В противном случае все те, кому ненавистны неблагодарность и неверность, покроют Вас ненавистью и вечными проклятьями. Вас всегда будет мучить совесть, Вы потеряете всю Вашу славу, которую Вы приобрели здесь у нас, и будете жить в конце концов в вечном страхе и бедности, которые будут окружать Вас со всех сторон. Из этих двух возможностей каждый выбрал бы первую, если он не потерял свой разум. Однако же, если Вы серьёзно решили не иметь ни стыда, ни совести и забыть благодеяния со стороны России, Ваше обещание, контракт, клятву и самого себя, то постарайтесь прислать причитающиеся мне 357 рублей и все работы и зарисовки передать профессору Крафту, как только Академия прикажет ему получить их. Это, однако, должно произойти без всякого отлагательства, так как из-за Вас я вынужден жить в крайней нужде...
Ваш! очень обиженный друг и слуга Михаило Ломоносов».
Гмелин без промедления пишет ответ Ломоносову и возвращает деньги. Несмотря на резкий характер ломоносовского письма, Гмелин не изменил своего дружеского отношения к великому русскому учёному, ибо понимал, что того беспокоили не только деньги, в коих Ломоносов всегда и сильно нуждался, но и престиж Академии, членом которой Гмелин состоял.
Почему Гмелин так стремился из России? Косвенные причины связаны с действительностью российской жизни. В глубинке каждый начальник — «и цари и бог». Он мог давать деньги для экспедиции, а мог и не давать, несмотря на царский указ. 19 сентября 1737 года Гмелин писал Корфу: «Все общие проволочки сибирских канцелярий для нас тяжёлое обстоятельство в этом путешествии. Указы бывают только тогда грозны, когда из этого может быть извлечена выгода для начальника». Академик де ля Кройер пишет о своей поездке к устью Лены: «…что касается до меня, то я обязан делать всё, что может содействовать науке и служить к выгоде воеводы». Время текло медленно, а неустроенность быта и произвол воевод давили постоянно. Любая жалоба в Петербург и обратно путешествовала в лучшем случае полгода. Были и другие трудности. Татищев прислал Гмелину одного ссыльного, умеющего делать плавильные горшки, в которых нуждался Гмелин для плавки руд. Но ему не было отпущено никакого содержания, и платить приходилось Гмелину из своего кармана. Гмелин пишет в письме барону Корфу: «...мы в страхе от всех ссыльных не ради их злоумышленности, а потому что у них укоренился обычай кричать при всяком случае «слово и дело». Если подобное случилось с кем-либо из наших спутников, то мы принуждены были его лишиться на некоторое время, отчего нашим делам могла быть великая помеха».
Суть этого заключалась в том, что и кричащего «слово и дело», и против кого воздвигнуто обвинение, должны быть отправлены в Москву для разбирательства, а на это уходило не менее года. Такой прецедент уже был — зимой в Якутске, когда перепившийся помощник живописца Беркана прокричал «слово и дело» против другого живописца. Это лишило экспедицию художников на два года. Да и не понимали, забитые нуждой, русские переселенцы проблем немецкого высокомерного ботаника. Эта неприязнь к русскому народу у Гмелина осталась навсегда. В дальнейшем в предисловии к первому тому «Флоры Сибири» он добросовестно описал неприглядные стороны российской жизни. Вот уже 250 лет и российские, и советские, и новые российские власти не решаются перевести правдивые, горькие слова Гмелина о России: о пьянстве, разврате, мздоимстве и беззаконии.
Другой же причиной стремления покинуть Россию были академические дрязги. Гмелин, вернувшись из сибирского путешествия в Санкт–Петербург 16 февраля 1743 года, активно стал обрабатывать коллекции и в 1745 году подал прошение об отставке. После этого обострились его отношения с Шумахером, который всячески мешал работе. Вследствие этого конфликта 28 января 1747 года Гмелин был уволен, однако восстановлен в июле того же года.
К тому же здоровье его действительно было подорвано. Он не смог, подобно Миллеру, адаптироваться к российскому обществу. И потом — он добился кафедры в родном университете, что было его потаённой мечтой. Добившись европейской славы, он считал, что заслужил покой и отдых. Ему было уже почти сорок лет, и только вернувшись в Германию, он встретил женщину, которая стала его женой. Это обстоятельство, вероятно, ещё более должно было усугубить его проблему сдержать слово перед своими друзьями и коллегами в России.
По этим, а возможно и по каким-то иным причинам, Гмелин остался в Германии, где продолжал работу с гербарием и другими материалами, привезёнными из Сибири.
