мѣст-, мѣщ- (вмѣсто, замѣститель, мѣщанинъ, смѣщеніе, … но: вымести)
мѣсяцъ
мѣт- (в значении «замечать», но не в значении «метать»): мѣтко, помѣтка, … но: опрометью
мѣхъ, мѣшокъ
мѣшкать
млѣть
мнѣніе
нѣга, нѣжный, нѣжиться, …
нѣдра
нѣм- (нѣмой, нѣмецъ, …)
нѣмой
(обѣдъ, обѣтъ — от других корней)
орѣх- (орѣшник, …)
печенѣгъ
пѣгій
пѣна
пѣнязь
пѣстовать
пѣть (пѣвецъ, пѣсня, пѣтухъ, …)
пѣш-, пѣх- (пѣшій, пѣхота, …)
плѣнъ
плѣсень
плѣшь
полѣно
прѣсный
прѣть
рѣд-, рѣз-, рѣж- (рѣдкій, рѣзать, …)
рѣдька
рѣпа (но: репейникъ)
рѣсница
рѣт- (изобрѣтать, обрѣсти, встрѣтить, …) но: запретъ
рѣч-, рѣк- (рѣка, рѣчь, нарѣчіе, … но не в глаголах: изречь, обречь, …)
рѣш- (прорѣха, рѣшать, рѣшето, рѣшётка, …)
свѣж- (освѣжать, …)
свѣт-, свѣч-
свирѣпый
сѣверъ
сѣвъ, сѣмя, сѣять, рассѣянный, … (но: семья, семенить)
сѣдой
сѣно, сѣни
сѣнь (осѣнять)
сѣра, сѣрый
сѣсть (сѣлъ, сѣдло, сосѣдъ, …)
сѣт- (сѣть, посѣщать, …)
сѣтовать
сѣч-, сѣк- (сѣчь, подсѣкать, …)
слѣд- (слѣдствіе, выслѣживать, наслѣдство, …)
слѣпой
смѣть
смѣх- (смѣяться, высмѣивать, …)
снѣг-
совѣт-
спѣ- (успѣхъ, поспѣшно, доспѣхъ)
стѣна (застѣнок, застѣнчивый, …)
стрѣл-
стрѣха
телѣга
тѣ- (затѣя)
тѣло (но: «стелить», «постель»)
тѣнь (оттѣнок, …)
тѣсный (стѣснять, …)
тѣсто
утѣха
хлѣб-, но: хлебать
хлѣвъ
хрѣнъ
хѣръ (старое назв. буквы Х)
цвѣт-, цвѣч- (цвѣла, цвѣтенье, …)
цѣвьё, цѣвка, цѣвница
цѣд- (цѣдить, цѣженный)
цѣл- (цѣлый, цѣловать, …)
цѣн- (цѣна, оцѣнка, …)
цѣп- (цѣпь, цѣплять, оцѣпенѣть, …)
«Ять» пишется в именах:
Алексѣй
Вѣна
Глѣбъ
Днѣпръ
Днѣстръ
Елисѣй
Еремѣй
Матвѣй
Нѣманъ
Рогнѣда
Сергѣй
Фадѣй
апрѣль
«Ять» пишется также в словах: нѣтъ, гдѣ, нынѣ, двѣ, двѣсти, двѣнадцать, всѣ, онѣ, однѣ, обѣ, здѣсь, зѣло и в некоторых других словах, например в церковном слове «голѣмый» (великий). Как исключение, ять пишется вместо звука «ё» в словах: звѣзды, гнѣзда, сѣдла, издѣвка, смѣтка, медвѣдка, вѣшка, вдѣжка, цвѣлъ, обрѣлъ, зѣвывалъ, надѣвывалъ, надѣванъ, запечатлѣнъ, подгнѣта.
Слова «реять» и «копейка» могут писаться как через «е», так и через «ять». Слово «хер» писалось через «ять» как название старославянской буквы, однако в производных словах обычно писалось «е».
5. Приставка «не-» в неопределённых местоимениях пишется «нѣ»: «нѣкто», «нѣчто», «нѣкоторый», «нѣкогда» (в значении «когда-то»), «нѣсколько», но не в отрицательных местоимениях: «некемъ (заменить)», «негдѣ (жить)», «некогда» (делать что-л.). Были также устаревшие местоимения «нѣгдѣ» (в знач. «где-то») и др. «Ять» не употребляется в других приставках.
6. В приставках «без-», «раз-», «воз-», «из-» всегда пишется «з» перед «с», а в приставке «без» пишется «з» также и перед к, п, ч, ш, щ: «возстаніе», «безпокойный».
7. Глагольные окончания «-еть» всегда пишутся через «ять» («кипѣть», «видѣть», «грѣть» и т.д.), за исключением глаголов на «-мереть», «-переть», «-тереть». Для проверки: если форма прошедшего времени не содержит суффикса («умер», «тёр»), то, стало быть, пишем «е» («тереть»), а если она заканчивается на «-ел», то пишется «ять» («видѣть — видѣлъ»). Также через «ять» в этих случаях пишутся формы «-ела», «-ело», «-еет», «-евши», «-евать» и т.д. В суффиксах отглагольных существительных на «-евание» и «-ение» содержат «ять» только при наличии соответственного глагола, например: «зрѣть» — «зрѣніе», «тлѣть» — «тлѣніе», «грѣть» — «нагрѣваніе», но: «ученіе», «растеніе», т.к. нет глаголов «учеть», «растеть». Однако обратите внимание на различие правописания слов «вѣ́дѣніе» (знание) и «ведéніе» (вождение).
8. В окончаниях местоимений, существительных и прилагательных дательного и предложного падежей (и только их) всегда пишется «ять» вместо звука «-е». Например: «мнѣ» (кому), «на конѣ», «по водѣ», «о морѣ», но: «я вышелъ въ поле» (вин. п.), «чистое поле» (им. п.). Пишется также «ять» в наречиях и предлогах, образованных от существительных с дательным или предложным падежами: «вчужѣ», «вновѣ», «вскорѣ», «горѣ» (в значении «вверх»), «доколѣ», «втайнѣ», «втунѣ», «извнѣ», «навеселѣ» и т.д.
9. Пишется «ять» в сравнительных степенях: «быстрѣе», «сильнѣйшая», но не в окончаниях с одним «е»: «больше», «раньше».
10. Окончания «-ого» заменяются на «-аго» и «-его» на «-яго», если только ударение не падает на один из этих слогов. Например: «у сáмаго синяго моря», но «на себя самогó». Однако эти окончания не заменяются в формах местоимений: «этого», «некого» и т.д.
11. Окончания «-ие» и «-ые» заменяются на «-ия» и «ыя» в женском и среднем роде: «большия грозныя волны», но «большие грозные ураганы». Также в женском и среднем роде мн. ч. заменяются «они» на «онѣ», «одни» на «однѣ». Формы «её» и «неё» заменяются на «ея» и «нея» в род. п., но не в вин. п.: «я искалъ её, но ея не было».
Пунктуация в основном совпадала с современной, за исключением сочетаний с «бы», «ли» и «же», в которых писали дефис: «как-бы», «знаете-ли вы», «что-же»: «она выглядѣла так-же, как вчера». Писали дефис и в сочетании «то-есть».
Автор благодарен А. Румшиской за ценные замечания и исправления.