Мы видели, каким важным шагом ознаменовал свою политическую деятельность Фотий на севере, в Москве, объявивши себя торжественно на стороне племянника против дяди; при жизни Фотия открытой вражды не было и Юрий признавал старшинство племянника, но тотчас по смерти митрополита князья снова заспорили и стали собираться в Орду. Усобицы между Василием и Юрием происходили, когда митрополита не было в Москве, и мы с уверенностию можем сказать, что присутствие митрополита дало бы иной характер событиям, ибо мы видели, как митрополит Иона сильно действовал в пользу Василия Темного; мы видели, как побежденные князья требуют у победителя, чтоб он не призывал их в Москву в то время, когда там не будет митрополита, который один мог дать им ручательство в безопасности.
Московские смуты долго мешали назначению нового митрополита; наконец был избран рязанский епископ Иона, первый митрополит не только русский, но рождением и происхождением из Северной Руси, именно из Солигалицкой области. Но, когда медлили в Москве, спешили в Литве, и, прежде чем Иона успел собраться ехать в Константинополь, оттуда уже явился митрополитом смоленский епископ Герасим, который остановился в Смоленске, пережидая здесь, пока в Москве прекратятся усобицы. Усобицы прекратились, но Москва не видала Герасима: поссорившись с литовским князем Свидригайлом, митрополит был схвачен им и сожжен. На этот раз Иона отправился в Константинополь, но опять был предупрежден: здесь уже поставили Исидора, последнего русского митрополита из греков и поставленного в Греции, потому что Флорентийский собор, смуты и падение Византии должны были повести необходимо к независимости русской митрополии от константинопольского патриарха.
Исидор, приехавши в Москву, стал собираться на собор, созванный в Италии для соединения церквей. Самое уже место собора в стране неправославной должно было возбуждать подозрение в Москве. Великому князю не хотелось, чтобы Исидор ехал в Италию; когда же он не смог отклонить митрополита от этого путешествия, то сказал ему: "Смотри же, приноси к нам древнее благочестие, какое мы приняли от прародителя нашего Владимира, а нового, чужого, не приноси, если же принесешь что-нибудь новое и чужое, то мы не примем". Исидор обещался крепко стоять в православии, но уже на дороге православные спутники стали замечать в нем наклонность к латинству: так, в Юрьеве Ливонском (Дерпте), когда русское народонаселение города вышло к нему навстречу с священниками и крестами и в то же время вышли навстречу немцы с своими крестами, то он подошел сначала к последним. На соборе Исидор принял соединение: между другими побуждениями Исидор мог иметь в виду и большие средства к поддержанию единства митрополии, большие удобства в положении русского митрополита, когда князья - московский и литовский - не будут разниться в вере. Но в Москве не хотели иметь в виду ничего, кроме поддержания древнего благочестия и когда Исидор, возвратясь в Москву, принес новое и чужое, когда начал называться легатом папиным и велел носить пред собою крыж латинский и три палицы серебряные, когда на литургии велел поминать папу вместо патриархов вселенских, а после литургии велел на амвоне читать грамоту о соединении церквей, когда услыхали, что дух св. исходит от отца и сына, что хлеб бесквасный и квасной может одинаково претворяться в тело Христово и прочие новизны, то великий князь назвал Исидора латинским ересным прелестником, волком, велел свести его с митрополичьего двора и посадить в Чудове монастыре под стражу, а сам созвал епископов, архимандритов, игуменов, монахов и велел им рассмотреть дело. Те нашли, что все это папино дело, несогласное с божественными правилами и преданиями; а между тем Исидор успел бежать из заключения. Великий князь не велел догонять его.