В 1754 году у него резко ухудшается здоровье. Он успевает закончить лишь третий том «Флоры Сибири», который будет опубликован только через тринадцать лет под редакцией его племянника, тоже И. Гмелина, и адъюнкта Академии Кельрейтера. Гмелин скончался 20 мая 1755 года. Его гербарий вдова передала в Петербургскую Академию наук и получила за него 600 рублей. Четвёртый том вышел из печати в 1769 году, вслед за третьим. Пятый — в XVIII веке остался неизданным. Гмелин–младший опубликовал из него только несколько новых папоротников. Том считался безвозвратно утерянным и был найден много десятилетий спустя.
В 1754 году членом Петербургской Академии наук становится Карл Линней. К этому времени его опубликованные ботанико-философские труды — «Философия ботаники» (1751) и «Виды растений» (1753) — произвели переворот в систематике растительного мира. С этого времени начался новый отсчёт времени. Гмелин за ним не успевал. Он был последователем Джона Рея (1628–1705), который первый разделил растения на тайнобрачные (споровые) и явнобрачные (цветковые). Последние он разделил на однодольные и двудольные по количеству семядолей с семени. Это была прогрессивная система живых организмов, из которой впоследствии родилась естественная система Б. Жюсье (1699–1776). Названия растениям Гмелин давал не бинарные: род и вид, как Линней, а полиномные. Но Гмелин и не мог знать новых принципов бинарной номенклатуры. Эти идеи в систематике растений появились, когда он путешествовал по Сибири. Он остался на устаревших позициях систематики, ещё прогрессивных каких-то 10–15 лет назад.
Линней был знаком с великим сибирским гербарием Гмелина. Не исключено, что он знакомился с растениями, получая их непосредственно от промышленников Демидовых: три брата — Григорий, Павел и Пётр — были его учениками. Но это уже другая ниточка, которая вплелась случайно, и тем не менее в чём0то определила развитие сибирской ботаники. Другой его русский ученик — А.М. Карамышев (1744–1791) — приводит 118 растений сибирской флоры, растущих в ботаническом саду Линнея.
Несмотря на идейные расхождения, К. Линней и И. Гмелин находились в постоянной переписке и в каждом письме заверяли друг друга во взаимной дружбе и уважении. В одном из писем 1744 года Линней писал Гмелину, что тот открыл столько растений, сколько другие ботаники открыли их вместе. Всего известно 16 писем Линнея к Гмелину. Текст этих писем показывает, что Линней очень высоко ценил ботанические знания Гмелина. В них он обсуждал с ним вопросы систематики и даже эволюции растений. В одном из писем он пишет следующее: «Долго читал этой ночью твоё сибирское путешествие. Никто больше не достоин в ботанике, чем ты, проведший среди варваров десять лет из-за флоры».
Академик Рупрехт на годичном собрании Академии даёт превосходную характеристику трудов Иоганна Георга Гмелина: «...крайности холода и зноя, которые в состоянии переносить человек и животные, и которые далеко превышали назначенные Бургавом меру, понижение изотермических линий к востоку, никогда не оттаивающая почва в Якутии и на Аргуне, распространение чернозема в Сибири, понижение Каспийского моря, барометрические описания высот, и ещё много других наблюдений и открытий отчасти были впервые отмечены Гмелином. Но здесь мы ограничимся только оценкою единственного ботанического труда Гмелина, его сибирской флоры. Это поистенну классическое творение заключает в себе 1178 растений с приложением 300 чертежей... В его Flora Sibirica мы видим первые шаткие попытки растительности Сибири, основанной на обширной наглядности: граница обыкновенных европейских растений отодвинута до Енисея и уже подмечено сходство азиатских и американских пород...»
Гмелин один из первых открыл растительные богатства Сибири. Вместе с Мессершмидтом, Крашенинниковым и Стеллером он был первым натуралистом Сибири. Двигал ли его в этом долг перед Академией, высокая зарплата, научное честолюбие или свойственное всему человечеству стремление к новым открытиям? Измученный произволом чиновников, трудностью путешествий, он послал прошение о разрешении вернуться в Санкт–Петербург из Сибири ещё в 1738 году. Но, тем не менее, жажда новых открытий была для него превыше всего: «Мне уже было много радости от новых растений, которые случалось встречать ежедневно, и я, прежде отправки моего прошения, часто помышлял о том, чтобы взять его обратно, потому что при виде нового растения у меня тотчас явилось опасение, что эта радость может быть легко сокращена скорым разрешением моего ходатайства».
