
Вскоре после этого, в апреле, произошло его столкновение с И.В. Сталиным, которого он в газете "Вперед" обвинил в участии в "эксах" и сообщил, что нынешний нарком по делам национальностей был в свое время исключен из партии. Оскорбленный Сталин потребовал наказания. Трибунал печати, впрочем, приговорил Мартова лишь к общественному порицанию "за легкомысленное для общественного деятеля и недобросовестное в отношении народа преступное пользование печатью"21. Обратим внимание на уклончивый характер этого "приговора", в котором существо вопроса обходилось полностью. Создается впечатление, что это решение было вызвано тем, что сами судьи оказались под влиянием аргументации Мартова. Иначе как же объяснить, что требование Сталина признать Мартова клеветником удовлетворено не было, и трибунал постановил оставить жалобу Сталина без дальнейшего рассмотрения? Свою аргументацию Мартов еще более усилил через несколько лет, опубликовав уже в эмиграции статью "Таинственный незнакомец", в которой доказывал, что в 1910 г. Закавказский комитет РСДРП исключил Сталина из партии за участие в ограблении банка22.
Выступления Ю.О. Мартова и других меньшевиков против большевистского террора, за поворот к демократическим нормам управления Россией, его боевые статьи в московской газете "Вперед", ставшей центральным органом меньшевистской партии, выступления на заседании ВЦИК и Московского совета вызывали все большее озлобление власть придержащих. 14 июня ВЦИК принял резолюцию об исключении из своего состава меньшевиков и правых эсеров. Резолюция требовала также, чтобы Советы всех уровней удалили представителей этих партий из своего состава. Так Мартов лишился и второго своего "советского" поста -- в Московском совете.
Трудно судить, сыграла ли в этом исключении роль вышедшая как раз в июне (но неизвестно, до "исторического" заседания ВЦИК или после него) брошюра Мартова "Против смертной казни". Но тот факт, что ее появление было встречено с негодованием "кормчим революции" и его соратниками не может вызывать сомнения. Мартов страстно разоблачал "партию смертных казней", которую он называл таким же врагом рабочего класса, как и партию погромов. "Позор партии, которая званием социалиста пытается освятить гнусное ремесло палача" -- так заканчивалась эта брошюра. Надо сказать, что и в среде большевиков находились люди, на которых факты, аргументация, пафос смелой брошюры произвели неизгладимое впечатление, но таковые либо молчали, либо, если они осмеливались протестовать, их быстро заставляли замолчать, иногда с помощью пули в затылок. Б.И. Николаевский в конце 50-х годов рассказал ранее неизвестный эпизод: "...В феврале 1919 года к Мартову пришел незнакомый молодой человек, рассказавший, что он -- чекист. Он прочитал брошюру Мартова и передавал, что в их среде много о ней споров, причем целый ряд коллег признавал Мартова правым. Пришедший сказал, что раньше он с ними не соглашался, но недавно ему пришлось принять участие в расстреле группы великих князей (по времени это могла быть только группа Николая Михайловича, Павла Александровича и др.) -- и теперь он убедился, что Мартов прав, а потому предлагал Мартову свой материал для использования его в печати. Рассказ произвел на Мартова большое впечатление, и он предложил своему посетителю записать все виденное, со всеми подробностями, обещая использовать этот рассказ в печати. Посетитель обещал, но больше не показывался. Позднее из большевистских источников стало известно, что был арестован молодой человек, который читал группе своих товарищей рассказ о расстреле великих князей. При аресте этот рассказ был найден, и арестованный не отрицал, что был у Мартова, под влиянием которого стал противником смертной казни. Чекист был расстрелян за разглашение служебной тайны --имени его никогда не удалось установить"23.
Вслед за изгнанием из Советов были закрыты меньшевистские газеты.
С начала июля 1918 г., после расправы с левыми эсерами, обвиненными в организации мятежа, Мартова начинают преследовать карательные органы. В его квартире производятся обыски, один раз к нему явились с ордером на домашний арест, правда, через несколько дней отмененный. Но в отличие от других меньшевиков, которые подвергались арестам, отправлялись в сыпнотифозные тюремные камеры (несколько известных деятелей партии заразились в заключении тифом и умерли), репрессии против Мартова были по тем временам мягкими. Не соответствует истине утверждение ряда авторов, что он находился на полулегальном или даже на нелегальном положении.
В то же время многие авторы отмечают особое отношение к Мартову, полагая, что именно Ленин не допускал грубых репрессий против него, и это, по всей видимости, соответствует истине. Но эти же авторы полагают, что Ленин был "искренне привязан к Мартову" (Б.И. Николаевский). А. Балабанова пишет: "Чувства, например, Ленина к П.Б. Аксельроду и, в особенности, к Ю.О. Мартову были временами братские, теплые, даже нежные. Слушая речи Мартова или читая его политические статьи, Ленин словно любовался его талантом, не мог противостоять обаянию его личности, мог даже на мгновение забыть, что имеет дело с противником, опасным противником...24. Эти индивидуальные эстетические переживания, создававшие и специфическую этическую атмосферу, не мешали Ленину тут же в полемике с Мартовым прибегать к аргументации и тону, совершенно не соответствующим уровню и методам политической и тем более социалистической дискуссии"25. Б.И. Николаевский, в свою очередь, утверждает, что "отношение Ленина к Мартову вообще приходится считать психологической загадкой"26. Нам представляется, что "психологизма" или "эстетизма" в обращении с Мартовым со стороны Ленина не было, что его позиция объяснялась чисто политическими моментами. Главный из них состоял в том, что Мартов был тесно связан и высоко ценим теми зарубежными левосоциалистическими кругами, которые Ленин всерьез пытался вовлечь в коммунистическое движение. Среди них особое место занимала Независимая социал-демократическая партия Германии (НСДПГ), на политические позиции которой через свои печатные выступления и письма к А.Н. Штейну, русскому эмигранту, близкому к руководству этой партии, Мартов оказывал серьезное влияние. "Либеральное" отношение к лидеру меньшевиков-интернационалистов должно было продемонстрировать "широту кругозора" большевистских лидеров, арест же послужил бы весомым подтверждением сообщений о большевистском терроре. В такую схему вполне вписывается официальное разрешение на выезд за границу, которое получил Ю.О. Мартов несколько позже.