Правительство и церковь придали большое значение осуждению взглядов Талицкого, так как они получили в народе широкое распространение. Митрополит Стефан Яворский по поручению царя написал особое «увещание», в котором подверг учение Талицкого резкой критике. Талицкого обвинили в том, что он «с великой злобой и бунтовским коварством» писал «письма плевельские о пришествии антихриста», и приговорили к казни копчением. Во время свершения этой мучительной расправы на место казни поднимались для допроса и напутствия священник Преображенского приказа и начальник последнего Федор Плещеев. После казни Талицкого ещё четвертовали. В месте с Талицким казнили и его сторонников: Артамона Иванова, Савина, попов Луку и Андрея. «Тетрадки» Талицкого, в которых он осуждал церковь и петровские реформы, были сожжены18.
Мучительная казнь не приостановила распространения учения Талицкого, оно было очень популярно среди простого народа. Митрополит Стефан Яворский, ближайший помощник Петра, возглавлявший кровавый террор над церковными противниками, пытками и казнями вызвал к себе всеобщую ненависть. Стефан составил также «Камень веры» — обличительное сочинение, в котором он доказывал право церкви на физическое уничтожение еретиков. «Иного на еретиков врачевания нет паче смерти», — писал он. Преданный ему новгородский митрополит Иов рассказывал, что по приказу Стефана в Новгороде было арестовано 12 человек и многие из них «зело жестоко пытаны и рваны». По его же настоянию в 1713 г. подвергся преследованию лекарь Дмитрий Тверитинов. Это был просвещённый человек своего времени. Изучая Библию на латинском языке, Тверитинов выбрал из неё до пятисот текстов в подтверждение своих взглядов; он был сторонником известных преобразований в русском обществе, особенно среди духовенства. Тверитинов отвергал значение церковного предания, культ святых, мощей, поклонение иконам. Он обличал «пастырей лживых», как он называл священников, не признавал монашества, считал недопустимым для церкви владеть богатствами, в первую очередь имениями и крепостными. Выступая против религиозного догматизма, Тверитинов едко высмеивал религиозные суеверия, распространявшиеся духовенством, осуждал церковные обряды, являвшиеся часто причиной болезней. Своих взглядов Тверитинов не скрывал, так как он поверил Петру, будто в России возможно открыто исповедовать свои религиозные убеждения: «Ныне у нас повольно всякому, кто какую веру изберёт, в такую и верует», — говорил он.
Этому поверили и его ближайшие сторонники Иван Максимов и Михаил Косой. Однако скоро им пришлось убедиться в своём заблуждении. Тверитинова и его последователей обвинили в том, что они «рассеивают» среди «неискушённого народа» «плевелы соблазнительные». Сперва арестовали Ивана Максимова, который-де «острыми укоризнами и невежливыми речениями укорял православные догматы». Максимова заключили в колодническую палату при патриаршем дворе, а после первых пыток перевели в Преображенский приказ, где пытали вторично. Не выдержав пыток, Максимов выдал своего учителя Тверитинова и его учеников — цирюльника Фому Иванова, фискала Михаила Андреева и «торгового человека» Никиту Мартинова.
Вначале Сенат, рассматривавший дело московских рационалистов, отнёсся к еретикам снисходительно и потребовал от них лишь отказа от их религиозных взглядов, шедших вразрез с учением господствующей церкви. Но против такого отношения к еретикам возражал Стефан Яворский. Он обратился с письмом к Петру, в котором доказывал необходимость применения к еретикам пыток. «Что же речем о допросах? — писал он. — Допросы обычно бывают ради известия истины. Аще же вопрошаемый начнёт запираться, то надобно или достоверных свидетельств или пытки»19. Чтобы собрать обвинения против Тверитинова и его учеников, Стефан обратился к народу с «увещеванием». Под угрозой церковного проклятия он призывал «православных» доносить на еретиков. «Увещевание» сделало своё дело, и на Тверитинова посыпались «обвинительные сказки», главным образом от духовенства. Всех обвиняемых заключили в тюрьмы: Тверитинова — в колодническую палату московского духовного приказа, а его ближайшего ученика Фому Иванова — в московский Чудов монастырь, где держали «на цепи со стулом». В цепях их приводили в церковь и предавали анафеме. Стефан обвинял Тверитинова и его учеников в том, что они пытались отторгнуть простой народ от церкви и что делали они это «по злобе на церковь». По поводу «лукавого дела» начались расспросы, пытки, церковные проклятия. По распоряжению Стефана из 39 допросов был сделан «экстракт», и вместе с «правилами святой церкви» о необходимости сурового наказания еретиков материалы были переданы церковному собору.
Тем временем пытки продолжались. Первым не выдержал Фома Иванов. Когда его вели из тюрьмы в церковь, чтобы предать церковному проклятию, он схватил косарь (топор) и на глазах духовенства и народа изрубил икону Алексия. Его немедленно подвергли церковному проклятию, перевели в духовный приказ, где по распоряжению Стефана вновь пытали. Сгущались тучи и над головой Тверитинова. Стефан обвинял его в том, что он широко распространял свои еретические взгляды, что он размножал и раздавал свои «народно - развратные пункты».
