11 сентября 1925 года Леонтьев написал Булгакову о неутешительном исходе: «Повесть Ваша „Собачье сердце“ возвращена нам Л.Б.Каменевым. По просьбе Николая Семеновича он ее прочел и высказал свое мнение: „Это острый памфлет на современность, печатать ни в коем случае нельзя“». Леонтьев и Ангарский упрекали Булгакова за то, что он послал Каменеву неправленый экземпляр: «Конечно, нельзя придавать большого значения двум-трем наиболее острым страницам; они едва ли могли что-нибудь изменить в мнении такого человека, как Каменев. И все же, нам кажется, Ваше нежелание дать ранее исправленный текст сыграло здесь печальную роль». Последующие события показали неосновательность подобных опасений: причины запрещения повести были куда фундаментальнее, чем несколько невыправленных или выправленных в соответствии с цензурными требованиями страниц. 7 мая 1926 года в рамках санкционированной ЦК кампании по борьбе со «сменовеховством» в квартире Булгакова был произведен обыск и конфискована рукопись дневника писателя и два экземпляра машинописи «Собачьего сердца». Лишь три с лишним года спустя конфискованное при содействии Горького было возвращено автору.
Фабульно «Собачье сердце», как и «Роковые яйца», восходит к произведению Уэллса, на этот раз к роману «Остров доктора Моро», где профессор-маньяк в своей лаборатории на необитаемом острове занимается созданием хирургическим путем необычных «гибридов» людей и животных. Роман Уэллса был написан в связи с ростом движения противников вивисекции — операций над животными и их убийством в научных целях. Присутствует в повести и идея омоложения, ставшая популярной в 20-е годы в СССР и ряде европейских стран.
У Булгакова добрейший профессор Филипп Филиппович Преображенский проводит эксперимент по очеловечению милого пса Шарика и очень мало напоминает героя Уэллса. Но эксперимент оканчивается провалом. Шарик воспринимает только худшие черты своего донора, пьяницы и хулигана пролетария Клима Чугункина. Вместо доброго пса возникает зловещий, тупой и агрессивный Полиграф Полиграфович Шариков, который, тем не менее, великолепно вписывается в социалистическую действительность и даже делает завидную карьеру: от существа неопределенного социального статуса до начальника подотдела очистки Москвы от бродячих животных. Вероятно, превратив своего героя в начальника подотдела московского коммунального хозяйства, Булгаков недобрым словом поминал свою вынужденную службу во владикавказском подотделе искусств и московском Лито (литературном отделе Главполитпросвета). Шариков становится общественно опасен, науськиваемый председателем домкома Швондером против своего создателя — профессора Преображенского, пишет доносы на него, а в конце даже грозит, револьвером. Профессору не остается ничего другого, как вернуть новоявленного монстра в первобытное собачье состояние.
Если в «Роковых яйцах» был сделан неутешительный вывод насчет возможности реализации в России социалистической идеи при существующем уровне культуры и просвещения, то в «Собачьем сердце» пародируются попытки большевиков сотворить нового человека, призванного стать строителем коммунистического общества. В работе «На пиру богов», впервые вышедшей в Киеве в 1918 году, философ, богослов и публицист С.Н.Булгаков заметил: «Признаюсь вам, что товарищи кажутся мне иногда существами, вовсе лишенными духа и обладающими только низшими душевными способностями, особой разновидностью дарвиновских обезьян — Homo socialisticus». Михаил Афанасьевич в образе Шарикова эту идею материализовал, учтя, вероятно, и сообщение В.Б.Шкловского, прототипа Шполянского в «Белой гвардии», приведенное в мемуарном «Сентиментальном путешествии» об обезьянах, которые будто бы сражаются с красноармейцами.
Homo socialisticus оказался удивительно жизнеспособным и прекрасно вписавшимся в новую действительность. Булгаков предвидел, что Шариковы легко могут сжить со свету не только Преображенских, но и швондеров. Сила Полиграфа Полиграфовича — в его девственности в отношении совести и культуры. Профессор Преображенский грустно пророчествует, что в будущем найдется кто-то, кто натравит Шарикова на Швондера, как сегодня председатель домкома натравливает его на Филиппа Филипповича. Писатель как бы предсказал кровавые чистки 30-х годов уже среди самих коммунистов, когда одни швондеры карали других, менее удачливых. Швондер — это мрачное, хотя и не лишенное комизма олицетворение низшего уровня тоталитарной власти — управдома, открывает большую галерею подобных героев в булгаковском творчестве, таких как Аллилуйя (Портупея) в «Зойкиной квартире», Бунша в «Блаженстве» и «Иване Васильевиче», Никанор Иванович Босой в «Мастере и Маргарите».
