Петроградский протоиерей Алексий Ставровский после убийства Председателя Петроградского ЧК Урицкого был арестован как один из заложников и вывезен в Кронштадт. Заложников выстроили на плацу и объявили: "Каждый десятый будет расстрелян в возмездие за Моисея Соломоновича Урицкого, а остальных отпустят". Рядом с протоиереем Алексием Ставровским стоял совсем молодой священник, на которого выпал жребий, и отец Алексий предложил ему: "Я уже стар, мне недолго осталось жить…, иди себе с Богом, а я стану на твое место". После расстрела тело мученика было брошено в воды Финского залива.
Многие священнослужители, монахи и монахини были зверски замучены бандитами: их распинали на Царских вратах, варили в котлах с кипящей смолой, скальпировали, душили епитрахилями, "причащали" расплавленным свинцом, топили в прорубях.
13 (26) октября 1918 года Патриарх Тихон обратился с посланием к Совету Народных Комиссаров, в котором он выразил свою скорбь о бедствиях, переживаемых русским народом от братоубийственной смуты, страданиях, выпавших на долю мучеников и исповедников. Послание заканчивается призывом: "Отпразднуйте годовщину своего пребывания у власти освобождением заключенных, прекращением кровопролития, насилия, разорения, стеснения веры; обратитесь не к разрушению, а к устроению порядка и законности, дайте народу желанный и заслуженный им отдых от междоусобной брани. А иначе взыщется от вас всякая кровь праведная, вами поливаемая (Лк. 11, 51) и от меча погибнете сами вы, взявшие меч (Мф. 26, 52)". Предостережение Патриарха оказалось пророческим.
* * *
Гражданская война, разделившая страну на противостоящие друг другу лагеря, затрудняла связь между Патриархией и епархиальными архиереями, находившимися в городах, занятых белыми армиями. Епархии Сибири и Юга России переходят на самоуправление, организуя местные временные высшие церковные управления.
В ноябре 1918 года в Томске состоялось Сибирское церковное совещание. В нем участвовали 13 архиереев, возглавлявших епархии Поволжья, Урала, Сибири и Дальнего Востока, а также 26 членов Всероссийского Собора из духовенства и мирян, оказавшихся на территории, занятой колчаковскими войсками. Почетным председателем совещания был избран митрополит Казанский Иаков, а председателем — архиепископ Симбирский Вениамин (Муратовский). На совещании образовано было Высшее Временное Церковное Управление во главе с Омским архиепископом Сильвестром (Ольшанским). В Высшее Временное Церковное Управление вошли архиепископ Симбирский Вениамин (Муратовский), Уфимский Андрей (Ухтомский), священник Я. Галахов и Владимир Садовский, профессора П. Прокошев и А. Писарев.
Совещание постановило, что после прекращения своей деятельности Высшее Временное Церковное Управление обязано во всем дать отчет Святейшему Патриарху.
После разгрома войск Колчака одни священнослужители эмигрировали, другие, и среди них архиепископ Симбирский Вениамин, епископы Уфимский Андрей, Златоустовский Николай и Тобольский Иринарх, остались на Родине.
В мае 1919 года в Ставрополе состоялся Юго–Восточный русский церковный Собор. В Соборе участвовали епархиальные и викарные епископы, клирики и миряне по выборам от Ставропольской, Донской, Кубанской, Владикавказской и Сухумско–Черноморской епархий, а также члены всероссийского Поместного Собора, оказавшиеся на юге страны, занятом войсками генерала А. И. Деникина. Своим Председателем Собор избрал архиепископа Донского Митрофана (Симашкевича). На Соборе было образовано Высшее Временное Церковное Управление. Его Председателем стал архиепископ Митрофан, членами — архиепископ Таврический Димитрий (Абашидзе), епископ Таганрогский Арсений (Смоленец), протопресвитер Г. И. Шавельский, профессор протоиерей А. П. Рождественский, граф В. Мусин–Пушкин и профессор П. Верховский. Впоследствии почетным Председателем Юго–Восточного Высшего Временного Церковного Управления был избран митрополит Киевский Антоний (Храповицкий).
После поражения Деникина Россию покинули митрополит Антоний, архиепископы Волынский Евлогий, Кишиневский Анастасий, Минский Георгий, Курский Феофан, епископ Лубенский Серафим (Соболев) и другие архиереи, застигнутые гражданской войной на юге страны. Архиепископ Таврический Димитрий, архиепископ Полтавский Феофан, епископ Севастопольский Вениамин (Федченков) находились тогда в Крыму на последнем клочке земли, оставшемся в 1920 году у белых. Председатель Высшего Временного Церковного Управления митрополит Новочеркасский и Донской Митрофан не покинул родной земли, затворившись в монастыре в Старочеркасске. На родине остались также престарелый Ставропольский архиепископ Агафодор, епископ Арсений (Смоленец) и еще несколько архиереев. После поражения Врангеля архиепископ Таврический Димитрий остался в России, а архиепископ Феофан и епископ Вениамин (Федченков), возглавлявший войсковое духовенство, эмигрировали.
