В Москве Иеремию поместили на дворе рязанского владыки; самого его велено было поместить в больших хоромах в горнице с комнатою; провожатых его, митрополита мальвазийского и архиепископа элассонского, в Столовой избе и в комнате, архимандриту дать подклет особый, а старцев и слуг устроить по подклетам. Греков, турок и других иноземцев не велено было пускать на двор, слуг патриарших со двора, если от митрополита Иова, от знатного духовенства и бояр станут приходить с кормом, таких людей пускать было позволено; если же какой иноземец станет проситься к патриарху или сам патриарх захочет видеться с каким-нибудь иноземцем, то приставы должны были ему отвечать, что скажут об этом боярам и посольскому дьяку Андрею Щелкалову. Купцов, приехавших с Иеремиею, поставили на литовском гостином дворе.
Неделю спустя по приезде государь велел патриарху быть у себя и принял его, как принимал обыкновенно послов, с тем только различием, что навстречу ему переступил с полсажени от трона. После этого представления, не выходя из дворца, Иеремия имел разговор с Годуновым, рассказал ему о своих несчастиях, как он был обнесен султану, свергнут с патриаршего престола, потом опять возведен; рассказал о бедственном состоянии своей церкви, о грабеже турок; рассказал о делах литовских, что мог узнать дорогою, наконец, говорил тайные речи. После этого разговора государь, подумав с царицею, говорил боярам: "Велел нам бог видеть к себе пришествие патриарха цареградского, и мы о том размыслили, чтоб в нашем государстве учинить патриарха, кого господь бог благоволит: если захочет быть в нашем государстве цареградский патриарх Иеремия, то ему быть патриархом в начальном месте Владимире, а на Москве быть митрополиту по-прежнему; если же не захочет цареградский патриарх быть во Владимире, то на Москве поставить патриарха из московского собора". Годунову поручено было ехать к Иеремии и советовать с ним, возможно ли тому статься, чтоб ему быть в Российском царстве в стольнейшем городе Владимире. Иеремия отвечал: "Будет на то воля великого государя, чтоб мне быть в его государстве, - я не отрекаюсь: только мне во Владимире быть невозможно, потому что патриархи бывают всегда при государе: а то что за патриаршество, что жить не при государе?" Тогда царь опять созвал бояр и говорил им: "Патриарх Иеремия вселенский на владимирском и всея Руси патриаршестве быть не хочет, а если мы позволим ему быть в своем государстве на Москве на патриаршестве, где теперь отец наш и богомолец Иов митрополит, то он согласен. Но это дело не статочное: как нам такого сопрестольника великих чудотворцев и достохвального жития мужа, святого и преподобного отца нашего и богомольца Иова митрополита от пречистой богородицы и от великих чудотворцев изгнать, а сделать греческого закона патриарха, а он здешнего обычая и русского языка не знает, и ни о каких делах духовных нам с ним говорить без толмача нельзя". Годунов вместе с Щелкаловым отправился опять к Иеремии и говорил ему, чтоб благословил и поставил в патриархи из российского собора митрополита Иова. При этом свидании было решено, что Иеремия на патриаршество владимирское, московское и всея Руси благословит и поставит кого государю будет угодно и благословение дает, что вперед патриархам поставляться в Российском царстве от митрополитов, архиепископов и епископов.
Нам не нужно предполагать, что в первом разговоре с Годуновым сам Иеремия изъявил желание остаться патриаршествовать в Москве: мысль о выгодных следствиях перемещения старшего патриаршего стола из Византии в Московское государство легко могла прийти Годунову и другим. Пусть в Константинополе, по приказу султана, выбрали бы другого патриарха: Иеремия и его русские преемники не потеряли бы чрез это права называться вселенскими, права на первенство; утверждение Иеремии в Московском государстве особенно было б важно относительно западной русской церкви, которая уже давно признавала свою зависимость от него. С другой стороны, нам не нужно предполагать, что дело не уладилось единственно по настоянию Годунова, которому невыгодно было удалить Иова, совершенно ему преданного: при отчужденности от иностранцев и сильно развившейся вследствие того подозрительности, ясные следы которой видны повсюду, иметь патриархом иностранца, грека, должно было казаться крайне неудобным: указывать на единоверие, как могущее уничтожить всякое подозрение, нельзя, ибо мы видели, как обходились с этим самым Иеремиею: не велено было пускать к нему ни одного иностранца; наши предки в описываемое время жили тою жизнью, когда свой обычай составляет все; отсюда понятно, как страшно было иметь патриархом человека, не знающего русского обычая, человека греческого закона. Мало того, нужно было решиться на дело страшно тяжелое: отвергнуть человека, которого уже привыкли видеть на таком высоком месте, каково было митрополичье; для вселенского патриарха Иеремии не могли придумать чести высшей, как та, которая воздавалась митрополиту Иову, и вот этого Иова надобно безвинно лишить этой чести, прогнать! Понятно, следовательно, что не по одним личным отношениям Годунова к Иову настаивали, чтоб Иеремия жил во Владимире.
