Привели к допросу мать Наталью Федоровну Лопухину; она объявила: «Маркиз Ботта ко мне в дом езжал и говаривал, что отъезжает в Берлин; я его спросила: зачем? Конечно, ты что-нибудь задумал? Он отвечал: так хотя бы я что и задумал, но об этом с вами говорить не стану. Слова, что до тех пор не успокоится, пока не поможет принцессе Анне, я от него слышала и на то ему говорила, чтоб они не заварили каши и в России беспокойств не делали и старался бы он об одном, чтоб принцессу с сыном освободили и отпустили к деверю ее, а говорила это, жалея о принцессе за ее большую ко мне милость. Ботта говорил также, что будет стараться возвести на русский престол принцессу Анну, только я на это ему, кроме объявленного, ничего не сказала. Муж мой об этом ничего не знал. С графинею Анною Бестужевою мы разговор имели о словах Ботты, и она говорила, что у нее Ботта то же говорил». Лопухину допрашивали в ее доме.
Допросили графиню Анну Гавриловну Бестужеву, жену Михайлы Петровича (вдову Ягужинскую, урожденную графиню Головкину). Та сказала только: «Говаривала я не тайно: дай бог, когда бы их (Брауншвейгскую фамилию) в отечество отпустили!» Но дочь ее, Настасья Ягужинская, подтвердила показание Лопухиной. После этих допросов Ивана Лопухина, его мать и Бестужеву посадили в крепость, а дочь Бестужевой оставили в доме под караулом. В крепости Наталья Лопухина призналась: «Такие разговоры Ботта и при муже моем держал, и как мы его подлиннее допрашивали, то он отозвался: вот захотели, чтоб я вам, русским, и о том рассказал! Причем меня и выбранил».
Иван Лопухин был приведен в застенок, где прибавил, что Бестужева говорила его матери: «Ох, Натальюшка! Ботта-то и страшен, а иногда и увеселит». 27 июля поручик Машков объявил, что Лопухин говорил ему: «Сказывал матери моей Александр Зыбин, что принцессу скоро отпустят в отечество брауншвейгское, а с нею и прежний ее штат, в том числе и молодого Миниха; я для того и от службы отбываю, что, как это сделается, и я при ней по-прежнему буду камер-юнкером. Не бойся, Машков! Может быть, принцесса по-прежнему будет здесь, и тогда счастье получим. А ежели принцесса освобождена не будет, то надеюсь, что война будет; а когда меня пошлют, то я драться не буду, а уйду в прусское войско: разве мне самому против себя драться? Думаю, что и многие драться не станут». На другой день призван был к допросу Зыбин и сказал: «О принцессе и принце от Натальи Лопухиной я слыхал: она их жалела и желала, чтоб им быть по-прежнему; от таких слов я ее унимал, говоря, что я могу от них пропасть, на что она сказала: разве тебе будет первый кнут?»
В тот же день была очная ставка Бестужевой с Лопухиными, и Бестужева призналась во всем, что показали Лопухины. 29 июля были допрошены конной гвардии вице-ротмистр Лилиенфельд, того же полка адъютант Степан Колычов и жена камергера Лилиенфельда Софья Васильевна. Двое первых не показали ничего нового; Софья Лилиенфельд объявила: «С маркизом Боттою я встречалась в домах Бестужевой и Лопухиной и слышала, как он с сожалением говорил, что принцесса неосторожно жила, отчего и правление потеряла, всегда слушалась фрейлины Юлии, на что мы ему отвечали, что то совершенная правда, сама она принцесса пропала и нас погубила, в подозрение нынешней государыне привела. Говаривали при мне графиня Бестужева с Лопухиной, что ее величество непорядочно и просто живет, всюду беспрестанно ездит и бегает. Говаривали про принцессу: лучше б нам было, когда б она была; может быть, это и сделается, а когда не сделается, то хотя б ее отпустили». Софья Лилиенфельд оговорила камергера князя Сергея Васильевича Гагарина, но тот во всем заперся, равно как и камергер Лилиенфельд. Иван Лопухин поднят был на дыбу и получил одиннадцать ударов, но не прибавил ничего больше к своему показанию. 11 августа его снова пытали, дали 9 ударов, и опять никаких новых признаний.
