Командующий В. Антонов-Овсеенко вспоминал, что его штабу удалось установить связь только с отрядом Никифоровой, большевистские же отряды разбежались. Кстати, Маруся тогда настойчиво предлагала будущему "батьке" Нестору Махно вывезти его эшелоном из Украины и принять в свой отряд на командную должность. Но Махно избрал свой путь борьбы…
В апреле 1918 года под давлением сил оккупантов отряд Маруси отходит на Юзовку – Таганрог. В Таганроге командир большевистского отряда Каскин арестовал Марусю прямо в здании ЦИК Советов Украины. Когда ее брали под стражу на глазах у членов правительства, Маруся спросила Владимира Затонского, за что ее арестовывают. Получив в ответ: "Не знаю, за что", Маруся обозвала большевистского "божка" "подлым лицемером" и плюнула ему вслед.
"Таганрогское" правительство Советской Украины находилось в замешательстве не только от практически полной потери своей территории и армии, но и от попытки выступления "союзных" левых эсеров. В Таганрог в конце марта 1918 года прибыли и организовали там "главный военный штаб" лидеры российских левых эсеров – Камков, Карелин, Штейнберг – ярые противники Брестского мира с немцами. Эти лидеры прибыли на "украинское пепелище" не просто так, они намеревались возглавить захват денежных средств у своих "друзей"-большевиков Советской Украины.
Левоэсеровский отряд таганрогского военкома арестовал "народных секретарей" – министров Советской Украины. В номерах гостиницы, где жили лидеры большевиков В. Затонский, С. Коссиор и другие были проведены обыски и изъятие денег "на продолжение революционной войны в Украине". Эсеры считали, что "народные секретари" просто прикарманили украинские "народные деньги". Через несколько дней этот скандал удалось замять, очевидно после дележа денег.
Марусе грозит смертная казнь за превышение власти, самочинные расстрелы и изъятия ценностей, за разграбление Елизаветграда. К тому же, как раз в середине апреля 1918 года в Москве проходило полное разоружение анархистских отрядов, сопровождаемое арестами и расстрелами анархистов Московские анархисты были объявлены мятежниками, и в связи с событиями в столице "дело Маруси" приобретало широкий резонанс.
После ареста Никифоровой ее отряд не разбежался и не пошел служить в большевистские соединения. Оставшиеся в нем триста бойцов, а также эвакуировавшиеся из Украины анархисты и левые эсеры потребовали освобождения Маруси. Анархисты обратились за помощью к командующему фронтом Антонову-Овсеенко. Последний ответил телеграммой: "Отряд анархистки Марии Никифоровой, как и товарищ Никифорова, мне хорошо известны. Вместо того, чтоб заниматься разоружением таких революционных боевых единиц, я советовал бы заняться созданием их". В то же время с фронта прибыл анархистский бронепоезд Гарина, который, угрожая орудиями, наведенными на город, потребовал освобождения Маруси.
В конце апреля в Таганроге состоялся революционный суд над Никифоровой. Среди судей были лидеры большевиков и левых эсеров, возглавлял суд В. Затонский. Он проходил при открытых дверях и назывался "судом революционной чести". На суде анархисты заявили, что поднимут восстание, если Марусю не освободят, и суд признал ее невиновной, принял решение вернуть ее отряду оружие и дать эшелон для продвижения.
После освобождения Никифоровой Нестор Махно тут же написал, а таганрогские анархисты напечатали листовку (за подписью "Совета анархистов"), в которой власти Советской Украины обвинялись в фальсификации "дела". Митинги, на которых перед солдатами и таганрогскими рабочими выступали Маруся и Махно, также были собраны с целью оправдания Никифоровой и обличения властей. Однако солдаты 1-го революционного батальона коммуниста Каскина остались недовольны освобождением Маруси и продолжали требовать ее покарания за убийства, издевательства над населением и грабежи.
В мае 1918 года отряд Маруси уже наводит ужас на буржуазию Ростова-на-Дону и Новочеркасска, тревожа местных большевиков своей бесконтрольностью и ночной стрельбой. Анархисты обстреливали Донской областной исполком, здания, где размещались другие "властные" структуры, призывая к "немедленной анархии". В районе Ростова в то время собирается множество отступивших из Украины анархистских отрядов, которыми командовали Арон Барон, Махно, Желябов, Васильев и другие. Это была мощная сила, которую, несмотря на постановление Президиума Донского исполкома, так и не удалось разоружить.
