Реорганизацию дивизий проводили согласно советским штатам. В 179-й стрелковой дивизии было 3 стрелковых полка (215, 234, 259 сп) и 618-й легкий артиллерийский полк. В 184-й стрелковой дивизии был подобный состав: 262, 264, 297-й стрелковые полки и легкий артиллерийский полк. Скорее всего, до штатной структуры стрелковой дивизии (от 5 апреля 1941 года) части литовского стрелкового корпуса доведены не были.
Основным вооружением пехотинцев 29-го стрелкового корпуса РККА была винтовка Mauzer различных модификаций (немецкая Mauzer 98-II, бельгийская Mauzer 24/30, чехословацкая Mauzer 24, литовская копия бельгийской винтовки — Mauzer L) и пулеметы: немецкий тяжелый 7,92-мм Maxim образца 1908 года и легкий чешский 7,92-мм ZB 26. Также в незначительных количествах в войсках имелся 7,92-мм легкий пулемет датского производства Madsen образца 1923 года. В литовской армии каждый пехотный батальон имел в своем составе 2 противопехотных и 4 зенитных орудия. Функции борьбы с наземными и воздушными целями выполняли 20-мм автоматические швейцарские Oerlikon BW, которых было закуплено 150 штук. Также в составе корпуса имелись 81,4-мм минометы Stokes-Brandt шведского производства и 20-мм немецкие зенитные орудия Flak 28. В 1939 году Литве досталось несколько десятков трофейных польских противотанковых пушек Bofors образца 1936 года калибра 37 мм, которые также поступили на вооружение противотанковой артиллерии 29-го стрелкового корпуса РККА.
Кроме легких артсистем на вооружении артиллерийских полков корпуса находились 75-мм пушки и 105-мм гаубицы Schneider французского производства, 76,2-мм пушки образца 1902 года русского производства и 83,8-мм пушки английского производства.
Корпусной авиаотряд (29-я эскадрилья) был оснащен 19 самолетами литовского производства (14 Anbo-41 и 5 Anbo-51). Он базировался в районе Укмерге.
Не исключено, что в 29-м стрелковом корпусе РККА использовались литовские легкие автомобили повышенной проходимости LTJ («Jaunosis Lietuvos»), которые производились небольшими сериями с 1937 года.
Постепенно все это устаревшее вооружение заменялось советским оружием новейших образцов.
Согласно постановлению СНК Литовской ССР и директиве наркома обороны СССР 0/2/105022 от 17 августа 1940 года за подписью С. Тимошенко и Б. Шапошникова (начальник Генерального штаба РККА. — Примеч. авт.), Военному совету Прибалтийского военного округа предписывалось: «…7. В 22, 24, 29-м стрелковых корпусах сохранить существующую форму одежды, предложив снять погоны и ввести знаки различия начальствующего состава Красной армии»[18].
На основании данной директивы командующий округом издал приказ № 0010 от 27 августа 1940 года, где за пунктом 10 было указано:
«Оставить личному составу стрелковых территориальных корпусов форму одежды, существующую в Народных армиях, сняв погоны и введя знаки различия начальствующего состава Красной армии»[19].
Таким образом, солдаты и офицеры 29-го территориального корпуса РККА были одеты в мундиры бывшей литовской национальной армии (образца 1930 года), но с советскими знаками различия.
Выпушки приборного цвета на брюках, обшлагах и воротниках мундира, а также на фуражке, как правило, сохранялись. В пехоте он (приборный цвет) был желтый, в артиллерии — черный, в кавалерии — белый, в технических войсках — красный, в авиации — малиновый. Амуниция солдат и офицеров была немецкого образца, но литовского производства, в качестве защитного головного убора использовалась немецкая каска образца 1918 года.
Несколько отличное от пехотного было обмундирование литовской кавалерии, однако она в отличие от пехоты была включена в состав 6-го кавалерийского корпуса РККА Западного Особого военного округа (кавалерийские полки 29-го литовского и 24-го латышского территориальных корпусов в 1941 году были, видимо, переданы в состав 6-го кавкорпуса РККА ЗапОВО. — Примеч. авт.).
22 июня, с началом военных действий, в частях литовского корпуса, находившихся на отдыхе после учебных ночных стрельб, была объявлена боевая тревога.
184-я стрелковая дивизия заняла оборону по левому берегу реки Варены, имея 297-й и 262-й стрелковые полки в первом и 294-й стрелковый полк во втором эшелоне. Утром 23 июня дивизия получила приказ отходить на Вильнюс, но 24 июня мотопехота и танки немцев окружили ее в районе Валькининкай (42–45 км юго-западнее Вильнюса), подвергая части дивизии сильным ударам авиации. Прорваться из окружения на Вильнюс удалось лишь штабу дивизии, отдельным группам бойцов и двум батареям противотанкового артиллерийского дивизиона. Сказалась острая нехватка боеприпасов, особенно в артиллерии. Кроме того, лошади из артиллерийских частей по плану перевооружения были изъяты, а средства механизированной тяги к началу войны еще не были получены.