Главнокомандующие белых армий в своих приказах провозглашали, что их войска сражаются за поруганную веру и оскорбление церковных святынь. Но вера христианская поругалась и белыми офицерами. Среди них были, конечно, благочестивые люди, но большинство было равнодушно к Церкви. По воспоминаниям современников, после одного из сражений летом 1920 года протоиерей Андроник Федоров отпевал убитых, тела которых лежали перед ним на голой земле. А в это время, заглушая панихиду, из вагона казачьего генерала Бабичева неслись пьяные голоса бражников, ревущих похабные частушки, разудалые звуки оркестра и топот пляски.
Другой белый генерал Ф. Ф. Абрамов в разговоре с одним гражданским чиновником глумливо отозвался о том же священнике протоиерее Андронике Федорове: "Помилуйте, отец Андроник хочет всех нас уверить в непорочном зачатии Иисуса Христа… Ну можно ли говорить такие вещи в штабной церкви, где присутствует столько образованных людей. Я наблюдал за офицерами, и они почти все улыбались во время разглагольствования батюшки на эту пикантную тему".
* * *
Крайне сложно складывались церковные дела в национальных окраинах страны. Еще в марте 1917 года без благословения экзарха Грузии Платона (Рождественского) в Мцхете состоялся Собор местных епископов, клириков и мирян, который провозгласил восстановление автокефалии Грузинской Церкви. Временное Правительство признало грузинскую автокефалию. 8 сентября 1917 года Католикосом–Патриархом избран был епископ Кирион (Садзаглишвили).
29 декабря 1917 года Патриарх Тихон обратился к грузинским архиереям — Кириону, Леониду, Георгию и Пирру с отеческим увещанием, в котором, не отвергая принципиальную возможность провозглашения автокефалии, указывал, однако, на канонический путь решения этой проблемы: "Предлагаем вам… подчиниться требованиям Церкви Православной, и, следуя каноническому порядку, явиться на Всероссийский Священный Собор, и, познав свои заблуждения, предать свои вожделения об автокефальном устроении Грузинской Церкви на суд сего Всероссийского Собора… Только Собор Церкви может даровать независимость той или иной Поместной Церкви. Станем на путь мира и взаимной любви и совместно обсудим создавшееся положение".
Но призывы Патриарха Тихона в ту пору остались неуслышанными. Лишь в 1943 году при Католикосе–Патриархе Каллистрате было восстановлено каноническое общение между Русской и Грузинской Церквами.
* * *
Чрезвычайно запутанной в первые послереволюционные годы была картина церковных настроений на Украине. Уже летом 1917 года обосновавшаяся в Киеве Центральная Рада стала поощрять церковный сепаратизм. Министром исповеданий Рада назначила Миколу Безносова, бывшего епископа Никона, который сразу после Февральской революции сложил с себя сан и обвенчался со своей наложницей. На просьбу архиепископа Волынского Евлогия пожалеть Церковь и сместить министра–ренегата глава Рады Голубович ответил отказом, сославшись на хорошую осведомленность Безносова в церковных делах. Под покровительством Центральной Рады сепаратистами сколачивается самочинная Украинская Церковная Рада, куда кроме пресвитеров и мирян вошел и находившийся на покое в Киеве епископ Алексий (Дородницын).
Встревоженный опасным развитием событий, Патриарх Тихон благословил митрополита Киевского Владимира на поездку в Киев для усмирения церковной смуты в его епархии. Отчуждение от святителя части украинских клириков и даже Лаврских монахов, одиночество, в котором он оказался в Киеве, создало обстановку, в которой стало возможным его убийство от рук бандитов–анархистов. Митрополит, соименный Крестителю Руси равноапостольному князю Владимиру, первым из архиереев принял мученическую смерть в городе, который явился колыбелью Православия на Руси.
Всю осень 1917 года в Киеве проходили многолюдные приходские собрания; большинство приходов отвергло происки учинителей раскола. Шла подготовка к Всеукраинскому Церковному Собору, на который испрошено было благословение Патриарха Тихона. Официальным представителем Патриарха на Собор командируется митрополит Платон; вместе с ним в Киев прибыли митрополит Харьковский Антоний и архиепископ Волынский Евлогий.