3 сентября 1939 года Англия объявила Германии войну, а через месяц немецкая подводная лодка пробралась на военно-морскую базу в Скапа-Флоу и потопила линкор «Ройял Оук» с восемью сотнями моряков. Узнав об этом, Елизавета в гневе вскочила со стула и воскликнула: «Кроуфи, этого не может быть! Сколько славных матросов погибло!» Но в целом принцессы продолжали жить обычной жизнью — сначала в Балморале, потом в Виндзоре. В Лондон начали прибывать коронованные родственники, бежавшие от победоносной немецкой армии: король Норвегии Хокон, король Бельгии Леопольд, королева Нидерландов Вильгельмина… 11 мая немцы начали наступление против французских войск и разгромили их за две недели; остатки английского экспедиционного корпуса с трудом смогли эвакуироваться из Дюнкерка. Подал в отставку премьер Чемберлен, и его сменил Уинстон Черчилль, сторонник решительных действий. Стало ясно, что нацисты готовы вторгнуться в Англию. Лорд-канцлер Хейлшем предлагал вывезти принцесс в Соединенные Штаты, но они остались — даже после того, как в сентябре начались массированные налеты немецкой авиации на Лондон. 9 сентября бомба упала на Букингемский дворец, совсем рядом с кабинетом короля. Принцессы всю войну оставались в Виндзоре, где патриотично сматывали бинты и вязали носки для солдат, хотя Елизавета так и не научилась как следует орудовать спицами.
В апреле 1942 года принцесса, которой исполнилось шестнадцать, зарегистрировалась на бирже труда, чтобы внести свой вклад в победу над Гитлером. Однако никакой работы для нее не находилось. Отец назначил ее государственным советником и шефом гвардейского полка, но это были декоративные должности, далекие от подлинной жизни. Елизавета медленно взрослела, проводя слишком много времени с младшей сестрой. Кроуфи писала: «Она была слишком застенчивой и держалась немного скованно, чем сильно отличалась от принцессы Маргарет. Иногда король смотрел на младшую дочь с недоумением, словно не понимая, как он мог произвести на свет такое беспечное и легкомысленное существо. В то же время Елизавета была гораздо больше похожа на ганноверскую принцессу — серьезная, основательная. Когда она улыбалась, лицо ее словно оживало, но в остальное время было довольно тусклым. С тех пор мало что изменилось».
Принц Филипп в это время воевал в Средиземном море в составе английской эскадры, проявляя недюжинную храбрость. Между тем Маунтбэттен не забыл хорошего впечатления, которое его племянник произвел на принцессу, и активно пытался поженить их. В январе 1944 года королева-мать Мария писала: «Они любят друг друга уже полтора года, а может быть, и дольше. Однако король и королева считают, что девочка еще слишком молода для замужества. Они хотят, чтобы она побольше узнала о мире, познакомилась с другими мужчинами. В конце концов, ей всего девятнадцать, а в этом возрасте девушки излишне впечатлительны».
В это время Елизавете позволили наконец вступить в контакт с внешним миром — она поступила на курсы унтер-офицеров Территориальной службы, где должна была стать профессиональным водителем и механиком-ремонтником. Ее привозили на занятия и увозили обратно в Виндзор, но все равно она смогла пообщаться с народом и научилась хорошо водить машину. Когда учеба закончилась, она уже мечтала устроиться в какую-нибудь воинскую часть, но тут наступила Победа. Принцессу снова ждало возвращение к однообразной придворной жизни, но теперь у нее была перспектива. На столе у нее стояла фотография Филиппа — широкоплечего красавца, отрастившего за годы войны золотистую бородку. Он вернулся в Англию в марте 1946 года, и вопрос о браке был практически решен. Правда, при дворе сомневались, что он сможет хранить верность Елизавете; было известно о его любовных похождениях. Однако он, как и его дядя Маунтбэттен, был слишком холоден и расчетлив, чтобы терять голову от любви и идти на какие-либо серьезные отношения. Как подобает настоящему мужчине, о женщинах он говорил свысока, в том числе и о Елизавете: «Во время войны я, бывало, заходил к ним поужинать. Пару раз приезжал на Рождество в Виндзор, когда было нечего делать. Мне кажется, я не придавал этому серьезного значения. Мы просто иногда переписывались».
