Предварительное опробование материальной части полностью подтвердило опасения. Во время испытательного полёта 29 июля 1960 г. ракета с капсулой «Меркурий» взорвалась через 65 секунд после старта. 8 ноября капсула не смогла отделиться от ракеты и вместе с ней упала в Атлантический океан. 21-го произошло загорание ракеты на стартовой площадке. 31 января 1961 г. — очередной испытательный полёт капсулы, в которую на этот раз был помещён шимпанзе Хэм, окончился «почти полным провалом». Из-за неполадок в пилотируемом устройстве ракета развила скорость, на 1600 миль в час превышающую расчетную, вследствие чего её невольному пассажиру пришлось испытать почти 18-кратное увеличение силы тяжести, практически смертельное для человека. Для проверки реакции в положении невесомости Хэм был натренирован: в зависимости от световых сигналов, автоматически зажигающихся в его кабине, он должен был нажимать те или иные кнопки или рычаги, не несшие впрочем, никакой функциональной нагрузки. В капсуле было предусмотрено также специальное устройство, отвечавшее на каждую ошибку Хэма наказанием в виде удара тока. По сообщению французской пресcы во время полёта в этом устройстве произошло короткое замыкание, вследствие чего удары током сыпались на Хэма вне зависимости от того, правильно или неправильно реагировал он на световые сигналы. Полёт Хэма окончился относительно благополучно только по счастливой случайности. При вхождении обратно в плотные слои атмосферы тепловой экран капсулы оказался сорванным, и если бы к этому моменту скорость падения не успела достаточно замедлиться, капсула превратилась бы в раскалённый кусок металла. Хэм «приводнился» на 130 миль дальше от заданной точки. Учитывая, что в соответствии с расчётами капсула должна была покрыть расстояние всего в 230 миль, ошибка выглядит особо грубой. Неточное «приводнение» затруднило также и поиски. Ракета была подобрана только через три часа после окончания полёта — как раз вовремя, чтобы спасти Хэма от другой надвигавшейся на него опасности: капсула постепенно наполнялась морской водой.
Отказаться от проведения дальнейших систематических испытательных полётов при таком положении дел мог лишь тот, кто, по печально-ироническому высказыванию Гленна, считал, что «человека можно сделать дешевле и легче, чем счётно-решающую машину», или те, кто, по замечанию журнала «Ньюсуик», решил следовать простому принципу: «Что хорошо для обезьяны — хорошо и для человека».
Тем не менее первый суборбитальный полёт американца Шеппарда состоялся непосредственно после предшествовавшего неудачного полёта искусственного астронавта, ракета которого была взорвана по сигналу с Земли ввиду отклонения от заданного курса.
Неподготовленность материальной части не могла, конечно, не сказаться во время суборбитальных полётов Шеппарда и Гриссома. Их сроки неоднократно переносились. Перед самым полётом Шеппард провёл три с половиной часа в капсуле в ожидании старта из-за обнаружившихся в последний момент неполадок в электронной системе ракеты, выхода из строя счётно-решающего устройства на центральном контрольном пункте и других технических неисправностей. Затем, уже в полёте, у него отказало автоматическое управление стабилизирующим устройством, но спуск прошёл относительно благополучно.
В свою очередь «приводнение» чуть не стоило жизни Гриссому, у которого произвольно сработал взрывной «замок» люка. Гриссом успел выброситься из тонущей капсулы в море, но забыл закрыть отверстие в костюме и начал терять плавучесть. Прежде чем ему удалось ухватиться за специальный ошейник, спущенный с вертолёта, волны несколько раз накрывали его с головой, и он наглотался морской воды «больше, чем ему бы хотелось». Капсулу, перед тем как она скрылась под водой, успел подхватить другой вертолёт, но его моторы начали перегреваться, трос пришлось перерубить, и капсула затонула на почти трёхмильной глубине. Вместе с ней погибли кинокамера с заснятой плёнкой и магнитная лента — дневник полёта.
С характерной для выполнения программы спешкой происходила подготовка и орбитальных полётов. Полёт искусственного астронавта 13 сентября 1961 г., совершившего один виток вокруг Земли, сопровождался различными техническими неполадками: отказал основной трансформатор, выявилась утечка кислорода, «приводнение» произошло на «значительно большем, чем желательно», удалении от заданной точки. Из-за неполадок в электронном устройстве, приведших к преждевременному расходу перекиси водорода, необходимой для функционирования стабилизирующей системы, и перегрева капсулы был прерван раньше времени полёт шимпанзе Эноса 29 ноября. Трагически закончились полёты обезьян Голиафа (10 ноября) и Скетбэка (19 декабря).
