Впоследствии версия о случайном убийстве в результате ссоры стала основной, но этому имелись определенные политические обоснования (любой последующий монарх на фоне сыноубийцы и многоженца Грозного выглядел ангелом).
Все прочие каналы влияния на Ивана Московского, старательно создававшиеся Ведьмой с 1560х годов прервались. После смерти митрополита Антония (дружественного к язычникам) в 1581 году его сменил Дионисий, бывший непреклонным противником сестрорецкого княжества (даже не столько по религиозным вопросам, сколько по экономическим и политическим). Попытка женить на царе "нужную" кандидатуру — Марфу Собакину в 1571 году успеха не принесла (молодая царица умерла вскоре после свадьбы). Неоднократные попытки переманить на свою сторону многочисленных любовниц царя имели ограниченный успех. Анна Васильчикова, которой направлялись многочисленные дары, была в 1577 году сослана в монастырь. После брака Грозного с Марией Нагой провал "постельной" политики стал очевиден (Нагие со времен Паука имели экономические претензии к Сестрорецким князьям).
На фоне стремительно охлаждавшихся в 1581–1583 годах отношений между Москвой и Сестрорецком (тут помимо отсутствия личных связей важную роль играли финансовые претензии Москвы, стремившейся преодолеть последствия Ливонской войны за счет вассала) смерть Грозного оказалась крайне своевременной. Впоследствии князья Шуйские не раз пытались обвинить Игоря Кровавого в организации этой смерти (по их версии — убийству), но безуспешно. Неготовность язычников к смене монарха и крайне медленные, осторожные и непоследовательные действия после неё лучше любых оправданий свидетельствовали об их непричастности.
Кровавый попросту не успел поддержать Годуновых и тем пришлось бороться самостоятельно. "Завещание" Грозного — назначение правителей, призванных править от имени его младшего сына Федора, стало серьезным ударом как по Годуновым, так и по обоим удельным князьям (Игорю Сестрорецкому и Семену Муромскому). Регентами стали четыре человека — Иван Мстиславский, Иван Шуйский, Никита Романов и Богдан Бельский — из которых ни один не имел тесных связей с язычниками, а двое (Мстиславский и Шуйский) являлись их непримиримыми врагами. На первые два этапа придворной борьбы за власть Игорь Сестрорецкий повлиять не успел. Сначала Бельский смог арестовать Афанасия Нагова (его конкурента на "посту" лидера бывших опричников) и выслать из Москвы. Также он попытался перехватить Ивана Петровича Шуйского, после смерти царя спешно выехавшего из Новгорода в столицу. Однако, Богдан Бельский не уследил за Василием Шуйским и Петром Головиным, которые организовали давление на опричных вожаков. В этот момент неожиданно выяснилось, что серьезной поддержке в Москве Бельский не имеет. На его стороне выступили только Годуновы и Трубецкие. Нагова, Безнина, Зюзина и Войекова Богдан сам отстранил от власти.
Прочих видных опричников (братьев Хворостининых и Телятевского) в столице не было. Естественным результатом стала полная победа Шуйских. Дело чуть не дошло до уличных боев, но результат определился достаточно быстро. Уже через полтора месяца после смерти старого царя (в июне 1584 года) Афанасий Нагой и Богдан Бельский официально были отправлены в ссылку, Михаил Безнин — в монастырь, а Василий Зюзин с Баимом Войековым были лишены думных чинов. Борис Годунов удержался у власти только благодаря своей сестре — супруге нового царя Федора Ивановича. И не только сохранил свое положение, но и (будучи ближайшим родственником монарха) стал конюшим.
Однако, даже несмотря на такое возвышение (конюший считался главой Боярской Думы) и близкое родство с государем, положение Годуновых оставалось шатким. Борис сохранил влияние только благодаря конфликту среди оставшихся регентов. Князья — Шуйский и Мстиславский попытались оттереть от власти Никиту Романова, и тому пришлось искать поддержки у Годуновых. Интриги, возникшие в руководстве страны, послужили причиной возвышения думного дьяка Андрея Щелкалова, который стал вторым союзником Годунова. После двадцатилетней службы в приказах он стал одним из ведущих деятелей государства. Этот "триумвират" вступил в борьбу с "тандемом" Шуйского и Мстиславского.
Уже в июле им удалось добиться первого заметного успеха, отменив все податные льготы (тарханы), кто бы ими ни пользовался. Закон о ликвидации тарханов был выгоден как городам, так и дворянству, но был принят с значительными нарушениями существовавшей процедуры. В нем отсутствовал традиционная формула: "царь указал, а бояре приговорили" (которая существовала даже во времена опричнины) и отсутствовали необходимые подписи (Шуйского, Мстиславского, Романова и Щелкалова).
