Недовольство банданцев умело использовали англичане. В феврале 1609 г. на острова Банда прибыло английское судно под командованием капитана Вильяма Килинга. Килинг послал своих агентов на острова Пуло Ай и Пуло Рун с богатыми подарками и письмами от английского короля Якова I. Предложив более высокие цены, он скупил весь урожай мускатного ореха па этих островах. Одновременно он добился от старейшин двух островов — Банда Найра и Лонтор — разрешения построить здесь английские фактории. Руководители голландских факторий, уже обосновавшихся на Банда Найре и Лонторе, были в ярости. В результате конкуренции цены на мускатный орех поднялись здесь на 30 % [242, с. 68; 263, с. 124].
8 апреля 1609 г. эскадра Верхуффа бросила якорь на рейде острова Банда Найра. Вместе с шестью голландскими судами, прибывшими сюда раньше, под командой адмирала теперь оказалось 14 кораблей — огромная военная сила для того времени. Верхуфф вызвал к себе старейшин Банда Найры и, объявив, что желает построить форт для защиты голландцев и их товаров, потребовал, чтобы они предоставили ему для этого участок земли, а также чтобы они не продавали пряностей англичанам. Старейшины попросили отсрочки, чтобы посоветоваться. Им, однако, с самого начала было ясно, что закрепление господства голландцев на островах сулит им голодную смерть. Поэтому они использовали отсрочку, чтобы тайно вооружиться и попытаться привести в порядок заброшенную португальскую крепость на острове Лонтор. Кроме того, они обратились за помощью к Килингу. Килинг продал им кое-какое оружие и посоветовал поставить свои острова под протекторат короля Англии. Активно же вмешиваться в конфликт, ввиду явного военного превосходства голландцев, он не стал [158, с. 211; 242, с. 69].
Когда срок предоставленной старейшинам отсрочки истек, они попросили новую отсрочку, но Верхуфф отказал. Строительство крепости на базе старого португальского форта началось. Голландцы установили там 36 пушек. Тогда жители Банда Найры пошли на крайние меры. 22 мая 1609 г. Верхуфф был приглашен в дом совета старейшин для переговоров. Там на него и его охрану внезапно напали. 34 голландца были убиты. Вся Банда Найра взялась за оружие. Но силы противников были слишком неравны. Сменивший Верхуффа вице-адмирал Симон Хун пустил в ход артиллерию. Прибрежные деревни острова были снесены с лица земли. Затем голландцы высадились на берег. Слабо вооруженное банданское ополчение не могло долго сопротивляться. Началось кровавое подавление восстания. Зверства голландцев на Банда Найре поразили даже привыкших ко многому современников. Хун завершил строительство крепости, которая получила название «Форт Нассау». Остров Банда Найра он объявил голландским владением по праву завоевания [242, с. 70–71].
Жители Лонтора не присоединились сразу к восстанию. 23 мая 1609 г. они поручили жившему на Лонторе голландцу Виллему ван ден Энде передать Хуну, что они не причастны к тому, что произошло на Банда Найре. Они не причинят голландцам в Лонторской фактории никакого зла при условии, что крепость на Банда Найре будет ликвидирована, а голландский флот уйдет. Вскоре ван ден Энде вернулся на Лонтор и сообщил старейшинам, что совет голландского флота согласился на их требования. Через несколько дней ван ден Энде снова прибыл в ставку Хуна в сопровождении нескольких старейшин (орангкайя) для дальнейших переговоров. Хун тут же арестовал старейшин, объявил их заложниками за двух оставшихся на Лонторе голландцев и послал на Лонтор ультиматум с требованием немедленной капитуляции. В ответ лонторцы убили двух упомянутых голландцев. Голландская эскадра двинулась к острову и расстреляла его главное селение Лонтор. Затем голландцы захватили и опустошили часть острова. Лонторцы отступили в селение Саламан на северном берегу Лонтора и начали там возводить крепость. Новый губернатор островов Банда — Якоб де Биттер направился туда с сильным отрядом, чтобы разрушить это укрепление. Однако лонторцы успешно отразили нападение. Де Биттер потерял 9 человек убитыми и 70 ранеными. Сам он вскоре умер от ран. Хун, подозревая, что капитан Килинг сообщает лонторцам о передвижениях голландских войск, потребовал, чтобы английское судно в пятидневный срок покинуло банданские воды. Килинг заявил протест, но вынужден был подчиниться. Позднее этот эпизод вызвал трения между английским и голландским правительствами в Европе [158, с. 211].