24 октября 1714 г. в патриаршей крестовой палате собрались архиереи, архимандриты и попы для соборного суда над Тверитиновым и его учениками. Собор перечислил их «богомерзкие и богохульные ереси», трижды пропел им анафему, а затем передал обвиняемых светскому суду. Заклиная «страшным судом божиим», собор требовал от светской власти «сии богоненавистные еретические плевелы конечно истребить не только духовным судом, но и судом гражданским». 30 декабря 1714 г. Фому Иванова подвергли жестокой казни. В Москве, на Красной площади, построили сруб, куда поместили Иванова, и зажгли его. Перед казнью был зачтён приговор. Иванова осудили за то, что он возложил хулу на иконы и мощи угодников, на причастие, был противником церкви, врагом и богоотступником. Сперва сожгли его руку с косарём, которым он разрубил икону, затем в срубе сожгли его самого. При совершении казни Иванов держался с величайшей твёрдостью и не принёс, как от него требовали, покаяния. Суровость наказания Стефан Яворский оправдывал необходимостью «угасить всенародный мятеж», вызванный, по его словам, учением Тверитинова.
Стефан Яворский и другие церковные иерархи настаивали на суровом наказании и Тверитинова как еретика и великого злодея не только церкви, но и государства. Однако вопреки их требованиям Пётр освободил Тверитинова от наказания. Его ученика Михаила Косого сослали в Тобольск, а оттуда в Обдорск в крепкое заточение «на хлеб и на воду»20.
Жестокость и непримиримость Стефана Яворского, его «кровожаждущая утроба» вызвали недовольство церковных иерархов, находившихся к нему в оппозиции. Открытое сопротивление Петру в деле московских еретиков вызвало гнев царя. По его распоряжению над «кровожаждущим» инквизитором был назначен «генеральный суд». Его обвинили в злобе, гордости и клевете, в распространении лютеранской ереси и подвергли опале.
Прошло несколько лет, и в 1722 г. вновь запылал в Москве костёр. Отставной капитан Василий Левин произносил против церкви «злые и возмутительные слова» и не признавал икон. Подобно Талицкому, он говорил, что Пётр — антихрист, и призывал народ не повиноваться ему. Левина подвергли пыткам — подняли на дыбу и дали одиннадцать ударов. Как богохульника и противника власти Левина казнили в Москве, на Болоте: ему отсекли голову, а затем сожгли туловище. Голова Левина была отправлена в Пензу, туда, где он проповедовал свои взгляды. Здесь её выставили для всеобщего обозрения, на страх другим. Вместе с Левиным казнили ещё четырёх его сторонников. Их обвинили в том, что они знали об «еретичестве» Левина, но не донесли на него. Их головы были выставлены в Пензе рядом с головой Левина. После казни Синод хотел уничтожить монастырь, где жил Левин, но это требование даже царским палачам показалось жестоким и ненужным21. Однако всех монахов монастыря долго содержали под арестом в «земельном хладе».
В 1721 г. в Новгороде судили новгородского дьячка Василия Ефимова за то, что он, рассказывая о виденном им якобы чуде, «вместо славы нанёс хулу имени божьему». Несчастного дьячка сожгли публично в Новгороде, о чем сообщил Синоду новгородский архиерей. Но и после смерти дьячок казался церковникам опасным: его останки — голова и кости, способные якобы вызвать в народе «соблазн», по распоряжению Синода были отобраны у родственников и сожжены вторично, а прах был развеян22.
Духовное ведомство всюду видело мятеж против церкви и настаивало на суровых мерах для искоренения «злых плевел». По поручению Синода петербургский митрополит Гавриил представил в Уложенную комиссию 1767 г. свои соображения о том, как бороться с церковными противниками. Гавриил предложил виновных смирять прежде всего публично — одевать в позорную одежду и выставлять как преступников на всеобщее осмеяние. Затем им следовало дать 30 ударов струнными «кошками» о двенадцати хвостах, выжечь калёным железом клеймо - буквы ЗБХ (злобный богохульник) и сослать навечно в каторгу, где использовать на самых тяжёлых работах «вместо скотов»23. Жестокость этого наказания Митрополит Гавриил объяснил тем, что отступление от православной церкви, безверие и богоотступничество являются заразой для государства. Предложения митрополита - изувера, одобренные предварительно Синодом, нашли широкое применение. Ещё в 1785 г. в местечке Крупца на Волыни крестьянина Генриха Немирича обвиняли в том, что он «безбожный оскорбитель тела и крови Христовой». По настоянию церковников его предали суду, и суд вынес решение: «Отдать его под меч палача… предать тело четвертованию, а перед тем живцом вырвать язык… и драть пасы (полосы) из тела, затем все тело порубить на мелкие куски и раскидать по дорогам в пищу диким зверям»24. Этот зверский приговор был одобрен и представителями церкви.