Орбитальные полёты Гленна, Карпентера, Ширры и Купера, состоявшиеся соответственно 20 февраля, 24 мая, 3 октября 1962 г. и 15 мая 1963 г., прошли под знаком «продолжающегося проклятия» технических неполадок. Ни один из них не был осуществлен в назначенный срок. Бывали случаи, когда после четырёх-пяти часов, проведённых в капсуле в ожидании старта, астронавты узнавали об очередной отмене полёта. Полёт Гленна, например, откладывался десять раз в течение двух месяцев. Астронавтам пришлось столкнуться со значительными, иногда просто опасными «бытовыми неудобствами». Плохо работало терморегулирование скафандров, особенно во время полёта Гленна, когда температура воздуха поднималась до 42 °C. Из-за серьёзных трудностей с принятием воды и дегидрированной пищи сильно обезвоженным вернулся на землю Купер. Боязнь, что запасы кислорода кончатся раньше времени, заставила его же дышать по возможности «экономнее».
Ещё более опасный характер носили многочисленные технические неполадки и просчёты. Почти катастрофический перерасход перекиси водорода в стабилизирующей системе поставил под угрозу благополучный исход полёта Карпентера, так как при неправильной ориентации капсулы в пространстве включение ракет торможения могло привести к ещё большему удалению от Земли. Ненадёжными оказались показания приборов. Преждевременно сработал индикатор замедления скорости полёта у Купера, включив тем самым, также со значительным опережением, автоматическую систему управления спуском. Если бы астронавт не успел перейти на ручное управление, он мог бы «приводниться» в нежелательном для него районе или даже приземлиться, к чему его капсула не была приспособлена. К ручному управлению стабилизирующей системой или системой включения тормозных ракет по необходимости прибегали также Карпентер и Гленн, вследствие чего Карпентер, например, «приводнился» в 200 милях от расчётной точки и был подобран вертолётом только через три часа.
Чрезвычайно трагические последствия могло иметь возможное, как этого опасались, отделение теплового экрана капсулы Гленна во время её прохождения через атмосферу. Этого не случилось, но астронавт, видя пролетающие мимо иллюминатора горящие куски оболочек тормозных ракет, которые ему посоветовали не сбрасывать в надежде, что они не дадут сорваться экрану, принял их за обломки распадающегося экрана и пережил действительно страшные минуты.
Официальное завершение программы «Меркурий» полётом Купера, по оценкам самой же американской печати, не уменьшило «космического разрыва» между СССР и США, особенно если учитывать такие показатели орбитальных программ обеих стран, как величина тяги ракет-носителей, вес космических кораблей, их способность садиться на сушу или только на воду и т. д. Соотношение сил было настолько очевидным, что Вашингтон, который, особенно после сдвоенных полётов советских космонавтов, потерял в то время надежду «сравняться с Советами», благоразумно отказался от планов проведения дополнительных полётов по программе с целью «превзойти русские достижения». Возможная неудача, «особенно после Кубы и Лаоса», могла бы только способствовать «разрастанию катастрофы» и свести на нет весь политический эффект скромных успехов США в космосе, которые так дорого им достались.
Давая оценку программы «Меркурий», к месту будет сказать и несколько слов о моральных качествах тех, кому первыми из американцев суждено было проникнуть в просторы космоса.
Несомненно, они были одними из лучших и наиболее мужественных представителей военно-воздушных сил Соединённых Штатов, не побоявшихся отправиться в космический полёт, имея при себе подчас, по традиции американских лётчиков-испытателей, в качестве «гарантии» безопасности только обычный молоток для разбивания приборов, когда показания примут слишком угрожающий характер. Если говорить о технических ошибках, которые были поставлены им в вину американской прессой, то их правильнее было бы объяснить не недостаточностью квалификации астронавтов, а тем напряжённым психическим состоянием, в котором они находились вследствие неуверенности в надёжности материальной части и от которого едва ли могли быть избавлены, как это предлагалось некоторыми американскими медиками, с помощью гипноза.
