Победам Бориса способствовало соперничество среди московской знати. Суздальские князья давно пытались оспорить первенство князей литовского происхождения, возвысившихся при Грозном. Иван Петрович Шуйский от пострижения Мстиславского выигрывал, поскольку должен был сменить его на посту главы регентского совета.
Учитывая же ссылку Бельского и болезнь Никиты Романова, он оставался единственным опекуном царя.
Весной 1586 года произошли два события, снова поставившие Бориса на грань краха.
Ожидания, вызванные беременностью царицы Ирины не оправдались. Роды закончились неудачей. В апреле скончался Никита Романов и шурин царя потерял сильнейшего союзника в Москве. С этого момента он мог рассчитывать только на Щелкалова, поскольку ни Игорь Сестрорецкий, ни Семен Муромский влиянием именно в столице царства не обладали. Судьба Годуновых, казалось, висела на волоске. Лагерь его сторонников таял на глазах. Даже верные "клевреты" язычников, связанные с ними финансовыми интересами — Воротынский, Репнины, Воронцовы, Морозовы с родственниками и прочие отказывали ему в поддержке. Шуйские инспирировали новое выступление против Годунова.
Оппозиция решила принудить Федора Ивановича к разводу и тем нанести последний удар влиянию Бориса. Митрополит, большие бояре и столичное купечество были намерены отправить царицу в монастырь (как неспособную к деторождению). Шуйские созвали "совет", который взял на себя миссию выразить мнение "всего народа".
Этот совет выработал письменный документ — прошение о разводе, который и был официально подан царю во дворце. Участники совета (также называвшегося Собором) чувствовали себя достаточными сильными, чтобы действовать в открытую. Во-первых их ходатайство преследовало верноподданнические цели: они стремились не допустить пресечения законной династии и следовали воле Грозного (который также желал развода Федора и Ирины). Во-вторых они имели юридический прецедент: бесплодие Соломонии Сабуровой стало основанием её развода с Василием Третьим и пострижением в монахини. Выступление возглавляли последний законный душеприказчик Грозного князь Иван Петрович Шуйский и глава московской православной церкви митрополит Дионисий.
Но, хотя оппозиция действовала обдуманно и юридически безупречно, она допустила роковой промах недооценив Федора Ивановича. Царь крепко держался за свою семью.
Даже несравненно более авторитетному Ивану Грозному не удалось заставить сына развестись. У участников Собора шансов не было тем более.
Упрямство Федора, его отказ развестись с Ириной Годуновой поставили Думу в трудное положение. Рано или поздно они неизбежно должны были вспомнить о младшем брате царя. Боясь государственного переворота Борис прибег к силовому варианту решения этой проблемы. В сентябре 1586 года царица несколько раз встречалась с головами, сотниками и пятидесятниками московских стрельцов и призывала их поддержать своего брата. В том-же сентябре в Москву из Сестрорецка поступило более пятидесяти тысяч рублей, которые Годуновы использовали для убеждения дворян, стрельцов и приказчиков в своей силе. Предположительно огромные средства были также потрачены на подкуп священников. Эти шаги оставались в рамках традиционных взаимоотношений Московского царства и Сестрорецкого княжества (князья — язычники подкуп использовали достаточно часто, особенно во время правления Паука и Сказочника). Но в первой половине октября Игорь Кровавый обычаи нарушил.
Со второго по тринадцатое октября в столицу царства прибыло более тысячи человек из Рязани, Тулы, Белева и Мещеры. Все — с оружием и в доспехах. Они, конечно, не пригодились (Борис справился своими силами, за счет непревзойденного таланта интриги), но однозначно показали позицию Сестрорецкого князя и вернули Годунову поддержку знати, откачнувшейся весной. 13 октября 1586 года митрополит Дионисий был лишен сана, пострижен в монахи и, вместе со своим ближайшим соратником митрополитом крутицким Варлаамом (еще одним активном участнике Собора), сослан в монастырь в Юрьеве. В Сестрорецкое княжество. Дальнейшая их судьба неизвестна. Вслед за ними Годуновы обрушили свой удар на Боярскую Думу. Иван Петрович, Андрей и Василий Шуйские были отправлены в ссылку. С ними обошлись достаточно мягко (Борис не любил прибегать к жестким мерам) выбрав местами ссылки города неподалеку от Москвы. Младшие представители семейства — Дмитрий, Александр и Иван были высланы в свои имения. Оппозиция была обезглавлена. В декабре обезглавили нескольких купцов, известных тесными связями с Шуйскими.
