марта 1498 года францисканский монах, проповедуя в церкви Санта-Кроче, перевел драматизм дела на себя, вызвав Савонаролу на испытание огнем. Он заклеймил доминиканца как еретика и лжепророка и предложил пройти через огонь, если Савонарола сделает то же самое. По его словам, он ожидал, что они оба будут сожжены, но надеялся своей жертвой освободить Флоренцию от беспорядков, вызванных неповиновением папе со стороны гордого доминиканца. Савонарола отклонил вызов; Доменико принял его. Враждебная синьория воспользовалась шансом дискредитировать приора, который, по ее мнению, превратился в беспокойного демагога. Она одобрила обращение к средневековым методам и договорилась, что 7 апреля фра Джулиано Рондинелли из францисканцев и фра Доменико да Пешиа должны войти в костер на площади Синьории.
В назначенный день большая площадь была заполнена толпой, жаждущей насладиться чудом или зрелищем человеческих страданий. Все окна и крыши, выходящие на сцену, были заняты зрителями. В центре площади, через проход шириной в два фута, были возведены костры-близнецы из дерева, смешанного с смолой, маслом, смолой и порохом, что гарантировало испепеляющее пламя. Францисканские монахи заняли позицию в Лоджии деи Ланци; доминиканцы вошли с противоположной стороны; фра Доменико нес освященную святыню, Савонарола — распятие. Францисканцы жаловались, что красная накидка фра Доменико могла быть зачарована настоятелем на несгораемость; они настаивали на том, чтобы он сбросил ее; он протестовал; толпа убеждала его уступить; он уступил. Францисканцы попросили его снять другие одежды, которые, по их мнению, могли быть зачарованы; Доменико согласился, пошел во дворец Синьории и переоделся с другим монахом. Францисканцы настояли на том, чтобы запретить ему приближаться к Савонароле, дабы он не был вновь очарован; Доменико согласился, чтобы его окружили францисканцы. Они возражали против того, чтобы он нес в огонь либо распятие, либо освященную Святыню; он отдал распятие, но сохранил Святыню, и между Савонаролой и францисканцами началась долгая богословская дискуссия о том, должен ли Христос быть сожжен вместе с явлением хлеба. Тем временем поборник францисканцев оставался во дворце, умоляя синьора спасти его любой хитростью. Приоры позволили дискуссии продолжаться до наступления темноты, а затем объявили, что испытание больше не может проводиться. Толпа, обманутая в крови, напала на дворец, но была отбита; некоторые аррабиаты попытались схватить Савонаролу, но его защитила стража. Доминиканцы вернулись в Сан-Марко, осмеянные населением, хотя, очевидно, именно францисканцы были главной причиной задержки. Многие жаловались, что Савонарола, заявив, что он вдохновлен Богом и что Бог защитит его, позволил Доменико представлять его в испытании, вместо того чтобы самому принять в нем участие. Эти мысли распространились по городу, и почти в одночасье последователи приора исчезли.
На следующий день, в Вербное воскресенье, толпа аррабиати и других людей отправилась на, чтобы напасть на монастырь Сан-Марко. По дороге они убили нескольких Пьяньони, в том числе Франческо Валори; его жена, привлеченная его криками к окну, была прострелена стрелой; его дом был разграблен и сожжен; один из его внуков был задушен до смерти. Колокол Сан-Марко зазвонил, призывая Пьяньони на помощь, но они не пришли. Монахи приготовились защищаться мечами и дубинками; Савонарола тщетно просил их сложить оружие, а сам стоял безоружным у алтаря, ожидая смерти. Монахи сражались доблестно; фра Энрико орудовал мечом со светским восторгом, сопровождая каждый удар громким криком: Salvum fac populum tuum, Domine — «Спаси народ твой, Господи!» Но враждебная толпа была слишком многочисленна для монахов; в конце концов Савонарола убедил их сложить оружие, и когда из синьории пришел приказ об аресте его и Доменико, оба сдались и были проведены через толпу, которая осыпала их насмешками, ударами, пинками и плевками, в кельи Палаццо Веккьо. На следующий день к заключенным добавился фра Сильвестро.
Синьория отправила папе Александру отчет о мытарствах и аресте, просила у него отпущения грехов за насилие, совершенное над церковником, и разрешения подвергнуть пленников суду и, если потребуется, пыткам. Папа настоял на том, чтобы трех монахов отправили в Рим для предания церковному суду; синьория отказалась, и папе пришлось довольствоваться тем, что два папских делегата участвовали в допросе обвиняемых.34 Синьория решила, что Савонарола должен умереть. Пока он жив, будет жива и его партия; только его смерть, считали они, может исцелить раздор фракций, который настолько расколол город и его правительство, что союз с Флоренцией стал бесполезен для любой иностранной державы, а Флоренция была открыта для внутреннего заговора или внешнего нападения.
По обычаю, установленному инквизицией, в период с 9 апреля по 22 мая экзаменаторы подвергали трех монахов пыткам по разным поводам. Сильвестро сразу же сдался и с такой готовностью ответил, как того хотели экзаменаторы, что его признание было слишком поверхностным, чтобы быть полезным. Доменико сопротивлялся до последнего; замученный до смерти, он продолжал утверждать, что Савонарола — святой без коварства и греха. Савонарола, измотанный и измученный, вскоре потерял сознание под пытками и давал любые ответы, которые ему предлагали. Придя в себя, он отказывался от признания; его снова пытали, и он снова уступал. После трех испытаний его дух сломился, и он подписал сбивчивое признание в том, что не имел божественного вдохновения, что был виновен в гордыне и честолюбии, что призывал иностранные и светские власти созвать всеобщий церковный собор и что замышлял низложение папы. По обвинению в расколе и ереси, в разглашении тайны исповеди в виде притворных видений и пророчеств, в разжигании смуты и беспорядков в государстве, три монаха были приговорены к смерти по единому приговору государства и Церкви. Александр милостиво послал им отпущение грехов.
23 мая 1498 года Республика отцеубийц казнила своего основателя и его товарищей. Небритых и босых их привели на ту же площадь Синьории, где дважды сжигали «тщеславие». Как и тогда, как и в случае с испытанием через суд, на зрелище собралась огромная толпа; но теперь правительство снабжало ее едой и питьем. Один священник спросил Савонаролу: «В каком духе ты переносишь это мученичество?» Он ответил: «Господь много страдал за меня». Он поцеловал распятие, которое нес, и больше не разговаривал. Монахи мужественно шли к своей гибели, Доменико почти радостно пел Te Deum в благодарность за мученическую смерть. Трое мужчин были повешены на виселице, и мальчикам разрешили забрасывать их камнями, когда они задыхались. Под ними разожгли большой костер и сожгли их в пепел. Пепел выбросили в Арно, чтобы не поклоняться ему как мощам святых. Некоторые Пьяньони, не выдержав осуждения, встали на колени на площади, плакали