Филипп с детства привык полагаться только на себя. Его родители уже умерли, он был бесприютен и к тому же беден — жил на одно жалованье морского офицера. Женитьба на Елизавете могла решить многие его проблемы. Король не очень хотел этого брака, но решительность дочери взяла верх. Весной 1947 года Георг и Елизавета вместе совершили долгое путешествие в Южную Африку, и по возвращении вопрос был решен. 10 июля двор объявил об обручении принцессы и Филиппа, что стало долгожданным романтическим развлечением для публики, уставшей от военных тягот. После войны положение не стало легче; росли безработица и инфляция, стояли предприятия, некогда могучий фунт окончательно покорился доллару. Стало ясно, что Британия больше не может содержать колониальную систему, и в августе 1947 года была провозглашена независимость Индии. Маунтбэттен, ее последний вице-король, так и не смог предотвратить кровавую резню между индусами и мусульманами. Георг был мрачен — он лишился не только «жемчужины короны», но и титула императора Индии, учрежденного некогда для Виктории. К тому же двор был вынужден урезать свои расходы, а в 1945 году к власти пришли лейбористы, угрожавшие вообще упразднить монархию.
Тем не менее проблемы были забыты среди радостных приготовлений к свадьбе. Жених и невеста получили множество подарков — от чистокровного жеребца от Ага-хана до сотни пар нейлоновых чулок, что для экономной Елизаветы было отнюдь не лишним. Какая-то сердобольная дама из Нью-Йорка прислала принцессе индейку, потому что «в Англии ведь совсем нечего есть». Даже противник англичан Махатма Ганди подарил сотканный им самим кусок материи, от которого королева Мария пришла в ужас, решив, что это набедренная повязка. 20 ноября 1947 года в Вестминстере состоялась церемония бракосочетания. Филипп выглядел совершенно спокойным, принцесса была немного бледна, а вот король чуть не расплакался от волнения, признавшись: «Когда выдаешь замуж дочь, волнуешься больше, чем перед собственной свадьбой». Напоследок Филипп получил от короля орден Подвязки и титул герцога Эдинбургского.
Брак оказался очень удачным, особенно на начальной стадии. Филипп был склонен к лидерству, а Елизавета привыкла к традиционной патриархальной семье. У обоих хватало ума и такта, чтобы относиться друг к другу с уважением, хотя герцог мог порой проявить грубость. Однажды, когда они ехали на машине с Маунтбэттеном, Филипп включил такую скорость, что принцесса от неожиданности схватила его за руку. «Еще раз тронешь — врежу», — пообещал любящий муж. По прибытии Маунтбэттен удивился тому, что Елизавета не возмутилась. «Вы же слышали — он обещал мне врезать и врежет», — спокойно объяснила принцесса. При этом Филипп был заботлив, надежен и не позволял себе никаких приключений на стороне. Позже, когда начались скандалы с королевскими детьми, репортеры пробовали покопаться и в грязном белье герцога, но ничего не смогли обнаружить, кроме вольных шуток и легкого флирта с кинозвездами — Филипп очень любил кино. Правда, он оказался расчетлив и все время требовал увеличить содержание и выделить ему наконец приличное жилье. Сначала молодым предоставили особняк в Виндзоре, но он сразу же сгорел. Тогда они получили Кларенс-хауз в Лондоне, но его пришлось ремонтировать почти целый год — здание сто лет не ремонтировали, а во время войны еще и разбомбили.
Во время ремонта супруги жили в Букингемском дворце. Там 14 ноября 1948 года и появился на свет первый ребенок королевы, принц Чарльз-Филипп-Артур-Георг Виндзорский. Елизавета была без ума от мальчика — ей нравились его ручки с длинными пальчиками («совсем не такие, как у меня или у его отца») и совсем не пугали оттопыренные уши. Вскоре семья переехала в Кларенс-хауз, и у Чарльза появилась собственная детская с большим шкафом для игрушек, многие из которых перешли по наследству от бережливой матери. Принцем занимались две шотландских няни — Хелен Лайтбоди и ее помощница Мейбл Андерсон, которая со временем заняла важное место в жизни Чарльза. Филипп и Елизавета заняли две смежные спальни — голубую и розовую; принцесса сама распоряжалась их отделкой. Что касается ее мужа, то он обожал технические новшества и оборудовал дом разными «новинками» вроде кондиционеров.
В 1949 году принцессу покинула Кроуфи и произошла скандальная история с книгой. Однако вместо одного верного друга Елизавета тут же приобрела другого — личного секретаря Мартина Чартериса, который с первой встречи безнадежно влюбился в нее: «Представьте себе удивительно симпатичную женщину с ярко-синими глазами, в синем платье, с сапфировой брошью на груди. Молодая, прекрасная, серьезная — я в жизни не встречал более приятной особы». Филипп соскучился по морю и был назначен помощником капитана на эсминец «Чекерс», находившийся в Средиземном море. Там же находился и Маунтбэттен, для которого это было существенным падением после должности вице-короля. Он надеялся на поддержку племянника, но тот упорно показывал, что совершенно независим и не подвержен никаким влияниям. Дядя затаил обиду, но потом простил Филиппа и до конца жизни оставался близким другом обоих супругов.