Эти аресты стали концом правления регентского совета. Борис Годунов одержал победу и мог управлять Московским царством не обращая внимания на своих противников. Но к своим союзникам — Сестрорецкому, Муромскому и Щелкалову он вынужден был прислушиваться.
Ситуация на границах оставалась достаточно тяжелой. Сестрорецкая армия реформировалась и не могла оказать значимой помощи против внешних врагов.
Наиболее опасным из них оставался Стефан Баторий, который с 1583 года готовил новую войну с Россией. Ему потребовалось три года, чтобы найти источники финансирования для своей будущей армии (польская шляхта, контролировавшая Сейм, воевать не желала и блокировала попытки короля ввести новые налоги). Только в 1586 году Папа Римский Сикст Пятый прислал первый взнос в 25 тысяч дукатов. Для войны же, по расчетам Батория, требовалось 7 миллионов 200 тысяч дукатов (в том числе треть этой суммы — до начала боевых действий). Папа, испанский король и некоторые германские правители эти средства ему обещали. Но получить их польский король не успел. В конце 1586 года он скоропостижно скончался.
Эту смерть (точнее — выборы нового короля) поляки использовали для налаживания отношений со Швецией. Король Юхан Третий был крайне недоволен результатами Ливонской войны, в которой его флот обеспечивал польское наступление и связывал мощные эскадры язычников. В результате же шведы территориальных приобретений не получили. Вину в этом возлагали в частности на Стефана Батория, заключившего мир (фактически сепаратный) и не оказавшего поддержки союзнику. Отношения между двумя странами охладели. Чтобы восстановить союз поляки выбрали новым королем старшего сына Юхана — наследника трона королевича Сигизмунда. Коалиция двух сильнейших противников Русского государства возродилась благодаря личной унии.
Однако, смерть Батория и выборы его преемника затянулись на несколько лет.
На южном направлении крымские татары попытались возобновить свои набеги. В 1587 году состоялся крупный набег, который остановили на новой засечной линии (с её строительством летние набеги стали менее опасными). После этого Годунов изыскал повод вмешаться в крымские дела и принял на Москве царевича Мурат-Гирея (имевшего права на Крымское ханство). В Астрахани была спешно выстроена каменная крепость, одна из лучших на тот момент в Восточной Европе. Начались работы по строительству новой оборонительной линии.
Сказочник спланировал Белгородскую засечную черту исходя из старых реалий, и потому он шла с юго-запада на северо-восток. Это имело смысл пока существовали Казанское и Астраханское ханства, а также Ногайская Орда. Но после их присоединения к русских государствам северный участок черты терял свое значение.
Ставшее русским Поволжье угрозы более не представляло и, наоборот, нуждалось в защите.
В 1587 году по приказу Бориса Годунова начались работы по возведению новой Царицынской оборонительной линии. Московское царство, Сестрорецкое и Муромское княжества финансировали их совместно. Засечная черта начиналась от старых крепостей Коротояка и Урыва и шла по левому берегу Дона до большой его излучины, где построили сильную крепость Белая Вежа (названную "по старой памяти" в честь города основанного Святославом Киевским). От неё до языческого Царицына на Волге была возведена полоса укреплений между реками. Дальше оборонительная линия шла по Волге, поддерживаясь не столько укреплениями, сколько сильными речными патрулями. Московские ладьи и струги крайне плотно контролировали Волгу.
Конечной точкой Царицынской засечной черты стала Астрахань, в которой к 1589 году закончили строительство каменной крепости, на несколько лет ставшая сильнейшей московской цитаделью (не учитывая саму Москву, естественно). Уже традиционно перед этой линией были построены несколько укрепленных городов. В 1588 году — в устье Терека, в 1589 — в устье Сунжи.
Масштабность этих работ была связана не только и не столько с военной необходимостью, сколько с неурожаем 1587 года и связанным с ним голодом 1587–1589 годов. Власти как Москвы, так и Сестрорецка начали работы по строительству, чтобы предоставить заработок обнищавшим людям. Плюс голод ударил по центральным и северным районам страны и население устремилось на юг.
