Формально был провозглашен союз церквей, но греки в вопросах веры и обряда остались непреклонными. Греческие высшие священнослужители были по большей части заменены латинцами. Были основаны новые епископства, цистерцианцы и новый орден францисканцев начали основывать свои монастыри.
Большая часть церковных владений была конфискована, первоначально православным церквам вне Константинополя оставили только пятнадцатую часть церковных владений, затем она была увеличена до одиннадцатой части. Латинское население должно было выплачивать церковную десятину, православные тридцатую часть. Нужно отметить, что, помимо раздоров между католическим клиром и православным, налицо были раздоры между латинскими прелатами, а также между ними и светскими баронами, норовившими ограбить монастыри и завладеть церковными землями.
Никто из крестоносцев больше не помышлял о крестовом походе. Папа и Западная Европа сначала с большим воодушевлением приветствовали падение civitas diu profana (давно уже оскверненного города). Теперь Святая Земля должна была бы получить действенную помощь от сильного франкского государства на месте Византии и смог бы осуществиться столь желанный союз православной церкви с римской. Когда папа затем получил более точную и обширную информацию, он ужаснулся и был страшно возмущен. Гнев папы еще более усилился, когда он узнал, что с его правами руководителя похода не посчитались и государство и церкви были разделены, а его легат Петр Сен-Марсельский освободил крестоносцев от обязанности дальнейшего похода в Святую Землю. Полный возмущения, он написал в Константинополь, перечисляя злодеяния крестоносцев, но был вынужден смириться, все еще надеясь на помощь, которую новое государство окажет Святой Земле.
Когда Бодуэн взошел на престол, были еще живы три греческих императора: Алексей III Ангел, Алексей V Дука Мурзуфл и Феодор Ласкарь. Первый остановился в Адрианополе, был изгнан оттуда Бонифацием Монферратским и затем укрылся в Лариссе (Фессалия). Сюда прибыл Мурзуфл, в надежде найти у него убежище. Однако Алексей III приказал его ослепить и выгнал из города. Ослепленный Мурзуфл попался крестоносцам и был казнен в Константинополе в наказание за убийство Алексея IV Ангела. Алексей III сдался Бонифацию, ставшему королем Фессалоник, и отказался от титула императора. Вскоре он был обвинен Бонифацием в заговоре и арестован, но бежал и укрылся у сельджуков в Анатолии. С их помощью он хотел свергнуть другого своего зятя, императора Феодора Ласкаря, но попал к нему в плен и умер в тюрьме.
Остатки византийцев сформировали три государства: одно, самое значительное, — империя в Вифинии со столицей в Никее, во главе которой встали Феодор Ласкарь и его жена Анна, дочь Алексея III. Там собрались видные горожане, бежавшие из Константинополя вместе с греческим патриархом Иоанном Каматиром. После его смерти в 1206 г. духовенство, высланное из Константинополя, избрало новым патриархом Михаила Авториана, который короновал императорскими коронами Феодора и Анну. В глазах греков Никейская империя стала законной наследницей Византии. В северной Греции возник деспотат Эпир со столицей Диррахий во главе с Михаилом Ангелом, троюродным братом Алексея III. В Трапезунде, на Черном море, при поддержке царицы Тамары Грузинской была создана незначительная империя во главе с ее племянниками Алексеем и Давидом Комнинами, внуками императора Андроника.
Новая Латинская империя сразу начала войну против греков в Анатолии и в Греции. В Анатолии войсками командовал брат императора Генрих, получивший поддержку 20-тысячной толпы переселившихся сюда армян. Одержав над греками несколько побед, франки высокомерно отказались от дружбы и союза, предложенных им валашско-болгарским царем Иоанном Калояном, ненавидевшим греков, предъявили претензию на земли, захваченные болгарами, и потребовали подчинения болгарской церкви. Это было роковой ошибкой. В марте 1205 г. внезапно восстали греки в Адрианополе и других фракийских городах, занятых франками. Они перебили франкские гарнизоны и предложили Иоанну стать императором, если он одолеет крестоносцев. Император был вынужден вызвать из Анатолии своего брата Генриха с войсками, однако, не дожидаясь его и Бонфация Монферратского, он вместе с графом Луи де Блуа выступил в поход и 29 марта осадил Адрианополь. Чуть позднее к нему подошел дож Дандоло с венецианцами. Всего армия крестоносцев насчитывало 400 человек тяжелой конницы и 5 тысяч пехоты. В то же время на помощь грекам, осажденным в городе, привел большую армию, составленную из валахов, болгар и греков, Иоанн Калоян. Кроме того, он, женатый на половецкой княжне, привел с собой 14 тысяч язычников-половцев. В общем армия Иоанна была представлена в основном легкой конницей и примерно в 4 раза превышала силы Бодуэна. Сражение состоялось 14 апреля 1205 г. Рыцари отважно бросились на врага, который обратился в притворное бегство, потеряли строй и со всех сторон были окружены возвратившейся легкой вражеской конницей. В битве пали Луи де Блуа, Этьен дю Перш, Рено де Монмирай, Матье де Валенкур, папский легат-епископ Вифлеема Петр и еще 300 рыцарей и оруженосцев, император Бодуэн попал в плен и там позднее умер от ран. Удалось спастись только Жофруа де Виллардуэну и дожу Дандоло, который, потрясенный несчастьем, умер 1 июня 1205 г. и был погребен в соборе Святой Софии.
