Королевство Чешское было для Австрии не более спокойным владением, чем Венгрия, с той только разницей, что в Венгрии в основе распри лежали причины более политического, а в Чехии — более религиозного свойства. В Чехии за сто лет до Лютера загорелось впервые пламя религиозной войны, в Чехии спустя сто лет после Лютера вспыхнул пожар Тридцатилетней войны. Секта, созданная Иоганном Гусом, всё ещё жила с тех пор в Чехии, согласная с римской церковью в обрядах и вероучении, за исключением только вопроса о причастии, которое гуситы принимали под обоими видами; это право предоставлено было на Базельском соборе последователям Гуса особым договором (чешские компактаты), и хотя папы впоследствии не признавали его, гуситы продолжали всё-таки пользоваться им под охраной законов. Так как употребление чаши было единственным важным отличительным признаком этой секты, то приверженцы её были известны под именем утраквистов (принимающих причастие под обоими видами), и они охотно носили это имя, напоминавшее им дорогое для них право. Но под этим именем скрывалась также гораздо более крайняя секта чешских и моравских братьев, которые расходились с господствующей церковью в гораздо более существенных пунктах и имели много общего с немецкими протестантами. У тех и других немецкие и швейцарские вероисповедные новшества быстро возымели успех, а название утраквистов, под которым они всё ещё умело скрывали свои изменённые догматы, спасало их от преследований.
Собственно говоря, с настоящими утраквистами у них не было ничего общего, кроме названия: по существу они были подлинными протестантами. В твёрдой надежде на поддержку своих могущественных единоверцев и на терпимость императора, они решились в правление Максимилиана открыто выступить со своими истинными воззрениями. По примеру немцев они изложили своё вероучение, в котором как лютеране, так и реформаты усматривали большое сходство со своими верованиями, и потребовали, чтобы это новое вероучение получило все привилегии прежней утраквистской церкви. Эта просьба встретила сопротивление со стороны их католических сограждан, и они вынуждены были удовлетвориться одним лишь устным обещанием императора.
Пока был жив Максимилиан, их вероучение пользовалось полной свободой и в новом своём виде; при его преемниках дело изменилось. Был издан императорский указ, которым отменялась свобода вероисповедания для так называемых чешских братьев. «Чешские братья» ни в чём не отличались от остальных утраквистов; стало быть, суровый эдикт должен был быть распространён на всех чешских единоверцев. Поэтому все выступили в ландтаге против императорского повеления, но не имели возможности бороться с ним. Император и католические чины опирались на компактаты и на чешское земское право, где, разумеется, не было никаких оговорок в пользу религии, за которую тогда ещё не высказался голос народа. Но как много изменилось с тех пор! То, что было тогда лишь незначительной сектой, стало теперь господствующей церковью; и, разумеется, желание держать новую религию под гнётом старых узаконений было не чем иным, как злостной придиркой. Чешские протестанты ссылались на устное обещание Максимилиана и на религиозную свободу немцев, ниже которых они ни в чём не хотели стоять. Всё было напрасно: они получили отказ.
Таково было положение в Чехии, когда Матвей, уже властелин Венгрии, Австрии и Моравии, появился у Колина, чтобы возмутить и чешских чинов против императора. Положение последнего стало до крайности критическим. Покинутый прочими своими наследственными провинциями, он возлагал последнюю надежду на чехов, которые, как можно было с уверенностью предвидеть, не преминули бы воспользоваться его трудным положением для удовлетворения своих давних требований. После многолетнего промежутка он вновь появился на сейме в Праге; для того чтобы показать народу, что он действительно ещё жив, пришлось настежь открыть ставни всех окон дворцовой галереи, по которой он шествовал: лучшее свидетельство того, как обстояли его дела. Случилось то, чего он опасался: чешские чины, почувствовав свою силу, ни на что не соглашались, пока им полностью не обеспечат их сословные привилегии и религиозную свободу. Напрасны были попытки увернуться путём старых уловок; судьба императора была в руках чинов, и он вынужден был подчиниться необходимости. Но они добились его согласия только на все прочие свои требования; религиозные дела он отложил до ближайшего сейма.
Теперь чехи взялись за оружие для защиты императора, и кровавая усобица должна была вспыхнуть между двумя братьями. Однако Рудольф, который ничего так не боялся, как этой рабской зависимости от своих чинов, поспешил, не дожидаясь войны, покончить миром с эрцгерцогом, своим братом. По акту формального отречения он отдал ему всё, чего всё равно не мог получить обратно, — Австрию и королевство Венгерское, — и признал его своим наследником на чешском престоле.
Выйдя столь дорогой ценой из величайших затруднений, император тотчас же запутался снова. Религиозные дела чехов были отложены до ближайшего сейма; этот сейм был созван в 1609 году. Они потребовали той же свободы совести, что и при прежнем императоре, собственной консистории, передачи протестантам Пражской академии и разрешения выбирать из своей среды дефензоров, или защитников свободы. Ответ оставался всё тот же, ибо католическая сторона сковывала решимость робкого императора. Сколько ни возобновляли чины свои требования, сопровождая их угрозами, Рудольф упорно держался своего прежнего решения — не давать ничего сверх установленного старыми договорами. Сейм разошёлся, не добившись ничего, и чины, возмущённые императором, решили самовольно устроить съезд в Праге, чтобы помочь себе собственными силами.