В Ростове Маруся приступила к "уничтожению капитала". Анархисты захватили все банки, и на одной из площадей города вскоре возникла большая бумажная гора, состоявшая из ценных бумаг и облигаций. Потом анархисты подожгли ее и, освещенные заревом костра, праздновали рождение "нового мира". Но вот "вечные ценности" – золото и бриллианты, изъятые из банка и из "буржуазных квартир", в этот костер не попали, как не попали туда и реальные денежные знаки, бывшие в обороте.
Летом 18-го марусин отряд появляется у Брянска и Саратова, воюя против белоказаков, сталкивается с советскими войсками у Царицына и Воронежа. В районе железнодорожной станции Царицына анархистские отряды Никифоровой и Петренко дали настоящий трехдневный бой большевикам. Причем город подвергся сильному обстрелу артиллерией бронепоезда, на котором прибыли отряды анархистов. Руководил борьбой с этим "безобразием" сам недавний комиссар Советской Украины Серго Орджоникидзе.
Как выглядела тогда наша "героиня" и ее ближайшее окружение?
О воронежской встрече с Марусей Р. Рошаль писал: "По улице с бешеной скоростью мчится экипаж. Небрежно развалясь, сидит в нем молодая брюнетка в залихватски надетой набекрень кубанке, рядом, повиснув на подножке, плечистый парень в красных гусарских рейтузах. Брюнетка и ее телохранитель увешаны оружием".
Очевидцы вспоминают "маруськиных" матросов – "дружинников" с дамскими золотыми браслетами на руках и экзотических "испанцев" – анархистов в черных пелеринах, с длинными волосами, что пугали своим видом обитателей русских уездных городков.
Анархист М. Чуднов так описывал Марусю лета Восемнадцатого: "Это была женщина лет тридцати двух или тридцати пяти, с преждевременно состарившимся лицом, в котором было что-то от скопца или гермафродита, волосы острижены в кружок. На ней ловко сидел казачий бешмет с газырями. Набекрень надета белая папаха".
Комиссар М. Киселев вспоминает Марусю уже весны Девятнадцатого: "…ей около тридцати – худенькая, с изможденным, испитым лицом, производит впечатление старой, засидевшейся курсистки".
Первый съезд Коммунистической партии Украины постановил, что соглашения с анархистами "недопустимы", хотя лидер украинских большевиков В. Затонский заявлял, что "с анархистами нам приходиться считаться, там на Украине, гораздо больше, чем здесь (в России)". На съезде он говорил: "Мы достаточно видели различных Марусь Никифоровых, которые стояли на платформе советской власти и которые принесли нам столько вреда… Нам нужно быть подальше от таких друзей".
Отряд Маруси разгоняют и частично разоружают за неподчинение законам. Сама Маруся, чудом избежав ареста, прячется в Саратове, куда эвакуировались из Украины "причерноморские" анархисты. Там Маруся пытается поднять восстание против большевиков, но затея проваливается и заканчивается арестами анархистов.
В сентябре 1918 года Маруся была арестована по решению Саратовского Совета и под конвоем вывезена в Москву. Местные чекисты не решились расстрелять на месте "героиню революции", лично знавшую Ленина еще по "парижскому сидению" в уютных кафе.
Осень 1918 года Маруся проводит в советской тюрьме – в московских Бутырках, ожидая суда за все свои "художества": ограбления, бессудные расстрелы, восстания против советской власти. В октябре 1918 года ее освобождают на поруки члена ВЦИК Советов РСФСР старого анархиста А. Карелина и командующего советскими войсками Юга России В. Антонова-Овсеенко. Удивляет очень мягкий приговор по судебному делу Марии Никифоровой, вынесенный в дни покушения на В. И. Ленина и начала кровавого "красного террора".
Суд Ревтрибунала Республики состоялся только в январе 1919 года. За "дезорганизацию и дискредитацию" советской власти она была приговорена к "лишению на шесть месяцев права занимать ответственные командные посты в РСФСР".
Член ЦК компартии Украины Юрий Пятаков возглавил комиссию по рассмотрению дела М. Никифоровой по поручению правительства Советской Украины. Эта комиссия, признав Марусю виновной по всем статьям, требовала более сурового наказания. Именно Пятаков впервые назвал Марусю "бандиткой".
Можно предположить, что взаимное притяжение, возникшее между Марусей и длинноволосым эстетом и немножечко авантюристом Владимиром Антоновым-Овсеенко (партийная кличка "Штык"), привело к ее освобождению. Другое предположение состоит в том, что в обмен на жизнь Марусе было предложено сотрудничество с ЧК, и она выбрала жизнь, став секретным агентом во вражеских тылах.