Испуганный старик умолял о помиловании. Но если, несмотря на то, требовалось необходимо осуждение, то кто требовал вносить в это осуждение странность, что показание канцеляриста Жукова о посылке копий с доношений духовнику и Бестужеву свидетельствует о неистинности показаний Арсения? Екатерина написала на докладе: «По сей сентенции сан митрополита и священства снять, а если правила святые и другие церковные узаконения дозволяют, то для удобнейшего покаяния преступнику по старости его лет монашеский только чин оставить, от гражданского же суда и истязания мы по человеколюбию его освобождаем, повелевая нашему Синоду послать его в отдаленный монастырь под смотрение разумного начальника с таким определением, чтоб там невозможно было ему развращать ни письменно, ни словесно слабых и простых людей». Синод назначил местом ссылки Вологодской епархии Ферапонтов монастырь; но 15 апреля обер-прокурор объявил Синоду именной указ, чтоб Арсений сослан был в Архангельскую епархию, в Никольский Корельский монастырь, с производством ему кормовых денег по 50 коп. в день.
Прошло четыре года. В 1767 году опять поднялось следственное дело о монахе Арсении вследствие доноса на него иеродиакона Иоасафа Лебедева. Арсений, по словам доносчика, говорил, что Екатерина не природная наша и не следовало ей принимать престола; цесаревич болен золотухою, и, Бог знает, кто после будет, а надобно быть Ивану Антоновичу и содержащимся в Холмогорах отцу его и прочим. Арсений бранил синодальных членов; о Димитрии Сеченове говорил: «Кабы пропал, то бы и я был свобожден, до тех пор он поживет, пока обер-секретарь Остолопов жив, без которого он ничего не делает. Если бы не были согласны Сеченов и петербургский Гавриил, то деревень у архиереев и монастырей не отобрали бы». Сравнивал себя с Златоустом, заточенным также царицею. Толковал о пророчестве, будто бы взятом из жития св. Кирилла Белозерского, что в России будут царствовать двое юношей, которые выгонят турка и возьмут Царьград: первый юноша — великий князь (Павел Петрович), другой — брат принца Ивана (это говорилось уже по смерти последнего). Эти толки Арсения, доносил Лебедев, над архимандритом Корельского монастыря Антонием, над караульными солдатами и начальником их подпрапорщиком Алексеевским произвели желаемое действие: уверясь, что двое юношей будут царствовать скоро и что Арсений будет архиереем по-прежнему, стали содержать его гораздо слабее, почитали его как архиерея, принимали от него благословение, позволяли ему публично говорить проповеди. Подвергнутые допросу Антоний и Алексеевский признались в своем послаблении, Алексеевский подтвердил донос, подтвердил, что Арсений говорил: «Государыня наша не природная и не тверда в законе нашем, и не надлежало ей престола принимать». Екатерина заметила при этом: «Сии слова Арсений говорил и в 1763 году капитану Николаю Дурново, когда сей последний его приезжал брать в Синод, и так Алексеевский то не выдумал». Но Арсений в новой беде еще надеялся поколебать основание своей главной опалы. 22 октября он обратился в Архангельскую губернскую канцелярию с просьбою, чтоб записала его объявление и представила императрице. Объявление состояло в следующем: 1) Просит он, Арсений, чтоб ее и. в-ство сотворила с ним милость и соизволила бы подлинное его доношение, за которое он и осужден, сама прочесть; тогда, конечно, соизволит увидать его правость, ибо он, когда еще при покойной государыне Елисавете Петровне получил копию с доклада (а подлинный подписан бывшим канцлером Бестужевым-Рюминым и прочими знатными господами, окроме графа Петра Шувалова) об отобрании от церквей деревень, написал письмо к императрице; это письмо сходно с его доношением, за которое он теперь страдает. Императрица Елисавета, рассмотря, что он писал справедливо, подлинного доклада, когда ей поднесли его, утвердить не изволила, единственно послушав его, Арсениева, письма, и сказала, что не подпишет: как-де после смерти моей хотите. 2) Подоношению его и по следствию докладывало, как он, Арсений, думает, из Синода экстрактом и на словах ее величеству; а если б подлинное доношение ее в-ство изволила читать, то, конечно, он так наказан не был бы. 3) Он, Арсений, и ныне утверждает, что деревень от церквей для прописанных резонов в посланном от него в Синод доношении отбирать не надлежало.
Состоялось решение:. «Лишить Арсения монашеского чина и по расстрижении переименовать Андреем Вралем и послать к неисходному содержанию в Ревель».
