Задачей первостепенной важности в начале 1942 г. продолжал оставаться розыск забрасываемой гитлеровскими спецслужбами агентуры в прифронтовую полосу и глубокий советский тыл. К этому времени стало ясно, что противник поставил обучение своей агентуры на поток и развернул на оккупированной территории многочисленные разведывательные органы и школы. По некоторым зарубежным оценкам, основанным на анализе архивных документов абвера, в период с 1942 по 1944 г. эта спецслужба постоянно имела за линией советского фронта 500–800 агентов. Только в группе армий «Центр» немецко-фашистской разведкой ежедневно забрасывалось в советский тыл 8—10 агентов.
20 февраля 1942 г. было издано указание НКВД СССР № 66 об усилении оперативно-чекистской работы по выявлению агентуры разведывательных органов воюющих с СССР стран, которое ориентировало органы безопасности на розыск забрасываемой в тыл обученной в разведывательных школах агентуры [3]. В последующие месяцы органами военной контрразведки были достигнуты при решении этой задачи определенные положительные результаты. Так, 6 апреля 1942 г. особым отделом Калининского фронта были арестованы агенты-радисты германской военной разведки Г.Ф. Фоменко и И.М. Дьяченко. У задержанных изъяли радиостанцию, два пистолета, два парашюта, поддельные документы, 4 тыс. рублей советскими дензнаками и запас продовольствия на 10 дней. Оба агента были одеты в форму военнослужащих Красной армии и снабжены соответствующими документами. На допросе Фоменко и Дьяченко показали, что они находились в лагере военнопленных, откуда были отобраны и направлены в разведывательную школу в г. Борисов, а после обучения заброшены в советский тыл для ведения разведки на коммуникациях войск Красной армии.
Отличительной особенностью начального периода войны являлась периодическая заброска агентуры в составе групп численностью до 15–20 человек. К примеру, 25 февраля 1942 г. в комендатуру станции Веженка, расположенную в 7 км от г. Белева (Западный фронт), прибыла группа бывших военнопленных в составе 10 человек. Командир группы лейтенант РККА Карнаух заявил, что военнослужащие являются членами заброшенной в советский тыл диверсионной группы, имеют при себе мины для совершения взрывов на железнодорожных путях и документы военнослужащих НКВД.
Особо следует подчеркнуть, что в указании НКВД СССР № 66 Управлению контрразведки и Управлению особых отделов НКВД было предписано организовать планомерное выявление и изучение дислокации, состава и методов работы разведывательных и контрразведывательных органов воюющих с СССР стран. Ставилась задача практиковать засылку надежной агентуры в тылы противника для подставы ее германским разведорганам с задачей выявления дислокации и личного состава этих органов, а также лиц, подготавливаемых противником к переброске на нашу территорию. Это исключительно важное и своевременное решение фактически ориентировало органы контрразведки на выявление агентуры противника уже на стадии ее подготовки. Развернувшаяся вслед за этим работа по проникновению во вражеские разведорганы и разведывательные школы была очень сложной по своему исполнению, но принесла с течением времени неплохие результаты и существенно повысила эффективность розыска вражеских агентов.
На протяжении первой половины 1942 г. органы военной контрразведки зачастую путем проб и ошибок продолжили вырабатывать оптимальную для военного времени систему организации своей оперативной работы. В условиях продолжавшихся ожесточенных боев на всех фронтах, отмобилизования новых частей и соединений, значительных потерь среди личного состава военной контрразведки и прихода им на смену сотрудников из территориальных и транспортных органов безопасности войсковых офицеров сделать это было не так просто. Неслучайно основные результаты по разоблачению и задержанию агентуры, диверсантов и террористов спецслужб противника были достигнуты в начальный период войны во многом в результате фильтрационной работы.
Деятельность особых отделов НКВД в годы войны по проверке и фильтрации военнослужащих, вышедших из окружения или бежавших из плена, является объектом критики многих современных исследователей истории советских органов государственной безопасности. Нельзя не согласиться, что для военнослужащих, зачастую с боями вышедших из окружения или бежавших из плена, было морально тяжело проходить проверку и подвергаться допросам со стороны работников особых отделов. Имели место и нарушения, в том числе грубый нажим на проверяемых. Однако нельзя не учитывать остроту переживаемого момента, а также реальную практику спецслужб противника по заброске своей агентуры в советский тыл под соответствующей легендой. К тому же сотрудники особых отделов подходили к организации проверки избирательно. Для военнослужащих, вышедших из окружения в составе подразделений, как правило, проверки не было, либо она была минимальной. Более серьезная работа велась в отношении лиц, вышедших из окружения или бежавших из плена в одиночку либо при сомнительных обстоятельствах.
По мере накопления опыта система мер по розыску агентуры противника органов военной контрразведки совершенствовалась, и уже к концу 1942 г. основные результаты стали приносить оперативно-разыскные, заградительные, чекистско-войсковые и другие оперативные мероприятия, а не фильтрационная работа.
Проверка и опрос военнослужащих, находившихся в плену или вышедших из окружения при сомнительных обстоятельствах, практиковались вплоть до окончания Великой Отечественной войны. Однако помимо фильтрационной работы военная контрразведка стала получать очень ценную информацию от своих агентов, внедренных в разведывательные органы и разведывательные школы противника, а также из других источников. Результаты зафронтовой работы активно использовались органами военной контрразведки для организации розыска агентов абвера, прошедших обучение в разведывательных и диверсионных школах и заброшенных в советский тыл. Ставшие известными особенности тактики заброски, экипировки агентов и диверсантов врага, признаки фиктивности документов доводились контрразведчиками до военного командования, личного состава, участвовавшего в несении комендантской и патрульно-постовой службы.
Военные контрразведчики установили, в частности, что вражеская разведка снабжает свою агентуру различными советскими и воинскими документами: паспортами, удостоверениями командного и начальствующего состава, красноармейскими книжками, командировочными удостоверениями, оперативными предписаниями и различными справками. Эти документы были частично захвачены разведкой в период наступления германской армии или отобраны у военнопленных и гражданского населения, изъяты у убитых и раненых бойцов, командиров и политработников либо сфабрикованы. К примеру, одна только абергруппа-107, дислоцировавшаяся на оккупированной советской территории в городах Бежице и Орле, в 1941–1943 гг. имела около 20 гербовых печатей штабов различных советских дивизий, до 40 печатей стрелковых полков, свыше 10 печатей эвакогоспиталей, 5–6 печатей армейских госпиталей, печати штаба Западного фронта, несколько печатей райкомов ВКП(б) и комсомола, гербовые печати горотдела и райотдела НКВД.
В феврале 1942 г. органами военной контрразведки был составлен сборник признаков подделки документов, использования противником экипировки и легенд прикрытия. Во многих частях были разработаны памятки-инструкции по правилам проверки документов.
В период наступательных действий органы военной контрразведки принимали все меры к тому, чтобы захватить официальных сотрудников, агентуру, обслуживающий персонал разведорганов противника, а также их документацию. Изучение трофейной документации, допросы сотрудников и обслуживающего персонала позволяли получить установочные данные на тех агентов, которые были ранее заброшены неприятелем в наш тыл. В ряде случаев ценную информацию удавалось получать и путем опроса населения прифронтовой полосы. Ориентировки о выявленных агентах регулярно рассылались во все органы безопасности для организации их розыска в масштабах страны.