Подобное предприятие удовлетворяло как Директорию, так и Бонапарта. Независимое поведение этого генерала в Италии, его честолюбие, прорывавшееся внезапно сквозь искусственную простоту, делали его присутствие крайне опасным; он боялся, в свою очередь, испортить бездействием высокое мнение, составленное уже о нем; люди всегда требуют многого от тех, кого сами признали великими, и заставляют их постоянно эту славу поддерживать. Таким образом, в то время, когда Директория видела в Египетской экспедиции возможность удалить внушающего опасения генерала, а также надежду напасть на Англию через Индию, — Бонапарт видел в ней гигантский замысел, подвиг по своему вкусу и новое средство удивить мир. Бонапарт тронулся в путь из Тулона тридцатого флореаля V года (19 мая 1798 г.) с флотом численностью в 450 судов и частью Итальянской армии; подплыв к Мальте, он овладел ею, а отсюда повернул к Египту.
Директория, решившаяся, чтобы добраться до Англии, нарушить нейтралитет Оттоманской Порты, уже нарушила его в Швейцарии, с целью изгнания с ее территории эмигрантов. Французские политические убеждения проникли уже в Женеву и в кантон Во, но политика Швейцарского союза, находившаяся под влиянием бернской аристократии, была им совершенно враждебна. Швейцарцы, выказавшие себя сторонниками Французской Республики, были изгнаны из всех кантонов. Берн стал главным местом собрания французских эмигрантов, и там составлялись всякие заговоры против революции. Директория жаловалась на это, но не получила никакого удовлетворения. Жители Во, поставленные прежними договорами под покровительство Франции, призвали ее на помощь против тирании Берна. Этот призыв, личные обиды, желание распространить республиканско-директориальную систему больше, чем желание завладеть небольшой бернской казной, в чем ее неосновательно упрекали, послужили поводом к вторжению в Швейцарию. Переговоры ни к чему не привели, и началась война. Швейцарцы защищались с большой смелостью и упорством, надеясь тем возродить времена своих предков, но в конце концов были побеждены. Женева была присоединена к Франции, и Швейцария переменила свое старинное государственное устройство на Конституцию III года. С этого времени здесь стали действовать две партии: одна, стоявшая за Францию и революцию, другая — за контрреволюцию и Австрию, Швейцария перестала быть общей преградой и стала большой дорогой в Европу.
За этой революцией последовала такая же в Риме. Во время мятежа в Риме был убит генерал Дюфо; в наказание за это преступление, которому папское правительство нисколько не противодействовало, Рим был обращен в республику. Все это усиливало систему Директории и давало ей перевес над Европой; она видела себя во главе республик; Гельветической, Батавской, Лигурийской, Цизальпинской и Римской, устроенных все по одному и тому же образцу. Но в то время, как Директория распространяла свое влияние вне страны, внутренние партии во Франции снова стали угрожать ей.
Выборы, произведенные во флореале VI года (май 1798 г.), не были благоприятны для Директории; они были произведены совсем в другом духе, чем выборы V года. Начиная с 18 фрюктидора, удаление врагов революции возвратило все влияние крайней республиканской партии, вновь устроившей под именем конституционных кружков свои клубы. Эта партия главенствовала в избирательных собраниях, которым предстояло выбрать, вопреки обыкновению, четыреста тридцать семь депутатов: двести девяносто восемь в Совет пятисот и сто тридцать девять в Совет старейшин. При приближении выборов Директория много агитировала против анархистов, но так как ее воззвания не могли предупредить демократических избраний, то она — в силу временного закона, которым Советы после восемнадцатого фрюктидора дали ей право обсуждать действия избирательных собраний, решила этих выборов не признавать, для того она пригласила посланием Законодательный корпус назначить комиссию из пяти человек. Двадцать второго флореаля большая часть выборов была признана недействительными. Партия Директории этим поразила крайних республиканцев точно так, как девять месяцев назад она поразила роялистов.