Несмотря на то что царь прямо объявил о невозможности прогнать Иова от церкви Богородицы и от чудотворцев, исполнили обычай избрания: архиереи назначили трех кандидатов: митрополита Иова, новгородского архиепископа Александра, ростовского Варлаама, и предоставили царю выбор. Феодор избрал Иова, который и был посвящен 26 января 1589 года: следовательно, дело тянулось полгода! Патриарх должен был иметь в своем ведении митрополитов; это звание дали владыкам: новгородскому, казанскому, ростовскому и крутицкому (в Москве), шесть епископов получали звание архиепископов: вологодский, суздальский, нижегородский, смоленский, рязанский, тверской.
Богато одаренный отправился Иеремия в мае 1589 года в Константинополь с грамотою от царя к султану, в которой Феодор писал: "Ты б, брат наш Мурат салтан, патриарха Иеремию держал в своей области и беречь велел пашам своим так же, как ваши прародители патриархов держали в береженье, по старине во всем; ты б это сделал для нас". Приехавши в Смоленск, Иеремия получил грамоту от Годунова, в которой правитель просил его проведать в Литве о тамошних делах: "О Максимилиане, где он теперь и каким обычаем живет? В Польской ли земле, или отпущен? И как отпущен, по какому договору? Укрепился ли королевич шведский на польской короне и на какой мере утвердился, какое его вперед умышленье о нашем государе? Проведав об этом, отписал бы ты ко мне тайно, не объявляя своего святительского имени ни в чем; а когда будешь в Цареграде, то отпиши о всех тамошних делах".
Только чрез два года, в июне 1591 года, приехал в Москву митрополит терновский и привез утвержденную грамоту на московское патриаршество. Иеремия писал к Иову: "Послали мы твоему святительству соборную совершенную грамоту: будешь иметь пятое место, под иерусалимским патриархом. И ты прими грамоту с благодарностию и тихомирием, и постарайся о митрополите терновском при царе и при царице словом и делом, попечалуйся святому и высочайшему царю нашему, да сотворит пригожую помощь, как обещал ты нас пожаловать при постановлении своем, в своей палате; а мы кроме бога да святого царя надежды ни от кого не имеем, патриаршества цареградского не может никто воздвигнуть и устроить по-прежнему кроме святого царя". В письме Годунову патриарх просил о присылке 6000 золотых на сооружение патриаршества. Митрополит терновский поднес Годунову дары: два атласа золотных, саблю булатную, да два сосуда ценинных; Годунов даров не принял, сказав: "Нам у вас даров брать не подобает, мы должны вас наделять, чем бог послал". Митрополит просил, чтоб Годунов не обижал его, взял дары, и тот взял два сосуда ценинных. Правитель хотел знать, как был держан собор об учреждении московского патриаршества, с ведома ли султана и пашей? Митрополит отвечал, что собор был держан, доложа султану. Просьба патриарха была исполнена: царь послал на построение церкви и патриаршеского дома большое количество мехов и рыбьего зуба. Когда Салтыков и Татищев отправились послами в Литву, то им дан был наказ: "Станут спрашивать про патриаршеское постановленье, то вы говорите: приходил к великому государю из Греческого государства антиохийский патриарх Иоаким и говорил государеву шурину, Борису Федоровичу Годунову, что из давних лет на семи соборах уложено быть в Риме папе греческой веры, а в Греческом государстве четырем патриархам; но когда Евгений папа римский составил суемысленный осьмой собор, то с этого времени папы римские от греческой веры отстали; если бы по сие время в Греческом государстве были благочестивые цари христианские, то патриархи поставили бы папу в Греческом государстве, и теперь они все четыре патриарха советовали, со всем вселенским собором Греческих государств, дабы вместо папы римского поставить вселенского патриарха константинопольского, а на его место поставить четвертого патриарха в Московском государстве. Если паны радные будут говорить, что изначала этого не бывало, то отвечать: вот у вас в Вильне прежде кардиналов не бывало, а были бискупы, а теперь папа сделал Юрия Радзивилла кардиналом: и тому что дивиться".