Так кончилась борьба за вопрос, поднятый в русской жизни еще в XV веке. Борьба, как и следовало ожидать по важности вопроса, была сильная, ожесточенная изначала, но вначале восторжествовало мнение, что за монастырями должны быть удержаны населенные земли. В эпоху преобразования, в ту эпоху, когда русский человек во имя разума считал себя вправе допросить всякое освященное древностию явление о праве и пользе его существования, — в эпоху преобразования вопрос о церковных имуществах должен был подняться с новою силою. Но меры преобразователя, принятые относительно этих имуществ, были временные, отмененные им, как только он покончил с главным вопросом — о форме церковного управления; с одной стороны, преобразователь при своих последних распоряжениях относительно церковных имуществ имел в виду новые обязанности черного духовенства, новый строй его жизни; с другой — он так верил в силу нового, коллегиального управления, что не считал возможным повторения старых злоупотреблений. В начале второй половины века снова поднимает вопрос дочь преобразователя, которую нельзя было заподозрить в недостатке благочестия или в «философском уме» (которым так любовалась в себе Екатерина), и это обстоятельство уже показывало, что вопрос не может быть решен так, как был решен в XV веке, и Арсений ростовский пал, защищая в XVIII веке мнение Иосифа Волоцкого. Но как бы историк ни отнесся к этому мнению, нельзя не признать за Арсением мужества в отстаивании своего мнения до конца. Он просил снисхождения, просил, чтоб мнение его было прочтено внимательно, в целости, надеясь, что убедятся его резонами, но не жертвовал своим убеждением для получения прощения, освобождения от наказания. Он закончил свою просьбу словами: «Я и теперь утверждаю, что деревень от церквей отбирать не надлежало».
Екатерина исполнила свое намерение: в мае 1763 года отправилась в Ростов. Погода была неблагоприятная. «Ветры, холод и непрестанные дожди с происходящею от того грязью отнимают у нас удовольствие, которое б могли мы при хорошем времени в пути иметь», — писала императрица Панину из Переяславля; из того же города она писала генерал-прокурору Глебову: «Я получила все ваши посылки и надеюсь последние доклады скоро к вам возвращать. Ненастье и скука в Переяславле равны; дом, в котором живу, очень велик и хорош и наполнен тараканами». Из Ростова Екатерина писала Панину: «Завтра будет перенесение мощей Св. Димитрия; вчерашний день еще чудеса были, женщина одна исцелилась, а преосвященной Сеченой хочет запечатовать раку, дабы мощей не украли; однако я просила, дабы подлый народ не подумал, что мощи от меня скрылись, оставить их еще несколько время снаружи».
Из письма к Глебову мы видим, что Екатерина во время путешествия занималась делами. В Ростове она получила очень неприятные вести о ссоре между людьми, которые наиболее участвовали в событии 28 июня. Ссора произошла вследствие сильного возвышения, фаворитства Григория Орлова, брат которого Алексей своим обращением всего более возбуждал негодование людей, считавших свои заслуги 28 июня не менее важными. Один из них, Ласунский, говорил другому, Хитрово: «Орловы раздражили нас своею гордостию и своим поступком: мы было чаяли, что наша общая служба к государыне утвердит нашу дружбу, а ныне видим, что они разврат». Для объяснения отношений любопытна записка Екатерины Елагину от 25 февраля 1763: «Ты имеешь сказать камергерам Ласурскому и Рославлевым, что понеже они мне помогли взойтить на престол для поправления непорядков в отечестве своем, я надеюсь, что они без прискорбия примут мой ответ и что действительная невозможность ныне раздавать деньги, тому ты сам свидетель очевидный!» Но эти господа могли считать себя вправе принимать отказ в своих просьбах с прискорбием, думая или и говоря, что Орловым нет отказа. 24 мая из Ростова Екатерина отправила письмо к сенатору Вас. Ив. Суворову: «По получении сего призовите к себе камер-юнкера князя Ив. Несвижского и прикажите ему письменно вам подать или при вас написать все то, что он от камер-юнкера Федора Хитрова слышал, и по важности его показания пошлите за Хитровым и, если придет (ся) арестовать его, Хитрова, тогда для дальнейшего произвождения оного дела призовите себе в помощь кн. Мих. Волконского и кн. Петра Петр. Черкасского и рапортуйте ко мне, как часто возможно. Я при сем рекомендую вам поступать весьма осторожно, не тревожа ни город, и сколь можно никого; однако ж таким образом, чтоб досконально узнать самую истину, и весьма различайте слова с предприятием. Впрочем, по полкам имеете уши и глаза».