Флорентийский собор заставил наконец решиться на то, что хотел сделать Митяй на севере, что сделали потом на юге епископы, поставившие Цамблака. Великий князь отправил в Константинополь грамоту к патриарху. "Прошло уже с лишком 450 лет, - пишет Василий, - как Россия держит древнее благочестие, принятое от Византии при св. Владимире. По смерти митрополита Фотия мы понудили идти к вам епископа рязанского Иону, мужа духовного, от младенчества живущего в добродетельном житии; но не знаем, почему вы нашего прошения не приняли, грамотам и послу нашему не вняли и вместо Ионы прислали Исидора, за которым мы не посылали, которого не просили и не требовали; мольба императорского посла, благословение патриарха, сокрушение, покорение, челобитье самого Исидора едва-едва могли заставить нас принять его. Нам тогда и в мысль не приходило, что со временем от него станется! Он принес нам папские новизны, приехал легатом, с латински изваянным распятием и злочестиво двоеженствовал, называя себя учителем и настоятелем двух церквей, православной и латинской. Мы собрали наше православное духовенство, и всем Исидорово поведение показалось чуждым, странным и противозаконным. Вследствие всего этого просим твое святейшее владычество, пошли к нам честнейшую твою грамоту, чтоб наши епископы могли избирать и поставлять митрополита в Русь, потому что и прежде по нужде так бывало; а теперь у нас нашествие безбожных агарян, в окрестных странах неустройство и мятежи; притом же нам надобно сноситься с митрополитом о важных делах, и когда митрополит грек, то мы должны разговаривать с ним через переводчиков, людей незначительных, которые таким образом прежде других будут знать важные тайны".
Эта грамота не достигла Константинополя: в Москву пришла весть, будто император греческий принял латинство и переселился в Рим; тогда великий князь велел возвратить послов с дороги. Скоро после того в Москве начались новые бедствия и смуты: плен великого князя Василия, сперва у татар, потом у Шемяки, не дал возможности думать о поставлении митрополита, и здесь мы должны также заметить, что это обстоятельство - отсутствие митрополита имело важное влияние на ход событий: едва ли Шемяка и Можайский могли бы привести в исполнение свой замысел при митрополите. Когда Василий утвердился опять на столе великокняжеском, то поспешили поставлением митрополита: поставлен был своими епископами давно нареченный на митрополию Иона рязанский, уже успевший оказать важные услуги великому князю и его семейству.
Услуги, оказанные Ионою московскому правительству после поставления его в митрополиты, мы видели прежде, в своем месте, здесь же должны обратить внимание на отношения к Византии и Литовской Руси. После Ионина поставления великий князь отправил к императору Константину Палеологу грамоту, в которой писал: "После кончины Фотия митрополита мы, посоветовавшись с своею матерью, великою княгинею, и с нашею братьею, русскими князьями, великими и поместными, также и с государем Литовской земли, с святителями и со всем духовенством, с боярами и со всею землею Русскою, со всем православным христианством, избрали и отправили с нашим послом рязанского епископа Иону к вам в Константинополь для поставления; но прежде его прихода туда император и патриарх поставили на Киев, на всю Русь, митрополитом Исидора, Ионе же сказали: "Ступай на свой стол Рязанскую епископию; если же Исидор умрет или что-нибудь другое с ним случится, то ты будь готов благословен на митрополичий престол всея Руси". Так как в ваших благословенных державах произошло разногласие в церкви божией, путешественники в Константинополь претерпевают на дороге всякого рода затруднения, в наших странах неустройство всякое, нашествие безбожных агарян, междоусобные войны, мы сами не от чужих, но от братьев твоих претерпели страшное бедствие, то при такой великой нужде, собравши своих русских святителей согласно с правилами, поставили мы вышеупомянутого Иону на митрополию русскую, на Киев и на всю Русь. Мы поступили так по великой нужде, а не по гордости или дерзости; до скончания века пребудем мы в преданном нам православии; наша церковь всегда будет искать благословения церкви цареградской и во всем по древнему благочестию ей повиноваться; и отец наш, Иона митрополит, также просит благословения и соединения, кроме нынешних новых разногласий, и молим твое святое царство, будь благосклонен к отцу нашему Ионе митрополиту. Мы хотели обо всех этих делах церковных писать и к святейшему патриарху православному, требовать его благословения и молитвы; но не знаем, есть ли в вашем царствующем граде патриарх или нет? Если же, бог даст, будет у вас патриарх по древнему благочестию, то мы будем извещать его о всех наших положениях и просить благословения". В 1453 году Константинополь был взят турками; в Москве узнали об этом событии от бежавшего из плена грека Димитрия; митрополит Иона окружным посланием уведомил православных о падении Константинограда, о страшных бедствиях греческого народа и просил помочь означенному Димитрию выкупить семейство из турецкого плена. К патриарху Геннадию Иона писал, что просит его благословения и посылает дары, какие нашлись у него.
