Избавились от Заруцкого, успокоена была Астрахань, но козаков оставалось еще много внутри государства, почти не было ни одной области, которая бы не страдала от их опустошений. Об их опустошениях летописец говорит, что и в древние времена таких мук не бывало; воеводы доносили: «Там и там стояли козаки, пошли туда-то, села и деревни разорили и повоевали до основания, крестьян жженых видели мы больше семидесяти человек, да мертвых больше сорока человек, мужиков и женок, которые померли от мученья и пыток, кроме замерзших». Особенно отличался между козаками атаман Баловень. 1 сентября 1614 года, в тогдашний Новый год, государь говорил на соборе с духовенством, боярами, думными и всех чинов всякими людьми: «Пишут к нам из замосковных и из поморских городов, что пришли в уезды воры-козаки, многие люди, православных христиан побивают и жгут разными муками, денежных доходов и хлебных запасов сбирать не дадут, собранную денежную казну в Москву от их воровства провезти нельзя. Дворяне и дети боярские бьют челом, чтоб им с ворами управиться самим: так на этих воров посылки ли послать, или писать к ним об обращенье, чтоб от воровства отстали?» Приговорили: «Послать к ворам из (духовных) властей, бояр и всяких чинов людей и говорить ворам, чтоб они от воровства отстали». Для этого посланы были суздальский архиепископ Герасим с двумя еще духовными лицами, боярин князь Борис Михайлович Лыков и дьяк Ильин с выборными из дворян, гостей, из торговых людей и козаков. Они должны были ехать в Ярославль и оттуда повестить козакам: которые из них хотят стоять за имя божие, государю служить и прямить, тем от воров, которые хотят воровать, отобраться, списки имен своих прислать к государю и идти на службу. Которые государю служить не станут, станут вперед государю изменять, церкви божии разорять, образа обдирать, православных христиан грабить, жечь, ломать, на таких всяким государевым людям, атаманам и козакам, стоять заодно и над ними промышлять, потому что они пуще и грубнее литвы и немцев, и козаками этих воров не называть, чтоб прямым атаманам, которые служат, бесчестья не было. Если козаки станут договариваться с князем Лыковым, а без заклада к нему не поедут, то ему давать заклады, смотря по их людям, и уговаривать их всякими обычаями, чтоб их от воровства отвести и выслать на государеву службу, обещать им жалованье, должным и крепостным людям — свободу. Которые атаманы и козаки станут приезжать в Ярославль к князю Лыкову для сговоров и всяких государевых дел, тех поить и кормить. Которые атаманы и козаки от воровства отстанут и пойдут на государеву службу, тем велеть кормы давать, сбирая с посадов и уездов, как можно сытым быть, а лишнего брать и насилья делать не велеть. Которые атаманы и козаки от воровства не отстанут, на службу не пойдут, уговор их не возьмет, на таких князю Лыкову сбираться с городами, с дворянами и детьми боярскими, сбирать также охочих всяких людей и даточных и над ворами промышлять всякими обычаями.