Директория хотела поддержать политическое равновесие, характеризовавшее ее первые два года. Но теперь ее положение сильно изменилось. Со времени последнего государственного переворота она не могла больше оставаться беспартийным правительством, потому что перестала быть конституционным. Своим желанием остаться изолированной она возбудила всеобщее неудовольствие; однако, она существовала еще, таким образом, до выборов VII года. Директория проявляла много деятельности, но слишком узкой и суетливой. Мерлен (из Дуэ) и Трейяр, заменившие Карно и Бартелеми, оба были политическими адвокатами. Рёбель, обладая в высшей мере решительностью государственного человека, не имел нужных широких взглядов. Ларевельер-Лепо слишком много, для главы правительства, занимался сектой теофилантропов. Что касается Барраса, он по-прежнему вел распущенную жизнь и нес на себе представительство Директории: его дворец был местом сборища игроков, веселых женщин и всевозможных аферистов. Управление директоров страдало от их личных характеров, но особенно от их положения, к затруднениям которого скоро пришлось еще прибавить войну со всей Европой.
В то время, как полномочные послы республики вели с империей переговоры о мире в Раштатте, начала свои действия вторая коалиция. Кампоформийский договор был для Австрии только прекращением военных действий на время. Англии не составило никакого труда вовлечь ее в новую коалицию; большинство европейских держав, исключая Пруссию и Испанию, приняли в ней участие. Денежная помощь английского кабинета и приманка вторжения на запад заставили Россию примкнуть к коалиции; Порта и Варварские государства примкнули к ней ввиду вторжения французов в Египет; империя, чтобы возвратить себе левый берег Рейна, а мелкие итальянские князья — чтобы уничтожить только что возникшие республики. Пока в Раштатте обсуждали договор с империей об уступке левого берега Рейна, плавании судов по этой реке и о срытии некоторых крепостей на правом берегу, — русские вторглись в Германию, и Австрийская армия двинулась в поход. Французские уполномоченные, захваченные врасплох, получили приказ выехать в 24 часа; они тотчас же повиновались и отправились в дорогу, получив предварительно охранные грамоты для беспрепятственного проезда через неприятельскую линию. На некотором расстоянии от Раштатта их остановили австрийские гусары и, уверившись в их фамилиях и звании, убили их. Бонье и Робержо были убиты до смерти, Жак де Бри был брошен смертельно раненым. Это неслыханное нарушение международного права, это предумышленное убийство трех людей, облеченных священным званием послов, возбудило всеобщий ужас. Законодательный корпус объявил войну, мотивируя ее негодованием к правительствам, на которые падало это неслыханное преступление.
Враждебные действия начались сразу же и в Италии, и на Рейне. Директория, предупрежденная о движении русских войск и подозревая намерения Австрии, провела через Советы закон о рекрутском наборе. Военная конскрипция доставила в распоряжение республики двести тысяч молодежи. Этот закон, имевший неисчислимые последствия, явился результатом более правильного порядка вещей. Всеобщее ополчение было революционной службой отечеству, — рекрутский набор стал ему службой законной.
Наиболее нетерпеливые державы, составляющие авангард коалиции, тотчас же открыли военные действия. Неаполитанский король двинулся на Рим, а сардинский выставил войска, угрожая Лигурийской Республике. Они не были, однако, в силах выдержать напор французских войск, были без труда побеждены и лишены своих владений. Генерал Шампьоне занял Неаполь после кровавой победы. Лаццарони защищались внутри города в продолжение трех дней; в конце концов они пали, и была провозглашена Партенопейская Республика. Генерал Жубер занял Турин; вся Италия оказалась в руках французов; началась новая кампания.
Коалиция превосходила республику наличными силами и резервами; она напала на Францию с трех сторон: в Италии, Швейцарии и Голландии. Сильная Австрийская армия проникла в Мантуанскую область, два раза разбила Шерера при Адидже и вскоре соединилась с причудливым и до того времени непобедимым Суворовым. Шерер был заменен генералом Моро; он действовал более энергично и продолжал отступление к Генуе, чтобы охранять линию Апеннин и соединиться с Неаполитанской армией, бывшей под начальством Макдональда, разбитого при Требии. Австрийцы и русские тогда перенесли свои главные силы в Швейцарию. Несколько русских корпусов соединились с герцогом Карлом, разбившим Журдана на верхнем Рейне и намеревавшимся вторгнуться в пределы Гельветической Республики. В то же время герцог Йоркский высадился в Голландии с сорока тысячами англичан и русских. Мелкие республики, находившиеся под покровительством Франции, были заняты, и, благодаря нескольким новым победам, союзники могли вторгнуться в самый центр революции.