Генрих вступил в наследство сначала как регент, а затем, с 1206 г., когда стало известно о смерти Бодуэна, как император. С ним Латинской империи повезло. Это был умный государственный деятель и талантливый и осторожный полководец. Сначала он должен был почти полностью увести войска из Анатолии, чтобы суметь противостоять диким толпам царя Иоанна Калояна. На его сторону перешли греки, страдавшие от творимых болгарами грабежей и насилий. Ему удалось почти полностью освободить Фракию, и он передал в лен грекам Адрианополь и другие города.
Осенью 1204 г. Бонифаций начал завоевательную войну с греками. Он двинулся из Фессалии в Эпир и затем вторгся на Пелопоннес. Его армия состояла из ломбардцев, французов, немцев, а также греков, которых он ловкой политикой сумел привлечь на свою сторону. В центральной и южной Греции возникли как лены королевства Фессалоники владение (позднее герцогство) Афин и Фив во главе с бургундцем Отто де ла Рошем, на Пелопоннесе — княжество Ахайя, сначала во главе с Гийомом де Шанлитом, а затем с Жофруа де Виллардуэном, племянником хрониста.
Иоанн Калоян после победы над Бодуэном двинулся на юг и осадил Фессалоники. Он захватил город, но цитадель продолжала сопротивление. Король Бонифаций поспешил с юга на ее спасение. Ему удалось освободить город. Бонифаций постепенно теснил болгар и валахов и расширял свои владения в Македонии. Он заключил союз с Генрихом, признал его ленное верховенство и выдал за него свою дочь Агнесу. Летом 1207 г. император и король договорились сообща совершить осенью карательный поход против болгарского царя. Однако вскоре Бонифаций попал в болгарскую засаду и был тяжело ранен стрелой. Его люди в замешательстве отступили. Отрубленная голова Бонифация, «лучшего и благороднейшего барона и отважнейшего рыцаря», была преподнесена царю Иоанну.
Иоанн с большими силами снова осадил Фессалоники. Против него созрел заговор, в котором, видимо, приняла участие его жена-половчанка. 8 октября 1207 г. царь был убит в лагере половцем, любовником жены. Среди народов Иоанна начался разброд. Его племянник и наследник Борис был признан царем только частью подданных, и 31 июля 1208 г. он потерпел жестокое поражение при Филиппополе от императора Генриха.
Король Бонифаций оставил от Маргариты Венгерской малолетнего сына Дмитрия. Маргарита стала регентшей, а опекуном был избран ломбардец граф Оберто Бьяндратский, сразу сделавший попытку освободиться от ленного верховенства Генриха и возвести на королевский престол итальянского сына Бонифация от первого брака — Вильгельма. Однако Генрих сумел восстановить против Оберто регентшу и германских и французских вассалов короля и заставил ломбардца покинуть Грецию. Регентша признала императора своим сувереном. В 1207 г. как ленник императора основал герцогство Архипелаг (Кикладские острова) племянник Дандоло Марко Санудо.
Овдовев, Генрих женился на дочери Иоанна Калояна. В Анатолии он упорно и с переменным успехом боролся с императором Феодором Ласкарем и по договору 1214 г. возвратил Латинской империи потерянные ранее земли на северо-востоке полуострова. Когда в 1211 г. умер патриарх Морозини, было избрано сразу три патриарха: от венецианцев, от французов и от ломбардцев.
Новый папский легат Пелагий, прибывший в Константинополь, усилил общее замешательство. Он, поставив себе основной задачей подчинение греческой церкви римской, закрывал православные церкви и бросал в тюрьмы греческих священников и монахов. Население заволновалось. К императору отправилась депутация видных греков и объявила ему, что греки переселятся в Азию, если гонения продолжатся. Генрих распорядился открыть церкви, выпустить из тюрем православных священнослужителей и разрешил грекам принести жалобу папской курии. Греки называли Генриха «вторым Ареем» (богом войны). Император Генрих всегда выступал их защитником как в отношении свободы совести, так и в отношении притязаний католических прелатов. Он умер в 1216 г., возможно, отравленный, — обычное предположение для тех времен.