В Прагу их явилось великое множество. Совещания происходили вопреки запрету императора, чуть не на его глазах. Уступчивость, которую он начал обнаруживать, только показала чинам, как их боятся, и усилила их задор, но в основном вопросе он оставался непреклонен. Чины выполнили свои угрозы и приняли веское решение — самовластно установить повсюду свободу исполнения обрядов своей религии и отказывать императору в удовлетворении его финансовых требований, покуда он не утвердит этого постановления. Они пошли дальше и сами выбрали себе дефензоров, в которых им отказывал император. Было назначено по десяти человек от каждого из трёх сословий; было решено как можно скорее набрать войско, причём генерал-вахтмейстером был назначен граф фон Турн, глава всего движения. Столь серьёзный оборот дела заставил, наконец, императора согласиться — это рекомендовали ему теперь даже испанцы. Боясь, как бы доведённые до крайности чины не бросились в конце концов в объятия короля Венгерского, он подписал примечательную «грамоту величества» чехов; ссылками на эту грамоту они оправдывали восстание, поднятое ими при преемниках Рудольфа.
Чешское вероисповедание, изложенное чинами перед императором Максимилианом, получало по этому документу совершенно равные права с католической церковью. Утраквистам, как продолжали называть себя чешские протестанты, предоставляется Пражский университет и собственная консистория, совершенно независимая от архиепископа Пражского. За ними остаются все церкви, которыми они в момент издания этого акта владели в городах, деревнях и селениях; если у них возникнет необходимость в новых церквах, то сооружение таковых должно разрешаться рыцарям, дворянству и всем городам. Этот последний пункт грамоты величества был причиной злосчастного спора, охватившего пожаром всю Европу.
Грамота величества сделала протестантскую Чехию чем-то вроде республики. Чины познали свою силу, основанную на стойкости, согласии и единодушии. У императора осталась лишь тень его державной власти. В лице так называемых «защитников свободы» дух крамолы получил опасную поддержку. Удача Чехии была соблазнительным примером для остальных наследственных владений Австрии, и все они намеревались тем же путём добыть такие же привилегии. Дух свободы проносился из одной области в другую, а так как причиной удачи протестантов были главным образом раздоры между австрийскими принцами, то позаботились поскорее помирить императора с королём Венгерским.
Но примирение это никак не могло быть искренним. Оскорбление было слишком тяжко, чтобы его можно было простить, и в глубине души Рудольф продолжал питать неугасимую ненависть к Матвею. Он не мог отделаться от мучительной, раздражавшей его мысли, что в конце концов и чешский скипетр перейдёт в столь ненавистные ему руки, а надежда на то, что Матвей умрёт без наследников, была для него не слишком утешительной: тогда главой рода будет Фердинанд, эрцгерцог Грацский, который тоже был ему не по душе. Чтоб отрезать ему, как и Матвею, путь к чешскому престолу, Рудольф пришёл к мысли передать это наследство брату Фердинанда, эрцгерцогу Леопольду, епископу Пассаускому, своему любимому и наиболее преданному родственнику. Представления чехов о свободе избрания королей и их расположение к Леопольду как будто благоприятствовали этому замыслу, который был продиктован Рудольфу скорее пристрастностью и жаждой мести, нежели заботой о благе его рода. Но для того, чтобы привести этот план в исполнение, нужна была военная сила, которую Рудольф и сосредоточил в епкскопстве Пассауском. Никому не было известно назначение этого войска; но неожиданное вторжение солдат в Чехию, предпринятое без ведома императора из-за задержки жалованья, а также бесчинства, совершенные там солдатами, возмутили всё королевство, и оно восстало против императора. Напрасно уверял он чехов в своей непричастности — чины не верили ему; напрасно пытался он прекратить своевольные бесчинства своих солдат — они не слушались его. В предположении, что эти действия клонятся к отмене «грамоты величества», «защитники свободы» вооружили всю протестантскую Чехию и призвали в страну Матвея. После изгнания его пассауского войска император, лишённый всякой поддержки, оставался в Праге, где его содержали в его собственном замке как пленника, удалив от него всех его советников. Тем временем Матвей среди всеобщего ликования торжественно вступил в Прагу, где вскоре затем Рудольф, проявив чрезвычайное малодушие, признал его королём Чешским. Так жестоко наказала судьба этого императора: ему пришлось при жизни отдать врагу трон, который он не хотел предоставить ему после своей смерти. Чтобы довершить унижение, Рудольфа заставили собственноручно подписанным отречением освободить всех своих подданных в Чехии, Силезии и Лузации от всех их обязанностей по отношению к нему. И он это сделал, терпя жестокие душевные муки. Все покинули его, даже те, чьим благодетелем он себя считал. Подписав акт, он швырнул шляпу наземь и разгрыз перо, сослужившее ему столь позорную службу.