179-я стрелковая дивизия заняла оборону северо-восточнее Пабраде, перехватив дороги на Швенченеляй и Швенченис. В первом эшелоне дивизия имела 259-й и 234-й стрелковые полки, а во втором эшелоне — 215-й стрелковый полк. В ночь с 23 на 24 июня дивизия вместе со штабом корпуса начала отход под ударами авиации противника. Между Глубоким и Полоцком отходящие части столкнулись с вражескими танками и мотоциклистами. Подразделения старшего лейтенанта Вазнялиса и лейтенанта Римаса успели окопаться у дороги и вступили с ними в бой. Лейтенант Римас связкой гранат подбил немецкий танк. Одна из батарей дивизиона, которым командовал майор А. Раугале (618-й легкий артиллерийский полк), своим огнем подбила два вражеских танка. При подходе к району Полоцка части дивизии уничтожили прятавшихся в лесу немецких парашютистов.
В начале июля, получив пополнение, дивизия заняла оборону северо-западнее Невеля, но понесла большие потери и отошла к Великим Лукам. В боях погибли командир дивизии полковник Устинов, комиссар дивизии старший батальонный комиссар Продеус и начальник штаба майор Копылов.
В конце июля дивизия, принимавшая участие в обороне Великих Лук, после ожесточенных боев с немецкими войсками снова вынуждена была начать отход вместе с другими соединениями 22-й армии Западного фронта.
В августе оставшиеся в строю бойцы и командиры литовской дивизии были направлены в различные части Красной армии.
Вильнюсское пехотное училище. 22 июня училище, находившееся в лагерях в районе Швенченеляй (65 км северо-восточнее Вильнюса), было приведено в боевую готовность. Оно состояло из двух батальонов курсантов (около 1100 человек) и роты курсантов-политруков (около 120 человек). Батальоны и небольшая часть роты курсантов-политруков под командованием начальника училища полковника Г. П. Сокурова были направлены в Вильнюс для обороны города и борьбы с воздушными десантами врага. 23 июня оба батальона заняли оборону на широком фронте на окраинах Вильнюса.
В течение дня на город совершали налеты небольшие группы люфтваффе, одну из которых курсанты подбили пулеметным огнем.
В 21.00 был получен приказ оставить занимаемые рубежи и отходить по дороге через Ошмяны на Минск.
Прикрывавшая отход курсантская рота старшего лейтенанта Кугренаса отбила южнее Вильнюса две атаки немцев, уничтожив 50 солдат и 6 мотоциклов, затем оторвалась от противника и догнала главные силы. При отражении атак германских мотоциклистов большую отвагу проявил курсант Рагаускас. Раненый, он огнем пулемета уничтожил несколько десятков солдат вермахта.
24 июня в районе Медники (25 км юго-восточнее Вильнюса) вражеские парашютисты пытались преградить путь отходящим подразделениям училища. Две роты под командованием капитана Валюлиса с ходу атаковали противника и уничтожили около взвода немцев.
С 25 июня по 2 июля подразделения училища продолжали с боями отходить от одного рубежа к другому. Обороняясь у Ошмян, они нанесли большие потери противнику. При этом отличился курсант Дубинскас, командовавший боевым охранением. В районе Солы (15 км северо-западнее Сморгони) было уничтожено четыре танка и до взвода пехоты противника. На подступах к Сморгони авангард училища атаковали десять немецких танков при поддержке артиллерийского и пулеметного огня. Группа курсантов, которой командовал впоследствии погибший капитан Валюлис, связками ручных гранат подорвала 3 танка. В этих боях отважно сражались курсанты Талалас, Мешка, Величка, Рудженис, Чеплинскас, Решиис и другие. С утра 28 июня пехота и танки противника начали окружать подразделения училища, оборонявшиеся на окраинах Сморгони. Отдельные группы курсантов с боями вышли из окружения и, обходя Молодечно, ко 2 июля соединились в районе Лепеля. Группа под командованием курсанта Виленскиса прикрывала мосты в районе Молодечно, обеспечивая отход главных сил училища. При этом особенно отличились курсанты Гоштаутас, Сайфиуллин, Чимбадзе, Сипавичус, Янчулис, Круглов.
В Лепеле подразделения курсантов и Лепельское минометно-артиллерийское училище были сведены в Лепельскую оперативную группу, занявшую оборону южнее города. В ходе оборонительных боев было успешно отражено несколько сильных атак пехоты и танков противника.