Лыков дал знать государю, что он к козакам писал и уговаривать посылал много раз, но воры от воровства не отстают и унять их никак нельзя, стали воровать пуще прежнего; которые козаки хотят отстать от воровства, тем от воров уйти нельзя, потому что воры умножились. Государь в ответ приказал Лыкову промышлять над козаками. После этого Лыков писал, что он на козаков ходил и посылки посылал и воров во многих местах побивали. Тогда козаки прислали объявить Лыкову, что они от воровства отстали и пошли на государеву службу к Тихвину против шведов, и государь бы их пожаловал, велел к ним прислать воевод из Москвы, с кем им ходить и промышлять над немецкими людьми. Из Москвы отправилось к ним двое воевод — князь Никита Волконский да Чемесов; но скоро эти воеводы дали знать государю, что когда они пришли на Тихвину и хотели смотреть козаков по спискам, то козаки на смотр не пошли, ездят себе по селам, деревням и дорогам, грабят, бьют, села и деревни жгут, крестьян ломают, воровство от них чинится пуще прежнего, приходят и на них, воевод, с великим шумом, с угрозами, хотят грабить и побить. А после того прибежали с Тихвины в Москву козаки, которые государю прямили, и в расспросе боярам сказали: которые козаки отстали от воровства, начали служить государю, стали было от воров отбираться и пришли к воеводам, князю Волконскому и Чемесову, на тех пришли козаки воры, перехватали и переграбили их, также и самих воевод царских, многих добрых атаманов и козаков побили до смерти и теперь идут по городам войною. Прискакал гонец и от воеводы с Устюжны: пришли к его городу козаки многие, говорят, что идут к Москве, а неведомо, для какого умышления. По этим вестям царь отписал в Ярославль к князю Лыкову и в Кашин к воеводе Бояшеву, чтобы по всем дорогам посылали подъезды проведывать про козаков, куда ждать их похода? И если воры пойдут прямо под Москву, то Лыков и Бояшев должны идти за ними также к Москве.
Козаки действительно явились под Москвою и стали по Троицкой дороге в селе Ростокине, приславши к государю бить челом, что хотят ему служить, воровать вперед не станут и на службу идти готовы. Государь послал в Ростокино дворян и дьяков переписать и разобрать козаков, сколько их пришло. Козаки к смотру не шли долго и едва дали себя переписывать, говоря, что они, атаманы, знают сами, сколько у кого в станице козаков. Они ставили по дорогам от Ростокина к Москве и по Троицкой дороге сторожи днем и ночью, посылали по всем дорогам подъезды и станицы, все проведывали про князя Лыкова с товарищи, а между тем прислали другое челобитье к государю, чтоб велел им дать торг, иначе они станут воевать и в загоны посылать: по государеву указу из Москвы к ним с торгом посылали, только бы в загон не ездили. Государь велел также перевести их из Ростокина к Донскому монастырю: отсюда они начали приезжать в Москву ратным обычаем и говорить, что будут московских людей грабить, а другие говорили: только их государь не пожалует, и они пойдут к Лисовскому в Северскую страну. Тогда послали к Лыкову и Бояшеву приказ, чтоб они тотчас же со всеми людьми шли под Москву проселочными дорогами, тайком и, пришедши под Москву, стали бы также, утаясь, где пригоже. Лыков и Бояшев наконец пришли, и государь велел взять из козацкого табору в Москву атаманов, есаулов и козаков, расспросить и сыскать: били челом бояре и дворяне и дети боярские, что они, козаки, поместья и вотчины их разорили; да били челом воеводы, князь Волконский и Чемесов, что козаки их били и грабили. Козаки были взяты к допросу, и в то же время из Москвы к Симонову монастырю двинулся окольничий Артемий Измайлов, велено ему было стать против козачьих таборов и послать сказать козакам, чтоб они не смели выходить из них никуда и стояли бы безо всякого опасенья, потому что он, Измайлов, прислан их оберегать; если же они станут подниматься со станов, то Измайлову и Лыкову велено идти на них, чтоб их под Москву не пустить. Но как скоро Измайлов пришел к Симонову монастырю и стал против козачьих таборов, то воры бросились бежать из-под Москвы Серпуховскою и другими дорогами; Измайлов и Лыков двинулись за ними, по дороге несколько раз побивали их отряды и настигли главную толпу в Малоярославском уезде на реке Луже. Здесь козаки были побиты наголову, а остальные, видя над собою от государевых людей тесноту, добили челом и крест целовали. Всех этих козаков по государеву указу Лыков и Измайлов привели в Москву в числе 3256 человек, их всех простили и отослали на службу, только Баловня повесили да некоторых других атаманов разослали по тюрьмам. Но этим государство еще не успокоилось от козаков: в 1616 году государь получил вести из Владимира, Суздаля, Мурома, Балахны и Нижнего, что собрались воры, боярские холопи и всякие безыменные люди и называются козаками, пришли в Суздальский и Владимирский уезды, в Шую и другие места; по селам, деревням и дорогам дворян, детей боярских и всяких людей побивают до смерти, села и деревни жгут, крестьян пытают, доведываясь, где их пожитки, и хотят идти по городам. Государь приказал промышлять над ворами князю Димитрию Петровичу Лопате-Пожарскому и костромскому воеводе Ушакову. Как они исполнили поручение, неизвестно. В том же году дали знать государю из Казани и других понизовых городов, что татары и черемисы заворовали, государю изменили, села и деревни жгут, людей в полон берут и побивают, к городам приступают, дороги от Казани к Нижнему отняли. Против них отправлены были боярин князь Сулешов и стольник князь Львов.