Отец его Степан Лопухин в допросе сказал: «Маркиз Ботта у меня часто бывал и говаривал о принцессе, что лучше б и покойнее было, если б она оставалась правительницею, а теперь такие беспорядки происходят, министров прежних всех разослали, после императрица будет о них и тужить, да взять будет негде; на это и я говорил, что правда, но говорил, что и тогда было не совсем хорошо, завладали было немцы, потому что принцесса никуда не выхаживала. Что ее величеством я недоволен и обижен, об этом с женою своею я говаривал и неудовольствие причитал такое, что безвинно был арестован и без награждения рангом отставлен; а чтоб принцессе быть по-прежнему, желал я для того, что при ней мне будет лучше, а что присягу свою презрел, в том приношу мою пред ее величеством вину. Говорил я про сенаторов, что ныне путных мало, а прочие все дураки, что дела не делают и тем приводят ее величество народу в озлобление. Когда император Петр II скончался, тогда меня призвали фельдмаршал князь Голицын, князь Дмитрий Голицын да фельдмаршал князь Долгорукий и спрашивали, не подписывал ли его величество какой духовной? И я сказал: не видал. И притом они имели рассуждение, кого выбрать на престол, и сперва говорили о царице Евдокии Феодоровне, что она уже стара, потом о царевнах Екатерине и Прасковье, что их нельзя, сказав некоторые слова непристойные; потом о ее величестве молвил из них, помнится, фельдмаршал князь Долгорукий, что она родилась до брака, и за тем, и за другим, сказав еще некоторые непристойные слова, выбрать нельзя, и потом положили намерение к выбору императрицы Анны». 17 августа Степан Лопухин был поднят на дыбу, висел десять минут и ничего нового не сказал. Потом подняты были на дыбу жена его Наталья и графиня Бестужева и также не прибавили ничего к прежним показаниям.
Следователи спрашивали императрицу, что Софья Лилиенфельд больна (беременна) и потому нужно ли делать ей очную ставку с оговоренными ею? Елисавета собственноручно написала: «Сие дело мне пришло в память, когда оная Лилиенфельдова жена показала на Гагарина и жену его, то надлежит их в крепость всех взять и очную ставкою производить, несмотря на ее болезнь, понеже коли они государево здоровье пренебрегали, то плутов и наипаче жалеть не для чего, лучше чтоб и век их не слыхать, нежели еще от них плодов ждать».
Кроме упомянутых лиц привлечены были к делу князь Иван Путятин, подпоручик Нил Акинфов, дворянин Николай Ржевский. Учрежденное в Сенате генеральное собрание (в котором были и духовные лица: троицкий архимандрит Кирилл, суздальский епископ Симон, псковский епископ Стефан) 19 августа положило сентенцию: Лопухиных всех троих и Анну Бестужеву казнить смертью, колесовать, вырезав язык. Ивана Мошкова, Александра Зыбина, князя Ивана Путятина, Софью Лилиенфельд казнить смертью – Мошкова и Путятина четвертовать, Зыбину и Лилиенфельд отсечь голову за то, что, слыша опасные разговоры, не доносили. Камергера Лилиенфельда за нерадение о том, что слышал от жены, лиша всех чинов, сослать в деревню; вице-ротмистра Лилиенфельда, подпоручика Акинфова и адъютанта Колычова определить в армейские полки; дворянина Ржевского высечь плетьми и написать в матросы. Императрица изменила эту сентенцию таким образом: троих Лопухиных и Анну Бестужеву высечь кнутом и, урезав языки, послать в ссылку; Мошкова и Путятина высечь кнутом, Зыбина – плетьми и послать в ссылку, Софью Лилиенфельд, пока не разрешится от бремени, не наказывать, а только объявить, что велено ее высечь плетьми и послать в ссылку. Имение всех означенных конфисковать. Прочим учинить по сентенции, только Ржевского написать в матросы без наказания. Экзекуция учинена была на публичном месте, перед коллежскими апартаментами. В Сибири сосланных держали под караулом; на содержание давали каждому в день по рублю; но Ивану Лопухину, Мошкову и Путятину давали по 50 копеек; для прислуги при Степане Лопухине с женою было отправлено четыре человека, двое мужчин и две женщины, из них один повар; при Анне Бестужевой и Софье Лилиенфельд – по четыре человека при каждой, при Зыбине – два человека, при Иване Лопухине, Мошкове и Путятине – по одному; прислуга получала по десяти копеек на день.
Люди, дурно отзывавшиеся о поведении императрицы, жалевшие о падшем правительстве, желавшие его восстановления и питавшие надежду на это восстановление, были наказаны. Но кто возбуждал в них эту надежду, увеселял их? Маркиз Ботта – посланник венгерской королевы.
В сентябре Ланчинский изложил канцлеру Улефельду причины неудовольствия своего двора на маркиза Ботту. Улефельд, выслушав все молчаливо и с печальным лицом, сказал: «Никак я этого не ожидал: как государственный канцлер, имея в руках все реляции маркиза Ботты, могу засвидетельствовать, что он ревностно исполнял и исполняет инструкции королевы относительно дружественных и союзнических чувств ее к вашей государыне; в его реляциях не видно ни малейшего неудовольствия или злого намерения, о происшествиях же рассказывает просто, как что было». Ланчинский отвечал, что жалоба не на реляции, а на богомерзкие, неоднократные в конфидентных обхождениях имевшиеся разговоры, на предерзостные слова, ругательные выражения и злостные намерения, которые должны быть исследованы в Берлине. Улефельд возражал, что надобно и другую сторону выслушать, знатного ранга персон. Несколько времени спустя Улефельд объяснил Ланчинскому, что королева очень огорчена неудовольствием императрицы, которой дружбу особенно ценит и старается поддерживать союзнические обязательства; но маркиза Ботту до выслушания от него ответа ни обвинить, ни оправдать не может, в чем полагается на правосудие императрицы. Ланчинский отвечал, что, по имеющимся достовернейшим доказательствам, Ботта оправдаться не может.