Это вызвало слух (возможно — умышленно распущенный), что Годунов "протащил" закон вопреки мнению правителей и в обход Думы.
В 1585 году Федор Московский тяжело заболел. Одновременно с ним слег престарелый Никита Романов. В Москве считали, что царь болен смертельно. Годунов прекрасно понимал, что кончина Федора приведет к крушению его карьеры и упорно искал выход.
Именно весной 1585 года были заключены тайные договоренности между Борисом Годуновым и Игорем Кровавым (в переговорах также участвовали Ведьма, Дмитрий Годунов и Андрей с Василием Щелкаловы). В них оговаривалось, что в случае смерти царя на московский трон будет возведен Сестрорецкий князь О последнем сыне Ивана Грозного — царевиче Дмитрии в этих договорах формально не упоминали, но несомненно какие-то планы по отстранению его от власти имелись.
Основания для этого имелись, так как он был сыном четвертой или пятой жены царя, а по православным обычаям допускалось только три брака. И если на четвертый брак Грозный разрешения добился, то на последний — нет. А о том, что царь просил позволить ему жениться в четвертый раз конкретно с Анной Колтовской знали все.
Единственное, что оставалось неизвестным — это состоялся ли данный брак. Но, по всей видимости, у Бориса Годунова имелись какие-то доказательства того, что обряд был проведен. Можно догадаться какие — наличие священника, проводившего венчание. И в этом случае Мария Нагая оказывалась пятой женой, т. е. незаконной.
И её сын прав на трон не имел. Никаких.
Естественно, что вся данная конструкция оказывалась крайне шаткой, но у Годунова не было выбора. Если Сестрорецкий князь в случае воцарения Дмитрия мало что терял, то ему в лучшем случае приходилось бежать или уходить в монастырь. У него не было шанса чем-то поступиться, но сохранить большее. Он или побеждал, или терял все. Варианты победы могли быть разными, но все они сводились к одному — контролю над московским троном.
Эти планы и договора не пригодились. Царь Федор пошел на поправку, а царица забеременела.
Сразу после этого Годунов нанес удар по своим противникам в Боярской Думе. Его жертвой стал ближайший соратник Шуйского — Петр Головин, глава Казенного приказа.
Долгая война привела к расстройству финансов Московского царства. Беда усугублялась тем, что приказные чины разворовывали собранные налоги и средства, поступавшие из Сестрорецкого и Муромского княжеств. Когда Годунов предложил провести проверку Казны, Боярская Дума была вынуждена согласиться. Обычно царской казной ведали два человека, контролировавшие друг друга. Но, воспользовавшись падением Бельского и опираясь на поддержку Шуйских, Петр Головин добился того, что вторым казначеем был назначен его родственник Владимир Головин. Проверка, которую проводили как люди Годунова, так и сторонники Думы, обнаружила настолько крупные хищения, что Головина приговорили к смерти. Казнь была отменена в самый последний момент. Петра Головина помиловали, но сослали в ссылку. Его брат Михаил бежал в Литву. Владимир Головин избежал суда, но его лишили всех чинов и сослали в имение. Кроме них из состава Думы были выведены еще двое Головиных, и еще шестерых представителей той же семьи отправили на службу в казанские и астраханские пригороды (сослали).
Практически без перерыва Борис Годунов обрушился на главу Боярской Думы Ивана Мстиславского. Противники Бориса разрабатывали планы развода царя Федора с Ириной Годуновой и заключения нового брака с дочерью Мстиславского. Однако, беременность царицы превратила эту интригу в государственную измену (одно дело — планы развода с бесплодной царицей и совсем другое — с беременной). Годунов, Щелкалов и Романов добились отставки Мстиславского без суда, после того как раскрылись его интриги против царицы Ирины. Главный опекун (старший из всех как по возрасту, так и по службе) приходился Федору дальним родственником (как и большая часть князей), и проблему рушили чисто семейными методами. Первый боярин Думы был вынужден сложить регентские полномочия и удалился в монастырь в Казанских землях. Согласие боярина на изгнание и постриг избавило от опалы членов его семьи. Старший сын боярин Федор Мстиславский сменил его на посту первого боярина Думы. С осени 1585 года он неизменно занимал место главного воеводы в армии и старшего из бояр на официальных церемониях. Но полномочий опекуна у него не было…