Между тем сопротивление лонторцев продолжалось, голландцы не могли сломить его вооруженной силой. Только жесткая блокада, совершенно лишившая Лонтор подвоза продовольствия, вынудила их пойти на переговоры. 10 августа 1609 г. между банданскими старейшинами и голландской Компанией был подписан новый договор. Он был заключен якобы от имени всех островов Банда, однако старейшины островов Пуло Ай и Пуло Рун на переговоры не явились. Голландцы пока оставили их в покое. Стороны обещали друг другу «вечный союз» и «неизменную братскую дружбу», помощь в борьбе против португальцев и других врагов. Мускатный орех и мускатный цвет банданцы обязывались продавать только голландцам и только по зафиксированным низким ценам. Остров Банда Найра на вечные времена переходил под власть Генеральных штатов и голландской Ост-Индской компании. Остальные острова сохранили статус «союзников» Голландии. Подписание договора сопровождалось салютом голландской эскадры в 1500 залпов. Эта канонада должна была лишний раз напомнить банданцам, что их ждет, если они опять поднимутся против Голландии [96, т. I, с. 66–69; 242, с. 73].
Считая положение на островах Банда стабилизировавшимся, голландцы перебросили свои основные силы на Молуккские острова. Здесь с конца июня 1609 г. уже действовал вице-адмирал Виттерт, заключивший с султаном Тернате новый договор, расширявший права голландской Компании [96, т. I, с. 61–65]. Не имея достаточно сил, чтобы выбить испанцев из их крепостей, он стал создавать новые опорные пункты для будущего наступления. Так, в частности, он построил крепость на острове Мотире между Макианом и Тидоре. Затем он направился к западным берегам Филиппин, чтобы воспрепятствовать торговле между Манилой, и Китаем. Он захватил много торговых судов, но вскоре пал с большей частью команды в сражении с испанской эскадрой. Два уцелевших голландских корабля вернулись на Молукки, где Хун тем временем возвел на северной оконечности Тернате еще одну крепость — Виллемстадт и блокировал с моря Тидоре, чтобы отрезать его от подвоза продовольствия. В ноябре 1609 г. он вытеснил испанцев еще с одного молуккского острова — Бачан. Испанцы, выдержав первый штурм, ночью ушли из своей крепости и укрепились на горе внутри острова. Голландские мушкетеры, однако, вскоре принудили их к сдаче. Князь Бачана 10 декабря 1609 г. подписал договор о дружбе и помощи с Голландией и Тернате и предоставил голландской Объединенной Ост-Индской компании торговую монополию [96, т. I, с. 75–77; 158, с. 212].
Вскоре после этого из Европы пришло известие о заключении 12-летнего перемирия между Испанией и Голландией. Военные действия в Юго-Восточной Азии, однако, продолжались. Правда, были проведены переговоры об обмене пленными, и 25 марта 1610 г. ван Карден и другие голландские пленные на Тидоре были освобождены. После смерти Хуна (видимо, отравленного испанскими агентами) ван Карден возглавил голландцев на Молукках, но 15 июня 1610 г. он снова попал в плен к испанцам и опять был посажен в крепость Гамламо. На новых переговорах испанцы потребовали за него выкуп — 40 тыс. реалов, но голландцам это показалось слишком дорого. Обезглавленный голландский флот долго не мог выбрать нового командира, и военная активность на Молукках временно снизилась [158, с. 211; 242, с. 75–76].
Между тем на островах Банда вспыхнуло новое антиголландское восстание. В середине февраля 1610 г. сюда прибыл английский корабль под командованием капитана Давида Миддлтона. Местные жители тайно обратились к нему с просьбой о помощи, и он продал им известное количество оружия и боеприпасов. Голландский губернатор ван Бергель, заподозрив Мнддлюпа, пытался его арестовать. Но тот, не приняв боя с голландскими судами, ушел на остров Пуло Ай. Там он купил у местного населения полный груз мускатного ореха. Голландцы хотели пуститься за ним в погоню и заодно разгромить Пуло Ай. Но в это время муссон переменился, и голландские корабли, нагруженные пряностями, скупленными по предельно низкой цене на Банда Найре и Лонторе, должны были отправиться в Бантам. После ухода голландской эскадры в распоряжении руководства голландской Ост-Индской компании на Банда остался сравнительно небольшой гарнизон крепости Нассау. Банданцы воспользовались благоприятным моментом и восстали. Все голландцы, находившиеся за пределами крепости, были убиты. Ополчение, собравшееся со всех островов архипелага, осадило форт Нассау. Голландцы удержали крепость, но вся остальная территория островов оказалась в руках повстанцев [38, с. 203; 158, с. 121; 242, с. 76].