Кроме козаков, татар и черемис, надобно было разделываться с литовскими людьми, с Лисовским и козаками малороссийскими или черкасами. Тотчас по избрании Михаила в Москве начали думать, как бы прекратить войну литовскую и, главное, высвободить из плена отца государева. 10 марта 1613 года собор уже отправил дворянина Дениса Аладьина к королю с грамотою, в которой, прописав все неправды Сигизмунда, требовал размена пленных. Струсь от лица всех своих собратий писал также к королю, умоляя его прислать Филарета с товарищами и тем освободить своих подданных из неволи московской. В наказе Аладьину говорилось: «Скажут: нам подлинно известно, что польских и литовских людей, разосланных по городам после кремлевского взятия, всех мужики побили» — отвечать: «Сосланы были польские и литовские люди с Москвы в города для береженья: к Соли-Галицкой, да в Галич, да на Чухлому, да на Унжу, и пришли к тем городам изгоном воры, ваши же черкасы, и тех польских и литовских людей немногих побили ваши же черкасишки, а по другим городам все целы». Хотели скрыть от поляков об избрании Михаила, чтобы тем легче высвободить Филарета, и потому Аладьину было наказано: «Если скажут, что в Москве выбрали в цари Михаила Федоровича Романова, то отвечать: „Это вам кто-то сказал неправду; в Москву всяких чинов люди съехались и о государском избрании советуются, но поджидают из дальних областей советных же людей“. Станут говорить про изменников, про Федьку Андронова с товарищами, за что их пытали, ведь они за правду стояли, то отвечать: „Михалка Салтыков да Федька Андронов с товарищами первые изменники и всякому злу начальники: из-под Смоленска на Московское государство королевскую рать подняли и вместе с польскими и литовскими людьми придумали Москву разорить, царскую многую неисчетную казну, собрание прежних великих государей, к королю отослали, а иную ратным людям раздавали; и они, злодеи, не только пыток, но и всяких злых смертей достойны“. Аладьину наказано было в задор ничего не говорить; посол должен был править королю челобитье от освященного собора, от бояр, окольничих и проч., от всяких чинов людей всего великого Российского царствия. Если паны скажут, что русские Владиславу изменники, то отвечать изложением неправд королевских и между прочим сказать: „Царские утвари и царские шапки, и коруны, и всякое царское достояние, и чудотворные образа Михайла Салтыков да Федька Андронов к вам отослали“. Если будут при короле или при панах во время посольства московские изменники — Михайла Салтыков, Иван Грамотин, Василий Янов — или иной кто, то Аладьину жаловаться на это, говорить, что прежде так не бывало. Если же эти изменники станут какие непригожие речи на задор говорить, то Аладьину говорить при панах вслух бесстрашно, что те, Михайла с товарищами, первые всякому злу начальники и Московскому государству разорители и им было теперь надобно попомнить бога и свою христианскую природу, от таких своих дел перестать, а только не перестанут, и им вскоре от бога отмщенье будет.