Есть в «Собачьем сердце» и скрытый антисемитский подтекст. В книге М.К.Дитерихса «Убийство царской семьи» есть такая характеристика председателя Уральского Совета Александра Григорьевича Белобородова (в 1938 году его благополучно расстреляли как видного троцкиста): «Производил он впечатление человека необразованного, даже малограмотного, но был самолюбив и очень большого о себе мнения. Жестокий, крикливый, он выдвинулся в определенной среде рабочих еще при керенщине, в период пресловутой работы политических партий по „углублению революции“. Среди слепой массы рабочих он пользовался большой популярностью, и ловкие, хитрые и умные Голощекин, Сафаров и Войков (всех трех Дитерихс считал евреями, хотя споры об этническом происхождении Сафарова и Войкова продолжаются по сей день. — Б.С.) умело пользовались этой его популярностью, льстя его грубому самолюбию и выдвигая его постоянно и всюду вперед. Он был типичный большевик из среды русского пролетариата, не столько по идее, сколько по форме проявления большевизма в грубых, зверских насилиях, не понимавшей пределы натуры, некультурного и недуховного существа».
Точно таким же существом является Шариков, а направляет его председатель домкома — еврей Швондер. Кстати, его фамилия, возможно, сконструирована по аналогии с фамилией Шиндер. Ее носил упоминаемый Дитерихсом командир особого отряда, сопровождавшего Романовых из Тобольска в Екатеринбург.
Операцию над Шариком профессор со священнической фамилией Преображенский делает во второй половине дня 23 декабря, а очеловечивание пса завершается в ночь на 7 января, поскольку последнее упоминание о его собачьем облике в дневнике наблюдений, который ведет ассистент Борменталь, датировано 6 января. Таким образом, весь процесс превращения собаки в человека охватывает период с 24 декабря до 6 января, от католического до православного сочельника. Происходит Преображение, только не Господне. Новый человек Шариков появляется на свет в ночь с 6-го на 7-е января — в православное Рождество. Но Полиграф Полиграфович — воплощение не Христа, а дьявола, взявший себе имя в честь вымышленного «святого» в новых советских «святцах», предписывающих праздновать День полиграфиста. Шариков — в какой-то мере жертва полиграфической продукции — книг с изложением марксистских догм, которые дал ему читать Швондер. Оттуда «новый человек» вынес только тезис о примитивной уравниловке — «взять всё да и поделить».
При последней его ссоре с Преображенским и Борменталем всячески подчеркивается связь Шарикова с потусторонними силами:
«Какой-то нечистый дух вселился в Полиграфа Полиграфовича, очевидно, гибель уже караулила его и рок стоял у него за плечами. Он сам бросился в объятья неизбежного и гавкнул злобно и отрывисто:
— Да что такое в самом деле? Что я, управы, что ли, не найду на вас? Я на шестнадцати аршинах здесь сижу и буду сидеть!
— Убирайтесь из квартиры, — задушевно шепнул Филипп Филиппович.
Шариков сам пригласил свою смерть. Он поднял левую руку и показал Филиппу Филипповичу обкусанный с нестерпимым кошачьим запахом шиш. А затем правой рукой по адресу опасного Борменталя из кармана вынул револьвер».
Шиш — это стоящие дыбом «волосы» на голове у черта. Такие же волосы у Шарикова: «жесткие, как бы кустами на выкорчеванном поле». Вооруженный револьвером Полиграф Полиграфович — это своеобразная иллюстрация знаменитого изречения итальянского мыслителя Никколо Макиавелли: «Все вооруженные пророки победили, а безоружные погибли». Здесь Шариков — пародия на В.И.Ленина, Л.Д.Троцкого и других большевиков, которые военной силой обеспечили торжество своего учения в России. Кстати, три тома посмертной биографии Троцкого, написанной его последователем Исааком Дойчером, так и назывались: «Вооруженный пророк», «Разоруженный пророк», «Изгнанный пророк». Булгаковский герой — пророк не Бога, а дьявола. Однако только в фантастической действительности повести его удается обезоружить и путем сложной хирургической операции привести в первичный вид — доброго и милого пса Шарика, который ненавидит только котов и дворников. В реальности большевиков никто разоружить не смог.